View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1376_low_21 (Length: 565)

Name: NF1376_low_21
Description: NF1376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1376_low_21
NF1376_low_21
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (30-494)||(31560970-31561434)
chr6 (33-422)||(33411411-33411800)
chr6 (36-526)||(33389533-33390023)
chr6 (33-526)||(33402072-33402565)
chr6 (33-494)||(33305944-33306405)
chr6 (33-526)||(33273250-33273743)
chr6 (32-494)||(33286999-33287461)
chr6 (35-494)||(33642763-33643222)
chr6 (33-417)||(9168229-9168616)
chr6 (33-440)||(33059021-33059428)
chr6 (33-526)||(33264107-33264600)
chr6 (32-216)||(28869210-28869394)
chr6 (351-490)||(31567293-31567432)
chr6 (66-145)||(13609640-13609719)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (263-539)||(31497043-31497319)
chr4 (270-538)||(31477091-31477359)
chr4 (263-530)||(31502221-31502491)
chr4 (38-411)||(31149805-31150175)
chr4 (38-411)||(31158706-31159076)
chr4 (59-365)||(31019278-31019581)
chr4 (59-343)||(31029159-31029440)
chr4 (260-411)||(31489919-31490070)
chr4 (66-356)||(31527894-31528181)
chr4 (260-422)||(31161332-31161492)
chr4 (38-171)||(31497408-31497541)
chr4 (34-142)||(31033470-31033577)
chr4 (38-165)||(31477461-31477588)
chr4 (260-338)||(31483145-31483223)
chr4 (258-343)||(31245394-31245479)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-417)||(17439066-17439450)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (36-526)||(8221-8711)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 31561434 - 31560970
Alignment:
Q  30 atctgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagccca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561434 atctgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagccca 31561335  T
Q  130 atactgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561334 atactgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttt 31561235  T
Q  230 tcgacaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatg 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561234 tcgacaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatg 31561135  T
Q  330 ataatgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatacttt 429  Q
    ||||| ||| |||| ||  |||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||| ||||| ||||   ||||    
T  31561134 ataataattctactccctgcacctaaccattcacgacgcacagctattttttccaattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggcccttt 31561035  T
Q  430 gacgacatagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttct 494  Q
     | |||||||  | | ||| ||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||| |||||||    
T  31561034 catgacatagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttct 31560970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 33 - 422
Target Start/End: Original strand, 33411411 - 33411800
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33411411 tgcagcacatccatgacatcattatgcggactttctctcaatctagccaatgcactcttccattcagccacactatgaccaaacaaaaatgagcccaata 33411510  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33411511 ctttaattgctagtggtagacctttagcataatctagtatctcatttgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 33411610  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 332  Q
    ||||||||||  || ||| || |    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33411611 acaaaataactcgtaagaatctgtactattcataagtggaactttgtaaactacatccactccgtactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 33411710  T
Q  333 atgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaagg 422  Q
    | |||| |||||||| |||||||||| |||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  33411711 acgattctactacccgcacctaaccattcacgatgcacagctattttttccaattgttcaacttgatccacattatcaaaaatcagaagg 33411800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 36 - 526
Target Start/End: Original strand, 33389533 - 33390023
Alignment:
Q  36 agcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactg 135  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33389533 agcacatccatgacatcgttatctggcctttctctcaatctagccaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactt 33389632  T
Q  136 taattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgaca 235  Q
    |||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||    |||||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  33389633 taattgctagtggaagaccattagcataactcagtatctcaaaatccaaattttggtaactactcataataattttctcatgtttgaaagctttttgaca 33389732  T
Q  236 aaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatg 335  Q
    ||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33389733 aaataacttgtgagaatcggtccgattcaaaagtggaactttgtaaactacgtccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatt 33389832  T
Q  336 attttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacgac 435  Q
    ||| |||||||  |||||||||| |||||| | ||| ||||||||||  |||||||| ||| ||| |||||||||| |||||  ||| |  ||| |||||    
T  33389833 attctactacctgcacctaaccactcacgatgcacagctattttttccgattgttcaccttgatccacattatcaagaatcactagggtcttttcacgac 33389932  T
Q  436 atagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttg 526  Q
     ||||||  |||||||||| | || ||| |||| | |||||||||| |||||||||| |   | ||||||||||  |||||||||||||||    
T  33389933 ttagcctacgtcgtatcaaatcagttgcaatgtaacgattgcatatttgatggtgttttatgtcgagagtttgaaatagaatttgcttttg 33390023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 33 - 526
Target Start/End: Original strand, 33402072 - 33402565
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33402072 tgcagcacatccatgacatctttatttggactttctctcaatttagccaatgcactcttccattcagtcacattacgaccgaacaaaaatgagcccaata 33402171  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
    || ||||||| || ||||||||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33402172 ctttaattgcaagtggtagaccactagcataattcaatatcttatttgccaaattttgataattactcataataattttctcagctttgaaagcttttcg 33402271  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 332  Q
    |||||||||| | ||||| |||| |  |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33402272 acaaaataacttatgagattcggtccaattcaaaagttgaactttgtaaactacgtccacttcatactctttcaatatatgttcatctctagaaatgata 33402371  T
Q  333 atgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgac 432  Q
    || ||| |||||||| ||||||| || |||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||     ||| ||    
T  33402372 ataattctactacccgcacctaaacattcacgatgcacacctattttttccaattgttcaacttgatccacattatcaaaaatcagaagagccttttcac 33402471  T
Q  433 gacatagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttg 526  Q
    ||| ||||||  || ||||||| | |  |||  ||| | |||||||||| ||||||||||||     ||||||||||||||| |||||||||||    
T  33402472 gacgtagcctacgttgtatcaaatcaattgcactgtaacgattgcatatttgatggtgttctatgccgagagtttgatgtaggatttgcttttg 33402565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 33 - 494
Target Start/End: Original strand, 33305944 - 33306405
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    |||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33305944 tgcagcacattcatgacatctttatttggactttctctcaatctagccaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 33306043  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  33306044 ttgtaattgctaggggtagaccattagcataactcaatatctcatctgccaaattttgataattacccaatataatgttctcaagtttgaaagcttttcg 33306143  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 332  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33306144 acaaaataacttgtgagattcggccatattcaagagtggaactttgtaaaatacatccactccatactccttcaatatatgctcatctctagaaatgaca 33306243  T
Q  333 atgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgac 432  Q
    | |||| |||||||  |||||||||| || ||| | ||  | |||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||   ||| ||    
T  33306244 acgattctactacctgcacctaaccattcgcgatgcactgcaattttttccaattgttcaacttcattgacattatcaagaatcagaaggaccttttcac 33306343  T
Q  433 gacatagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttct 494  Q
    ||| ||||||  |||||||||| | || |||| ||| | |||||| |||  |||||||||||    
T  33306344 gacgtagcctacgtcgtatcaaatcagttgcgttgtaacgattgcttattagatggtgttct 33306405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 33 - 526
Target Start/End: Original strand, 33273250 - 33273743
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273250 tgcagcacatccatgatatcattatttggactttctctcaatctagccagggcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 33273349  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
    || |||||||||| |||||||| ||||||||||  || |||||||  || || |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  33273350 ctataattgctagtggtagaccattagcataatctagaatctcatacgctaagttttcataattactcataataactttctcaaatttgaaagctttttg 33273449  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 332  Q
    |||||||||| ||||||| || | |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33273450 acaaaataacttgtgagaatctgtccaattcaaaagtggaactttgtaaactgcatccactccatagtatttcaatatatgctcatctctagaaatgatt 33273549  T
Q  333 atgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgac 432  Q
    || ||| |||||||  |||||||||| |||||| | ||| |||||||||| || ||| |||||| ||| |||||||||| ||||| |||||  |||| ||    
T  33273550 ataattctactacctgcacctaaccattcacgatgcacacctattttttccaactgtgcaacttgatccacattatcaagaatcagaaggaccctttcac 33273649  T
Q  433 gacatagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttg 526  Q
    ||||||||||   ||||||||| |||| | || ||| | |||||||||| ||||||||||||     |||||||||| |||| |||||||||||    
T  33273650 gacatagcctacttcgtatcaaattagttacgctgtaatgattgcatatttgatggtgttctatgccgagagtttgaagtaggatttgcttttg 33273743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 32 - 494
Target Start/End: Original strand, 33286999 - 33287461
Alignment:
Q  32 ctgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaat 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33286999 ctgcagcacatccatgacatcattatctggactttctcttaatctagtcaatgcactcttccattccgtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaat 33287098  T
Q  132 actgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttc 231  Q
    ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  33287099 actttaattgctaacggtagaccattagcataatccagtatctcatataccaaactttcataatttctcataataattttctcttctttgaaagcttttc 33287198  T
Q  232 gacaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgat 331  Q
    ||||||||||||||||||  ||   |  || ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33287199 gacaaaataacatgtgagcttcattccaatccaagagtggaactttgtagactacatccactccatactcttccaatatatgctcatctctagaaatgat 33287298  T
Q  332 aatgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttga 431  Q
    ||| ||| ||||||| || ||||| || |||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||| ||| | ||||   |||| |    
T  33287299 aataattctactacctacgcctaaacattcacgatgcacacctattttttccaattgttcaactcgatctacattatcaagaataagaagggccctttca 33287398  T
Q  432 cgacatagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttct 494  Q
    |||| ||||||   | ||||||| |||| |||   |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  33287399 cgacgtagcctactttgtatcaaattagttgcacggtgacgattgcatatatgatggtcttct 33287461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 35 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 33643222 - 33642763
Alignment:
Q  35 cagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatact 134  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  33643222 cagcacatccataacatcattatctggaccttctctcaatctagccaatgcaccattccattcagttacattacgaccaaacaaaaatgagctcaatatt 33643123  T
Q  135 gtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgac 234  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||  |||  |||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  33643122 gtaattgctagtggtagaccattagcataacgtagtacatcagatgccaactttcgataattactcataatagttttctcaagtttgaaagcttttcgac 33643023  T
Q  235 aaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataat 334  Q
    |||| ||| ||  ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33643022 aaaacaacttgcaagattctgtctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatacactttcaatatatgctcatctctagaaatgataat 33642923  T
Q  335 gattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacga 434  Q
     | | |||||||  |||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    | | ||||    
T  33642922 aactatactacctgcacctaaccattcacgacgcacacctattttttcaaattgttcaacttgatcaacattatcaagaatcagaagggccttctcacga 33642823  T
Q  435 catagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttct 494  Q
    | ||||||  |||||||||| | || ||| |||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  33642822 cgtagcctacgtcgtatcaaatcagttgccatgttacgattgcatatttgatggtgttct 33642763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 33 - 417
Target Start/End: Original strand, 9168229 - 9168616
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||  ||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9168229 tgcaacacatccatgacatctttatctgggatttgtctcaatctagccaatgcactcttgcattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 9168328  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
    || |||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  9168329 ctttaattgctaatggtagacctttcgcataattaagtatctcatatgccaaattttgataattactgctaatagttttctcaagtttgaaagcttttcg 9168428  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatcc---actccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatg 329  Q
    | ||||||||  |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |    
T  9168429 ataaaataactagtgagattcagtctgattcaagagtggaactttgtaaactacatccagtactccatactctttcaatatatgctcatctcaagatacg 9168528  T
Q  330 ataatgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatca 417  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  9168529 ataataattctactacccacacctaaccattcacgatgcacatctattttttccaattgttcaacttgatcaacattatcaagaatca 9168616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 33 - 440
Target Start/End: Original strand, 33059021 - 33059428
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    |||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33059021 tgcagcacatccatgacatctttaactggactttgtctcaatctagtcaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaacgagcccaata 33059120  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33059121 ctttaattgctagtggtagacctttagcataatgtagtatctgatctaccaaattttgataattactcataataattttctcatctttgaaagcttttcg 33059220  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 332  Q
    |||||||||||||||||  ||   |  || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33059221 acaaaataacatgtgagcttcattccaatccaatagtgaaactttgtaaactacatccactccatacgctttcaatacatgctcatctctagaaatgata 33059320  T
Q  333 atgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgac 432  Q
    || ||| |||||||   ||||||||| |||||| | ||  ||||||| || |||||||||||||  || |||||||||| ||||| |||| | |||| |     
T  33059321 ataattctactacctggacctaaccattcacgatgcaccgctattttctccaattgttcaacttggtccacattatcaagaatcataagggttctttcat 33059420  T
Q  433 gacatagc 440  Q
    ||||||||    
T  33059421 gacatagc 33059428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 33 - 526
Target Start/End: Original strand, 33264107 - 33264600
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  33264107 tgcaacacatccatgacatcattatctggactttctctcaaactagccaatgtactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaatatgaacccaata 33264206  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
    || |||||||||| |||||||| ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  33264207 ctttaattgctagtggtagaccattagcatatctcaatatctcatttgccaaatttttataattactcataataattttctcagctttgaaagcttttct 33264306  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 332  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  33264307 acaaaataacttgtgagcttcggcccaattcagaagtgggactttgtaaactacatccactttatattctttcaatatatgttcatctcttgaaatgata 33264406  T
Q  333 atgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgac 432  Q
    | |||| |||||||  |||||||||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |||| |  ||| ||    
T  33264407 acgattctactacctgcacctaaccattcacgatgcacacctattctttccaattgttcaacttgatccacattatcaagaattagaagggtcttttcac 33264506  T
Q  433 gacatagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttg 526  Q
    ||| ||||||   || |||||| | || |||  | | | |||||||||| ||||||||||||      |||||||||||||| |||||||||||    
T  33264507 gacttagcctatttcttatcaaatcagttgcactataatgattgcatatttgatggtgttctatgccaagagtttgatgtaggatttgcttttg 33264600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 32 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 28869394 - 28869210
Alignment:
Q  32 ctgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaat 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||    
T  28869394 ctgcagcacatccatgacatcattatctggactttctctcaatctagccaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaatatgagtacaat 28869295  T
Q  132 actgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaa 216  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||    
T  28869294 attgtaattgctagcggtagacctttagcataatccagtatcacatttgccaaattttgataattactcatgataactttttcaa 28869210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 351 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 31567432 - 31567293
Alignment:
Q  351 cctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacgacatagcctgagtcgta 450  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||   |||| ||||||||||||   |||||    
T  31567432 cctaaccattcacgacgcacaactattttttccatttgttcaacttgatctacattttcaagaatcagaagggccctttcacgacatagccttcttcgta 31567333  T
Q  451 tcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtg 490  Q
    |||| ||||  ||| ||| | |||||||||| || |||||    
T  31567332 tcaaattagtggcgctgtaatgattgcatatttgttggtg 31567293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 13609719 - 13609640
Alignment:
Q  66 tctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgtaattgctag 145  Q
    ||||| ||||||| |||||||||  |||||||||  ||||  |||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  13609719 tctcttaatctggccaatgcacttctccattcagagacatctcgaccatacaaaaatgagcccaacacttcaattgctag 13609640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 245; Significance: 1e-135; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 263 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 31497319 - 31497043
Alignment:
Q  263 caaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttactacccacacctaaccaatca 362  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31497319 caaaagaggaactttgtaaacctcatccactccatactctttcagtatatgctcgtctctagaaatgataatgattttactacccacatctaaccaatca 31497220  T
Q  363 cgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacgacatagcctgagtcgtatcaagttagatg 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31497219 cgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacaacatagcctgcgtcgtatcaagttagatg 31497120  T
Q  463 cgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacattgagtggt 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31497119 cgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacattgagtggt 31497043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 270 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 31477359 - 31477091
Alignment:
Q  270 ggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaa 369  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| ||    
T  31477359 ggaactttgtaaacttcatctactccataattcttcaatatatgctcatctctagaaattataatgattttacttccctcacctagccattcacgacaaa 31477260  T
Q  370 caactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacgacatagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtg 469  Q
    || |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||  |||  ||||||||||||||  ||      
T  31477259 cacctattttttccagttgttcaactttatcaacattatcaaaaatcataaggaccctttgacgacatagtctacgtctaatcaagttagatgcagtgga 31477160  T
Q  470 aagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacattgagtgg 538  Q
    |||||||||||| |||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31477159 aagattgcatatctgattgtgattttcaccgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacatcgagtgg 31477091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 263 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 31502491 - 31502221
Alignment:
Q  263 caaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttactacccacacctaaccaatca 362  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  31502491 caaaagaggaactttgtaaacttcatccactccaaaaaatttcaatatatgctcatctctagaaattataatgattttactaccc-cacctaaccattca 31502393  T
Q  363 cgacgaacaa----ctattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacgacatagcctgagtcgtatcaagtta 458  Q
    | ||  |||     |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  31502392 ccacacacacacacctattttttccagttgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggaccctttgacgacatagcctgcgtcgaatcaagtta 31502293  T
Q  459 gatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttgaaca 530  Q
    |||||  |   |||||||||||| |||| ||||||||||  | | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  31502292 gatgcagtagaaagattgcatatttgattgtgttcttcaccgtgtgtttgatatagtatttgcttttgaaca 31502221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 38 - 411
Target Start/End: Original strand, 31149805 - 31150175
Alignment:
Q  38 cacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgta 137  Q
    ||||||||||| ||  || | |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||   | ||| ||| || ||||||| ||||| |||||| ||    
T  31149805 cacatccatgatatctttgtttggactttctctcaatcttgccaatgcacttttccattcaaaaatatttcgatcatacaaaaacgagcctaatacttta 31149904  T
Q  138 attgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgacaaa 237  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||  | |||||||||  |||||| || | ||||  ||||||||||   |  |||| ||||||||||||||||| ||    
T  31149905 attgctagaggtaggccattagcataccttagtatctcagatgccaacttatcataactactcataata---tgatcaagtttgaaagcttttcgactaa 31150001  T
Q  238 ataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgat 337  Q
    ||||     |||| || | | ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  31150002 ataattgaagagagtcagtccgattcaggagtggaactttgtaaacaacatccactccatactctttcaagatatgctcgtctctagaaattataatgat 31150101  T
Q  338 tttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaa 411  Q
    | |||| ||| |||||||||| ||||||   ||  ||| ||| || | ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  31150102 tctactccccgcacctaaccattcacgattcacggctaatttctcgagttgttcaacttgatcaacattgtcaa 31150175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 411
Target Start/End: Original strand, 31158706 - 31159076
Alignment:
Q  38 cacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgta 137  Q
    ||||||||||| ||  || | ||||||||  |||||||| | ||||||||| |||||||||   |  |  ||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  31158706 cacatccatgatatctttgtttggacttttgctcaatctagccaatgcacttttccattcatagatgtctcgaccaaacaaaaatgatcccaatacttta 31158805  T
Q  138 attgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgacaaa 237  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||  || ||| || | | ||  ||||||||||   |  |||| ||||||||||||| ||||||    
T  31158806 attgctagcggtagaccattagcataactgagtatgtcaaatgtcaacttatcaaaactactcataata---tgatcaagtttgaaagctttttgacaaa 31158902  T
Q  238 ataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgat 337  Q
    | ||     |||| |  | |  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  31158903 acaattgaagagagttagtcccattcaagagtggaactttgtaaactacatcaactccatactctttcaagatatgttcatctctagaaattataacgat 31159002  T
Q  338 tttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaa 411  Q
    | |||| ||  ||||||| || ||||||   ||| ||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  31159003 tctactccctgcacctaagcattcacgattcacagctaatttatcaagttgttcaactttatcaacattatcaa 31159076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 59 - 365
Target Start/End: Original strand, 31019278 - 31019581
Alignment:
Q  59 tggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgtaattgctagcggtagaccttta 158  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||  ||||||| |  | ||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||     
T  31019278 tggactttctttcaatctagccaatgcacttctccattcggagatatctcgaccaaacaaaaatgagcccaatactttaattgctagtggtaggccattg 31019377  T
Q  159 gcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgacaaaataacatgtgagactcggcct 258  Q
    ||||||   ||  | |||  |||||  || | |||| |||||||||||   |  |||| ||||||||||||| ||||||||||     |||| | || ||    
T  31019378 gcataagatagcgtgtcaagtgccagtttatcataaccactcataata---tgatcaagtttgaaagctttttgacaaaataattgaagagagttggtct 31019474  T
Q  259 gattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttactacccacacctaacca 358  Q
     |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| ||    
T  31019475 cattcaagagtggaactttgtaaacttcatcaactccatactcattcaagatatgctcatctctagaaattataatgattctactccctacacctaaaca 31019574  T
Q  359 atcacga 365  Q
     ||||||    
T  31019575 ttcacga 31019581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 59 - 343
Target Start/End: Original strand, 31029159 - 31029440
Alignment:
Q  59 tggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgtaattgctagcggtagaccttta 158  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||  |||  |||||||||  | ||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| || ||     
T  31029159 tggacattctctcaatctagccaatttacttctccattcagagatatctcgaccaaacaaaaatgagcccaatactttaatagctagtggtaggccattg 31029258  T
Q  159 gcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgacaaaataacatgtgagactcggcct 258  Q
    ||||||   ||| | |||  |||||  || | |||| ||||||||| |   | ||||| ||||||||||||| ||||||||||     |||| | || ||    
T  31029259 gcataagatagtgtgtcaagtgccattttatcataaccactcataaca---tgctcaagtttgaaagctttttgacaaaataattgaagagagttggtct 31029355  T
Q  259 gattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttact 343  Q
     |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  31029356 cattcaagagtggaactttgtaaacttcatcaactccatactcattcaagatatgctcatctctagaaattataatgattctact 31029440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 260 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 31490070 - 31489919
Alignment:
Q  260 attcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttactacccacacctaaccaa 359  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||| ||  ||||||||||     
T  31490070 attcaagagtggaactctgtaaactacatcaactccatactctttcaagatatgttcatctccagaaattataatgattctactccctgcacctaaccat 31489971  T
Q  360 tcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaa 411  Q
    ||||||   ||| | | ||| || | |||| |||||||||||||||||||||    
T  31489970 tcacgattcacacccaatttatcaagttgtccaactttatcaacattatcaa 31489919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 356
Target Start/End: Original strand, 31527894 - 31528181
Alignment:
Q  66 tctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgtaattgctagcggtagacctttagcataat 165  Q
    ||||||||||| | |||||||||  ||||||||   | ||  |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||  || ||||||||||    
T  31527894 tctctcaatctagtcaatgcacttctccattcataaatatctcgaccaaacaaaaatgagcccaatgctttaatcgctagtggtaagccattagcataat 31527993  T
Q  166 tcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgacaaaataacatgtgagactcggcctgattcaa 265  Q
    | |||||||||| | |||| |  | ||||| ||||| ||||   || |||  ||||||||||| | | ||||||||     |||| |  |  ||||||||    
T  31527994 ttagtatctcatataccaactcgtcataattactcaaaata---ttatcacgtttgaaagcttgttggcaaaataattgaagagaattagtttgattcaa 31528090  T
Q  266 aagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttactacccacacctaac 356  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||| |||||   |||||| ||||| ||||||||| |||| || |||||||||    
T  31528091 gagtggaactttgaaaactacatccactccatacctattcaagatatgagtatctctcgaaattataatgattctactcccaacacctaac 31528181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 260 - 422
Target Start/End: Original strand, 31161332 - 31161492
Alignment:
Q  260 attcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttactacccacacctaaccaa 359  Q
    |||||| | |||||||||||| || ||||||||  || || ||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||| |||| ||| ||| ||||||     
T  31161332 attcaacaatggaactttgtagacaacatccacaacaaacactttcaagatatgctcatctctaaaagttataatgattctactccccgcacataaccat 31161431  T
Q  360 tcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaagg 422  Q
    ||| |||   || ||| |||||| | ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||    
T  31161432 tcatgac--tcagctagtttttcgagttgttcaacttgatcaacattgtcaagaattaaaagg 31161492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 31497541 - 31497408
Alignment:
Q  38 cacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgta 137  Q
    ||||||||||||||  || | ||||||||||||||||||   ||||||||| | ||||||| | | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||    
T  31497541 cacatccatgacatctttgtttggactttctctcaatctaaccaatgcactttcccattcaattatatcccgatcaaacaaaaatgaacccaatacttta 31497442  T
Q  138 attgctagcggtagacctttagcataattcagta 171  Q
    ||||| || ||||| || ||  |||||| |||||    
T  31497441 attgccagtggtaggccattgacataatgcagta 31497408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 142
Target Start/End: Original strand, 31033470 - 31033577
Alignment:
Q  34 gcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatac 133  Q
    ||||||||||||| | ||  |||| |||| ||||||||||||| | |||||||||  |||||||||  | ||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  31033470 gcagcacatccataatatctttatttggattttctctcaatctagccaatgcacttgtccattcagagatatttcgaccacac-aaaatgagcccaatac 31033568  T
Q  134 tgtaattgc 142  Q
    | |||||||    
T  31033569 tttaattgc 31033577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 38 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 31477588 - 31477461
Alignment:
Q  38 cacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactgta 137  Q
    ||||||||| ||||  || |||||||||||| | | ||| | |||||||||  |||||||||  | ||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  31477588 cacatccataacatccttctctggactttctttgagtctagccaatgcacttctccattcagatatatcccgaccaaacaaaaatgaacccaatacttta 31477489  T
Q  138 attgctagcggtagacctttagcataat 165  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||    
T  31477488 attgcaagtggtaggccattggcataat 31477461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 260 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 31483223 - 31483145
Alignment:
Q  260 attcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgatt 338  Q
    |||||| | |||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||| |||||  |||||||| |||  |||||||||    
T  31483223 attcaagaatggaactttgtaaagtgcgtccactccatactcttccaagatatgagcatctctacaaactataatgatt 31483145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 258 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 31245479 - 31245394
Alignment:
Q  258 tgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatgattttact 343  Q
    |||| ||| ||| |||||||||| ||| |||| ||||||| |||| |||| |||||  ||||||||||||| || |||||| ||||    
T  31245479 tgatccaagagtcgaactttgtacacttcatctactccatgctctctcaagatatgaacatctctagaaattatgatgattctact 31245394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 33 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 17439450 - 17439066
Alignment:
Q  33 tgcagcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaata 132  Q
    |||||||| || |||||||  ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  17439450 tgcagcacgtctatgacatctttatctggactctctctcaatctagccaatgcactcttccattcagtcacattacaaccaaacaaaaatgagcccatta 17439351  T
Q  133 ctgtaattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcg 232  Q
    || |||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17439350 ctttaattgctagtggtagaccattagcatatctcagtatctcatttgccaaattttgataattactcataataatgttctcaactttgaaagcttttcg 17439251  T
Q  233 acaaaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgata 332  Q
    |||||||||| ||| ||| ||   |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17439250 acaaaataacttgtaagaatctctccaattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactttttcaatatatgctcatctctagaaatgata 17439151  T
Q  333 atgattttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatca 417  Q
    |||||| |||||||  |||||||||| ||| || | ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  17439150 atgattctactacctgcacctaaccattcaagatgcacatctattttttccaattgttcaacttgatccacattatcaagaatca 17439066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 36 - 526
Target Start/End: Original strand, 8221 - 8711
Alignment:
Q  36 agcacatccatgacattattatctggactttctctcaatctggacaatgcactcttccattcagtcacattacgaccaaacaaaaatgagcccaatactg 135  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8221 agcacatccatgacatctttatttggactttgtctcagtctagccaatgcactcttccattcagtcacattacgaccagacaaaaatgagcccaatactg 8320  T
Q  136 taattgctagcggtagacctttagcataattcagtatctcatctgccaaattttgataatcactcataataattttctcaactttgaaagcttttcgaca 235  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  8321 taattgctagtggtagaccattagcgtaattcagtatctcatatgccaaattttgataatttttcatgataattttctcaagtttgaaagctttttgaca 8420  T
Q  236 aaataacatgtgagactcggcctgattcaaaagtggaactttgtaaactacatccactccatactctttcaatatatgctcatctctagaaatgataatg 335  Q
    ||||||| |||||||||||| |  || ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  8421 aaataacttgtgagactcggtccaatccaacagtggaactttgtaaactacatccactttatattctttcaatatatgttcatctcttgaaatgataacg 8520  T
Q  336 attttactacccacacctaaccaatcacgacgaacaactattttttctaattgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggatactttgacgac 435  Q
    ||| |||||||  |||||||||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |||| |  ||| |||||    
T  8521 attctactacctgcacctaaccattcacgatgcacacctattctttccaattgttcaacttgatccacattatcaagaattagaagggtcttttcacgac 8620  T
Q  436 atagcctgagtcgtatcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttg 526  Q
     ||||||  ||| |||||| | || |||  | | | |||||||||| ||||||||||||      |||||||||||||| |||||||||||    
T  8621 ttagcctatgtcttatcaaatcagttgcactataatgattgcatatttgatggtgttctatgccaagagtttgatgtaggatttgcttttg 8711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University