View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13760_high_2 (Length: 513)

Name: NF13760_high_2
Description: NF13760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13760_high_2
NF13760_high_2
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-497)||(38180093-38180589)
chr3 (1-497)||(38184762-38185258)
chr3 (1-493)||(38170283-38170775)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 38180589 - 38180093
Alignment:
Q  1 acaaatcaaccatcccgggcctttccttcgccaccttctctgacggccacgacgatggcccaaaattcgaaagcaacgaagactttgtcacctacgagta 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180589 acaaatcaaccatctcgggcctttccttcgccaccttctctgacggccacgacgatggcccaaaattcgaaagcaacgaagactttgtcacctacgagta 38180490  T
Q  101 tgagcttaagcgccgctgctcggaatttctcacaaatatcatactctccggcaaacaggaaggtcgtccattcacttgcttagcctacggtatcatcatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180489 tgagcttaagcgccgctgctcggaatttctcacaaatatcatactctccggcaaacaggaaggtcgtccattcacttgcttagcctacggtatcatcatt 38180390  T
Q  201 ccttgggtcgcaaaggtggcacgtgagcttcacctcccatcagcgctattatggattcaagctgcaacggtttttgatatctactattattactttcatg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180389 ccttgggtcgcaaaggtggcacgtgagcttcacctcccatcagcgctattatggattcaagctgcaacagtttttgatatctactattattactttcatg 38180290  T
Q  301 agcatggtgactacatcacaaacaaatcaaaggatgaaacatgttcaatatcattaccaggattgtcattctctcttgaaagtcgtgaccttccctcttt 400  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38180289 agcatggtgactacgtcacaaacaaatcaaaggatgaaacatgttcaatatcattaccaggattgtcattctctcttgaaagccgtgaccttccctcttt 38180190  T
Q  401 tttattatcttcaaatatatacactatcgctactcaatctttcaaagaacaaattcaagttctagatgaagaaaccaaccctaaagtacttgttaac 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180189 tttattatcttcaaatatatacactatcgctactcaatctttcaaagaacaaattcaagttctatatgaagaaaccaaccctaaagtacttgttaac 38180093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 38185258 - 38184762
Alignment:
Q  1 acaaatcaaccatcccgggcctttccttcgccaccttctctgacggccacgacgatggcccaaaattcgaaagcaacgaagactttgtcacctacgagta 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||   ||| ||||||||||||||||||||  || |||||  ||     
T  38185258 acaaaccaaccatcccaggcctctccttcgccaccttctctgatggctacgacgacggtaaaaatttcgaaagcaacgaagacttcatcgcctacaggtc 38185159  T
Q  101 tgagcttaagcgccgctgctcggaatttctcacaaatatcatactctccggcaaacaggaaggtcgtccattcacttgcttagcctacggtatcatcatt 200  Q
     ||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38185158 cgagcttaagtgccactgctcagaatttctaacaaatatcatactctccggcaaacaggaaggtcgtccattcacttgcttagcctacggtatcatcatt 38185059  T
Q  201 ccttgggtcgcaaaggtggcacgtgagcttcacctcccatcagcgctattatggattcaagctgcaacggtttttgatatctactattattactttcatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38185058 ccttgggtcgcaaaggtggcacgtgagcttcacctcccatcagcgctattatggattcaagctgcaacggtttttgatatctactattattactttcatg 38184959  T
Q  301 agcatggtgactacatcacaaacaaatcaaaggatgaaacatgttcaatatcattaccaggattgtcattctctcttgaaagtcgtgaccttccctcttt 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38184958 aacatggtgactacatcacaaacaaatcaaaggatgaaacatgttcaatatcattaccaggattgtcattctctcttgaaagccgtgaccttccctcttt 38184859  T
Q  401 tttattatcttcaaatatatacactatcgctactcaatctttcaaagaacaaattcaagttctagatgaagaaaccaaccctaaagtacttgttaac 497  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38184858 tttattatcttcaaatatatatactatcgctactcgatctttcaaagaacaaattcaagttctagatgaagaaaccaaccctacagtacttgttaac 38184762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 38170775 - 38170283
Alignment:
Q  1 acaaatcaaccatcccgggcctttccttcgccaccttctctgacggccacgacgatggcccaaaattcgaaagcaacgaagactttgtcacctacgagta 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| || | ||||| |    || |||||||| | ||| |||||  ||     
T  38170775 acaaaccaaccatcccgggcctctccttcgccaccttctctgacggctatgacgacggtcaaaaatcctttggcgacgaagacatcgtctcctacatgtc 38170676  T
Q  101 tgagcttaagcgccgctgctcggaatttctcacaaatatcatactctccggcaaacaggaaggtcgtccattcacttgcttagcctacggtatcatcatt 200  Q
    |||| ||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||  || ||||||||||||||||  ||||  | ||||  ||    
T  38170675 tgagtttacgcgtcgcggctcagaatttctcacaaatatcattctctcctccaaacaagaaaatcatccattcacttgcttaatctacactctcatactt 38170576  T
Q  201 ccttgggtcgcaaaggtggcacgtgagcttcacctcccatcagcgctattatggattcaagctgcaacggtttttgatatctactattattactttcatg 300  Q
     | ||||   | |||||||||| ||||||||||||||||||| | || || ||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  38170575 tcatgggctcccaaggtggcacatgagcttcacctcccatcaacactgttgtggattcaagcagcaacggtgtttgatatattctattattactttcatg 38170476  T
Q  301 agcatggtgactacatcacaaacaaatcaaaggatgaaacatgttcaatatcattaccaggattgtcattctctcttgaaagtcgtgaccttccctcttt 400  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  38170475 aacacggtgactacatcacaaacaaatcaaaggatgaaacgtgtttaatatcattaccgggattgtcattctctcttaaaagccgcgaccttccctcttt 38170376  T
Q  401 tttattatcttcaaatatatacactatcgctactcaatctttcaaagaacaaattcaagttctag-atgaagaaaccaaccctaaagtacttgt 493  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||| | |||  || |||| ||||||| ||||||| |||| | | ||||||||| |||||| | |||||||||    
T  38170375 tttattggcttcaaatacatacacttttgctcttccatctctcaaagagcaaattc-agttgttgaatgaagaaatcaacccaagagtacttgt 38170283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University