View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1376-INSERTION-6 (Length: 443)

Name: NF1376-INSERTION-6
Description: NF1376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1376-INSERTION-6
NF1376-INSERTION-6
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (8-443)||(36221213-36221652)
chr7 (87-443)||(36225994-36226354)
chr7 (47-443)||(36217228-36217628)
chr7 (62-265)||(35939415-35939622)
chr7 (216-427)||(35973546-35973757)
chr7 (216-427)||(35994958-35995169)
chr7 (144-443)||(35982180-35982475)
chr7 (144-443)||(36003592-36003887)
chr7 (110-280)||(35958123-35958295)
chr7 (148-217)||(35965669-35965738)
chr7 (110-274)||(35946918-35947084)
chr7 (110-222)||(35977578-35977690)
chr7 (110-222)||(35998990-35999102)
chr7 (95-218)||(29602862-29602987)
chr7 (120-220)||(35955182-35955282)
chr7 (147-218)||(29750307-29750378)
chr7 (147-218)||(29743270-29743341)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (110-323)||(18125831-18126046)
chr1 (63-190)||(18118138-18118267)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (110-218)||(49340545-49340653)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 36221652 - 36221213
Alignment:
Q  8 tcttcttggttagccatagcaacacttggtggagttgatgctgaagcaaaagctgagttgataattttgataataatgcgcctaatatcaaaatcattgg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36221652 tcttcttggttagccatagcaacacttggtggagttgatgctgaagcaaaagcagagttgataattttgataataatgcgcctaatatcaaaatcattgg 36221553  T
Q  108 agacacat--ccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaac 205  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36221552 agacacacacccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaac 36221453  T
Q  206 tatgggaataacaca--aatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctatcattctccctccca 303  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36221452 tatgggaataacacacaaatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctgtcattctccctccca 36221353  T
Q  304 ataacacttgaagcatcaacgtatgaatgagtgaattctctcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcgcaagtccaaaccttgtcccgt 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36221352 ataacacttgaagcatcaacgtatgaatgagtgaattctctcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcacaagtccaaaccttgtcccgt 36221253  T
Q  404 cagctgccaccttattcaatctatttctaatctctttgat 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36221252 cagctgccaccttattcaatctatctctaatctctttgat 36221213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 87 - 443
Target Start/End: Original strand, 36225994 - 36226354
Alignment:
Q  87 gcctaatatcaaaatcattggaga--cacatccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtctt 184  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  |||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  36225994 gcctaatatcaaaatcatcagagatacacacccacatcttcaattggaaaagatcatcaaccctcttatcgttgaacaccaattttgcaagtgtggtctt 36226093  T
Q  185 ccccaagccaccaattccaactatgggaata--acacaaatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttct 282  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||  |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||     
T  36226094 ccccaagccaccaattcccactatgggaataacacacaaacttttatcaccatcagcatcaccttgaggatgtggctgcatcaaaagcttgataatatca 36226193  T
Q  283 tccctatcattctccctcccaataacacttgaagcatcaacgtatgaatgagtgaattctctcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcg 382  Q
    | ||| ||||||||||| || || |||  ||||||||||||||  |||||||| | ||||||| |||||||| || |  |     |||||   |||   |    
T  36226194 ttcctctcattctcccttcctatcacatctgaagcatcaacgtgggaatgagtcatttctctcttctgcacagcaagtcctaaatcaacactaattgctg 36226293  T
Q  383 caagtccaaaccttgtcccgtcagctgccaccttattcaatctatttctaatctctttgat 443  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  36226294 caagtccaaacctagtcccatcagctgccaccttattcaatctatccctaatctctttgat 36226354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 47 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 36217628 - 36217228
Alignment:
Q  47 gctgaagcaaaagctgagttgataattttgataataatgcgcctaatatcaaaatcattggagacacat--ccaaatcttcaattggaaaatatcatcta 144  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||  | || ||||||||||||   |||||||||  ||| ||||||||||| ||||  |||||||    
T  36217628 gctgaagcaaaaacggagttgataattttgataacgatctgtcttatatcaaaatcaacagagacacatgcccacatcttcaattgaaaaacttcatcta 36217529  T
Q  145 tcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataacac--aaatttttgtcaccatctccatc 242  Q
    |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||  ||| || | | ||||| |||||     
T  36217528 tcctcttatcattgtacaccaattttgcaagtgtggtcttccccaatcctccaattcccactatgggaataacacataaacttctatgaccatttccata 36217429  T
Q  243 tccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctatcattctccctcccaataacacttgaagcatcaacgtatgaatgagtgaattct 342  Q
     || |||||||  |  | ||||||||| | ||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||| ||||||  |  ||||  |||| ||||    
T  36217428 accttgaggatcggaatccatcaaaagctcgataattgcttccttgtcattctcccttcctataacacttgaaacatcaatatgggaataggtgatttct 36217329  T
Q  343 ctcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcgcaagtccaaaccttgtcccgtcagctgccaccttattcaatctatttctaatctctttga 442  Q
    ||  | ||||||  | |  | ||  ||||||  |||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  36217328 ctattgtgcacagaaagtccgggctcaacatgaattctcacaagtccaaacttggtcccatcagctgccactttatccaatctatctctaatctctttga 36217229  T
Q  443 t 443  Q
    |    
T  36217228 t 36217228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 62 - 265
Target Start/End: Original strand, 35939415 - 35939622
Alignment:
Q  62 gagttgataattttgataataatgcgcctaatatcaaaatcattggagacacat--ccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattga 159  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||  |||| |||||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||  | ||  | ||||||||||||||    
T  35939415 gagttgattattttaataattatctgcctgatatcaaactcattggagacacacaaccacatcttcaattggaaaagttgattcaccctcttatcattga 35939514  T
Q  160 acaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataacac--aaatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcgg 257  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||  ||| |||| |||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  35939515 acaccaactttgcaagtgtggtcttccctaatcctccaattcccacaatgggaataacacataaacttttatcaccatcaccatcaccgtgaggatgtgg 35939614  T
Q  258 ttgcatca 265  Q
    ||||||||    
T  35939615 ttgcatca 35939622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 216 - 427
Target Start/End: Original strand, 35973546 - 35973757
Alignment:
Q  216 acacaaatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctatcattctccctcccaataacacttgaa 315  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35973546 acacaaacttttatcaccgtctccatcaccttgaggacgtggttgcatcagaagcttgataatttcttccctatcattctccctcccaataacacttgaa 35973645  T
Q  316 gcatcaacgtatgaatgagtgaattctctcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcgcaagtccaaaccttgtcccgtcagctgccacct 415  Q
    ||||| || |  |||| ||| ||||||||||| |||| |||| | |||||  ||   |||||| ||||||| |||||| |  |||| || ||||| ||||    
T  35973646 gcatcgacatgggaattagtcaattctctcctatgcaaaacaagttcaggaccattgtcgattttcgcaagaccaaacttgttcccatcggctgctacct 35973745  T
Q  416 tattcaatctat 427  Q
    ||| ||| ||||    
T  35973746 tatccaacctat 35973757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 216 - 427
Target Start/End: Original strand, 35994958 - 35995169
Alignment:
Q  216 acacaaatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctatcattctccctcccaataacacttgaa 315  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35994958 acacaaacttttatcaccgtctccatcaccttgaggacgtggttgcatcagaagcttgataatttcttccctatcattctccctcccaataacacttgaa 35995057  T
Q  316 gcatcaacgtatgaatgagtgaattctctcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcgcaagtccaaaccttgtcccgtcagctgccacct 415  Q
    ||||| || |  |||| ||| ||||||||||| |||| |||| | |||||  ||   |||||| ||||||| |||||| |  |||| || ||||| ||||    
T  35995058 gcatcgacatgggaattagtcaattctctcctatgcaaaacaagttcaggaccattgtcgattttcgcaagaccaaacttgttcccatcggctgctacct 35995157  T
Q  416 tattcaatctat 427  Q
    ||| ||| ||||    
T  35995158 tatccaacctat 35995169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 144 - 443
Target Start/End: Original strand, 35982180 - 35982475
Alignment:
Q  144 atcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataacacaaatttttgtcaccatctccatct 243  Q
    ||||||| ||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| |   || |    ||| |||||     
T  35982180 atcctctcatcattgaaaaccaattttgcaagtgtagtctttcccaaacctccaattcccacaatgggaataacacataagctttt----atcaccatca 35982275  T
Q  244 ccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctatcattctccctcccaataacacttgaagcatcaacgtatgaatgagtgaattctc 343  Q
    || |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || |||    |||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  35982276 ccttgaggatgtggtagcatcaaaagcttgataatttcatccctatccttctctcttcctatcacatccaaagcatcaacatgggaatgagtcaattctc 35982375  T
Q  344 tcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcgcaagtccaaaccttgtcccgtcagctgccaccttattcaatctatttctaatctctttgat 443  Q
    |  | ||||||| | |  ||||  ||||||| ||||||  |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||    
T  35982376 ttttttgcacaatatgtccaggatcaacatcaattctcataagtccaaacttagtcccatcagctgccaccttatctaatctattcctaatttctttgat 35982475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 144 - 443
Target Start/End: Original strand, 36003592 - 36003887
Alignment:
Q  144 atcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataacacaaatttttgtcaccatctccatct 243  Q
    ||||||| ||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| |   || |    ||| |||||     
T  36003592 atcctctcatcattgaaaaccaattttgcaagtgtagtctttcccaaacctccaattcccacaatgggaataacacataagctttt----atcaccatca 36003687  T
Q  244 ccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctatcattctccctcccaataacacttgaagcatcaacgtatgaatgagtgaattctc 343  Q
    || |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || |||    |||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  36003688 ccttgaggatgtggtagcatcaaaagcttgataatttcatccctatccttctctcttcctatcacatccaaagcatcaacatgggaatgagtcaattctc 36003787  T
Q  344 tcctctgcacaacaggatcaggtgcaacatcgattctcgcaagtccaaaccttgtcccgtcagctgccaccttattcaatctatttctaatctctttgat 443  Q
    |  | ||||||| | |  ||||  ||||||| ||||||  |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||    
T  36003788 ttttttgcacaatatgtccaggatcaacatcaattctcataagtccaaacttagtcccatcagctgccaccttatctaatctattcctaatttctttgat 36003887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 110 - 280
Target Start/End: Original strand, 35958123 - 35958295
Alignment:
Q  110 acacatccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatg 209  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||     
T  35958123 acacacccacatcttcaactggaaaagttgatccatcctcttatcattgaacaccgactttgcaagtgttgtctttcccaaacctccaattcccactatt 35958222  T
Q  210 ggaataacac--aaatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataattt 280  Q
    ||||| ||||  | | | || |||||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  35958223 ggaatgacacagagactattatcaccatcaccatctccgcgaggatgtggctgcatcaaaagattgataattt 35958295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 148 - 217
Target Start/End: Original strand, 35965669 - 35965738
Alignment:
Q  148 tcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataac 217  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  35965669 tcttatcattgaacaccaagtttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattcctagtatgggaataac 35965738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 274
Target Start/End: Original strand, 35946918 - 35947084
Alignment:
Q  110 acacatccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatg 209  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||  | || |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||     
T  35946918 acacacccacatcttcaactggaaaagttgatgtatcctcttatcattgaacaccgacttcgcaagtgtggtcttccacaaacctccaattcccactatt 35947017  T
Q  210 ggaataacac--aaatttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttga 274  Q
    ||||| ||||  | | | || |||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  35947018 ggaatgacacagagactattatcaccatcaccatcgccgtgaggatgtggctgcatcaaaagattga 35947084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 222
Target Start/End: Original strand, 35977578 - 35977690
Alignment:
Q  110 acacatccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatg 209  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||| || |||||||| |||||     
T  35977578 acacacccacatcttcaactggaaaagttgatccatcctcttatcattgaacaccgactttgcaatggtggtcttccccaaacctccaattcccactatt 35977677  T
Q  210 ggaataacacaaa 222  Q
    ||||| |||||||    
T  35977678 ggaatgacacaaa 35977690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 222
Target Start/End: Original strand, 35998990 - 35999102
Alignment:
Q  110 acacatccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatg 209  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||| || |||||||| |||||     
T  35998990 acacacccacatcttcaactggaaaagttgatccatcctcttatcattgaacaccgactttgcaatggtggtcttccccaaacctccaattcccactatt 35999089  T
Q  210 ggaataacacaaa 222  Q
    ||||| |||||||    
T  35999090 ggaatgacacaaa 35999102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 218
Target Start/End: Original strand, 29602862 - 29602987
Alignment:
Q  95 tcaaaatcattggagacacat--ccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagc 192  Q
    |||||||||| |||||||||   ||| ||||| ||| ||||| | || ||||  ||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||| |||||||    
T  29602862 tcaaaatcatcggagacacacacccacatctttaatgggaaagtctcgtctaaactcttatcattgaacaccgtctttgcaagtgtagtctttcccaagc 29602961  T
Q  193 caccaattccaactatgggaataaca 218  Q
    | ||||||||||| || |||||||||    
T  29602962 ctccaattccaacaataggaataaca 29602987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 120 - 220
Target Start/End: Original strand, 35955182 - 35955282
Alignment:
Q  120 atcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataacac 219  Q
    |||||||||| |||||| | ||| | ||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| || | ||||||||||||||    
T  35955182 atcttcaatttgaaaatttgatccaccctttcatcattgaacactaactttgcaagtgtggtctttcccaatcctccaatacctattatgggaataacac 35955281  T
Q  220 a 220  Q
    |    
T  35955282 a 35955282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 29750378 - 29750307
Alignment:
Q  147 ctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataaca 218  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  29750378 ctcttatcattgaacaccgtctttgcaagtgtagtctttcccaagcctccaattccaacaataggaataaca 29750307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 29743341 - 29743270
Alignment:
Q  147 ctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatgggaataaca 218  Q
    |||||||||||||||||   | ||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  29743341 ctcttatcattgaacactgtctttgcaagcgtagtctttcccaagcctccaattccaacaataggaataaca 29743270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 110 - 323
Target Start/End: Original strand, 18125831 - 18126046
Alignment:
Q  110 acacatccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatg 209  Q
    ||||| ||| ||||||||||| || |  |||||||| |||||||||||||| || | | |||| | ||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  18125831 acacacccacatcttcaattgaaagagttcatctattctcttatcattgaaaacaagctttgccaatgtggtcttccccaagccaccaattcccaccatg 18125930  T
Q  210 ggaataacacaaat--ttttgtcaccatctccatctccatgaggatgcggttgcatcaaaagtttgataatttcttccctatcattctccctcccaataa 307  Q
    ||||||||| | |   |||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| || || || |    
T  18125931 ggaataacagatagacttttatcaccatcaccatcaccatgaggatgtgcttgcatcaaaagcttgataatctcttccctatcactctctcttcctatta 18126030  T
Q  308 cacttgaagcatcaac 323  Q
    ||||  ||||||||||    
T  18126031 cactcaaagcatcaac 18126046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 63 - 190
Target Start/End: Original strand, 18118138 - 18118267
Alignment:
Q  63 agttgataattttgataataatgcgcctaatatcaaaatcattggagacacatcc--aaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaa 160  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| || |||||| ||||| ||||||||||||  |  | ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||    
T  18118138 agttgattattttgataattatgtgcataatataaaaataattggagacacagactcacatcttcaattgaaaaaattcatcgatcctcttatcgttgaa 18118237  T
Q  161 caccaaccttgcaagtgtggtcttccccaa 190  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18118238 taccaactttgcaagtgtggtcttccccaa 18118267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 110 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 49340653 - 49340545
Alignment:
Q  110 acacatccaaatcttcaattggaaaatatcatctatcctcttatcattgaacaccaaccttgcaagtgtggtcttccccaagccaccaattccaactatg 209  Q
    ||||| ||| ||||||||| | ||| | |||||||  ||||||||||| ||||| | | |||||||||| || || || || || ||||||||||| ||     
T  49340653 acacacccacatcttcaatggaaaagtctcatctaaactcttatcattaaacacgacctttgcaagtgtagtttttcctaatcctccaattccaacaata 49340554  T
Q  210 ggaataaca 218  Q
    |||||||||    
T  49340553 ggaataaca 49340545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University