View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13763_low_5 (Length: 814)

Name: NF13763_low_5
Description: NF13763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13763_low_5
NF13763_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-791)||(46824387-46825167)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 46825167 - 46824387
Alignment:
Q  11 tagattatactgaaaaggtattttataacatcaaggatccatgtttggcaacatggaatgccatcatatcaggttatagtttatatggtcttgagcatac 110  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46825167 tagattatgctgaaaaggtattttataacatcaaggatccatgtttggcaacatggaatgccatcatatcaggttatagtttatatggtcttgagcatac 46825068  T
Q  111 agctttcggttgttattctaaactgcaagaacaagggttaaaaccggataaaatcaccttcttgggagttttggcagcatgcacgcacggggaacttgtc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  46825067 agctttcggttgttattctaaactgcaagaacaagggttaaaaccggataaaatcaccttcttgggagttttggcagcatgcacgcatgggggacttgtc 46824968  T
Q  211 tatttaggactggaatacttcaatatcatgactaaagagtatggtttgatgccgagtctgcaacattatgcatgcatagttgctctattaggtaaagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824967 tatttaggactggaatacttcaatatcatgactaaagagtatggtttgatgcccagtctgcaacattatgcatgcatagttgctctattaggtaaagaag 46824868  T
Q  311 gcttgttcaaggaagcaattgaatttataaacaaaatggagattcagcccgattctgctgtctggggagctttgctaaatgcttgttgcatccaacgaga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46824867 gcttgttcaaggaagcaattgaatttataaacaaaatggagattcagcccgattctgctgtctggggagctttgttaaatgcttgttgcatccaacgaga 46824768  T
Q  411 ggtgaagcttggggaatgcttggcnnnnnnnttgtttctattaaatcacaaaaatggtggattttatgtattaatgtcaaatctttatgccattgttggg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824767 ggtgaagcttggggaatgcttggcaaaaaaattgtttctattaaatcacaaaaatggtggattttatgtattaatgtcaaatctttatgccattgttggg 46824668  T
Q  511 agatgggatgatgtagcaagggtgagggaaatgatgaaagatagtggaggagatggatgttcaggtgttagtgttattgatgtgatttctgctgatgact 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824667 agatgggatgatgtagcaagggtgagggaaatgatgaaagatagtggaggagatggatgttcaggtgttagtgttattgatgtgatttctgctgatgact 46824568  T
Q  611 ctaataacaacaacaacttagccccaagtgaagtctatttgaatacaaacatttggcagcatttgtgtctatattgacttcataatgcataaccaccggg 710  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824567 ctaataacaacaacaacttaggcccaagtgaagtctatttgaatacaagcatttggcagcatttgtgtctatattgacttcataatgcataaccaccggg 46824468  T
Q  711 atatatttgatgtgtctattcatcatcagaatagaagatttggatgcaaataagccttgcctagaacgaattttaagagtt 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46824467 atatatttgatgtgtctattcatcatcagaatagaagatttggatgcaaataatccttgcctagaacgaattttaagagtt 46824387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University