View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13764_high_2 (Length: 852)
Name: NF13764_high_2
Description: NF13764
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13764_high_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 823; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 823; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 850
Target Start/End: Original strand, 33883615 - 33884449
Alignment:
| Q |
16 |
caaattgtgaatctcagctatacaatcaagaacatgaaatcctattaagcataaaaaaccatttccaaaatccatcattccttagtcattggacaaaatc |
115 |
Q |
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| T |
33883615 |
caaattgtgaatctcagctatacaatcaagaacatgaaatcctattaagcataaaaaaccatttccaaaatccatcattccttagtcattggacaaaatc |
33883714 |
T |
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| Q |
116 |
aaacacttcatcacattgtttatggccagaaatcctttgcacaaagaattcagtcacttcactttcaatgatcaataagaacataacacaaacaataccg |
215 |
Q |
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| T |
33883715 |
aaacacttcatcacattgtttatggccagaaatcctttgcacaaagaattcagtcacttcactttcaatgatcaataagaacataacacaaacaataccg |
33883814 |
T |
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| Q |
216 |
cttttcctatgtgaactcaaaaacctcacttacattgattttcaatacaattatattccaaatgagtttccaacatccttatataattgttccaagattg |
315 |
Q |
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| T |
33883815 |
cttttcctatgtgaactcaaaaacctcacttacattgattttcaatacaattatattccaaatgagtttccaacatccttatataattgttccaagattg |
33883914 |
T |
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| Q |
316 |
aacatcttgatctttcagataacttctttgtcggtaacattccgaatgatatcgatcggttggccagtctgcagctccttagccttggagcaaacaactt |
415 |
Q |
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| T |
33883915 |
aacatcttgatctttcagataacttctttgtcggtaacattccgaatgatatcgatcggttggccagtctgcagttccttagccttggagcaaacaactt |
33884014 |
T |
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| Q |
416 |
ttcaggtgatattccaatgagtattggtaagttgaggaatttgaaaagtcttcgactttatgaatgtcttttcaatggtagtattgctaatgaaattgga |
515 |
Q |
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| T |
33884015 |
ttcaggtgatattccaatgagtattggtaagttgaggaatttgaaaagtcttcgactttatgaatgtcttttcaatggtagtattgctaatgaaattggt |
33884114 |
T |
|
| Q |
516 |
ggtttgttaaatctcgaaacactgtcaatgttctcaaatagtatgctacctaggacaaagttgccatctagttttactaagttgaagaatttaaggatgt |
615 |
Q |
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| T |
33884115 |
gatttgttaaatctcgaaacactgtcaatgttctcaaatagtatgctacctaggacaaagttgccatctagttttactaagttgaagaatttaaggatgt |
33884214 |
T |
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| Q |
616 |
ttcatatgtatgactccaacttgtttggtgagattcctgtaacaattggtgaaatgatggctttggagtatttggatttatcaggaaattttttgagtgg |
715 |
Q |
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| T |
33884215 |
ttcatatgtatgactccaacttgtttggtgagattcctgtaacaattggtgaaatgatggctttggagtatttggatttatcaggaaattttttgagtgg |
33884314 |
T |
|
| Q |
716 |
aaaaattccaaatggtttgttcatgctaaagaatttgagcatagtgtacctttacagaaatagtctctttggagagataccaagtttggttgaagcattg |
815 |
Q |
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| T |
33884315 |
aaaaattccaaatggtttgttcatgctaaagaatttgagcatagtgtacctttacagaaatagtctctttggagagataccaagtttggttgaagcattg |
33884414 |
T |
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| Q |
816 |
aatttgacagaaattgatctttcagagaataatct |
850 |
Q |
| |
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| T |
33884415 |
aatttgacagaaattgatctttcagagaataatct |
33884449 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 33897857 - 33897036
Alignment:
| Q |
23 |
tgaatctcagctatacaatcaagaacatgaaatcctattaagcataaaaaaccatttccaaaatccatcattccttagtcattggacaaaatcaaacact |
122 |
Q |
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| T |
33897857 |
tgaatctcagctgtataatcaagaacatgaaatcctattaaacataaaaaagcactttcagaatccatcattccttagtcattggataaaatcaaatact |
33897758 |
T |
|
| Q |
123 |
tcatcacattgtttatggccagaaatcctttgcacaaagaattcagtcacttcactttcaatgatcaataagaacataacacaaacaataccgcttttcc |
222 |
Q |
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| T |
33897757 |
tcatcacattgttcatggccagaaatcctttgcacaaagaattcagtcacttcactttcaatgatcaacacaaacataacacaaacaataccacctttcc |
33897658 |
T |
|
| Q |
223 |
tatgtgaactcaaaaacctcacttacattgattttcaatacaattatattccaaatgagtttccaacatccttatataattgttccaagattgaacatct |
322 |
Q |
| |
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| T |
33897657 |
tatgtgaactcaaaaacctcacctacattgattttcagttcaattgcattcctaatgagtttccaaaatctttatacaattgttccaagcttgaacacct |
33897558 |
T |
|
| Q |
323 |
tgatctttcagataacttctttgtcggtaacattccgaatgatatcgatcggttggccagtctgcagctccttagccttggagcaaacaacttttcaggt |
422 |
Q |
| |
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|
| T |
33897557 |
tgacctctcacaaaacttttttgtcggtaccataccgaatgatatagaccggttggcccatctgcagttccttagccttggagcaaacaacttttcaggt |
33897458 |
T |
|
| Q |
423 |
gatattccaatgagtattggtaagttgaggaatttgaaaagtcttcgactttatgaatgtcttttcaatggtagtattgctaatgaaattggaggtttgt |
522 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |
|
|
| T |
33897457 |
gatattccaatgagtattggtaagttgaaaaatttaaaaagtcttcaactttatctatgtaatttcaatggtagtattgcaaatgaaattggtgatttgt |
33897358 |
T |
|
| Q |
523 |
taaatctcgaaacactgtcaatgttctcaaatagtatgctacctaggacaaagttgccatctagttttactaagttgaagaatttaaggatgtttcatat |
622 |
Q |
| |
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| T |
33897357 |
tcaatcttgaaacattgttattgttctcaaatcatatgttacctaggacaaagttgccatctagttttacaaagttgaaaaatttaaggaagctttatat |
33897258 |
T |
|
| Q |
623 |
gtatgactccaacttgtttggtgagattcctgtaacaattggtgaa---atgatggctttggagtatttggatttatcaggaaattttttgagtggaaaa |
719 |
Q |
| |
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|
| T |
33897257 |
gtatgactccaacttgtttggtg-gattcctgaaacaattggtgaaatgatgatggctttggagtatttggatttatcacgaaattttataagtgtaaaa |
33897159 |
T |
|
| Q |
720 |
attccaaatggtttgttcatgctaaagaatttgagcatagtgtacctttacagaaatagtctctttggagagataccaagtttggttgaagcattgaatt |
819 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33897158 |
attccaaatggtttgttcatgctaaagaatttgagcatagtgtatctttacagaaatagtctctttggagagataccaagt--------agcattgaatt |
33897067 |
T |
|
| Q |
820 |
tgacagaaattgatctttcagagaataatct |
850 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||| |||||||| |
|
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| T |
33897066 |
tgatagaaattgatctttcagaaaataatct |
33897036 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 796
Target Start/End: Original strand, 33914696 - 33915467
Alignment:
| Q |
25 |
aatctcagctatacaatcaagaacatgaaatcctattaagcataaaaaaccatttccaaaatccatcattccttagtcattggacaaaatcaaacacttc |
124 |
Q |
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| T |
33914696 |
aatctcacttatacaatcaagaacatgaaatcctattaaaaataaaaaaccattttcaaaatccatcatttcttagtcattggacaatatccaacacttc |
33914795 |
T |
|
| Q |
125 |
atcacattgtttatggccagaaatcctttgcacaaagaattcagtcacttcactttcaatgatcaataagaacataacacaaacaataccgcttttccta |
224 |
Q |
| |
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|| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| ||||||||| |||| | ||||||| |
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| T |
33914796 |
attacattgttcatggccagaaatccattgcacaaagaattcagtcacttcacttttaatgatgaacaaagacattacacaaacattaccacctttccta |
33914895 |
T |
|
| Q |
225 |
tgtgaactcaaaaacctcacttacattgattttcaatacaattatattccaaatgagtttccaacatccttatataattgttccaagattgaacatcttg |
324 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||| |||||| |
|
|
| T |
33914896 |
tgtgaactcaaaaacctcactcacattgattttcaatacaattatattccaaatgagtttccaacatccttgtacaattgttccatgcttgaatatcttg |
33914995 |
T |
|
| Q |
325 |
atctttcagataacttctttgtcggtaacattccgaatgatatcgatcggttggccagtctgcagctccttagccttggagcaaacaacttttcaggtga |
424 |
Q |
| |
|
| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33914996 |
acctttcacagaacttctttgtcggtaacataccgaatgatatcgatcggttggccagtctgcagtttcttagccttggagcaaacaacttttcaggtga |
33915095 |
T |
|
| Q |
425 |
tattccaatgagtattggtaagttgaggaatttgaaaagtcttcgactttatgaatgtcttttcaatggtagtattgctaatgaaattggaggtttgtta |
524 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||| |||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||| | |||| | |
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|
| T |
33915096 |
tattccaatgagtattggtaagttgaagaatttaaaaagtcttcaaatttatcaatgtcttgttaatggtactattgctgatgaaattggtgatttggtc |
33915195 |
T |
|
| Q |
525 |
aatctcgaaacactgtcaatgttctcaaatagtatgctacctaggacaaagttgccatctagttttactaagttgaagaatttaaggatgtttcatatgt |
624 |
Q |
| |
|
||||| ||||| ||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
33915196 |
aatcttgaaactttgttattgttctcaaatcatatgttacctaggacaaagttgccatctagttttactaagttgaagaatttaaggaaatttcatatgt |
33915295 |
T |
|
| Q |
625 |
atgactccaacttgtttggtgagattcctgtaacaattggtgaaatgatggctttggagtatttggatttatcaggaaattttttgagtggaaaaattcc |
724 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
33915296 |
atgactccaacttgtttggtgagattcctgaaacaattggtgaaatgatgtctttggaggatttggatttgtcaggaaattttttgagtggaaagattcc |
33915395 |
T |
|
| Q |
725 |
aaatggtttgttcatgctaaagaatttgagcatagtgtacctttacagaaatagtctctttggagagatacc |
796 |
Q |
| |
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|||||||||||| | | || |||||||||||||| || |||||| |||| ||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
33915396 |
aaatggtttgtttagtttgaaaaatttgagcatagtttatctttaccagaataatctttctggagagatacc |
33915467 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 713 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 33896960 - 33896823
Alignment:
| Q |
713 |
tggaaaaattccaaatggtttgttcatgctaaagaatttgagcatagtgtacctttacagaaatagtctctttggagagataccaagtttggttgaagca |
812 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
33896960 |
tggaaaaattccaagtagtttgttcatgctaaagaatttgagcacagtgtaccttgcgatgaatagtctctttggagagataccaaatgtggttgaagca |
33896861 |
T |
|
| Q |
813 |
ttgaatttgacagaaattgatctttcagagaataatct |
850 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
33896860 |
ttgaatttgacaaaaattgatctttcaatgaataatct |
33896823 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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