View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13763_low_14 (Length: 684)
Name: NF13763_low_14
Description: NF13763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13763_low_14 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 48101826 - 48101162
Alignment:
| Q |
19 |
agtatactattacaatcttgtagctattgtttttattgaaagaagttgttcaaaattcaaatcttatctaacatagacaatgtactaagttagataaaat |
118 |
Q |
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| T |
48101826 |
agtatactattaaaatcttgtagctattgtttttattgaaagaagttgttcaaaattcaaatcttatctaacatagacaatgtactaagttagataaaat |
48101727 |
T |
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| Q |
119 |
aaattagttatcttttttaataaaaatgtcttgtcaagaattttactattagtcttgattgcagttcttgtcctctatttttaccggctcacataattga |
218 |
Q |
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| T |
48101726 |
aaattagttatcttttttaataaaaatgtcttgtcaagaattttactattagtcttgattgcagttgttgtcctctatttttatcagctcacgaaattga |
48101627 |
T |
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| Q |
219 |
tttttcgcgttttaaatccaattttttgttcctcaattatatttttgaatcaaaaaatgacgtggcaagcttttttattgtcatagtatagaactct--a |
316 |
Q |
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| T |
48101626 |
tttttcgtgttttaaatccaattctttgttcctcaattatattttttaatcaaaaaatgacgtggcaagtttttttattgtcatagtatagaactctgta |
48101527 |
T |
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| Q |
317 |
tattataaatccacttgaatgattccaaatcaagtgttttatgtcaataaaaatttgtcaaatgctccaga-ttcttagacattgcacaaacttacttat |
415 |
Q |
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| T |
48101526 |
tattataaatccacttgaatgattccaaatcaagtgttttatgtcaataaaaatttgtcaaatgctccagaattcttagacattgcacaaacttacttgt |
48101427 |
T |
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| Q |
416 |
gttaccaatgcctacaaacaaagcagtgtgtgacagaacctaagagggcacaatatgggggaggcattacagtaaatccaggatttgatcacaacataaa |
515 |
Q |
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| T |
48101426 |
gttgccaatgcctataaacaaagcagtgtgtgacagaacctaagagggcacaatatgggggaggcattacagtaaatccaggatttgatcacaacataaa |
48101327 |
T |
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| Q |
516 |
tggctggaaagtgtttggaaatggaacaatcgaggaacgagtatcaaacaatggaaatagattcattgttgccagcaacagaacacaaccattggatagt |
615 |
Q |
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| T |
48101326 |
tggctggaaagtgtttggaaatggaacaatcgaggaacgagtatcaaacaacggaaatagattcattgttgccagcaacagaacacaaccattggatagt |
48101227 |
T |
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| Q |
616 |
ttttcacagaaggtccaactgaagaaaggaatgatatatactttttctggtaacctatgcttctc |
680 |
Q |
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| T |
48101226 |
ttttcacagaaggtccaactgaagaaaggaatgatatatactttttctggtaacctatgtttctc |
48101162 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 435 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 48064154 - 48063920
Alignment:
| Q |
435 |
aaagcagtgtgtgacagaacctaagagggcacaatatgggggaggcattacagtaaatccaggatttgatcacaacataaatggctggaaagtgtttgga |
534 |
Q |
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| T |
48064154 |
aaagcagtgtgtgacagaacctaagagggcacaatatggaggaggcattatagtaaatccaggatttgatcacaacataaagggttggagagtgtttgga |
48064055 |
T |
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| Q |
535 |
aatggaacaatcgaggaacgagtatcaaacaatggaaatagattcattgttgccagcaacagaacacaaccattggatagtttttcacagaaggtccaac |
634 |
Q |
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| T |
48064054 |
aatggaacaatcgaggaacgaatatcaaatgatgaaaatagattcattgttgctagcaacagaagacaaacattggatggtttctcacagaaggtccaac |
48063955 |
T |
|
| Q |
635 |
tgaagaaaggaatgatatatactttttctggtaac |
669 |
Q |
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| T |
48063954 |
tgaagaaaggaatgatatacatgttttctggtaac |
48063920 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 439 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 48068806 - 48068565
Alignment:
| Q |
439 |
cagtgtgtgacagaacctaagagggcacaatatgggggaggcattacagtaaatccaggatttgatcacaacataaatggctggaaagtgtttggaaatg |
538 |
Q |
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| T |
48068806 |
cagtgtgtcccagaacctcagagagcacaatatggaggtggcattatagtaaatccaggatttgatcacaacattaaggattggacggtgtttgagcatg |
48068707 |
T |
|
| Q |
539 |
gaacaatcgaggaacgagtatcaaacaatggaaatagattcattgttgccagcaacagaacacaaccattggatagtttttcacagaaggtccaactgaa |
638 |
Q |
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| T |
48068706 |
gaacaatcaaggaacgaacatcaaatgatggaaatacatttattgttgtcagcaacagaacacaaccattagatagtttatcacaaaaagtccaactgga |
48068607 |
T |
|
| Q |
639 |
gaaaggaatgatatatactttttctggtaacctatgcttctc |
680 |
Q |
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| T |
48068606 |
gaaagaaatgatatatattttttctggtaacctatgtttctc |
48068565 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 387 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 48107871 - 48107589
Alignment:
| Q |
387 |
attcttagacattgcacaaacttacttatgttaccaatgcctacaaacaaagcagtgtgtgacagaacctaagagggcacaatatgggggaggcattaca |
486 |
Q |
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| T |
48107871 |
attcttaaacattgcataaattttcttgtgttgtcaatgccttggaataaaacagtgtatgaaagaacctcaaagagcacaatatggagggggaattata |
48107772 |
T |
|
| Q |
487 |
gtaaatccaggatttgatcacaacataaatggctggaaagtgtttggaaatggaacaatcgaggaacgagtatcaaacaatggaaatagattcattgttg |
586 |
Q |
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| T |
48107771 |
gtaaattccggatttgatcacaacatagagggttggacagtatttggaaatggaacaattgaggaacgtatatcaaatgatggaaatagattcattgttg |
48107672 |
T |
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| Q |
587 |
ccagcaacagaacacaaccattggatagtttttcacagaaggtccaactgaagaaaggaatgatatatactttttctggtaac |
669 |
Q |
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| T |
48107671 |
ccagcaaaagaacacaatcattagatagtttttcacaaacggttcagctagagaaaggattgatatatactttttcaggtaac |
48107589 |
T |
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