View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1375_high_4 (Length: 476)

Name: NF1375_high_4
Description: NF1375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1375_high_4
NF1375_high_4
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (10-447)||(20015873-20016310)
chr3 (17-439)||(19956101-19956523)
chr3 (17-439)||(20036282-20036704)
chr3 (17-438)||(19838411-19838832)
chr3 (70-436)||(19812300-19812669)
chr3 (10-439)||(19849007-19849442)
chr3 (23-440)||(19951140-19951554)
chr3 (10-438)||(26647022-26647447)
chr3 (10-438)||(20046141-20046566)
chr3 (24-436)||(19818577-19818992)
chr3 (10-434)||(26653174-26653594)
chr3 (233-438)||(24839869-24840074)
chr3 (81-439)||(30914660-30915018)
chr3 (233-436)||(19853532-19853735)
chr3 (74-439)||(19989539-19989904)
chr3 (10-259)||(17114910-17115159)
chr3 (236-438)||(19858090-19858292)
chr3 (232-438)||(19943738-19943940)
chr3 (16-182)||(19858343-19858509)
chr3 (30-202)||(19832123-19832295)
chr3 (23-183)||(19943987-19944147)
chr3 (222-390)||(19971677-19971845)
chr3 (27-183)||(24839666-24839822)
chr3 (70-183)||(19853764-19853877)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-435)||(9815058-9815480)
chr5 (30-438)||(26354619-26355027)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-439)||(1717231-1717657)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (233-438)||(22689550-22689755)
chr8 (226-357)||(22651781-22651912)
chr8 (297-436)||(22685642-22685778)
chr8 (47-183)||(22689385-22689521)
chr8 (10-183)||(11544343-11544516)
chr8 (237-436)||(11564033-11564232)
chr8 (363-438)||(22652113-22652188)
chr8 (221-267)||(22685591-22685637)
chr8 (126-183)||(11563916-11563973)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (28-438)||(6397429-6397838)
chr4 (107-437)||(6398280-6398610)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (45-424)||(12497241-12497616)
chr7 (45-424)||(12521106-12521481)
chr7 (213-424)||(12581424-12581632)
chr7 (28-424)||(12579781-12580167)
chr7 (28-323)||(12495685-12495972)
chr7 (28-424)||(12519486-12519878)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 447
Target Start/End: Original strand, 20015873 - 20016310
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20015873 aagaaaatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 20015972  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20015973 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 20016072  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20016073 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 20016172  T
Q  310 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20016173 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 20016272  T
Q  410 gcttcatgttcaatttcactacctttatcagcgaacat 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20016273 gcttcatgttcaatttcactacctttatcagcgaacat 20016310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 19956523 - 19956101
Alignment:
Q  17 tcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaaca 116  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||| | |||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||    ||| || | |||||    
T  19956523 tcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaactatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggttcctatggttcaacaaca 19956424  T
Q  117 tgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacc 216  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  19956423 tgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctgaaggatatctatcaccacc 19956324  T
Q  217 cacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgt 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||  || ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19956323 cacaggatattttgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcct 19956224  T
Q  317 ctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcat 416  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  19956223 ctagcaagatgaacaacaataggaaacaaataacttttcacggaagaatatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaaagcttcat 19956124  T
Q  417 gttcaatttcactacctttatca 439  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19956123 gttcaatttcactacctttatca 19956101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 439
Target Start/End: Original strand, 20036282 - 20036704
Alignment:
Q  17 tcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaaca 116  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||  |||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || | |||||    
T  20036282 tcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaatcatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtccccatggttcaacaaca 20036381  T
Q  117 tgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacc 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||   |||||||||||    
T  20036382 tgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaaggaagtctatcaccacc 20036481  T
Q  217 cacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgt 316  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||| |    
T  20036482 aacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcct 20036581  T
Q  317 ctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcat 416  Q
    ||||||||||  | |||||| ||||||||| ||||||||||  || ||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20036582 ctagcaagatatacagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcat 20036681  T
Q  417 gttcaatttcactacctttatca 439  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  20036682 gttcaatttcactacctttatca 20036704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 17 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 19838832 - 19838411
Alignment:
Q  17 tcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaaca 116  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||| | ||| |||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  | || || | |||||    
T  19838832 tcatccatagccgagtctaaagccatcctaatattgtcaattatcaaggccttaactttatgccacctaaacaaaaaagggtccccctggttcaacaaca 19838733  T
Q  117 tgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacc 216  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||    
T  19838732 ttggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatgtatcacaacc 19838633  T
Q  217 cacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgt 316  Q
     ||| ||| |||||||||||||||  || ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19838632 aacaggatgttttgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatcattatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcct 19838533  T
Q  317 ctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcat 416  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||||| | ||||||||| |||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  19838532 ctagcaagatgaacaacaattggaaacaaaaagcttttcacgcaagagtgttgattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagctagaaaagcttcat 19838433  T
Q  417 gttcaatttcactacctttatc 438  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  19838432 gttcaatttcgctacctttatc 19838411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 70 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19812669 - 19812300
Alignment:
Q  70 aaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgg------gttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttga 163  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |      |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19812669 aaccttatgccacctaaacaaaaaagggtcgccatggttgatcaacatagtttgttgttgtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttga 19812570  T
Q  164 accaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaactta 263  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||  || || ||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19812569 accaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaacaggatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaactta 19812470  T
Q  264 aatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaaga 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||| |||||||||||| |  |||||||  ||      
T  19812469 aatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggataccctctagcaagaagaatagcgatcggaaacaaagactttttcaccaaa-- 19812372  T
Q  364 gtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 436  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19812371 -tatttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 19812300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 10 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 19849442 - 19849007
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| |||    
T  19849442 aagaaaatcatccatagccgagtctaatgccaacctaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgccatctaaacaataaaggatccccatggttg 19849343  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgt------aaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggat 203  Q
     ||||||||| |||||| |||      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  || || |||     
T  19849342 gtcaacatggtttgtggctgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatttaagagtaatctccaagggaa 19849243  T
Q  204 acctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagc 303  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  19849242 atctatcaccaccaacatgacattttgacaaatcagtgattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagc 19849143  T
Q  304 aataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagca 403  Q
    |||| |||||| |||||||||||  | |||||| ||||||||| ||||||||||  || ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  19849142 aatacgatttcctctagcaagatatacagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagca 19849043  T
Q  404 agaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19849042 agaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 19849007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 23 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 19951554 - 19951140
Alignment:
Q  23 atagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggtt 122  Q
    ||||||| ||||||||| | | |||||| ||  ||| |||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||  ||||||||    
T  19951554 atagctgcgtctaatgctaacctaacatcgtggattctcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcggcatgggtt 19951455  T
Q  123 gtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatg 222  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19951454 gtggttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggatatctatcaccacccacatg 19951355  T
Q  223 atattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19951354 atattttgacaaatcaacaattgcttttttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggagccaaagcaataggatttcctctagca 19951255  T
Q  323 agatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaa 422  Q
    |||||||||||||| || | | || ||||  ||||     | |  |||| ||| |||||||||| ||||| ||||||| |||| || |||||||||||||    
T  19951254 agatgaatagcaataggtagcgaataactcctcac---caatttattattaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtaacaaggaaggcttcatgttcaa 19951158  T
Q  423 tttcactacctttatcag 440  Q
    ||||||||||||||||||    
T  19951157 tttcactacctttatcag 19951140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 26647447 - 26647022
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||||| ||| || |||| ||||  | ||||| |||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||    
T  26647447 aagaaaatcatcaacagccgaatctagtgcccacttaacactgtcaattttcaagatcttaaccttatgccacctaaacaacaaagggtctccttggttg 26647348  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  26647347 atcaaattgggttgtggttgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaaggatatctat 26647248  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 309  Q
    |||||||  ||  |  ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| ||    
T  26647247 caccaccatcagaaatttttttcaaatcaacaagtgttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaacagccggtgccaaagcaattgg 26647148  T
Q  310 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 409  Q
    ||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||   | |  |||||| |||||| ||| ||||| |||||||| ||| |||    
T  26647147 attccctctagcaagatgaacagcaataggaaacaaacaacttttcaccaaa---tttagatgaggaaaaacataaactgacaaccaagtagaaaggaat 26647051  T
Q  410 gcttcatgttcaatttcactacctttatc 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26647050 gcttcatgttcaatttcactacctttatc 26647022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 20046566 - 20046141
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||| | || |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||    
T  20046566 aagaaaatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcgtgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcgctgggattg 20046467  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||| | |||| | ||||    
T  20046466 atcaacatgggttgtggtggtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 20046367  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 309  Q
    ||||||| ||  |||||||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  20046366 caccaccaaccggatattttaacagatcaataattgtgttcttaaataaacttaaatccttatatatgctacccaaaacagcaggtgccaaagcaattgg 20046267  T
Q  310 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 409  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||   |   | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||     
T  20046266 atttcctctagcaagattaatagcaatagaaaacaaacaatttttcaccata---tttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaag 20046170  T
Q  410 gcttcatgttcaatttcactacctttatc 438  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20046169 gcttcgtgttcaatttcactacctttatc 20046141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 24 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19818992 - 19818577
Alignment:
Q  24 tagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttg 123  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||| |||    
T  19818992 tagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaatttccaaggcctgaacatcatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcaacatggtttg 19818893  T
Q  124 tgg------ttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccaccc 217  Q
    |||      ||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||     
T  19818892 tggcagtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggaaatctatcaccacca 19818793  T
Q  218 acatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtc 317  Q
    |||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  19818792 acagaatattttgacaaatcaactatttttttcttaaacaaacttaaatctttataaatgttagccaaaacagccggtgccaaagcaataggattccctc 19818693  T
Q  318 tagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatg 417  Q
    ||||||||| || |||||  ||||||| | || |||||||  ||   |  |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  19818692 tagcaagattaacagcaacaggaaacagataatttttcaccaaa---ttcttatgaggaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaagaaaagcttcatg 19818596  T
Q  418 ttcaatttcactaccttta 436  Q
    |||||||||  ||||||||    
T  19818595 ttcaatttcggtaccttta 19818577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 10 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 26653594 - 26653174
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||| |||| | |  || | ||||||||||||||| |||||| || ||||||||  ||||    
T  26653594 aagaaaatcatcaattgctgagtctaatgccaacctcacattgtaaattataagggcat-aaccttatgccacctcaacaatgaatggtcttcactattg 26653496  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||  ||||||| |||||| | ||||    
T  26653495 atcaacttgggttgtggttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagattaacttccaaaggaaatctat 26653396  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 309  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  26653395 caccaccaacataatattttgacaaaccaacaattgttttcttaaacaaagtcaagtccttatatatactagctaaaacagctggtgccaaagcaatagg 26653296  T
Q  310 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 409  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||     | | | ||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| |||    
T  26653295 atttcctctagcaagatgaacagcaatagaaaacaaagaacttttcac---taattctatatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagctgcaaggaat 26653199  T
Q  410 gcttcatgttcaatttcactacctt 434  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  26653198 gcatcatgttcaatttcactacctt 26653174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 233 - 438
Target Start/End: Original strand, 24839869 - 24840074
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatag 332  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||    
T  24839869 aaatcaacaattgtgttcttaaacaaccttaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 24839968  T
Q  333 caatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 432  Q
    |||  ||||||||| ||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  24839969 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 24840068  T
Q  433 tttatc 438  Q
    ||||||    
T  24840069 tttatc 24840074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 81 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 30915018 - 30914660
Alignment:
Q  81 acctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtga 180  Q
    ||||||||||| |||||||| | || ||||| ||||| |  || ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | || ||||||    
T  30915018 acctaaacaatgaagggtctccctggttgataaacatagtatgcggttgcaaattttttaacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtga 30914919  T
Q  181 ttgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgcta 280  Q
     ||||| ||||| || | |||| | ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30914918 gtgaagagtaacctccataggacatctatcaccaccaacttgatattttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaacttaaatctttgtatatgcta 30914819  T
Q  281 gccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaata---gcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgaggga 377  Q
    |||||      |||||| || |||| |   || | ||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||||||  ||   | ||| |||||||    
T  30914818 gccaatttttttggtgctaatgcaacaatgttccctctagcaagatgaataggcgcaataggaaacaaaaaacttttcaccaaa---tctttgtgaggga 30914722  T
Q  378 aaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30914721 aaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaatgcttcatgttcaatttcactaactttatca 30914660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 233 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19853735 - 19853532
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatag 332  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||    
T  19853735 aaatcaacaatttttttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattacctctagcaagacgaatag 19853636  T
Q  333 caatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 432  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||   | ||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19853635 caataggaaacaaagatcttttcacaataaagtatctatgaggaaaaacaaaaatagacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 19853536  T
Q  433 ttta 436  Q
    ||||    
T  19853535 ttta 19853532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 74 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 19989904 - 19989539
Alignment:
Q  74 ttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaa 173  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  19989904 ttatgccacctaaacaaaaaagggtcttcatagttgatcagcatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaa 19989805  T
Q  174 tgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttata 273  Q
     ||||||||||||  || | || |  |||   ||||||||||| ||| ||  ||||||||||| ||| | | | |||||||  |||| |||||| |||||    
T  19989804 agggtgattgaagaatagcctccatgggaagtctatcaccaccaacaggaagttttgacaaattaactaatatgttcttaagtaaacctaaatccttata 19989705  T
Q  274 tatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcac-ggaagagtatttatg 372  Q
     |  |||||||| || || ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| ||| |||| |||||   | || | |||||     
T  19989704 caaactagccaaaactgcaggtgctaatgcaataggatttcctctagcaagatgaatagcaacacgaaagaaagaactattcacaacacgact-tttata 19989606  T
Q  373 agggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    |||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  19989605 aggatgaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaagttcattacctttatca 19989539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 17115159 - 17114910
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||| | |||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  17115159 aagaaaatcatcgacagctaagtctaatgctagcttaacattgtcaattttcacggcctgaaccctatgccacctaaacaataaagggtctccatggttg 17115060  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||   | || | | ||||||||||||| | ||||    
T  17115059 atcaacatggattgtggttgtaaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaagggcattcgacgagcaacttctaaaggaaatctat 17114960  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaa 259  Q
    |||||   ||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17114959 caccataaacaggattttttgacaaatcaataatagttttcttaaacaaa 17114910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 236 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 19858292 - 19858090
Alignment:
Q  236 tcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaa 335  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  19858292 tcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcgatagtatttcctctagcaagaccaatagcaa 19858193  T
Q  336 tcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttt 435  Q
    | ||||||||| | ||||||||   | ||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19858192 taggaaacaaagatcttttcacattaaagtatctattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttt 19858093  T
Q  436 atc 438  Q
    |||    
T  19858092 atc 19858090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 232 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 19943940 - 19943738
Alignment:
Q  232 caaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaata 331  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | | |||||||||||||| |    
T  19943940 caaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagccataggaatccctctagcaagatgaaca 19943841  T
Q  332 gcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactac 431  Q
    ||||| ||||||| |  |||||||||   |  |||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19943840 gcaataggaaacaga--acttttcaccacattgtatctatgaggaaaaacaaa--ttgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactac 19943745  T
Q  432 ctttatc 438  Q
    |||||||    
T  19943744 ctttatc 19943738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 19858509 - 19858343
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  19858509 atcatcaatagccgagtctaatgccaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgccacctaaacaataaaggttctccatgcttgatcaac 19858410  T
Q  116 atgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgatt 182  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||    
T  19858409 atgggttgtggctctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgatt 19858343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 30 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 19832295 - 19832123
Alignment:
Q  30 agtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttg 129  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||  | |  || | ||||||||||||||| ||    
T  19832295 agtctaatgccatcctaacattgtcaattaccaaggccttaaccttatgccacctaaacaaaaatggttcccctttgttcaacaacatgggttgtggatg 19832196  T
Q  130 taaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaagga 202  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  19832195 taaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaagga 19832123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 19944147 - 19943987
Alignment:
Q  23 atagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggtt 122  Q
    |||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||| ||| |||||||||| | ||||    
T  19944147 atagctgaatctaatgccaaccccacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctccattattgatcaactttggtt 19944048  T
Q  123 gtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||| || ||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  19944047 gtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 19943987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 222 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 19971845 - 19971677
Alignment:
Q  222 gatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagc 321  Q
    ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| | || |||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |    
T  19971845 gatattttttcaaatcaacaatttgtttcttaaacagagttcaatccttatataagctagccaaaacagttggtgccaaagcaatagtattgcctctaac 19971746  T
Q  322 aagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattga 390  Q
     | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||   | ||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  19971745 caaatgaatagcaataggaaacaaagaacttttcactataaagtatctatgagaaaaaacaaaaattga 19971677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 183
Target Start/End: Original strand, 24839666 - 24839822
Alignment:
Q  27 ctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtgg 126  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| | |||||  || ||||  |||| ||||||||||    
T  24839666 ctgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctcgattattgcccaacttgggttgtgg 24839765  T
Q  127 ttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
     || ||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  24839766 ctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 24839822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 19853877 - 19853764
Alignment:
Q  70 aaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaa 169  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||  ||||||||| | |||||||| || ||| || |||| |||||||||||||||  ||| |||||     
T  19853877 aaccttatgccacctcaacaatacatggtctccattgttgatcaacttcggttgtggctgcaaatttatgaatctctcccacacccaagcttgtaccaag 19853778  T
Q  170 taaatgggtgattg 183  Q
    |||| |||||||||    
T  19853777 taaaagggtgattg 19853764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 10 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 9815480 - 9815058
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  9815480 aagaaaatcatccatagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctccgtgattg 9815381  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  9815380 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 9815281  T
Q  210 caccacccacatgat-attttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatag 308  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  9815280 caccaccaaca-gataattttgacaaattaactattgttttcttaaacaaacttaaatcgttataaatactagctaaaacagctggtgccaaagcaatag 9815182  T
Q  309 gatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaa 408  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||  |||   |||||||||  |||||||| ||||||| ||| |||||||  ||    
T  9815181 aatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaccaaag---atttatgagttaaaacaaagattgacaaccacgtagcaatgaa 9815085  T
Q  409 tgcttcatgttcaatttcactaccttt 435  Q
     |||||||| |||||||||||||||||    
T  9815084 cgcttcatgctcaatttcactaccttt 9815058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 30 - 438
Target Start/End: Original strand, 26354619 - 26355027
Alignment:
Q  30 agtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttg 129  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||||||| || || ||| ||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  26354619 agtctaattccagcttaacattgtcaattttcaaggcttgtaccctatgccatctaaacaataaagggtctccacggttgatcaacatgggttgcggttg 26354718  T
Q  130 taaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgat-attt 228  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||    
T  26354719 taattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaaca-gataattt 26354817  T
Q  229 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatga 328  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  26354818 tgacaaatcaacaatggttttcttaaacacgcttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatga 26354917  T
Q  329 atagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcac 428  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||  |   | ||||   ||| |||||||||||||| | ||||| | |||  |||||||||||||||| |||||    
T  26354918 atagcaataggaaacaaagaacttttcaccaacatgcattttctaggaaaaacaaaaattgataaccaagcaacaatgaatgcttcatgttcaacttcac 26355017  T
Q  429 tacctttatc 438  Q
    ||||||||||    
T  26355018 tacctttatc 26355027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 16 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 1717657 - 1717231
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | ||||||  |||||||||||  | | |  | || ||||||||||| | ||||||||| | || ||| ||| |    
T  1717657 atcatcaatagctgagtctaatgtcaacctaacatcttcaattttcaagtctttactcatacgccacctaaaccaaaaagggtctccgtggttggtcatc 1717558  T
Q  116 atgg------gttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
     |||      |||||| ||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||| ||   || | | ||||    
T  1717557 gtggtttttagttgtgattgtaaacttttgaaccttcccaacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagactaacctccttagaaaatctat 1717458  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 309  Q
    | ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  1717457 cgccaccaacaggatattttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaatagg 1717358  T
Q  310 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 409  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |  |||||||  |||    ||||||||| |||||| |||  |||| ||||||||||||||||    
T  1717357 atttcctctagcaagatgaacagcaataggaaacaaagattttttcaccaaag---ctttatgaggaaaaacataaaccgacaaccaagtagcaagaaat 1717261  T
Q  410 gcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1717260 gcttcatgttcaatttcactacctttatca 1717231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 233 - 438
Target Start/End: Original strand, 22689550 - 22689755
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatag 332  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||    
T  22689550 aaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatatatgctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattgcctctagccagatgaatag 22689649  T
Q  333 caatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 432  Q
     ||| | ||||||| ||||||| || ||    | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  22689650 aaatagtaaacaaagaacttttgaccgacatatttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaaattcattacc 22689749  T
Q  433 tttatc 438  Q
     |||||    
T  22689750 attatc 22689755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 226 - 357
Target Start/End: Original strand, 22651781 - 22651912
Alignment:
Q  226 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaaga 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22651781 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatacatgctagccaaaacagctggtgcaaaagcaataggatttcctctagcaaga 22651880  T
Q  326 tgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcac 357  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  22651881 tgaacagcaataggaaacaaacaacttttcac 22651912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 297 - 436
Target Start/End: Original strand, 22685642 - 22685778
Alignment:
Q  297 ccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagcca 396  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||  ||     ||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  22685642 ccaaagcaataggattccctctagcaagatgaatagcaatcggaaacatagaagttttcaccaaaat---tttatgaggaaaaacaaaaagtgacaacca 22685738  T
Q  397 agtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 436  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22685739 agcagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttta 22685778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 183
Target Start/End: Original strand, 22689385 - 22689521
Alignment:
Q  47 acattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctct 146  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||| | || |||| | ||||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  22689385 acattgtcaattttcaaagcattaaccaaatgccacttcaataatacatggtcttcactattgatcaacatgggccgtggttgcaaatttttgaacctct 22689484  T
Q  147 cccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  22689485 cccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 22689521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11544516 - 11544343
Alignment:
Q  10 aagaatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| ||||||  ||||||| |||||||||| | | ||||| ||||||||||| |  | ||||  ||||||||| | || || | ||||| |||  |||    
T  11544516 aagaaaatcatccttagctgaatctaatgccaacctcacattatcaattttcaagggtttaaccaaatgccacctcatcagtacatggtctccattgttg 11544417  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  11544416 atcaacttgggttttggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgattg 11544343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 237 - 436
Target Start/End: Original strand, 11564033 - 11564232
Alignment:
Q  237 caacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaat 336  Q
    |||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||| || |||||  || |  ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  11564033 caacaattgtctccttaaacaaacgcaaatccttatataagcaagccagaaccgacggtgctaaagcaataggttttcctctagcaagatgaacagcaat 11564132  T
Q  337 cggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 436  Q
     ||||||||| ||||||| |   |  ||  ||||||||| ||||||||||| || ||||| | || ||  ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  11564133 aggaaacaaagaacttttgatcaacaagcttttatgaggaaaaacaaaaatggaaagccatgcagaaatgaatgcttcatgttcaattttactagcttta 11564232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 363 - 438
Target Start/End: Original strand, 22652113 - 22652188
Alignment:
Q  363 agtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatc 438  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22652113 agtatctatgagcaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatc 22652188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 221 - 267
Target Start/End: Original strand, 22685591 - 22685637
Alignment:
Q  221 tgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatc 267  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22685591 tgatgttttgacaaatcaacaattgttttcttaaaaaaacttaaatc 22685637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 183
Target Start/End: Original strand, 11563916 - 11563973
Alignment:
Q  126 gttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| | ||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  11563916 gttgcaaatttttgaacctctcccaaagccaaactttaaccaagtaaatgggtgattg 11563973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 438
Target Start/End: Original strand, 6397429 - 6397838
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   ||  | |||||||| |||||||      
T  6397429 tgagtctcatgccaacttaatattgtcaattttaaaggcctgaaccttataccacctaaaaaataaagggtctatgtgggtaatcaacataggttgtgaa 6397528  T
Q  128 tgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatatt 227  Q
     | |||  | ||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||  |||||| |||| |||| ||| | | || |  ||||| |||| ||| ||||||    
T  6397529 cgcaaatgtgtgaacctcttccacgcccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgatagaagagtaaattcaacatgaaatttatcatcaccaacaagatatt 6397628  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatg 327  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||     
T  6397629 tcgacaaatcaataattgttttcttaaataaagataaatccttatatatgatagccaaaacagatggtgccaaagcaattggattttctctagcaagatt 6397728  T
Q  328 aatagcaatcggaaacaaac--aacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaattt 425  Q
    || |  ||| | || |||||  ||||||||||       | |||| |||| ||| || ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  6397729 aacattaatagaaagcaaacaaaacttttcac---catttttttaggaggaaaagcacaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaattt 6397825  T
Q  426 cactacctttatc 438  Q
    |||||||||||||    
T  6397826 cactacctttatc 6397838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 107 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 6398610 - 6398280
Alignment:
Q  107 ttgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacc 206  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||  |||||    || |||| ||| | |||| | |    
T  6398610 ttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgtgaacctctcccacacctaaacttgaaccacgtaaaaaggtgacaacagagtaaattcaacaggaaatc 6398511  T
Q  207 tatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgtttt-cttaaacaaacttaaatctttatatat--gctagccaagacagctggtgccaaagc 303  Q
    ||||| || | |||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| ||| ||||||| ||||||||  |||||| || ||||||||||||||| |    
T  6398510 tatcatcatcaacatgatattttgacatatcaataattttttttcttaaataaagttaaatccttatatatatgctagctaaaacagctggtgccaaacc 6398411  T
Q  304 aataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagca 403  Q
     || ||||||| |||||| |||| || |||||| | ||||||||||||||||||   |  || ||||  ||| |||||||||||| ||| |||| |||||    
T  6398410 gattggatttcctctagcgagattaacagcaatagaaaacaaacaacttttcac--cattgt-tttactaggaaaaacaaaaattaacaaccaattagca 6398314  T
Q  404 agaaatgcttcatgttcaatttcactacctttat 437  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6398313 aggaaggcttcatgttcaatttcactacctttat 6398280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12497616 - 12497241
Alignment:
Q  45 taacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacct 144  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||   || |||||||||||| |||||||||| ||  ||  || |||    
T  12497616 taacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcct 12497517  T
Q  145 ctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaatt 244  Q
    |||||| |||||||  |||||||| ||||  |||||  |||  |||| ||| | || | |  ||| | |||| | | ||| |||||||| ||||| ||||    
T  12497516 ctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattatcaccaataagatgttttgacagatcaataatt 12497418  T
Q  245 gttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaaca 344  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||| | ||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  12497417 gttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaaca 12497318  T
Q  345 aacaacttttcacggaagagtatt-tatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatt 424  Q
    || ||||| ||||     | | || ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  12497317 aataacttatcac----catttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 12497241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12521481 - 12521106
Alignment:
Q  45 taacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacct 144  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||   || |||||||||||| |||||||||| ||  ||  || |||    
T  12521481 taacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcct 12521382  T
Q  145 ctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaatt 244  Q
    |||||| |||||||  |||||||| ||||  |||||  |||  |||| ||| | || | |  ||| | |||| | | ||| |||||||| ||||| ||||    
T  12521381 ctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattatcaccaataagatgttttgacagatcaataatt 12521283  T
Q  245 gttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaaca 344  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||| | ||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  12521282 gttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaaca 12521183  T
Q  345 aacaacttttcacggaagagtatt-tatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatt 424  Q
    || ||||| ||||     | | || ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  12521182 aataacttatcac----catttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 12521106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 213 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12581632 - 12581424
Alignment:
Q  213 cacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatt 312  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||| | | | ||||| |||  ||||    
T  12581632 caccaacaagatattttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacagtttgcggcaaagtaattcgatt 12581533  T
Q  313 tcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatt-tatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgc 411  Q
    || ||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||     | | || || |||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  12581532 tcttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttttcac----catttttctacgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaaggc 12581437  T
Q  412 ttcatgttcaatt 424  Q
    |||||||||||||    
T  12581436 ttcatgttcaatt 12581424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 424
Target Start/End: Original strand, 12579781 - 12580167
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    | |||||||| ||||| ||||||    
T  12579781 tgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgcggttgatcaatatggg-tgtggt 12579879  T
Q  128 tgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatatt 227  Q
    ||  |  || ||||||||||||  | ||||| || | |||| ||||  |||||| |||| |||| ||  | ||||||  ||||| |||| ||| ||||||    
T  12579880 tgatagtttgtgaacctctcccgtatccaaacttaagccaagtaaaaaggtgatggaagagtaaattaaacaggatatatatcatcaccaacaagatatt 12579979  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatg 327  Q
    |||||| ||      || |||||||||| ||  ||||||| |||| |||||||||||| |||  ||   |||||| ||| ||||||| |||||||||||     
T  12579980 ttgacagat-----ttttttttcttaaataatgttaaatccttatttatgctagccaaaacaattgccaccaaagaaattggatttcttctagcaagatt 12580074  T
Q  328 aatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatt 424  Q
    || | |||  | ||||||||||||| ||||     | | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||| || || ||||||||||||    
T  12580075 aacaccaacagaaaacaaacaacttgtcac----cattttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtaaaaaggaaggcctcatgttcaatt 12580167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 323
Target Start/End: Original strand, 12495685 - 12495972
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    |||||||||||| | |  |||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||   || ||||| |||||||| ||||||    
T  12495685 tgagtctaatgcaaactgaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgtggttgatgaacatggg-tgtggt 12495783  T
Q  128 tgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatatt 227  Q
    ||  |  || ||||||||||||  | ||||| || | |||||||||  ||||||  ||| |||| ||  | ||||||  ||||| |||| ||| ||||||    
T  12495784 tgatagtttgtgaacctctcccgtatccaaacttaagccaaataaaaaggtgatataagagtaaattaaataggatatatatcatcaccaacaagatatt 12495883  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaa 323  Q
    ||||||        ||| |||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12495884 ttgaca-------gatttttttattaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacaactgccaccaaagcaattggatttcttctagcaa 12495972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 28 - 424
Target Start/End: Original strand, 12519486 - 12519878
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtct---------tcatgattgatcaacatg 118  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||          ||||  |||||||||||    
T  12519486 tgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagagtctatatcattaccatgggtgatcaacatg 12519585  T
Q  119 ggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccaccca 218  Q
    || |||||||| | | |||  ||||||||||  | ||||| || | |||||||||  |||||| |||| |||| ||  | || |||  |||||  ||| |    
T  12519586 gg-tgtggttg-atagtttgtaacctctcccgtatccaaacttaacccaaataaaaaggtgatagaagagtaaattaaacagaatatatatcattaccta 12519683  T
Q  219 catgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtct 318  Q
    || ||||||||||||        ||| |||||||||| ||| |||| || |||| |||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||||| |||    
T  12519684 caagatattttgaca-------gatttttttcttaaataaagttaagtccttatttatgctagccaaaacaactgccaccaaagcaattggatttcttct 12519776  T
Q  319 agcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgt 418  Q
    |||||||| || | |||  | |||||||||| || ||||     | | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||   ||| || |||||||||    
T  12519777 agcaagattaacaccaacagaaaacaaacaatttgtcac----cattttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagttaaaaggaaggcttcatgt 12519872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University