View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13763_low_8 (Length: 799)

Name: NF13763_low_8
Description: NF13763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13763_low_8
NF13763_low_8
[»] chr5 (34 HSPs)
chr5 (1-797)||(30749046-30749842)
chr5 (71-797)||(30059842-30060568)
chr5 (1-793)||(30677079-30677868)
chr5 (1-796)||(30242280-30243072)
chr5 (70-797)||(30399549-30400273)
chr5 (1-793)||(29871589-29872369)
chr5 (71-793)||(30713336-30714052)
chr5 (1-793)||(30435225-30436011)
chr5 (81-782)||(30206008-30206706)
chr5 (1-478)||(30482807-30483284)
chr5 (1-478)||(30338748-30339225)
chr5 (70-478)||(29852783-29853191)
chr5 (579-793)||(30338433-30338647)
chr5 (579-793)||(30483385-30483599)
chr5 (650-793)||(29853363-29853506)
chr5 (1-282)||(17418576-17418869)
chr5 (586-775)||(30331060-30331249)
chr5 (576-717)||(17418150-17418291)
chr5 (1-49)||(30059760-30059808)
chr5 (1-49)||(30714086-30714134)
chr5 (1-48)||(30399468-30399515)
chr5 (1-44)||(30474775-30474818)
chr5 (663-772)||(17982972-17983081)
chr5 (728-773)||(30521556-30521601)
chr5 (728-773)||(30561896-30561941)
chr5 (695-775)||(30475472-30475552)
chr5 (1-41)||(29852702-29852742)
chr5 (1-41)||(30205916-30205956)
chr5 (1-33)||(30522299-30522331)
chr5 (1-33)||(30562639-30562671)
chr5 (729-766)||(15347065-15347102)
chr5 (734-767)||(16396737-16396770)
chr5 (729-766)||(17927655-17927692)
chr5 (3-36)||(30430351-30430384)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (70-793)||(26706816-26707530)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (70-796)||(20296490-20297222)
chr4 (689-775)||(52352049-52352135)
chr4 (1-46)||(20297258-20297303)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (71-367)||(7098897-7099193)
chr1 (71-364)||(7582056-7582349)
chr1 (651-772)||(7099474-7099595)
chr1 (651-775)||(7581648-7581772)
chr1 (1-37)||(7582395-7582431)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (308-552)||(25294018-25294262)
chr3 (729-766)||(8187165-8187202)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 34)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 797
Target Start/End: Original strand, 30749046 - 30749842
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749046 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagattcctccttgtatacccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 30749145  T
Q  101 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749146 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacattgtttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 30749245  T
Q  201 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  30749246 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaatgttaggaaacatgagagacaaagatttac 30749345  T
Q  301 attctct-aatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnn 399  Q
    || || | ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||| || |||||||||||||||   ||   |||||||||||| ||||| ||      
T  30749346 at-ctgtcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagcgttttgggagacaactcagtttacgacagcgttttattttcaagatttccagtt 30749444  T
Q  400 nnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggc-tctcgga 498  Q
         | |||||||||||| | ||||||||||| ||| | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||    
T  30749445 tttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatct-gga 30749543  T
Q  499 taaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaagga 598  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30749544 taaaggatgtgcgtaaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaaatactacacaactcaaaccatgttcgcaagga 30749643  T
Q  599 ttcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattc 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30749644 ttcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtcgttattgtcaaaactaatatggtgtgtgcttttcgacaaactagtcaagtttgcattc 30749743  T
Q  699 tccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccattttt 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749744 tccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgaatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccattttt 30749842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 71 - 797
Target Start/End: Original strand, 30059842 - 30060568
Alignment:
Q  71 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagt 170  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||   ||||||||| ||||  ||||    
T  30059842 ccatgacaagtataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcaaataacctgccaacattgtttaatccttggatatgcagt 30059941  T
Q  171 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaa 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30059942 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaa 30060041  T
Q  271 tgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttatt 370  Q
    |||||||||||||  ||||||||||   |||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||| || |||||||||||||||      
T  30060042 tgttaggaaacatgagagacaaagaccgacatacttcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagcgttttgggagacaactcagtttacg 30060141  T
Q  371 gcaatattttattttcaatatttcgagnnnnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatga 470  Q
     || | |||||||||||| ||||| ||       | |||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||| ||| || |||||||||||||||||||    
T  30060142 acagtcttttattttcaagatttccagtttttgtaagttgtaaattgagtcaggcaacttttttatatcaagagaacgaagttccaaataccttaaatga 30060241  T
Q  471 attaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttc 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  30060242 attaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgaaaaagtac 30060341  T
Q  571 tacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgct 670  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060342 tacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgct 30060441  T
Q  671 ttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaa 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30060442 ttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaaggtcatgcatcttgaatgaa 30060541  T
Q  771 atgtcgccagaaaattcatccattttt 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30060542 atgtcgccagaaaattcatccattttt 30060568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 30677868 - 30677079
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677868 tgagatttgagtgaggtttaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagattcctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 30677769  T
Q  101 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 200  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30677768 tttatccatcaatttagccgcttcagcttcagataaactagcaacattgtttaatcctttgatactcagttttccactgaggtttagatcacgtaactct 30677669  T
Q  201 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677668 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttctaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 30677569  T
Q  301 attctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnnn 400  Q
    | | |  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| || || |||||||  || | |||||||||||| ||||| ||       
T  30677568 aatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaagcgttttggaagccagctaagtttatcacagtgttttattttcaagatttccagctt 30677469  T
Q  401 nnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggata 500  Q
        |||||||||||||| ||||||||| | | ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   ||||||    
T  30677468 ttttaggttgtaaattgagtcaggcaacatatttatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatccggata 30677369  T
Q  501 aaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggatt 600  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||  ||     ||  |||| |||| |||||| ||||||||    
T  30677368 aaggatgtgcataaaacccgaagagaaaggtatgttgggaagaaatcatgtttttttttggaataa---taactcaactgaaacaatgttctcaaggatt 30677272  T
Q  601 caactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctc 700  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||    
T  30677271 caacttttttgaaagcattcttatcaaaggataacaagtctttgaggtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgttttttttctc 30677172  T
Q  701 caaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccat 793  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||    
T  30677171 caaatacatacattctggccccattactaattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttaaaagaaatgtctccagaatattcatccat 30677079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 30243072 - 30242280
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||  |  | | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243072 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaattatagattcatgttgggatatccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 30242973  T
Q  101 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30242972 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacattgtttaagtgttggatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 30242873  T
Q  201 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||    
T  30242872 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatatacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaatgttaggaaacatgagagacaaagaccgac 30242773  T
Q  301 attctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnnn 400  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  ||| || |||||||||||||||   |||| |||||||||||| ||||| ||       
T  30242772 attctttaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagtgttttgggagacaactcagtttacgacaatgttttattttcaagatttccagctt 30242673  T
Q  401 nnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggata 500  Q
        |||||||||||||| |||||||| ||||  |||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   ||||||    
T  30242672 ttttaggttgtaaattgagtcaggcaaatttttgatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactccctagtgatggcatccggata 30242573  T
Q  501 aaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggatt 600  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || | |   ||  |||| |||| |||||| ||||||||    
T  30242572 aaggatgtgcataaaacccgaagagaaaggtatgttgggaagttatcatgttttt-ttttggcataat--aactcaactgaaacaatgttctcaaggatt 30242476  T
Q  601 caactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctc 700  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||    
T  30242475 caacttttttgaaagcattcttatcaaaggataacaagtctttgtagtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgtttttgttctc 30242376  T
Q  701 caaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttt 796  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  30242375 caaatacatacattctggccccattactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctccagaatattcatccatttt 30242280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 70 - 797
Target Start/End: Original strand, 30399549 - 30400273
Alignment:
Q  70 cccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcag 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||| |||| |||| ||||| |||    
T  30399549 cccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaatcagccgcttgagcttgagataaactgccaaaatcttttaagccttcgatacgcag 30399648  T
Q  170 ttttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttcca 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  30399649 ttttccaccgaggtttagatcacgtaactctgacaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgtttttagactagttaattttcca 30399748  T
Q  270 atgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttat 369  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  ||| | |  ||| ||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| ||| || |||||| |||||| |     
T  30399749 atgttaggaaacattcgagacaaagatatacaatattcaataactatatgtctaagattttgtaagaaagccaagcgttttgggagacaaatcagttcac 30399848  T
Q  370 tgcaatattttattttcaatatttcgagnnnnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatg 469  Q
      |||| ||||||||||||  |||| ||       | |||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||  ||  |||||||||||||||||    
T  30399849 cacaatgttttattttcaaggtttccagtttttgtaagttgtaaattgagtcaggcaactcttgtatgtcaagataaagaagctccaaataccttaaatg 30399948  T
Q  470 aattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagtt 569  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||      
T  30399949 aattaaactacctagtaatggcccccggataaaggttgtgcataaaacccgaagagaagggtctgttgggaagtaatcctgttcttcttttggaaaag-- 30400046  T
Q  570 ctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgc 669  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||  ||||| |||||| | |  | |  || |||||| |||||||||||||    
T  30400047 -tagaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaacttttctgaaggcaccctcatcgaatgataacaaattatcagagttaaaacttatgtggtgtgtgc 30400145  T
Q  670 tttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatga 769  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30400146 tttttgacaaactagtcatgtttgcattctccaaatatatacattcttgccccattactgacttagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaatga 30400245  T
Q  770 aatgtcgccagaaaattcatccattttt 797  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30400246 aatgttgccagaaaattcatccattttt 30400273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 793
Target Start/End: Original strand, 29871589 - 29872369
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||   |||||| ||  |   ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29871589 tgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtacttgctcagcactaattatagattcctgttgcgatatccatgacaagcataattgatgaaggtcttt 29871688  T
Q  101 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29871689 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacattgtttaatccttcgatactcagttttccaccgagttttagatcacgtaactct 29871788  T
Q  201 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  29871789 gtcaaactattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatactagacaaagatcgac 29871888  T
Q  301 attctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnnn 400  Q
    |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || || |||||||  || |||||||||||||| ||||| ||       
T  29871889 attcttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaagcgtttcggaagccagctaagtttatcacagtattttattttcaagatttccagctt 29871988  T
Q  401 nnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggata 500  Q
        || ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||   ||||||    
T  29871989 ttttagattgtaaattgagtcaggcaacttttttatgtcaagaaaacgaagtcccaaataccttaaatgaattaaactccccagtgatggcatccggata 29872088  T
Q  501 aaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggatt 600  Q
    |||| |  |||||||||||| |||||||| | || |||||||| ||||||||||  |||||  ||        | ||||| ||| |||||| ||||||||    
T  29872089 aaggatgcgcataaaacccggagagaaagatatgctgggaagttatcatgtttt--ttttggtaa------gaataactc-aacaatgttctcaaggatt 29872179  T
Q  601 caactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctc 700  Q
    ||||| ||||||||||||  |  || |||||||||    |||| | ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||    
T  29872180 caacttttttgaaagcattttcatcaaaggataac---actttgtagtcaacaacaatgtggtgtgtgctttttgacaaactggtcatgtttttgttctc 29872276  T
Q  701 caaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccat 793  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  29872277 caaatgcatacattcttgccccattattgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctccagaatattcatccat 29872369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 71 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 30714052 - 30713336
Alignment:
Q  71 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagt 170  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  30714052 ccatgacaagtataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcaaataaactgccaacattgtttaatcctttgatactcagt 30713953  T
Q  171 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaa 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30713952 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaa 30713853  T
Q  271 tgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttatt 370  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  30713852 tgttaggaaacattcgagacaaagatcgacattcttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaagcgtttcggaaggcaactaagtttatt 30713753  T
Q  371 gcaatattttattttcaatatttcgagnnnnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatga 470  Q
     || | |||||||||||| ||||| ||       | |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  30713752 acagtgttttattttcaagatttccagtttttgtaagttgtaaattgagtcaggcaacttttttatgccaagagaatgaatttccaaataccttaaatga 30713653  T
Q  471 attaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttc 570  Q
    |||||||| |    || |||  |  | | ||||| | ||| |||||| ||||||||   ||||  |||||||| ||||||||||| ||   | | | |||    
T  30713652 attaaactcc---atactgggacctgtagaaaggatgtgcttaaaactcgaagagagctgtttaatgggaagtgatcatgttttt-ttgcaatataattc 30713557  T
Q  571 tacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgct 670  Q
    | |  || |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||  ||||| |||||| | | || |  || |||||| |||||||||||| |    
T  30713556 tcc--aagtcaaacaatgttcgtaaggattcaacttttttgaaggcaccctcatcgaatgataacaatttttcagagtgaaaacttatgtggtgtgtgtt 30713459  T
Q  671 ttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaa 770  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  30713458 ttttgtcaaattagtcatgtttgcattctccaaatacacacattctttccccgttactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcattttaaaagaa 30713359  T
Q  771 atgtcgccagaaaattcatccat 793  Q
    ||||  |||||| ||||||||||    
T  30713358 atgtttccagaatattcatccat 30713336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 793
Target Start/End: Original strand, 30435225 - 30436011
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||||   |||||| ||  |   ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30435225 tgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtaattgctcagatctaattatagattcctgttgcgatatccacgacaagcataattcatgaaggtcttt 30435324  T
Q  101 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30435325 tttacccttcaaattagccgcttcagcttcagataaactaccaacattgtttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcatgtaactct 30435424  T
Q  201 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||| |||    
T  30435425 gtcaagctatttcctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaatgttgggaaacattcgaaataaagatccac 30435524  T
Q  301 attctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnnn 400  Q
    || ||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||| ||| || ||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||| ||       
T  30435525 atccttcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaaaccaagcgttttgggagacaactcagttcacgacaatattttattttcaagatttccagttt 30435624  T
Q  401 nnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggata 500  Q
        | |||||||||||| | ||||||||||| ||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    || |||  || | | |    
T  30435625 ttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttttatatcaagagaacaaagttccaaataccttaaatgaattaaactcc---atactgggccttgtaga 30435721  T
Q  501 aaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggatt 600  Q
     ||| | ||| |||||| ||||||||   ||||  |||||||| ||||||||||| ||   | | | |||| |  || |||||| ||||||| |||||||    
T  30435722 gaggatgtgcttaaaactcgaagagagctgtttaatgggaagtgatcatgttttt-ttggaatataattctcc--aagtcaaacaatgttcgtaaggatt 30435818  T
Q  601 caactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctc 700  Q
    ||||| ||||||| ||| |||  ||||| |||||| | | || |  || |||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  30435819 caacttttttgaaggcaccctcatcgaatgataacaaattttcagagttaaaacttatgtggtgtgtgttttttgtcaaattagtcatgtttgcattctc 30435918  T
Q  701 caaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccat 793  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||    
T  30435919 caaatacatacattctttccccgttactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctccaaaatattcatccat 30436011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 81 - 782
Target Start/End: Original strand, 30206008 - 30206706
Alignment:
Q  81 cataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccga 180  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||| | ||||||  |||| ||||||||||| |||||||| || |    
T  30206008 cataattcctggaggtcttttttacccatcaaattggctgcttgagcttcagataaactacaaacatcatttaaacctttgatacttagttttcctccca 30206107  T
Q  181 ggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaa 280  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||    
T  30206108 ggtttagatcgtgtaactctgccaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaggttaattttccaatgtatggaaa 30206207  T
Q  281 catacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatatttt 380  Q
    |||  || |||| || |  || ||| ||||||| | |||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |  |||| ||||    
T  30206208 catgtgaaacaatgaatggcaatctttaatgacaagatgtctgagattctgtaaacaagccaagcctttcggaagacagctaagtttttgacaatctttt 30206307  T
Q  381 attttcaatatttcgagnnnnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactac 480  Q
    |||||||| ||||| ||       | |||||||||||| || |||||| ||| ||| | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30206308 attttcaagatttccagtttttgtaagttgtaaattgagtccggcaacatttttatttcaagagaacgaagttccaaataccttaaatgaattaaactcc 30206407  T
Q  481 ctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagttctacaaaactc 580  Q
    ||||| ||||  |  ||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| |||| |||||    | |  | |  ||||     
T  30206408 ctagtgatggtacctggataaaggatgtgcataaaacccgaagggaacggtttgttggcgagtaatcatg-ttttgttttggtgtaatgattc--aactg 30206504  T
Q  581 aaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaa 680  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||  ||| | || || |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30206505 aaacaatgttctcaaggattcaactttcctgaaggcaccctcgtcgaatgataacacgtcatcatagtgaaaacttatgtggtgtgtgctttttgacaaa 30206604  T
Q  681 ctagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccag 780  Q
     |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  30206605 gtagtcatgtttgaattctccaaatacatacattcttgacccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctccag 30206704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Original strand, 30482807 - 30483284
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| ||  | | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482807 tgagatttgagtgaggttgaagctcttcaagtacttgctcagcactaattatagattcctgttgggatatccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 30482906  T
Q  101 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||   ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482907 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataacctgccaacattgtttaatccttggatatgcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 30483006  T
Q  201 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||    
T  30483007 gtcaagctattccctttctctacactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaatgttaggaaacatttgagacaaagaccgac 30483106  T
Q  301 attctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnnn 400  Q
    |||||  ||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||| ||| || ||||||||||| |||   || | |||||||||||| ||||| ||       
T  30483107 attcttcaatgactatatgcctaagattttgtaagcaagccaagcgttttgggagacaactcagattacgacagtcttttattttcaagatttccagttt 30483206  T
Q  401 nnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaact 478  Q
        | |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30483207 ttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttctatgtcaagataaataagttccaaataccttaaatgaattaaact 30483284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 30339225 - 30338748
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtagatttctccttgtatccccatgacaagcataattcatgaaggtcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||   |||||| ||  |   ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  30339225 tgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagcacttgctcagcactaattatagattcctgttgcgatatccacgacaagcataattgatgaaggtcttt 30339126  T
Q  101 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||   ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339125 tttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataacctgccaacattgtttaatccttggatatgcagttttccaccgaggtttagatcacgtaactct 30339026  T
Q  201 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaacatacgagacaaagattcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||    
T  30339025 gtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagataattttccaatgttaggaaacattagagacaaagaccgac 30338926  T
Q  301 attctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnnn 400  Q
    |||||  ||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||  |||  |||||||||||| ||||| ||       
T  30338925 attcttcaatgactatatgcctaagattttgtaagcaagccaagcgttttggaagacaactcagtttatcacaacgttttattttcaagatttccagttt 30338826  T
Q  401 nnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaact 478  Q
        | |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30338825 ttgtaagttgtaaattgagttaggcaacttttctatgtcaagataagtaagttccaaataccttaaatgaattaaact 30338748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 70 - 478
Target Start/End: Original strand, 29852783 - 29853191
Alignment:
Q  70 cccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcag 169  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  29852783 cccatgacaaacataattcatgaatgtctgttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgcccacatcttttaagcctttgatactcag 29852882  T
Q  170 ttttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttcca 269  Q
     |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  29852883 ctttccaccaaggtttagatcacataactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacatgcttaatgttcttagacaagataatttgcca 29852982  T
Q  270 atgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttat 369  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||||||| |     
T  29852983 atgttaggaaacatgagagacaaagatcgacatcctttaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagtgtttcgggagacaactcagttcac 29853082  T
Q  370 tgcaatattttattttcaatatttcgagnnnnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatg 469  Q
     ||| | |||||||||||||||||| ||       | |||||||||||| || |||||| ||| ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  29853083 cgcagtcttttattttcaatatttccagtttttgtaagttgtaaattgagtccggcaacatttttatgtcaagagaacgaagttccaaataccttaaatg 29853182  T
Q  470 aattaaact 478  Q
    |||||||||    
T  29853183 aattaaact 29853191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 579 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 30338647 - 30338433
Alignment:
Q  579 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 678  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||||  |||  ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30338647 tcaaacaaagttcgcaaggattcaacttttttgaaagcattttcatcgaaggataaaaagttgttgctgtcaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgaca 30338548  T
Q  679 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgcc 778  Q
    || |||||  ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30338547 aattagtcgtgtttttattctccaaacacatacattcttgccccattactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctcc 30338448  T
Q  779 agaaaattcatccat 793  Q
    |||| ||||||||||    
T  30338447 agaatattcatccat 30338433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 579 - 793
Target Start/End: Original strand, 30483385 - 30483599
Alignment:
Q  579 tcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgaca 678  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||||  | |  ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30483385 tcaaacaatgttcgcaaggattcaacttttttgaaagcattttcatcgaaggataaaaatttcttgctgttaaaaccaatgtggtgtgtgctttttgaca 30483484  T
Q  679 aactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtcgcc 778  Q
    || |||||  ||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  30483485 aattagtcgtgtttttattctccaaacacgtacattcttgccccattactgattgagcgagatcatggacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtctcc 30483584  T
Q  779 agaaaattcatccat 793  Q
    |||| ||||||||||    
T  30483585 agaatattcatccat 30483599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 650 - 793
Target Start/End: Original strand, 29853363 - 29853506
Alignment:
Q  650 aaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggaca 749  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29853363 aaaacttatgtggtgtgtgctttttgtcaaactagtcatgtttgcattctccaaatacacacattcttgccccattactgattgagcgagatcatggaca 29853462  T
Q  750 agatcatgcatcttgaatgaaatgtcgccagaaaattcatccat 793  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||  ||||||||||    
T  29853463 agatcatgcatcttgaaaaaaatgtctccagagtattcatccat 29853506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 17418869 - 17418576
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaaccgtag------------atttctccttgtatccccatgacaagcataattc 88  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||            |||  || |||  |  ||| ||||||||||||||    
T  17418869 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtagttgctcagcactaacaataggggtctttgtcaattcatcgttgcttttccacgacaagcataattc 17418770  T
Q  89 atgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagttttccaccgaggtttaga 188  Q
     || |||||||||||||| ||||| |||||  ||| |||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17418769 ttggaggtcttttttacctatcaacttagcttcttgagcttcagataaattaccaacatcttttaagcctttgatactcaattttccaccgaggtttaga 17418670  T
Q  189 tcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaatgttaggaaaca 282  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||| | ||||||||||||| |||  ||||||||    
T  17418669 tcacctaactctaccaagctattacctctctctgaactaacaatgtataagcttaatgttcttagagaagttaattttccgatgcaaggaaaca 17418576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 586 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 30331249 - 30331060
Alignment:
Q  586 atgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagt 685  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |  ||||  |||||| | |  ||   ||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||    
T  30331249 atgttcgcaaggattcaacttttttgaaggcaccgtcatcgattgataacaaattattggagtcaaaacttatgtgatgggtgctttttgtcaaactagt 30331150  T
Q  686 caagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtc 775  Q
    || |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||| || ||||||| || |||| || ||||||||    
T  30331149 catgtttgcattctccagatacatatattgttgctccagtattgattgagcaagatcattgaaaagatcacgcgtctttaaagaaatgtc 30331060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 576 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 17418291 - 17418150
Alignment:
Q  576 aactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgctttttg 675  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  | ||  |||| |||||| | |  || |||||  |||||||||||||||||||    
T  17418291 aactgaaacaatgttcgcaaggattcaacttttttgaaggcatcctcattgagtgatagcgagtcatcagagtgaaaacatatgtggtgtgtgctttttg 17418192  T
Q  676 acaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattctt 717  Q
    ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17418191 acaaaataatcatgtttgcattctctaaatacatacattctt 17418150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 30059760 - 30059808
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaac 49  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  30059760 tgagatttgagtgaggttgaagaacttcaagtacttgctcaacactaac 30059808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 30714134 - 30714086
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaac 49  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  30714134 tgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtacttgctcagcactaac 30714086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 30399468 - 30399515
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcactaa 48  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  30399468 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcgagtacttgctgagcactaa 30399515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Original strand, 30474775 - 30474818
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagca 44  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30474775 tgagatttgagtgaggttgaagcatttcaagtacttgctcagca 30474818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 663 - 772
Target Start/End: Original strand, 17982972 - 17983081
Alignment:
Q  663 tgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatct 762  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||    ||||||||| |||  || |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  17982972 tgtgtactttttgacaagttagtcacagatgcattctctaaaaccacacattcatgccccgctactgattgagcaagatcatggacgagatcgtgcattt 17983071  T
Q  763 tgaatgaaat 772  Q
    |||| |||||    
T  17983072 tgaaagaaat 17983081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 728 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 30521601 - 30521556
Alignment:
Q  728 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatg 773  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30521601 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcaacttgaaagaaatg 30521556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 728 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 30561941 - 30561896
Alignment:
Q  728 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatg 773  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30561941 tgattgagcaagatcatggacaagatcatgcaacttgaaagaaatg 30561896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 695 - 775
Target Start/End: Original strand, 30475472 - 30475552
Alignment:
Q  695 attctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtc 775  Q
    ||||||||||  |||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||||||    
T  30475472 attctccaaaatcatacactctgaccccataactgattgagcaagatcatgcactaggtcatgcatcttgaaagtaatgtc 30475552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Original strand, 29852702 - 29852742
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctca 41  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29852702 tgagatttgagtgaggttgaagctcttcgagtacttgctca 29852742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Original strand, 30205916 - 30205956
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctca 41  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  30205916 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaaatagttgctca 30205956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Complemental strand, 30522331 - 30522299
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 33  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30522331 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 30522299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Complemental strand, 30562671 - 30562639
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 33  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30562671 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagta 30562639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 729 - 766
Target Start/End: Original strand, 15347065 - 15347102
Alignment:
Q  729 gattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaa 766  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  15347065 gattgagcaagatcatgaacaagatcatgcatcgtgaa 15347102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 734 - 767
Target Start/End: Original strand, 16396737 - 16396770
Alignment:
Q  734 agcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaat 767  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16396737 agcaagatcatgaacaagatcatgcatcttgaat 16396770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 729 - 766
Target Start/End: Original strand, 17927655 - 17927692
Alignment:
Q  729 gattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaa 766  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  17927655 gattgagcaagatcatgaacaagatcatgcattttgaa 17927692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 36
Target Start/End: Original strand, 30430351 - 30430384
Alignment:
Q  3 agatttgagtgaggttgaagcacttcaagtactt 36  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30430351 agatttgagtgagattgaagcacttcaagtactt 30430384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 70 - 793
Target Start/End: Original strand, 26706816 - 26707530
Alignment:
Q  70 cccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcag 169  Q
    ||||||||||||||||||  |  |||| |||||| ||||||||||| ||  ||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  26706816 cccatgacaagcataatttttcgaggttttttttccccatcaaattggcttcttgagcttcagataaactgccaacatcttttaagccttcgatactcag 26706915  T
Q  170 ttttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttcca 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  26706916 ttttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaggataattttcca 26707015  T
Q  270 atgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttat 369  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  26707016 atgctaggaaacattcgagacaaagatccacatccttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagtcaagtgtttaggaagacaactcagattat 26707115  T
Q  370 tgcaatattttattttcaatatttcgagnnnnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatg 469  Q
      |||| |||||||||||| ||||| ||       | |||||||||||| | ||| ||||||| ||| | |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  26707116 cacaatcttttattttcaagatttccagtttttttaagttgtaaattgagttaggaaacttttttatatcaagataacgaagttccaaataccttaaatg 26707215  T
Q  470 aattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagtt 569  Q
    |||||| || |||||| ||    |  |      || | |||||||||||||||||||  |||||  |||||||| |||||| |||| ||  |  | | ||    
T  26707216 aattaagctccctagtgataatacctg------ggatgtgcataaaacccgaagagagcggtttaatgggaagtgatcatggtttt-ttggggaataatt 26707308  T
Q  570 ctacaaaactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggtgtgtgc 669  Q
    || |  || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||   | |||  ||||| |||||  |    |    || |||||| |||||||||||||    
T  26707309 cttc--aagtcaaacaatgttcgcaaggattcaacttttttgaagataccctcatcgaatgataaaaaagtatcggagttaaaacttatgtggtgtgtgc 26707406  T
Q  670 tttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatga 769  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26707407 tttttgtcaaactactcatgtttgcattctccaaatacatgcattcttgtcccattactgattgagcgagatcatggataagatcatgcatcttgaaaga 26707506  T
Q  770 aatgtcgccagaaaattcatccat 793  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||    
T  26707507 aatgtctccagaatattcacccat 26707530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 70 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 20297222 - 20296490
Alignment:
Q  70 cccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcag 169  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  20297222 cccaagacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattggcttcttgagcttcagatatactgccaacatcttttaagcctttgatactcag 20297123  T
Q  170 ttttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttcca 269  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  20297122 ttttccaccaagttttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctttaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagataattttcca 20297023  T
Q  270 atgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttat 369  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||   ||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||  || | ||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  20297022 atgctaggaaacattcgagacaaagaccaacaatcttcaatgactatatgtctaagattttgtaggcaggccaagtgtttcggaagacaactcagattat 20296923  T
Q  370 tgcaatattttattttcaatatttcgagnnnnnnnaggttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatg 469  Q
      ||   | ||||||||||  |||| |        | |||||||||||| |||||||||| || ||||  ||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  20296922 cacagcgtattattttcaaggtttccaatttttgcaagttgtaaattgagtcaggcaactcttttatgacaagattacgaagctccaaataccttaaatg 20296823  T
Q  470 aattaaactacctagtaatggctctcggataaaggttatgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtttttcttttgacaaagtt 569  Q
    |||||||||  ||||| || || |  || |||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||| ||  ||       
T  20296822 aattaaactctctagtgatcgcacatgggtaaaggatgtgcgcaaaacccgaagagaaaggtttgttgggatgtaatcatgatctattttggaataatga 20296723  T
Q  570 ctacaa------aactcaaaccatgttcgcaaggattcaactattttgaaagcatccttgtcgaaggataacgagtctttattgtcaaaactaatgtggt 663  Q
      | ||      |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| || ||||||| ||||| | | |||||||| ||||||||    
T  20296722 tgataatcactcaactgaaacaatgttcgcaaggattcaacttctttgaaggcacccttgttgatggataacaagtctgtgtagtcaaaaccaatgtggt 20296623  T
Q  664 gtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatctt 763  Q
    ||||||||  ||||||| |||| | ||||  || |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||   |||||||  |||||||||||||||||    
T  20296622 gtgtgcttcgtgacaaattagtaacgtttttatcctccaaatacatacattctttccccactactgaatgaaggagatcataaacaagatcatgcatctt 20296523  T
Q  764 gaatgaaatgtcgccagaaaattcatccatttt 796  Q
    |||  |||| || | |||| ||||||| |||||    
T  20296522 gaaataaatatctctagaatattcatctatttt 20296490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 689 - 775
Target Start/End: Original strand, 52352049 - 52352135
Alignment:
Q  689 gtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaatgaaatgtc 775  Q
    ||||| |||||||| |  |||||| ||| ||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52352049 gtttgtattctccataatcatacactctggccccacaattgattgagcaagatcatgtacaagatcatgcatcttgaaagaaatgtc 52352135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Complemental strand, 20297303 - 20297258
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttgctcagcact 46  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  20297303 tgagatttgactgaggttgaagcacttcgagtactttctcagcact 20297258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 71 - 367
Target Start/End: Original strand, 7098897 - 7099193
Alignment:
Q  71 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagt 170  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||  ||| |||||||| |||||| ||||||| |  ||| ||||||||   |||     
T  7098897 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccattaaattggcttctttagcttcagataaactaccaacattttgtaagcctttgatctccagc 7098996  T
Q  171 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaa 270  Q
    ||||| || |  |||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| ||| ||||||| || |||||||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  7098997 tttcctcctaaatttagatcacgtaactctgctaagctatgtcctttctcgaaattaacaatataaacacttaaggttcttaagcaagataattttccaa 7099096  T
Q  271 tgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagttt 367  Q
    ||| ||||||||| |||||||| || | |||  ||  ||||| || |||| ||||||||||||| |||| ||||  ||  |||||||||||||||||    
T  7099097 tgtgaggaaacatgcgagacaatgaattacaaccttcaatgattaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttctggaagacaactcagttt 7099193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 71 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 7582349 - 7582056
Alignment:
Q  71 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagctaaactgccaacatctcttaatcctttgatactcagt 170  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| |||||||| |||||| || |||| |  ||| ||| ||||   |||     
T  7582349 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 7582250  T
Q  171 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaa 270  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | ||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7582249 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatataaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 7582150  T
Q  271 tgttaggaaacatacgagacaaagattcacattctctaatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcag 364  Q
      | | ||||||| ||||||||  | | ||| |||  |||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||    
T  7582149 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttccggaagacaactcag 7582056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 651 - 772
Target Start/End: Original strand, 7099474 - 7099595
Alignment:
Q  651 aaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaa 750  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||  | |||||| || |||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  7099474 aaactaatatgatgtgtgctttttgacaagttagtcacatatgcattatctaaaaccatacattcttgcccccctactgattgagcaagatcatggacga 7099573  T
Q  751 gatcatgcatcttgaatgaaat 772  Q
    |||||||||| ||||| |||||    
T  7099574 gatcatgcattttgaaagaaat 7099595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 651 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 7581772 - 7581648
Alignment:
Q  651 aaactaatgtggtgtgtgctttttgacaaactagtcaagtttgcattctccaaatacatacattcttgccccattactgattgagcaagatcatggacaa 750  Q
    |||||||| || || ||||||||||||| | | |||||   | ||||||| |||  ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||  |    
T  7581772 aaactaatatgatgggtgctttttgacatatttgtcaaacattcattctctaaaaccatacattcttgcaccactactgatcgagcaagatcatggatga 7581673  T
Q  751 gatcatgcatcttgaatgaaatgtc 775  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||    
T  7581672 gatcatgcattttgaaagaaatgtc 7581648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Complemental strand, 7582431 - 7582395
Alignment:
Q  1 tgagatttgagtgaggttgaagcacttcaagtacttg 37  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7582431 tgagatttgtgtgaggttgaagcacttcaagtacttg 7582395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 308 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 25294262 - 25294018
Alignment:
Q  308 aatgactatatgtttaagattttgtaaacaagtcaagcctttcggaagacaactcagtttattgcaatattttattttcaatatttcgagnnnnnnnagg 407  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||| |||| |||   ||| ||||||| |||||||||||   ||||||||||||| || ||||| ||       | |    
T  25294262 aatgattagatgtctaagattttgtaagcaagccaaatgttttggaagaccactcagtttatcataatattttatttttaagatttccagtatttttaag 25294163  T
Q  408 ttgtaaattgaatcaggcaacttttctatgttaagataacaaatttccaaataccttaaatgaattaaactacctagtaatggctctcggataaaggtta 507  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||| ||||| |||| || ||| | |||||||||||||||||||||| || |||| | ||||  || ||||||||| |     
T  25294162 ttgtaaattgagtcagacaacatttttatgtcaagagaataaagtgccaaataccttaaatgaattaagcttcctattgatggtacttggataaaggatg 25294063  T
Q  508 tgcataaaacccgaagagaaaggtttgttgggaagtaatcatgtt 552  Q
    |||||||||| |||||| || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  25294062 tgcataaaactcgaagacaacggtttgttgagaagtgatcatgtt 25294018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 729 - 766
Target Start/End: Original strand, 8187165 - 8187202
Alignment:
Q  729 gattgagcaagatcatggacaagatcatgcatcttgaa 766  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8187165 gattgagcaagatcatgtacaagatcatgcatcttgaa 8187202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University