View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1375R-Insertion-18 (Length: 863)

Name: NF1375R-Insertion-18
Description: NF1375R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1375R-Insertion-18
NF1375R-Insertion-18
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (187-863)||(10887362-10888036)
chr5 (9-739)||(10873113-10873854)
chr5 (9-739)||(10878184-10878925)
chr5 (9-739)||(10883255-10883996)
chr5 (163-739)||(10866451-10867027)
chr5 (169-684)||(39676070-39676585)
chr5 (187-675)||(10046135-10046623)
chr5 (9-106)||(10887170-10887267)
chr5 (9-106)||(10867102-10867199)
chr5 (9-106)||(39676645-39676742)
chr5 (9-106)||(10046747-10046844)
chr5 (325-387)||(37948263-37948325)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (323-534)||(30709477-30709688)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 187 - 863
Target Start/End: Original strand, 10887362 - 10888036
Alignment:
Q  187 ttacttgttgaaagtgtgagatagggcatcaaaattttgtggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttatgacg 286  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  10887362 ttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacaacg 10887461  T
Q  287 ggggctctcgtcattccatcacggaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaaccaaacaacctt 386  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10887462 ggggctctggtcattccgtcgcggagcacaacagcggaagcacctccggaaacataaatagctttacagcctctgttggtgcttgcaaccaaacaacctt 10887561  T
Q  387 cggtggttgccatcggcaccgtgtactctttgccgtcaagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcacaaaccctatcggcatctcgcaaca 486  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  10887562 cggttgttgccatgggcaccgtgtattcattcccgtcgagcaacaaaggaccggcaacacccaccggaatttgaacaaaccctatcggcatctcgcaaca 10887661  T
Q  487 ctgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgca 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10887662 ctgtcctaatatagaatcgtagtcaaaacctttcatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaaccctctccactgcttggttcctaatctttgctgca 10887761  T
Q  587 cgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttct 686  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10887762 cgacggcaatctccgagcttcgactcaagggagtaagaaggaattgatcccgataccactgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataacttttt 10887861  T
Q  687 ggtcagatattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatc 786  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10887862 ggtcagatatcttcggtggtgttaacataggtagcttcttcggcacaactcctccggtgggttttgcagaattgtcgactacttcgtcttcatcatcatc 10887961  T
Q  787 gtaatgaaagatgaaggcagtgccgnnnnnnngcaataaggtagacgaagggaagcgatgagggaaactacagcaac 863  Q
    |||||||| ||||||||||||||||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10887962 gtaatgaatgatgaaggcagtgccg-aagaaagcaataaggtagacgaa-ggaagcgatgagggaaactacagcaac 10888036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 739
Target Start/End: Original strand, 10873113 - 10873854
Alignment:
Q  9 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctggtgtataaattctttccagccattgtagctttaatactctgcagtcttgcaaatctacttgacctaaataca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10873113 tgcatcacccgttgaacaagtgaacctagtgtataaattctttccagccatagtagctttaatactctgtagtcttgcaaatctacttgacctaaataaa 10873212  T
Q  109 ta-----------atcaatcag----ccaaatgagtaatttcaacaaaaataaaagtaaaacatataggagaaagttcaaagtttaaaattacttacttg 193  Q
    ||           ||||||||     ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |    |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  10873213 tatcgcagagaaaatcaatcacttatccaaatgagtaatttcaacaaaatttatagtgaaacaga----agaaagttcaaaattgaaaattacttacttg 10873308  T
Q  194 ttgaaagtgtgagatagggcatcaaaattttgtggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttatgacgggggctc 293  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10873309 ttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacgactggggctc 10873408  T
Q  294 tcgtcattccatcacggaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaaccaaacaaccttcggtggt 393  Q
      |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  10873409 gggtcattccgtcacggaggacaacggcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacagcctctattggtgcttgcaaccaaacaaccttcggttgt 10873508  T
Q  394 tgccatcggcaccgtgtactctttgccgtcaagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcacaaaccctatcggcatctcgcaacactgtcct 493  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10873509 tgccatgggcaccgtgtactcattcccgtcgagcaacaaaggaccggcaacacccaccggaatctgaacaaaccctatgggcatctcgcaacactgtcct 10873608  T
Q  494 aatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggc 593  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10873609 aatatagaatcgtaatcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaatatttgctgcacgtcggc 10873708  T
Q  594 aatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcaga 693  Q
    ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  10873709 aatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggacataactttttggtcgga 10873808  T
Q  694 tattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcct 739  Q
     ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  10873809 gattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactcct 10873854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 739
Target Start/End: Original strand, 10878184 - 10878925
Alignment:
Q  9 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctggtgtataaattctttccagccattgtagctttaatactctgcagtcttgcaaatctacttgacctaaataca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10878184 tgcatcacccgttgaacaagtgaacctagtgtataaattctttccagccatagtagctttaatactctgtagtcttgcaaatctacttgacctaaataaa 10878283  T
Q  109 ta-----------atcaatcag----ccaaatgagtaatttcaacaaaaataaaagtaaaacatataggagaaagttcaaagtttaaaattacttacttg 193  Q
    ||           ||||||||     ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |    |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  10878284 tatcgcagagaaaatcaatcacttatccaaatgagtaatttcaacaaaatttatagtgaaacaga----agaaagttcaaaattgaaaattacttacttg 10878379  T
Q  194 ttgaaagtgtgagatagggcatcaaaattttgtggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttatgacgggggctc 293  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10878380 ttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacgactggggctc 10878479  T
Q  294 tcgtcattccatcacggaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaaccaaacaaccttcggtggt 393  Q
      |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  10878480 gggtcattccgtcacggaggacaacggcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacagcctctattggtgcttgcaaccaaacaaccttcggttgt 10878579  T
Q  394 tgccatcggcaccgtgtactctttgccgtcaagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcacaaaccctatcggcatctcgcaacactgtcct 493  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10878580 tgccatgggcaccgtgtactcattcccgtcgagcaacaaaggaccggcaacacccaccggaatctgaacaaaccctatgggcatctcgcaacactgtcct 10878679  T
Q  494 aatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggc 593  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10878680 aatatagaatcgtaatcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaatatttgctgcacgtcggc 10878779  T
Q  594 aatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcaga 693  Q
    ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  10878780 aatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggacataactttttggtcgga 10878879  T
Q  694 tattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcct 739  Q
     ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  10878880 gattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactcct 10878925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 739
Target Start/End: Original strand, 10883255 - 10883996
Alignment:
Q  9 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctggtgtataaattctttccagccattgtagctttaatactctgcagtcttgcaaatctacttgacctaaataca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10883255 tgcatcacccgttgaacaagtgaacctagtgtataaattctttccagccatagtagctttaatactctgtagtcttgcaaatctacttgacctaaataaa 10883354  T
Q  109 ta-----------atcaatcag----ccaaatgagtaatttcaacaaaaataaaagtaaaacatataggagaaagttcaaagtttaaaattacttacttg 193  Q
    ||           ||||||||     ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |    |||||||||||| || |||||||||||||||    
T  10883355 tatcgcagagaaaatcaatcacttatccaaatgagtaatttcaacaaaatttatagtgaaacaga----agaaagttcaaaattgaaaattacttacttg 10883450  T
Q  194 ttgaaagtgtgagatagggcatcaaaattttgtggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttatgacgggggctc 293  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10883451 ttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttacgactggggctc 10883550  T
Q  294 tcgtcattccatcacggaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaaccaaacaaccttcggtggt 393  Q
      |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  10883551 gggtcattccgtcacggaggacaacggcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacagcctctattggtgcttgcaaccaaacaaccttcggttgt 10883650  T
Q  394 tgccatcggcaccgtgtactctttgccgtcaagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcacaaaccctatcggcatctcgcaacactgtcct 493  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10883651 tgccatgggcaccgtgtactcattcccgtcgagcaacaaaggaccggcaacacccaccggaatctgaacaaaccctatgggcatctcgcaacactgtcct 10883750  T
Q  494 aatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggc 593  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10883751 aatatagaatcgtaatcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaatatttgctgcacgtcggc 10883850  T
Q  594 aatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcaga 693  Q
    ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  10883851 aatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggacataactttttggtcgga 10883950  T
Q  694 tattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcct 739  Q
     ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  10883951 gattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactcct 10883996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 163 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 10867027 - 10866451
Alignment:
Q  163 agaaagttcaaagtttaaaattacttacttgttgaaagtgtgagatagggcatcaaaattttgtggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctctt 262  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10867027 agaaagttcaaaattgaaaattacttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaagaatttcaactgggaagctctt 10866928  T
Q  263 ttggcggagttgaatcttatgacgggggctctcgtcattccatcacggaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgt 362  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  10866927 ttggcagagttgaatcttacaacgggggctctggtcattccgtcgcggagcacaaccgcggaagccccaccggaaacataaatagctttacagcctctat 10866828  T
Q  363 tggtacttgcaaccaaacaaccttcggtggttgccatcggcaccgtgtactctttgccgtcaagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcac 462  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  10866827 tggtgcttgcaaccaaacaaccttcggttgttgccatgggcaccgtgtactcattcccgtcgagcaacaaaggaccggcaacacccaccggaatctgaac 10866728  T
Q  463 aaaccctatcggcatctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccact 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10866727 aaaccctatcggcatctcgcaacactgtcctaatatagaattgtagtcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacc 10866628  T
Q  563 gcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctctt 662  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| |    
T  10866627 gcttggttcctaatatttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcct 10866528  T
Q  663 cgtcttccatggacataactttctggtcagatattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcct 739  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  10866527 cgtcttccatggacataactttttggtcggagattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactcct 10866451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 169 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 39676585 - 39676070
Alignment:
Q  169 ttcaaagtttaaaattacttacttgttgaaagtgtgagatagggcatcaaaattttgtggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcg 268  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||| || ||||| | || |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39676585 ttcaaaattcaaaaatacttacttgttgaatgtatgagagatggaatcaaaatttagaggatcttccaaaaagaatttcaactgagaagctcttttagcg 39676486  T
Q  269 gagttgaatcttatgacgggggctctcgtcattccatcacggaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtac 368  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39676485 gagttgaatcttacgacaggagctctggtcattccatcacgaaggacaactgccgaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtac 39676386  T
Q  369 ttgcaaccaaacaaccttcggtggttgccatcggcaccgtgtactctttgccgtcaagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcacaaaccc 468  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  39676385 ttgcaactaaacaaccttcagtggttgccattggcacggtgtattctttaccatcgagcaacaaaggaccggcaacacccaccggaatctgaacaaaccc 39676286  T
Q  469 tatcggcatctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttgg 568  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  39676285 tattggcatctcgcaacattgtcctaatatagaatcataatcaaaaccttccattggtaaaccttcaagtgaccttccagtaactctctccacagcttgg 39676186  T
Q  569 ttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtctt 668  Q
    |||||||||   || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||    
T  39676185 ttcctaatcacagcagcacgtcggcaatctccaagcttcgattcaagcgagtaagatggaattgatccagacaccactgcaccaacaacctcctcatctt 39676086  T
Q  669 ccatggacataacttt 684  Q
    ||||||||| ||||||    
T  39676085 ccatggacaaaacttt 39676070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 187 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 10046623 - 10046135
Alignment:
Q  187 ttacttgttgaaagtgtgagatagggcatcaaaattttgtggatcttctaaaaagaatttcaactgagaagctcttttggcggagttgaatcttatgacg 286  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  10046623 ttacttgttgaaagtgtgagagagggaatcaaaattttgaggatcttctaaaaaaaactttaactgagaagctcttttagcggagttgaatcttacgacg 10046524  T
Q  287 ggggctctcgtcattccatcacggaggacaactgcggaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaaccaaacaacctt 386  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10046523 ggggctctggtcatgccatcacggaggacaaccgcggaagcaccaccggaaacataaatagctttacaacctctattagtacttgcaaccaaacaacctt 10046424  T
Q  387 cggtggttgccatcggcaccgtgtactctttgccgtcaagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcacaaaccctatcggcatctcgcaaca 486  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  10046423 ccgtcgttgccatcggcaccgtgtactctttcccatcaagcaacaaaggtccggcaactcccaccggaatctgaacaaatcctatcggcatctcacaaca 10046324  T
Q  487 ctgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgca 586  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||| |||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||   || |||    
T  10046323 ctgtcctaatatcgaatcataatcaaaaccttccattggtaaacccgagagtgactttccggtaactctctccaccgcttggttacgtatcgccgccgca 10046224  T
Q  587 cgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatgga 675  Q
    ||   |||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  || | ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  10046223 cgtttgcaatctccgagttttgattcaagcgagtatgacggaattgtaccggttaccaccgcacggacaacctcgtcatcttccatgga 10046135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Original strand, 10887170 - 10887267
Alignment:
Q  9 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctggtgtataaattctttccagccattgtagctttaatactctgcagtcttgcaaatctacttgacctaaata 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10887170 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgccatagtagctttaatactctgtaatcttgcaaatctacttgacctaaata 10887267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 10867199 - 10867102
Alignment:
Q  9 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctggtgtataaattctttccagccattgtagctttaatactctgcagtcttgcaaatctacttgacctaaata 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10867199 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctagtgtacaaattctttcctgccatagtagctttaatactctgtaatcttgcaaatctacttgacctaaata 10867102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 39676742 - 39676645
Alignment:
Q  9 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctggtgtataaattctttccagccattgtagctttaatactctgcagtcttgcaaatctacttgacctaaata 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  39676742 tgcatcaccggttgaacaagtgaatctagtgtataaattctttcctgctatagtagctttaatattttgtaatcttgcaaatctacttgacctaaata 39676645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 10046844 - 10046747
Alignment:
Q  9 tgcatcacccgttgaacaagtgaatctggtgtataaattctttccagccattgtagctttaatactctgcagtcttgcaaatctacttgacctaaata 106  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  10046844 tgcatcaccggttgaacatgtaaatctaatgtataaattctttcctgccattgttgctttaatattctgtaatctcgcaaatctacttgacctgaata 10046747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 37948325 - 37948263
Alignment:
Q  325 agcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaaccaaacaaccttc 387  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  37948325 agcaccaccagaaacatatatagctttacaccctctattagtactagcaaccaaacacccttc 37948263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 323 - 534
Target Start/End: Original strand, 30709477 - 30709688
Alignment:
Q  323 gaagcaccaccagaaacataaatagctttacaacctctgttggtacttgcaaccaaacaaccttcggtggttgccatcggcaccgtgtactctttgccgt 422  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||    || |    
T  30709477 gaagctccaccagaaacatgaatagctttacaccctctattagtacttgcaacaagacacccttcagtggtagccatgggcacagtgtactcaactccat 30709576  T
Q  423 caagcaacaaaggaccggcaacacccacggggatctgcacaaaccctatcggcatctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccat 522  Q
    | | |||||  ||||| |||||||| || || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||     
T  30709577 ctaacaacagtggacccgcaacaccaaccggaatttgaacaaaccctatcggcatctcacaacactgtcccaatatcgaatcgtaatcaaaaccttccaa 30709676  T
Q  523 cggtagaccttc 534  Q
    ||||| ||||||    
T  30709677 cggtaaaccttc 30709688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University