View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1375_high_5 (Length: 476)

Name: NF1375_high_5
Description: NF1375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1375_high_5
NF1375_high_5
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (16-447)||(20015879-20016310)
chr3 (17-439)||(19956101-19956523)
chr3 (17-439)||(20036282-20036704)
chr3 (17-438)||(19838411-19838832)
chr3 (70-436)||(19812300-19812669)
chr3 (16-439)||(19849007-19849436)
chr3 (10-440)||(19951140-19951567)
chr3 (16-438)||(26647022-26647441)
chr3 (24-436)||(19818577-19818992)
chr3 (28-438)||(20046141-20046548)
chr3 (16-434)||(26653174-26653588)
chr3 (233-438)||(24839869-24840074)
chr3 (81-439)||(30914660-30915018)
chr3 (233-436)||(19853532-19853735)
chr3 (74-439)||(19989539-19989904)
chr3 (16-259)||(17114910-17115153)
chr3 (236-438)||(19858090-19858292)
chr3 (10-182)||(19858343-19858515)
chr3 (232-438)||(19943738-19943940)
chr3 (30-202)||(19832123-19832295)
chr3 (10-183)||(19943987-19944160)
chr3 (222-390)||(19971677-19971845)
chr3 (10-183)||(24839649-24839822)
chr3 (70-183)||(19853764-19853877)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-435)||(9815058-9815474)
chr5 (30-438)||(26354619-26355027)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-439)||(1717231-1717663)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (233-438)||(22689550-22689755)
chr8 (226-357)||(22651781-22651912)
chr8 (297-436)||(22685642-22685778)
chr8 (47-183)||(22689385-22689521)
chr8 (24-183)||(11544343-11544502)
chr8 (237-436)||(11564033-11564232)
chr8 (363-438)||(22652113-22652188)
chr8 (221-267)||(22685591-22685637)
chr8 (126-183)||(11563916-11563973)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (28-438)||(6397429-6397838)
chr4 (107-437)||(6398280-6398610)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (45-424)||(12497241-12497616)
chr7 (45-424)||(12521106-12521481)
chr7 (213-424)||(12581424-12581632)
chr7 (28-424)||(12579781-12580167)
chr7 (28-323)||(12495685-12495972)
chr7 (28-424)||(12519486-12519878)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 20015879 - 20016310
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20015879 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 20015978  T
Q  116 atgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20015979 atgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccac 20016078  T
Q  216 ccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20016079 ccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcg 20016178  T
Q  316 tctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20016179 tctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttca 20016278  T
Q  416 tgttcaatttcactacctttatcagcgaacat 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20016279 tgttcaatttcactacctttatcagcgaacat 20016310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 19956523 - 19956101
Alignment:
Q  17 tcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaaca 116  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||| | |||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||    ||| || | |||||    
T  19956523 tcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaactatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggttcctatggttcaacaaca 19956424  T
Q  117 tgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacc 216  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  19956423 tgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctgaaggatatctatcaccacc 19956324  T
Q  217 cacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgt 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||  || ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19956323 cacaggatattttgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcct 19956224  T
Q  317 ctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcat 416  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  19956223 ctagcaagatgaacaacaataggaaacaaataacttttcacggaagaatatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaaagcttcat 19956124  T
Q  417 gttcaatttcactacctttatca 439  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19956123 gttcaatttcactacctttatca 19956101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 439
Target Start/End: Original strand, 20036282 - 20036704
Alignment:
Q  17 tcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaaca 116  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||  |||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || | |||||    
T  20036282 tcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaatcatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtccccatggttcaacaaca 20036381  T
Q  117 tgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacc 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||   |||||||||||    
T  20036382 tgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaaggaagtctatcaccacc 20036481  T
Q  217 cacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgt 316  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||| |    
T  20036482 aacatgacattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcct 20036581  T
Q  317 ctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcat 416  Q
    ||||||||||  | |||||| ||||||||| ||||||||||  || ||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20036582 ctagcaagatatacagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcat 20036681  T
Q  417 gttcaatttcactacctttatca 439  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  20036682 gttcaatttcactacctttatca 20036704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 17 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 19838832 - 19838411
Alignment:
Q  17 tcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaaca 116  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||| | ||| |||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  | || || | |||||    
T  19838832 tcatccatagccgagtctaaagccatcctaatattgtcaattatcaaggccttaactttatgccacctaaacaaaaaagggtccccctggttcaacaaca 19838733  T
Q  117 tgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacc 216  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||    
T  19838732 ttggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatgtatcacaacc 19838633  T
Q  217 cacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgt 316  Q
     ||| ||| |||||||||||||||  || ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19838632 aacaggatgttttgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatcattatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcct 19838533  T
Q  317 ctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcat 416  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||||| | ||||||||| |||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  19838532 ctagcaagatgaacaacaattggaaacaaaaagcttttcacgcaagagtgttgattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagctagaaaagcttcat 19838433  T
Q  417 gttcaatttcactacctttatc 438  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  19838432 gttcaatttcgctacctttatc 19838411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 70 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19812669 - 19812300
Alignment:
Q  70 aaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgg------gttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttga 163  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| |      |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19812669 aaccttatgccacctaaacaaaaaagggtcgccatggttgatcaacatagtttgttgttgtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttga 19812570  T
Q  164 accaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaactta 263  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||  || || ||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19812569 accaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaacaggatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaactta 19812470  T
Q  264 aatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaaga 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||| |||||||||||| |  |||||||  ||      
T  19812469 aatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggataccctctagcaagaagaatagcgatcggaaacaaagactttttcaccaaa-- 19812372  T
Q  364 gtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 436  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19812371 -tatttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 19812300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 16 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 19849436 - 19849007
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||| |||||    
T  19849436 atcatccatagccgagtctaatgccaacctaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgccatctaaacaataaaggatccccatggttggtcaac 19849337  T
Q  116 atgggttgtggttgt------aaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    |||| |||||| |||      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  || || ||| | ||||    
T  19849336 atggtttgtggctgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatttaagagtaatctccaagggaaatctat 19849237  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 309  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||| |    
T  19849236 caccaccaacatgacattttgacaaatcagtgattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacg 19849137  T
Q  310 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 409  Q
    ||||| |||||||||||  | |||||| ||||||||| ||||||||||  || ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  19849136 atttcctctagcaagatatacagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaat 19849037  T
Q  410 gcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19849036 gcttcatgttcaatttcactacctttatca 19849007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 10 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 19951567 - 19951140
Alignment:
Q  10 aataatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||| | ||||||| ||||||||| | | |||||| ||  ||| |||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||     
T  19951567 aataaaatcacccatagctgcgtctaatgctaacctaacatcgtggattctcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggttt 19951468  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 209  Q
    |||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  19951467 atcggcatgggttgtggttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggatatctat 19951368  T
Q  210 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatagg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  19951367 caccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgcttttttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggagccaaagcaatagg 19951268  T
Q  310 atttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaat 409  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || | | || ||||  ||||     | |  |||| ||| |||||||||| ||||| ||||||| |||| ||     
T  19951267 atttcctctagcaagatgaatagcaataggtagcgaataactcctcac---caatttattattaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtaacaaggaag 19951171  T
Q  410 gcttcatgttcaatttcactacctttatcag 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19951170 gcttcatgttcaatttcactacctttatcag 19951140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 26647441 - 26647022
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    |||||||| ||| || |||| ||||  | ||||| |||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||     
T  26647441 atcatcaacagccgaatctagtgcccacttaacactgtcaattttcaagatcttaaccttatgccacctaaacaacaaagggtctccttggttgatcaaa 26647342  T
Q  116 atgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccac 215  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  26647341 ttgggttgtggttgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaaggatatctatcaccac 26647242  T
Q  216 ccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcg 315  Q
    |  ||  |  ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |     
T  26647241 catcagaaatttttttcaaatcaacaagtgttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaacagccggtgccaaagcaattggattccc 26647142  T
Q  316 tctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttca 415  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||   | |  |||||| |||||| ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  26647141 tctagcaagatgaacagcaataggaaacaaacaacttttcaccaaa---tttagatgaggaaaaacataaactgacaaccaagtagaaaggaatgcttca 26647045  T
Q  416 tgttcaatttcactacctttatc 438  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26647044 tgttcaatttcactacctttatc 26647022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 24 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19818992 - 19818577
Alignment:
Q  24 tagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttg 123  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||| |||    
T  19818992 tagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaatttccaaggcctgaacatcatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcaacatggtttg 19818893  T
Q  124 tgg------ttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccaccc 217  Q
    |||      ||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||     
T  19818892 tggcagtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggaaatctatcaccacca 19818793  T
Q  218 acatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtc 317  Q
    |||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  19818792 acagaatattttgacaaatcaactatttttttcttaaacaaacttaaatctttataaatgttagccaaaacagccggtgccaaagcaataggattccctc 19818693  T
Q  318 tagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatg 417  Q
    ||||||||| || |||||  ||||||| | || |||||||  ||   |  |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  19818692 tagcaagattaacagcaacaggaaacagataatttttcaccaaa---ttcttatgaggaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaagaaaagcttcatg 19818596  T
Q  418 ttcaatttcactaccttta 436  Q
    |||||||||  ||||||||    
T  19818595 ttcaatttcggtaccttta 19818577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 28 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 20046548 - 20046141
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||    
T  20046548 tgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcgtgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcgctgggattgatcaacatgggttgtggt 20046449  T
Q  128 tgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatatt 227  Q
     ||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||| | |||| | ||||||||||| ||  ||||||    
T  20046448 ggtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaaccggatatt 20046349  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatg 327  Q
    || ||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||     
T  20046348 ttaacagatcaataattgtgttcttaaataaacttaaatccttatatatgctacccaaaacagcaggtgccaaagcaattggatttcctctagcaagatt 20046249  T
Q  328 aatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttca 427  Q
    ||||||||| | |||||||||| |||||||   |   | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||    
T  20046248 aatagcaatagaaaacaaacaatttttcaccata---tttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaaggcttcgtgttcaatttca 20046152  T
Q  428 ctacctttatc 438  Q
    |||||||||||    
T  20046151 ctacctttatc 20046141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 26653588 - 26653174
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||| |||| | |  || | ||||||||||||||| |||||| || ||||||||  ||||||||||    
T  26653588 atcatcaattgctgagtctaatgccaacctcacattgtaaattataagggcat-aaccttatgccacctcaacaatgaatggtcttcactattgatcaac 26653490  T
Q  116 atgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccac 215  Q
     ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||  ||||||| |||||| | ||||||||||    
T  26653489 ttgggttgtggttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagattaacttccaaaggaaatctatcaccac 26653390  T
Q  216 ccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcg 315  Q
    | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||     
T  26653389 caacataatattttgacaaaccaacaattgttttcttaaacaaagtcaagtccttatatatactagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcc 26653290  T
Q  316 tctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttca 415  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||     | | | ||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| ||||| |||    
T  26653289 tctagcaagatgaacagcaatagaaaacaaagaacttttcac---taattctatatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagctgcaaggaatgcatca 26653193  T
Q  416 tgttcaatttcactacctt 434  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26653192 tgttcaatttcactacctt 26653174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 233 - 438
Target Start/End: Original strand, 24839869 - 24840074
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatag 332  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||    
T  24839869 aaatcaacaattgtgttcttaaacaaccttaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 24839968  T
Q  333 caatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 432  Q
    |||  ||||||||| ||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  24839969 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 24840068  T
Q  433 tttatc 438  Q
    ||||||    
T  24840069 tttatc 24840074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 81 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 30915018 - 30914660
Alignment:
Q  81 acctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtga 180  Q
    ||||||||||| |||||||| | || ||||| ||||| |  || ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | || ||||||    
T  30915018 acctaaacaatgaagggtctccctggttgataaacatagtatgcggttgcaaattttttaacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtga 30914919  T
Q  181 ttgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgcta 280  Q
     ||||| ||||| || | |||| | ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30914918 gtgaagagtaacctccataggacatctatcaccaccaacttgatattttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaacttaaatctttgtatatgcta 30914819  T
Q  281 gccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaata---gcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgaggga 377  Q
    |||||      |||||| || |||| |   || | ||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||||||  ||   | ||| |||||||    
T  30914818 gccaatttttttggtgctaatgcaacaatgttccctctagcaagatgaataggcgcaataggaaacaaaaaacttttcaccaaa---tctttgtgaggga 30914722  T
Q  378 aaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30914721 aaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaatgcttcatgttcaatttcactaactttatca 30914660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 233 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19853735 - 19853532
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatag 332  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||    
T  19853735 aaatcaacaatttttttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattacctctagcaagacgaatag 19853636  T
Q  333 caatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 432  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||   | ||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19853635 caataggaaacaaagatcttttcacaataaagtatctatgaggaaaaacaaaaatagacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 19853536  T
Q  433 ttta 436  Q
    ||||    
T  19853535 ttta 19853532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 74 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 19989904 - 19989539
Alignment:
Q  74 ttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaa 173  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  19989904 ttatgccacctaaacaaaaaagggtcttcatagttgatcagcatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaa 19989805  T
Q  174 tgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttata 273  Q
     ||||||||||||  || | || |  |||   ||||||||||| ||| ||  ||||||||||| ||| | | | |||||||  |||| |||||| |||||    
T  19989804 agggtgattgaagaatagcctccatgggaagtctatcaccaccaacaggaagttttgacaaattaactaatatgttcttaagtaaacctaaatccttata 19989705  T
Q  274 tatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcac-ggaagagtatttatg 372  Q
     |  |||||||| || || ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| ||| |||| |||||   | || | |||||     
T  19989704 caaactagccaaaactgcaggtgctaatgcaataggatttcctctagcaagatgaatagcaacacgaaagaaagaactattcacaacacgact-tttata 19989606  T
Q  373 agggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    |||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  19989605 aggatgaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaagttcattacctttatca 19989539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 17115153 - 17114910
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    |||||| | |||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  17115153 atcatcgacagctaagtctaatgctagcttaacattgtcaattttcacggcctgaaccctatgccacctaaacaataaagggtctccatggttgatcaac 17115054  T
Q  116 atgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccac 215  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||   | || | | ||||||||||||| | |||||||||     
T  17115053 atggattgtggttgtaaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaagggcattcgacgagcaacttctaaaggaaatctatcaccat 17114954  T
Q  216 ccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaa 259  Q
      ||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17114953 aaacaggattttttgacaaatcaataatagttttcttaaacaaa 17114910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 236 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 19858292 - 19858090
Alignment:
Q  236 tcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaa 335  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  19858292 tcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcgatagtatttcctctagcaagaccaatagcaa 19858193  T
Q  336 tcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttt 435  Q
    | ||||||||| | ||||||||   | ||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19858192 taggaaacaaagatcttttcacattaaagtatctattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttt 19858093  T
Q  436 atc 438  Q
    |||    
T  19858092 atc 19858090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 19858515 - 19858343
Alignment:
Q  10 aataatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  19858515 aataaaatcatcaatagccgagtctaatgccaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgccacctaaacaataaaggttctccatgcttg 19858416  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgatt 182  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||    
T  19858415 atcaacatgggttgtggctctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgatt 19858343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 232 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 19943940 - 19943738
Alignment:
Q  232 caaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaata 331  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | | |||||||||||||| |    
T  19943940 caaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagccataggaatccctctagcaagatgaaca 19943841  T
Q  332 gcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactac 431  Q
    ||||| ||||||| |  |||||||||   |  |||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19943840 gcaataggaaacaga--acttttcaccacattgtatctatgaggaaaaacaaa--ttgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactac 19943745  T
Q  432 ctttatc 438  Q
    |||||||    
T  19943744 ctttatc 19943738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 30 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 19832295 - 19832123
Alignment:
Q  30 agtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttg 129  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||  | |  || | ||||||||||||||| ||    
T  19832295 agtctaatgccatcctaacattgtcaattaccaaggccttaaccttatgccacctaaacaaaaatggttcccctttgttcaacaacatgggttgtggatg 19832196  T
Q  130 taaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaagga 202  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  19832195 taaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaagga 19832123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 19944160 - 19943987
Alignment:
Q  10 aataatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||  |||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||| ||| ||||    
T  19944160 aataaaatcattgatagctgaatctaatgccaaccccacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctccattattg 19944061  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||||| | |||||||| || ||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  19944060 atcaactttggttgtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 19943987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 222 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 19971845 - 19971677
Alignment:
Q  222 gatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagc 321  Q
    ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| | || |||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |    
T  19971845 gatattttttcaaatcaacaatttgtttcttaaacagagttcaatccttatataagctagccaaaacagttggtgccaaagcaatagtattgcctctaac 19971746  T
Q  322 aagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattga 390  Q
     | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||   | ||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  19971745 caaatgaatagcaataggaaacaaagaacttttcactataaagtatctatgagaaaaaacaaaaattga 19971677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 183
Target Start/End: Original strand, 24839649 - 24839822
Alignment:
Q  10 aataatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| |||||| ||  ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| | |||||  || ||||    
T  24839649 aataaaatcatcgatgactgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctcgattattg 24839748  T
Q  110 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
      |||| |||||||||| || ||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||    
T  24839749 cccaacttgggttgtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 24839822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 19853877 - 19853764
Alignment:
Q  70 aaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaa 169  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||  ||||||||| | |||||||| || ||| || |||| |||||||||||||||  ||| |||||     
T  19853877 aaccttatgccacctcaacaatacatggtctccattgttgatcaacttcggttgtggctgcaaatttatgaatctctcccacacccaagcttgtaccaag 19853778  T
Q  170 taaatgggtgattg 183  Q
    |||| |||||||||    
T  19853777 taaaagggtgattg 19853764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 9815474 - 9815058
Alignment:
Q  16 atcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaac 115  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  9815474 atcatccatagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctccgtgattgatcaac 9815375  T
Q  116 atgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccac 215  Q
    ||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9815374 atgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccac 9815275  T
Q  216 ccacatgat-attttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttc 314  Q
    | ||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  9815274 caaca-gataattttgacaaattaactattgttttcttaaacaaacttaaatcgttataaatactagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttc 9815176  T
Q  315 gtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttc 414  Q
     ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||  |||   |||||||||  |||||||| ||||||| ||| |||||||  || |||||    
T  9815175 ctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaccaaag---atttatgagttaaaacaaagattgacaaccacgtagcaatgaacgcttc 9815079  T
Q  415 atgttcaatttcactaccttt 435  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  9815078 atgctcaatttcactaccttt 9815058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 30 - 438
Target Start/End: Original strand, 26354619 - 26355027
Alignment:
Q  30 agtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttg 129  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||||||| || || ||| ||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  26354619 agtctaattccagcttaacattgtcaattttcaaggcttgtaccctatgccatctaaacaataaagggtctccacggttgatcaacatgggttgcggttg 26354718  T
Q  130 taaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgat-attt 228  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||    
T  26354719 taattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaaca-gataattt 26354817  T
Q  229 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatga 328  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  26354818 tgacaaatcaacaatggttttcttaaacacgcttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatga 26354917  T
Q  329 atagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcac 428  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||  |   | ||||   ||| |||||||||||||| | ||||| | |||  |||||||||||||||| |||||    
T  26354918 atagcaataggaaacaaagaacttttcaccaacatgcattttctaggaaaaacaaaaattgataaccaagcaacaatgaatgcttcatgttcaacttcac 26355017  T
Q  429 tacctttatc 438  Q
    ||||||||||    
T  26355018 tacctttatc 26355027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 1717663 - 1717231
Alignment:
Q  10 aataatatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||  |||||||||||  | | |  | || ||||||||||| | ||||||||| | || |||    
T  1717663 aataaaatcatcaatagctgagtctaatgtcaacctaacatcttcaattttcaagtctttactcatacgccacctaaaccaaaaagggtctccgtggttg 1717564  T
Q  110 atcaacatgg------gttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggat 203  Q
     ||| | |||      |||||| ||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||| ||   || |     
T  1717563 gtcatcgtggtttttagttgtgattgtaaacttttgaaccttcccaacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagactaacctccttagaaa 1717464  T
Q  204 acctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagc 303  Q
    | ||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  1717463 atctatcgccaccaacaggatattttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagc 1717364  T
Q  304 aataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagca 403  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |  |||||||  |||    ||||||||| |||||| |||  |||| ||||||||||    
T  1717363 aataggatttcctctagcaagatgaacagcaataggaaacaaagattttttcaccaaag---ctttatgaggaaaaacataaaccgacaaccaagtagca 1717267  T
Q  404 agaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1717266 agaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatca 1717231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 233 - 438
Target Start/End: Original strand, 22689550 - 22689755
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatag 332  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||    
T  22689550 aaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatatatgctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattgcctctagccagatgaatag 22689649  T
Q  333 caatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 432  Q
     ||| | ||||||| ||||||| || ||    | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  22689650 aaatagtaaacaaagaacttttgaccgacatatttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaaattcattacc 22689749  T
Q  433 tttatc 438  Q
     |||||    
T  22689750 attatc 22689755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 226 - 357
Target Start/End: Original strand, 22651781 - 22651912
Alignment:
Q  226 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaaga 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22651781 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatacatgctagccaaaacagctggtgcaaaagcaataggatttcctctagcaaga 22651880  T
Q  326 tgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcac 357  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  22651881 tgaacagcaataggaaacaaacaacttttcac 22651912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 297 - 436
Target Start/End: Original strand, 22685642 - 22685778
Alignment:
Q  297 ccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagcca 396  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||  ||     ||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  22685642 ccaaagcaataggattccctctagcaagatgaatagcaatcggaaacatagaagttttcaccaaaat---tttatgaggaaaaacaaaaagtgacaacca 22685738  T
Q  397 agtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 436  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22685739 agcagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttta 22685778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 183
Target Start/End: Original strand, 22689385 - 22689521
Alignment:
Q  47 acattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctct 146  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||| | || |||| | ||||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  22689385 acattgtcaattttcaaagcattaaccaaatgccacttcaataatacatggtcttcactattgatcaacatgggccgtggttgcaaatttttgaacctct 22689484  T
Q  147 cccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||    
T  22689485 cccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattg 22689521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11544502 - 11544343
Alignment:
Q  24 tagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttg 123  Q
    ||||||| |||||||||| | | ||||| ||||||||||| |  | ||||  ||||||||| | || || | ||||| |||  ||||||||| ||||||     
T  11544502 tagctgaatctaatgccaacctcacattatcaattttcaagggtttaaccaaatgccacctcatcagtacatggtctccattgttgatcaacttgggttt 11544403  T
Q  124 tggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  11544402 tggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgattg 11544343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 237 - 436
Target Start/End: Original strand, 11564033 - 11564232
Alignment:
Q  237 caacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaat 336  Q
    |||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||| || |||||  || |  ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  11564033 caacaattgtctccttaaacaaacgcaaatccttatataagcaagccagaaccgacggtgctaaagcaataggttttcctctagcaagatgaacagcaat 11564132  T
Q  337 cggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactaccttta 436  Q
     ||||||||| ||||||| |   |  ||  ||||||||| ||||||||||| || ||||| | || ||  ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  11564133 aggaaacaaagaacttttgatcaacaagcttttatgaggaaaaacaaaaatggaaagccatgcagaaatgaatgcttcatgttcaattttactagcttta 11564232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 363 - 438
Target Start/End: Original strand, 22652113 - 22652188
Alignment:
Q  363 agtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacctttatc 438  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22652113 agtatctatgagcaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatc 22652188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 221 - 267
Target Start/End: Original strand, 22685591 - 22685637
Alignment:
Q  221 tgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatc 267  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22685591 tgatgttttgacaaatcaacaattgttttcttaaaaaaacttaaatc 22685637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 183
Target Start/End: Original strand, 11563916 - 11563973
Alignment:
Q  126 gttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattg 183  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| | ||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  11563916 gttgcaaatttttgaacctctcccaaagccaaactttaaccaagtaaatgggtgattg 11563973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 438
Target Start/End: Original strand, 6397429 - 6397838
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   ||  | |||||||| |||||||      
T  6397429 tgagtctcatgccaacttaatattgtcaattttaaaggcctgaaccttataccacctaaaaaataaagggtctatgtgggtaatcaacataggttgtgaa 6397528  T
Q  128 tgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatatt 227  Q
     | |||  | ||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||  |||||| |||| |||| ||| | | || |  ||||| |||| ||| ||||||    
T  6397529 cgcaaatgtgtgaacctcttccacgcccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgatagaagagtaaattcaacatgaaatttatcatcaccaacaagatatt 6397628  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatg 327  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||     
T  6397629 tcgacaaatcaataattgttttcttaaataaagataaatccttatatatgatagccaaaacagatggtgccaaagcaattggattttctctagcaagatt 6397728  T
Q  328 aatagcaatcggaaacaaac--aacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaattt 425  Q
    || |  ||| | || |||||  ||||||||||       | |||| |||| ||| || ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  6397729 aacattaatagaaagcaaacaaaacttttcac---catttttttaggaggaaaagcacaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaattt 6397825  T
Q  426 cactacctttatc 438  Q
    |||||||||||||    
T  6397826 cactacctttatc 6397838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 107 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 6398610 - 6398280
Alignment:
Q  107 ttgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacc 206  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||  |||||    || |||| ||| | |||| | |    
T  6398610 ttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgtgaacctctcccacacctaaacttgaaccacgtaaaaaggtgacaacagagtaaattcaacaggaaatc 6398511  T
Q  207 tatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaattgtttt-cttaaacaaacttaaatctttatatat--gctagccaagacagctggtgccaaagc 303  Q
    ||||| || | |||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| ||| ||||||| ||||||||  |||||| || ||||||||||||||| |    
T  6398510 tatcatcatcaacatgatattttgacatatcaataattttttttcttaaataaagttaaatccttatatatatgctagctaaaacagctggtgccaaacc 6398411  T
Q  304 aataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagca 403  Q
     || ||||||| |||||| |||| || |||||| | ||||||||||||||||||   |  || ||||  ||| |||||||||||| ||| |||| |||||    
T  6398410 gattggatttcctctagcgagattaacagcaatagaaaacaaacaacttttcac--cattgt-tttactaggaaaaacaaaaattaacaaccaattagca 6398314  T
Q  404 agaaatgcttcatgttcaatttcactacctttat 437  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6398313 aggaaggcttcatgttcaatttcactacctttat 6398280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12497616 - 12497241
Alignment:
Q  45 taacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacct 144  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||   || |||||||||||| |||||||||| ||  ||  || |||    
T  12497616 taacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcct 12497517  T
Q  145 ctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaatt 244  Q
    |||||| |||||||  |||||||| ||||  |||||  |||  |||| ||| | || | |  ||| | |||| | | ||| |||||||| ||||| ||||    
T  12497516 ctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattatcaccaataagatgttttgacagatcaataatt 12497418  T
Q  245 gttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaaca 344  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||| | ||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  12497417 gttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaaca 12497318  T
Q  345 aacaacttttcacggaagagtatt-tatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatt 424  Q
    || ||||| ||||     | | || ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  12497317 aataacttatcac----catttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 12497241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12521481 - 12521106
Alignment:
Q  45 taacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacct 144  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||   || |||||||||||| |||||||||| ||  ||  || |||    
T  12521481 taacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcct 12521382  T
Q  145 ctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatattttgacaaatcaacaatt 244  Q
    |||||| |||||||  |||||||| ||||  |||||  |||  |||| ||| | || | |  ||| | |||| | | ||| |||||||| ||||| ||||    
T  12521381 ctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatattatcaccaataagatgttttgacagatcaataatt 12521283  T
Q  245 gttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaaca 344  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||| | ||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  12521282 gttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaatttgatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaaca 12521183  T
Q  345 aacaacttttcacggaagagtatt-tatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatt 424  Q
    || ||||| ||||     | | || ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  12521182 aataacttatcac----catttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 12521106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 213 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 12581632 - 12581424
Alignment:
Q  213 cacccacatgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatt 312  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| |||| | | | ||||| |||  ||||    
T  12581632 caccaacaagatattttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacagtttgcggcaaagtaattcgatt 12581533  T
Q  313 tcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatt-tatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgc 411  Q
    || ||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||     | | || || |||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  12581532 tcttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttttcac----catttttctacgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaaggc 12581437  T
Q  412 ttcatgttcaatt 424  Q
    |||||||||||||    
T  12581436 ttcatgttcaatt 12581424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 424
Target Start/End: Original strand, 12579781 - 12580167
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    | |||||||| ||||| ||||||    
T  12579781 tgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgcggttgatcaatatggg-tgtggt 12579879  T
Q  128 tgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatatt 227  Q
    ||  |  || ||||||||||||  | ||||| || | |||| ||||  |||||| |||| |||| ||  | ||||||  ||||| |||| ||| ||||||    
T  12579880 tgatagtttgtgaacctctcccgtatccaaacttaagccaagtaaaaaggtgatggaagagtaaattaaacaggatatatatcatcaccaacaagatatt 12579979  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaagatg 327  Q
    |||||| ||      || |||||||||| ||  ||||||| |||| |||||||||||| |||  ||   |||||| ||| ||||||| |||||||||||     
T  12579980 ttgacagat-----ttttttttcttaaataatgttaaatccttatttatgctagccaaaacaattgccaccaaagaaattggatttcttctagcaagatt 12580074  T
Q  328 aatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatt 424  Q
    || | |||  | ||||||||||||| ||||     | | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||| || || ||||||||||||    
T  12580075 aacaccaacagaaaacaaacaacttgtcac----cattttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtaaaaaggaaggcctcatgttcaatt 12580167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 323
Target Start/End: Original strand, 12495685 - 12495972
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattgatcaacatgggttgtggt 127  Q
    |||||||||||| | |  |||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||   || ||||| |||||||| ||||||    
T  12495685 tgagtctaatgcaaactgaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgtggttgatgaacatggg-tgtggt 12495783  T
Q  128 tgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccacccacatgatatt 227  Q
    ||  |  || ||||||||||||  | ||||| || | |||||||||  ||||||  ||| |||| ||  | ||||||  ||||| |||| ||| ||||||    
T  12495784 tgatagtttgtgaacctctcccgtatccaaacttaagccaaataaaaaggtgatataagagtaaattaaataggatatatatcatcaccaacaagatatt 12495883  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtctagcaa 323  Q
    ||||||        ||| |||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12495884 ttgaca-------gatttttttattaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacaactgccaccaaagcaattggatttcttctagcaa 12495972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 28 - 424
Target Start/End: Original strand, 12519486 - 12519878
Alignment:
Q  28 tgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtct---------tcatgattgatcaacatg 118  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||          ||||  |||||||||||    
T  12519486 tgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagagtctatatcattaccatgggtgatcaacatg 12519585  T
Q  119 ggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctatcaccaccca 218  Q
    || |||||||| | | |||  ||||||||||  | ||||| || | |||||||||  |||||| |||| |||| ||  | || |||  |||||  ||| |    
T  12519586 gg-tgtggttg-atagtttgtaacctctcccgtatccaaacttaacccaaataaaaaggtgatagaagagtaaattaaacagaatatatatcattaccta 12519683  T
Q  219 catgatattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggatttcgtct 318  Q
    || ||||||||||||        ||| |||||||||| ||| |||| || |||| |||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||||| |||    
T  12519684 caagatattttgaca-------gatttttttcttaaataaagttaagtccttatttatgctagccaaaacaactgccaccaaagcaattggatttcttct 12519776  T
Q  319 agcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaatgcttcatgt 418  Q
    |||||||| || | |||  | |||||||||| || ||||     | | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||   ||| || |||||||||    
T  12519777 agcaagattaacaccaacagaaaacaaacaatttgtcac----cattttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagttaaaaggaaggcttcatgt 12519872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University