View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1376_low_22 (Length: 539)

Name: NF1376_low_22
Description: NF1376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1376_low_22
NF1376_low_22
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (17-511)||(35364511-35365003)
chr5 (187-504)||(35752636-35752953)
chr5 (187-494)||(35404400-35404707)
chr5 (218-504)||(35374256-35374542)
chr5 (188-493)||(35421488-35421793)
chr5 (188-493)||(35434833-35435138)
chr5 (218-299)||(35384038-35384116)
chr5 (188-241)||(35417009-35417062)
chr5 (214-250)||(35364218-35364254)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (89-511)||(10421656-10422070)
chr1 (174-488)||(10417760-10418074)
chr1 (173-495)||(10412030-10412352)
chr1 (214-250)||(10422405-10422441)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (187-472)||(30633112-30633397)
chr2 (187-472)||(30660841-30661126)
chr2 (187-472)||(30669521-30669806)
chr2 (234-472)||(30631054-30631292)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (213-495)||(13563209-13563490)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (213-476)||(1153059-1153323)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (178-474)||(29625205-29625493)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 511
Target Start/End: Original strand, 35364511 - 35365003
Alignment:
Q  17 ttgcacatgactacttctctttaaataaccaaccatatatctttgatctatatcaaaatacatattcttcaatagaaaaatgaggacttttatgtcgata 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364511 ttgcacatgactacttctctttaaataaccaaccatatatctttgatctat--caaaatacatattcttcaatagaaaaatgaggacttttatgtcgata 35364608  T
Q  117 ttttttctttgctttgctagccaaattttgttgcattatttcctgtcatcagcaattactgttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35364609 ttttttctttgctttgctagccaaattttgttgcattatttcctgtcatcagcaattactgttgcttttgctttgagttcacagactgataaacttgctt 35364708  T
Q  217 tgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364709 tgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtgg 35364808  T
Q  317 tcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364809 tcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactc 35364908  T
Q  417 tacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaacagcaaact 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364909 tacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaacagcaaact 35365003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 187 - 504
Target Start/End: Original strand, 35752636 - 35752953
Alignment:
Q  187 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 286  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35752636 ctttgagttcgcagactgataagcttgctttgcttgctttaaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaatgagtctctaca 35752735  T
Q  287 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 386  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||     
T  35752736 tttctgtgtgtggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctcttccttgcatttggaaaatcaaacattgggtggcactcttggaccatct 35752835  T
Q  387 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattc 486  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||  ||||   |||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  35752836 ttgggtaatttaacatttctcagattactccgacttagaaatgttaacttgcatggtgaagttccaaaacaagttggttgtttgaagcggttgcaagttg 35752935  T
Q  487 ttcacttaaccaacaaca 504  Q
    || |||||| ||||||||    
T  35752936 ttgacttaagcaacaaca 35752953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 187 - 494
Target Start/End: Original strand, 35404400 - 35404707
Alignment:
Q  187 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 286  Q
    ||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  35404400 ctttgagttcaaagactgataagctggctttgcttgcattgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaataagtctctaca 35404499  T
Q  287 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 386  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  35404500 tttttgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcatcacacgagagtctctgccttgcgtttggaaaatcaaacattgggtggcactcttggaccatca 35404599  T
Q  387 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattc 486  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||  ||  | |||  ||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  35404600 ttgggaaatctaacctttcttacaattctaaaacttagaaaggtcaacttgtatggtggaattccaaaacaagttggttgtttgaagcgattgcaagttc 35404699  T
Q  487 ttcactta 494  Q
    || |||||    
T  35404700 tttactta 35404707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 218 - 504
Target Start/End: Original strand, 35374256 - 35374542
Alignment:
Q  218 gcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggt 317  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||  | || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35374256 gcttgctttgaaggaaaagctcacaaatggtgtaccagactctcttccatcatggaatgagtctttacatttctgtgaatggcaaggagttacatgtggt 35374355  T
Q  318 cgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactct 417  Q
    ||||||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||      
T  35374356 cgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacactgggtggcactctcggaccatcattgggaaatctaacatttatcagaagactaa 35374455  T
Q  418 acctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaaca 504  Q
    | |||  ||| ||  | |||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||  ||||  ||||| |||||| | ||||||    
T  35374456 agcttagaaatgttaatttgcatggtgaaattccaagtcaggttggtcgtttaaagcgattgcatcttcttgacttaagcgacaaca 35374542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Original strand, 35421488 - 35421793
Alignment:
Q  188 tttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacat 287  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |  ||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  35421488 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcat 35421587  T
Q  288 ttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcat 387  Q
    |||||||||||| | ||  ||||||| ||||| || ||||||||||||  |   ||||||||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||| |    
T  35421588 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacatgagagtctctgtcttgcatttggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 35421687  T
Q  388 tgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattct 487  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||    
T  35421688 taggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggttgcaagttct 35421787  T
Q  488 tcactt 493  Q
    | ||||    
T  35421788 tgactt 35421793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 188 - 493
Target Start/End: Original strand, 35434833 - 35435138
Alignment:
Q  188 tttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacat 287  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |  ||||| |||| |||||||||||||| |||||  ||    
T  35434833 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctctttat 35434932  T
Q  288 ttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcat 387  Q
    |||||||||||| | ||  ||||||| ||||| || ||||||||||||  |   ||||||||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||| |    
T  35434933 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacatgagagtctctgtcttgcatttggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 35435032  T
Q  388 tgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattct 487  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||    
T  35435033 taggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggttgcaagttct 35435132  T
Q  488 tcactt 493  Q
    | ||||    
T  35435133 tgactt 35435138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 218 - 299
Target Start/End: Original strand, 35384038 - 35384116
Alignment:
Q  218 gcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgg 299  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||   || ||||||||||||||    
T  35384038 gcttgctttgaaggaaaagctcacaaatggcgtaccagattctcttccatcatggaatgagt---tatatttctgtgaatgg 35384116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 241
Target Start/End: Original strand, 35417009 - 35417062
Alignment:
Q  188 tttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttac 241  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  35417009 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttaaaagaaaagcttac 35417062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 214 - 250
Target Start/End: Original strand, 35364218 - 35364254
Alignment:
Q  214 ctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgt 250  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  35364218 ctttgcttgctttgaaggaaaagcttaaaaatggtgt 35364254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 89 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 10422070 - 10421656
Alignment:
Q  89 tagaaaaatgaggacttttatgtcgatattttttctttgctttgctagccaaattttgttgcattatttcctgtcatca---gcaattactgttgctttt 185  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||   |||| |||||||||| |     
T  10422070 tagaaaaatgaggacttatatgtcgatattttttctttgctttgctagccaaattttggtgtattatttcctgtcatcatcagcaactactgttgctcta 10421971  T
Q  186 gctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctac 285  Q
    ||||||||||||| |||||||||         ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||     
T  10421970 gctttgagttcacggactgataa---------gcttgctttgaaagaaacgcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaatgagtctctat 10421880  T
Q  286 atttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatc 385  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  10421879 atttctgtgagtggcaggggattacatgtggtagtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttcgagaatcaaacattgggtggtactc--ggaccatc 10421782  T
Q  386 attgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaatt 485  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10421781 attgagaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgttgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaagtt 10421682  T
Q  486 cttcacttaaccaacaacagcaaact 511  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  10421681 cttcacttaaccaacaacaacaaact 10421656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 174 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 10418074 - 10417760
Alignment:
Q  174 actgttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatgga 273  Q
    |||||||||  |||||||||| || ||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||| ||    
T  10418074 actgttgctcatgctttgagtacagagactgataagcatgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcataga 10417975  T
Q  274 atgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtac 373  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  10417974 atgagtctctacatttctgtgattggcaagggattagatgtggtcgtcgtcacatgagagtctcttccttgcatttggaaaatcaaacattgggtggtac 10417875  T
Q  374 tctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaag 473  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||  | |||  ||| || |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10417874 tcttggaccatccttgggaaatctaacatttctcagaatacttaaacttaaaaaagttgacttgtatggtaaaattccaaaacaaattggtcgtttgaag 10417775  T
Q  474 cggctgcaaattctt 488  Q
    ||  ||||| |||||    
T  10417774 cgattgcaagttctt 10417760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 173 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 10412352 - 10412030
Alignment:
Q  173 tactgttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatgg 272  Q
    ||||||| || ||||||||||||||  || |||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||    
T  10412352 tactgttactcttgctttgagttcagcgattgatgagcatgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtacaagattctttgccatcatgg 10412253  T
Q  273 aatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggta 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||| |||||||| |||||||||||   |   ||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  10412252 aatgagtctctacatttctgtgaatggcagggagttgaatgcggtcgtcgacacatgagagtttctgtcttgcatttggaaaatcaaaacttgggtggta 10412153  T
Q  373 ctctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 472  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10412152 ctcttggaccatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 10412053  T
Q  473 gcggctgcaaattcttcacttaa 495  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||    
T  10412052 gcgattgcaagttcttgacttaa 10412030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 214 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10422441 - 10422405
Alignment:
Q  214 ctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgt 250  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  10422441 ctttgcttgctttgaaggaaaagcttaaaaatggtgt 10422405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 187 - 472
Target Start/End: Original strand, 30633112 - 30633397
Alignment:
Q  187 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 286  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30633112 ctttgaattcaaagactgataagctagctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtatcagattatttgccatcatggaatgagtctctaca 30633211  T
Q  287 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 386  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||     
T  30633212 tttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatcc 30633311  T
Q  387 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 472  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30633312 ttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30633397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 187 - 472
Target Start/End: Original strand, 30660841 - 30661126
Alignment:
Q  187 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 286  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30660841 ctttgaattcaaagactgataagctagctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtatcagattatttgccatcatggaatgagtctctaca 30660940  T
Q  287 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 386  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||     
T  30660941 tttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatcc 30661040  T
Q  387 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 472  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30661041 ttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30661126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 187 - 472
Target Start/End: Original strand, 30669521 - 30669806
Alignment:
Q  187 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 286  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30669521 ctttgaattcaaagactgataagctggctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccatattatttgccatcatggaatgagtctctaca 30669620  T
Q  287 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 386  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||     
T  30669621 tttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcactgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatcc 30669720  T
Q  387 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 472  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||| |||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30669721 ttgggaaatttaacatttcttcaaaagctcagcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30669806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 234 - 472
Target Start/End: Original strand, 30631054 - 30631292
Alignment:
Q  234 aagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagag 333  Q
    |||||||||||||||||  | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30631054 aagcttacaaatggtgtaccagattatttgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagag 30631153  T
Q  334 tcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcga 433  Q
    ||  | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| |    
T  30631154 tctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaa 30631253  T
Q  434 cttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 472  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30631254 cttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30631292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 6e-63; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 213 - 495
Target Start/End: Original strand, 13563209 - 13563490
Alignment:
Q  213 gctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacat 312  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13563209 gctttgcttgctttgtaggaaaagcttacaaatggcgtgcccgattctctaccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcagggggttacat 13563308  T
Q  313 gtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaa 412  Q
    ||||| ||||||||||| |||||  | | ||||||||| ||||||||| || ||||| |||| | |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||     
T  13563309 gtggtggtcgtcacatgcgagtctctgccttgcatttgaagaatcaaacatggggtgctacttttggaccatccttgggaaatttaacctttcttagaat 13563408  T
Q  413 actctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaa 495  Q
     ||  | |||   ||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||    
T  13563409 cctaaaacttaagaacatcgacttgca-gatgaaattccaaaagaagttggtcgtttgaagtgattgcaaattcttgacttaa 13563490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 213 - 476
Target Start/End: Original strand, 1153059 - 1153323
Alignment:
Q  213 gctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacat 312  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||    
T  1153059 gctttgcttgctttgaagaaaaaacttacaaatggcgtgcctgattctctgccgtcatggaatgagtctctacatttttgtaaatggcaaggggttaaat 1153158  T
Q  313 gtggtc-gtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaa 411  Q
    |||||| ||  |||||||||||||  |   |||||||||||||||||||  | |||||||||||| | || | | |||||||||||||||||||| | ||    
T  1153159 gtggtcagtgctcacatgagagtctctatcttgcatttggagaatcaaacctggggtggtactcttgaacgagccttgggaaatctaacatttctaacaa 1153258  T
Q  412 aactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcgg 476  Q
     |||| | ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  1153259 tactcaagctttcaaatatcggcttgcatggtgaaattccaaaacaagctggttgtttgaagcgg 1153323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 9e-59; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 178 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 29625493 - 29625205
Alignment:
Q  178 ttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatga 277  Q
    ||||| || ||| ||||||| | ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29625493 ttgctatttcttcgagttcagacactgataagctcgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacgaatggggtgtcggattctctgccatcatggaatga 29625394  T
Q  278 gtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctc 377  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||        |||| |||||| || |||| ||||||||||||| |     
T  29625393 gtctttacatttctgtgaatggcaagggattacatgtgatcatccacacatgagag--------ttgcgtttggaaaaccaaacattgggtggtactatt 29625302  T
Q  378 ggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagc 474  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||| |||   |||   |||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  29625301 gggccatcattgggaaatctaacctttctcagagtgctcatacttgtacacgtcgacttgcatggtgaaattccaagtcaagttggccgtttgaagc 29625205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University