View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13755_high_6 (Length: 463)

Name: NF13755_high_6
Description: NF13755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13755_high_6
NF13755_high_6
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (19-453)||(22839693-22840124)
chr7 (19-400)||(22809335-22809716)
chr7 (22-393)||(22888993-22889361)
chr7 (19-453)||(22814668-22815099)
chr7 (40-413)||(22880272-22880642)
chr7 (20-393)||(22875623-22875987)
chr7 (19-453)||(22830672-22831103)
chr7 (23-411)||(22858142-22858530)
chr7 (19-452)||(22893595-22894016)
chr7 (19-399)||(22897967-22898335)
chr7 (121-393)||(22805019-22805279)
chr7 (151-393)||(22913375-22913605)
chr7 (181-411)||(22885308-22885535)
chr7 (130-393)||(22825959-22826210)
chr7 (19-132)||(22885556-22885666)
chr7 (19-61)||(22913698-22913740)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-414)||(21150646-21151034)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 22840124 - 22839693
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccc 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22840124 aatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcgattcagggatttatccc 22840025  T
Q  119 tctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    |      
T  22840024 tctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccatttagtgttggtttta---gtca 22839928  T
Q  219 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 318  Q
    ||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |    
T  22839927 taaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgca 22839828  T
Q  319 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgctgagnnnn 418  Q
     ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| |||||||    || |||||||||||||        
T  22839827 gcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgagaaaa 22839728  T
Q  419 nnnngtcaaaacttttaactgttgggttgcctttg 453  Q
        ||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22839727 aaaagtccaaatttttaactgttcggttgcctttg 22839693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 22809716 - 22809335
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccc 118  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||  |||||||| | || |   ||    
T  22809716 aatgataaccatattggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatagtaatggtcaattcaagaatatgagcc 22809617  T
Q  119 tctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgt 218  Q
    | | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |  |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22809616 ttttcagtggctatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgctactttagctccaattaatgttggttttaatgttgt 22809517  T
Q  219 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||    
T  22809516 taaaccaacacgacctttgttatcattcaccaaagatctttctccaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttctattcta 22809417  T
Q  319 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaa 400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||    
T  22809416 tcttctcattatgttcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgatatctctaaacttcctgagctaa 22809335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 22 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22889361 - 22888993
Alignment:
Q  22 gataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccctct 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||  |||||||| |||||||||||| |    
T  22889361 gataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctgattcaactcctgcaggatattatgatggttatggtcaattcaaggatttatcccttt 22889262  T
Q  122 ccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaa 221  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  ||    |  |||    
T  22889261 ccagtggataccctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagcaccaatgagtgttggtgcta---gtaataa 22889165  T
Q  222 accaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatct 321  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || ||    
T  22889164 accaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaatggtagct 22889065  T
Q  322 tctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 393  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22889064 tctcagtatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 22888993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 22815099 - 22814668
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccc 118  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||  |||||||||||| |||||||    
T  22815099 aatgataaccatgttggtatcgatatcaattatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattataatgatcatggtcaattcagggagttatccc 22815000  T
Q  119 tctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgt 218  Q
    | |||| ||||| |||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  || |  |      
T  22814999 tttccaatggatttcctatacaggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatgagtgttggtgctagtaat-- 22814902  T
Q  219 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 318  Q
     |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||    
T  22814901 -aaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgta 22814803  T
Q  319 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgctgagnnnn 418  Q
     ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||        
T  22814802 gcttctcattatattcttgggtggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatatctgaacttcctaagctaacagtatttgctgaggtaa 22814703  T
Q  419 nnnngtcaaaacttttaactgttgggttgcctttg 453  Q
        ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  22814702 aaaagtctaaatttttaactgttgggttgcctttg 22814668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 40 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 22880642 - 22880272
Alignment:
Q  40 gatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccctctccagtggatatcctatgc 139  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22880642 gatatcaatgatttgaaatcagtaaattcaatttctgcaggatattatgatgattatgatcgattcaaggatttatccctttccagtggatatcccatgc 22880543  T
Q  140 aagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgtt 239  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |   ||||||||||||| ||||||    
T  22880542 aggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgaggttacattagctccgattagtgttggttttaataat---aaaccaacacgacatttgtt 22880446  T
Q  240 atcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagt 339  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||| ||    
T  22880445 gtcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagtatgtatgttggattatcatcttcaacaaggttaattttagcttctcattatgttcttggt 22880346  T
Q  340 tggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgctga 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||    
T  22880345 tggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgagcttcatgagccaatagtatttgctga 22880272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 20 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22875987 - 22875623
Alignment:
Q  20 atgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22875987 atgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctatttcaacttctacaggatattacgatgaatataatcgattcagggatttatccct 22875888  T
Q  120 ctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgtt 219  Q
     | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    | || |  |||      |    
T  22875887 tttcagtggatatcccatgcaggtatggattgactatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttactttagctccaat---agatgctagtaa------t 22875797  T
Q  220 aaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatat 319  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||     
T  22875796 aaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacaggtttaattttag 22875697  T
Q  320 cttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 393  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  22875696 cttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttcct 22875623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 22831103 - 22830672
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccc 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |  || ||||||| |||||||||    
T  22831103 aatgataatcatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatccc 22831004  T
Q  119 tctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgt 218  Q
    |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    |      
T  22831003 ttaccagtggacatcctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagttagtgttggtttta---gtca 22830907  T
Q  219 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 318  Q
    ||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |    
T  22830906 taaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgca 22830807  T
Q  319 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgctgagnnnn 418  Q
     ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| |||||||    || |||||||||||||        
T  22830806 gcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgagaaaa 22830707  T
Q  419 nnnngtcaaaacttttaactgttgggttgcctttg 453  Q
        ||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22830706 aaaagtccaaatttttaactgttcggttgcctttg 22830672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 23 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 22858530 - 22858142
Alignment:
Q  23 ataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccctctc 122  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||    |  || |||||  || |||||||| ||    
T  22858530 ataaccatgctggtattgacatcaataatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatactataatgctattggtcgattcaacgacttatccctttc 22858431  T
Q  123 cagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaa 222  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  22858430 tagtggatatcctatgcaggtatggatagaatatgatggagtgaagaaaaatattgatgttacattagctccaattaattttggttgtaatgttgttaaa 22858331  T
Q  223 ccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatctt 322  Q
    ||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||| || |||    
T  22858330 ccagcacgacctttgttatcattcacgaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaaccggggtaattgtagctt 22858231  T
Q  323 ctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgct 411  Q
    | |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  22858230 cccattatattcttggttggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctaaacttcctgagctaagaatatttgct 22858142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 22894016 - 22893595
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccc 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||  |||||||| | || ||  ||    
T  22894016 aatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatggtaatggtcaattcaagaatataagcc 22893917  T
Q  119 tctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgt 218  Q
    |   |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||            |||||||    
T  22893916 ttatcagtggctatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaatta------------atgttgt 22893829  T
Q  219 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 318  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||  | || || ||| || ||    
T  22893828 taaaccaaaacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcatttcta 22893729  T
Q  319 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgctgagnnnn 418  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||        
T  22893728 acttctcattatattcttggttggagttttaagattaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctgaacttcctgagttaccagtattagctgagaaaa 22893629  T
Q  419 nnnngtcaaaacttttaactgttgggttgccttt 452  Q
         |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22893628 cgaaatcaaattttttaactgttgggttgccttt 22893595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 22898335 - 22897967
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccc 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||   ||  |||| ||| | ||||  |||    
T  22898335 aatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttgaccc 22898236  T
Q  119 tctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgt 218  Q
    | | ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| | |  |||||||||||||| ||||||||||||||||            ||||||||||    
T  22898235 ttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaa------------ttaatgttgt 22898148  T
Q  219 taaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattata 318  Q
    |||||||| || ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||| |||||  | || || ||| || |     
T  22898147 taaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactggttcagttttc 22898048  T
Q  319 tcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagcta 399  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22898047 acttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagcta 22897967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 121 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22805279 - 22805019
Alignment:
Q  121 tccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgtta 220  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||          ||||  |||||||||    
T  22805279 tccagtggaaatcctatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctcca----------gttt--atgttgtta 22805192  T
Q  221 aaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatc 320  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | |    
T  22805191 aaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagc 22805092  T
Q  321 ttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 393  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  22805091 ttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctcaatttcct 22805019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 151 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22913605 - 22913375
Alignment:
Q  151 gaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgacca 250  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||    
T  22913605 gaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatta------------atgttgttaaaccaaaacaacctttgttatcattgaaca 22913518  T
Q  251 aagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaa 350  Q
    ||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  22913517 aagatctttcttcaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttcaattctaacttctcattatattcttggttggagttttaa 22913418  T
Q  351 ggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 393  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22913417 ggttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatctctgaacttcct 22913375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 181 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 22885535 - 22885308
Alignment:
Q  181 gttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagta 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |    
T  22885535 gttactttagctccaattagtgttggttttagtgat---aaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaatagaa 22885439  T
Q  281 tgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaat 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||    
T  22885438 tgtatgttggattctcatcttcaacagggttaattgtagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatagccaagctcaaaaccttgaaat 22885339  T
Q  381 ctctgaacttcctgagctaacagtatttgct 411  Q
    ||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  22885338 ctctgaacttcctgagccaagaatatttgct 22885308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 130 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22826210 - 22825959
Alignment:
Q  130 tatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaaccaacac 229  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| | |  || ||||||||||| |||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||    
T  22826210 tatcctatgcaggtatggatagaatatgatggtgaaaataaaaagattgatgttactttagctccaatta------------atgttgttaaaccaaaac 22826123  T
Q  230 gacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatcttctcatta 329  Q
     ||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||  | || || ||| || |  ||||||||||    
T  22826122 aacctttgttttcattgaccagagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatcagctactggttcagttttcacttctcatta 22826023  T
Q  330 tgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcct 393  Q
    | ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  22826022 tattcttggttgaagttttaagcttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatttctgaacttcct 22825959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 22885666 - 22885556
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccc 118  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   || ||  ||||||| |||||||||    
T  22885666 aatgataaccatattggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatg---attatggattcaggaatttatccc 22885570  T
Q  119 tctccagtggatat 132  Q
    | ||||||||||||    
T  22885569 tttccagtggatat 22885556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 22913740 - 22913698
Alignment:
Q  19 aatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcag 61  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22913740 aatgacaaccatgttggaattgatatcaatggtttgaaatcag 22913698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 23 - 414
Target Start/End: Original strand, 21150646 - 21151034
Alignment:
Q  23 ataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcaattcagggatttatccctctc 122  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||  || ||  |||||  ||||||||||| |     
T  21150646 ataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatggattcaatgatttatccctttt 21150745  T
Q  123 cagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaattagtgttggttttaatgttgttaaa 222  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |  ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||      |||    
T  21150746 cagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataaa---aaa 21150842  T
Q  223 ccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggtcaattatatctt 322  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | |||    
T  21150843 ccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagctt 21150942  T
Q  323 ctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaacagtatttgctgag 414  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  21150943 ctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaagtaacagtattttctgag 21151034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University