View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1376_low_44 (Length: 439)

Name: NF1376_low_44
Description: NF1376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1376_low_44
NF1376_low_44
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (1-431)||(31560650-31561080)
chr6 (3-431)||(31566969-31567397)
chr6 (8-431)||(33273608-33274031)
chr6 (1-431)||(33402423-33402853)
chr6 (1-431)||(33642443-33642873)
chr6 (1-425)||(9168583-9169006)
chr6 (2-433)||(33389882-33390313)
chr6 (1-431)||(33411762-33412192)
chr6 (1-425)||(33306295-33306719)
chr6 (1-421)||(33059372-33059792)
chr6 (1-420)||(33287351-33287770)
chr6 (1-431)||(33264458-33264888)
chr6 (29-408)||(33359916-33360295)
chr6 (242-315)||(13609093-13609166)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-431)||(17438669-17439099)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (1-424)||(8569-8992)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (196-424)||(3-231)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (3-384)||(31476862-31477243)
chr4 (67-431)||(31496768-31497132)
chr4 (89-317)||(31019688-31019913)
chr4 (89-317)||(31029569-31029794)
chr4 (3-380)||(31501988-31502365)
chr4 (168-317)||(31489633-31489782)
chr4 (128-388)||(31159176-31159433)
chr4 (242-370)||(31150386-31150514)
chr4 (254-349)||(31161692-31161787)
chr4 (172-338)||(31245019-31245185)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 31561080 - 31560650
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31561080 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagatttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 31560981  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560980 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtaggatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 31560881  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31560880 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgaacacca 31560781  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560780 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcccaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 31560681  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31560680 tcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 31560650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 3 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 31567397 - 31566969
Alignment:
Q  3 ttgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttga 102  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  31567397 ttgttcaacttgatctacattttcaagaatcagaagggccctttcacgacatagccttcttcgtatcaaattagtggcgctgtaatgattgcatatttgt 31567298  T
Q  103 ttgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacagg 202  Q
    | ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  31567297 tggtgatctatgccaacagtttgaagtaggatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcatatgatctataaattttgcttacatcatcaatataacaag 31567198  T
Q  203 atgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  31567197 atgcactaaatcgatgagatatttggccatataaagtctcagcaagggctgtcttccctattccccccattccacaaattcctatagcacgaacaccatc 31567098  T
Q  303 atccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattc 402  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  31567097 aatcgagtccaaaagcaaatgattttgtaacgcttctataggagaatcaatcccaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgcactccaatatattc 31566998  T
Q  403 attatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    ||||| ||  || |||||||||| |||||    
T  31566997 attattgtttgagcaatctttttaatctc 31566969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 8 - 431
Target Start/End: Original strand, 33273608 - 33274031
Alignment:
Q  8 caacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtg 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  33273608 caacttgatccacattatcaagaatcagaaggaccctttcacgacatagcctacttcgtatcaaattagttacgctgtaatgattgcatatttgatggtg 33273707  T
Q  108 ttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgca 207  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33273708 ttctatgccgagagtttgaagtaggatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcatgtaatttataaattttgcttacatcatctataaaacaggatgca 33273807  T
Q  208 ctaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccg 307  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| |||    
T  33273808 ctaaatcgatgagatatttgatcatataaagccatagcaagggttgtcttccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacactgtcaaccg 33273907  T
Q  308 agtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattat 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||| | ||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  33273908 agtccaaaagtaaatgattttgtaatccgtctaaacgagaatctatcccaactaaatcttttgaaaaacatgaagatttgtacttcaatatattcaagat 33274007  T
Q  408 cgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    |||  ||||||||||||| |||||    
T  33274008 cgtttgaacaatctttttaatctc 33274031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 33402423 - 33402853
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||| |||  |   | | ||||||| | |||| |||||| ||||||||||||    
T  33402423 aattgttcaacttgatccacattatcaaaaatcagaagagccttttcacgacgtagcctacgttgtatcaaatcaattgcactgtaacgattgcatattt 33402522  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |  || ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33402523 gatggtgttctatgccgagagtttgatgtaggatttgcttttgtgcatcaattgggccatcatataatctataaattttgcttacatcatcaatgaaaca 33402622  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  33402623 ggatgcactaaatcgatgagagatttggccatataaattcatagcaagggttgtcttccctattcctcccattccacaaattcttatagcacgaacacca 33402722  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33402723 tcaaccaagtccaaaaccaaatgattttttaatgcttctataggagaatcaatcccaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgcactccaatatat 33402822  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    |||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  33402823 tcattatcttttgaacaatctttttaatctc 33402853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 33642873 - 33642443
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||  |   ||| ||||||| ||||||  ||| | ||||||||||||    
T  33642873 aattgttcaacttgatcaacattatcaagaatcagaagggccttctcacgacgtagcctacgtcgtatcaaatcagttgccatgttacgattgcatattt 33642774  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33642773 gatggtgttctatgccaagagtttgaaataggatttgcttttgtgcttcgagtggaccatcatgtaatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 33642674  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  33642673 tgatgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaagccgtagcaagggttgtcttccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacacca 33642574  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||| |||  |||||||    
T  33642573 tcaactgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttttataggagaatcaatcccaactaaatcttttgaaacacttaaagacttgcactctaatatat 33642474  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    | |||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  33642473 tgattatcttttgaacaatctttttaatctc 33642443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 9168583 - 9169006
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |   ||  |||||||| || || |||||  ||||||||||||    
T  9168583 aattgttcaacttgatcaacattatcaagaatcaggagggccctttcacgacatagtatacgtcatatcaaatttgtggcactgtagcgattgcatattt 9168682  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  9168683 gatggtgttctatgccgagagtttgaagtaagatttgcttttgtgcatcgagtgggccatcatgcaatctataaattttacttatatcatcaataaaaca 9168782  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  9168783 ggatgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaaaccattgcaagagttgtcttccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacacca 9168882  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| |    
T  9168883 tcaattgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcccaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgcac-tccatatgt 9168981  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatcttttt 425  Q
    |||||||| |  | |||||||||||    
T  9168982 tcattatcttttgtacaatcttttt 9169006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 2 - 433
Target Start/End: Original strand, 33389882 - 33390313
Alignment:
Q  2 attgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttg 101  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||  |||| | ||||| ||| |||  |   ||| ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||    
T  33389882 attgttcaccttgatccacattatcaagaatcactagggtcttttcacgacttagcctacgtcgtatcaaatcagttgcaatgtaacgattgcatatttg 33389981  T
Q  102 attgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacag 201  Q
    || ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  33389982 atggtgttttatgtcgagagtttgaaatagaatttgcttttgtgcatccaaaggaccatcacataatctatatattttgcttacatcatcaataaaacaa 33390081  T
Q  202 gatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccat 301  Q
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  33390082 tttgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaagtcatggcaagggttgtcttccctattcctcccattccacaaattcctatagcatgaacaccat 33390181  T
Q  302 catccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatatt 401  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  33390182 caactgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaatcaatccctactaaatctttcgaaacacatgaagaattgcactccaatatatt 33390281  T
Q  402 cattatcgtccgaacaatctttttcatctcac 433  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||    
T  33390282 cattatcctttgaacaatctttttaatctcac 33390313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 33411762 - 33412192
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||   |   ||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33411762 aattgttcaacttgatccacattatcaaaaatcagaagggccttttcatgacgtaacctacgtcgtatcaaatcagttgcactgtaacgattgcatattt 33411861  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  33411862 gatggtgttctatgccgacagtttgaagtaggatttgcctttgtgcatcgaggggaccatcatataatctataaattttgcttacatcgtctataaaaca 33411961  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
     |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| | |||||    
T  33411962 agatgcactaaattgatgagatatctggccatataaagtcatagcaagggttgtctttcctattccgcccattccacaaattccaatagcacaaacacca 33412061  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||   ||||||||||  | | ||||||||    
T  33412062 tcaaccgagtccaaaagtaaatgattttgtaatacttctatccgagaatttatcccaactaaatcttttgaaatgaatgaagatttacaatccaatatat 33412161  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    |||||||  |  ||||||||||||| |||||    
T  33412162 tcattatattttgaacaatctttttaatctc 33412192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 33306295 - 33306719
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||  |   ||| ||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||     
T  33306295 aattgttcaacttcattgacattatcaagaatcagaaggaccttttcacgacgtagcctacgtcgtatcaaatcagttgcgttgtaacgattgcttatta 33306394  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| |||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||  | | |||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  33306395 gatggtgttctatgcctagagtttgaaataggatttgcttttgtgcattgagtggaccatcatgtaaactataaattttggttacatcatcaatatagca 33306494  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||| |    
T  33306495 ggatgcactaaatcgatgagatatttggtcatataaagccatagcaagggttgtcttccctattcctcccattccagaaattcctatagcacaaacacaa 33306594  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||     
T  33306595 tcaaccgagtccaaaagcaaatgattttttaatgcttctataggagaatcaatcccaactaaatcttttgaaatatatgaagatttgcactccaatatac 33306694  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatcttttt 425  Q
    |||||||| |  |||||||||||||    
T  33306695 tcattatcttttgaacaatcttttt 33306719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 33059372 - 33059792
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  |  || | |||||| |||||||   |||| ||||||||||||    
T  33059372 aattgttcaacttggtccacattatcaagaatcataagggttctttcatgacatagcttcctttgtatcaaagtagttgcatggtaacgattgcatattt 33059471  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    | | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||||  | ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  33059472 gttggtgttctatgccgagagtttgaaataggatttgtttttgtacatcgagtggatcatcatgtaatccataaattttggttacatcgtcaataaaaca 33059571  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  33059572 agatgcactaaattgatgagatatttggccatataaagtcgtagcaagggttgttttccctattcctcccattccacaaattcctatagcacgaacacca 33059671  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||    
T  33059672 tcaactgagttcaaaagcaaatgattttgtaatgcttgtataggagaatcaatcccaactaaatcttttgaaacacatgaatatttgcattccaatatat 33059771  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatct 421  Q
    | |||||| |  |||||||||    
T  33059772 tgattatcttttgaacaatct 33059792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Original strand, 33287351 - 33287770
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||  |  || | |||||||||||||| | || | |||||||||| |    
T  33287351 aattgttcaactcgatctacattatcaagaataagaagggccctttcacgacgtagcctactttgtatcaaattagttgcacggtgacgattgcatatat 33287450  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| || |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |  |||||   ||||| |||||||||||    
T  33287451 gatggtcttctattccgacggtttgaagtaggatttccttttgtgcatcgaggggaccatcatgtaatctaaattttttggcaacatcttcaataaaaca 33287550  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
     ||| ||||||||||||| ||||||||  |||| |||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||    
T  33287551 agatccactaaatcgatgggatatttgatcatataaagccatagaaagggttgttttccctattcctcccattccacaaattcctattgcacgaactcca 33287650  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| |||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  33287651 tcaaccgaatccaaatgcaaatgactttgtaaggcttctataggagaattaatcgcaactaaatcttttgaaacccatgaagatttgcactccaatatat 33287750  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatc 420  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  33287751 tcattatcgtctgaacaatc 33287770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 33264458 - 33264888
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||| ||| |||  |  |||  ||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  33264458 aattgttcaacttgatccacattatcaagaattagaagggtcttttcacgacttagcctatttcttatcaaatcagttgcactataatgattgcatattt 33264557  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| |  |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  33264558 gatggtgttctatgccaagagtttgatgtaggatttgcttttgtgcatctattggaccatcatgtaatctaaaaattttgcttacatcatcaatgaaaca 33264657  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
    |||||||  |||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||    
T  33264658 ggatgcatcaaatcgatgacagatttggccatataaattcatagcaagggttgtcttccctattcctcccatcccccaaattcctatagcacgaacacca 33264757  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||| ||     
T  33264758 tcaaccatgtccaaaaggaaatgattttgtaatgcttctaaacgagaatctatcgcaactaagtcttttgaaacacatgaagatttgcattccaatgtac 33264857  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    |||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  33264858 tcattatcttttgaacaatctttttaatctc 33264888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 29 - 408
Target Start/End: Original strand, 33359916 - 33360295
Alignment:
Q  29 gaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaag 128  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||  |  || | |||||| |||||||   ||||  || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||     
T  33359916 gaatcaaaagggctctttcatgacatagcctcctttgtatcaaagtagttgcatggtaacaatcgcatattttattgtgttctatgctgagagtttgaaa 33360015  T
Q  129 tagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttgg 228  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| |||  ||||  |  ||| ||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  33360016 taggattttcttttgtgcatcgagtggattatcatgtagtctgtaaattttagttacatcatcaataaaaaaagatgcactaaattggtgagagatttgg 33360115  T
Q  229 ccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgatttt 328  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33360116 ccatataaagtcgtagcaagggttgttttcccaattcctccaattccacaaattcctatagcacgaacaccatcaaccgagttcaaaagcaaatgatttt 33360215  T
Q  329 gtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatc 408  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||| ||||||    
T  33360216 gtaatgcttgtataggagaatcaatctcaactaaatcttttgaaacacatgaatatttgcattccaatatattgattatc 33360295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 242 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 13609166 - 13609093
Alignment:
Q  242 tagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaa 315  Q
    ||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| || ||||||| |||||||||    
T  13609166 tagcaagagttgtctttcctattccgcccattccacaaatccctacaactcgaacatcatcatctgagtccaaa 13609093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 17439099 - 17438669
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |    || |||||||  ||||| |||||| ||||||||||||    
T  17439099 aattgttcaacttgatccacattatcaagaatcagaagtgccctttcatgacatagtctatgccgtatcaaatatgttgcactgtaacgattgcatattt 17439000  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| |||||||||||| | |||||||| ||  |||||||||||||| || || |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17438999 gatggtgttctatgccaagagtttgaaatatgatttgcttttgtgcttcaagtggaccatcatgtaatctataaattttgcttacatcatcaatgaaaca 17438900  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
     ||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||  || |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||    
T  17438899 agatgcatcaaatcgatgagagatttggccatataaatccaaagcaagggttgtcttccctattcctcccatcccccaaattcctatagcacgaacacca 17438800  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| | | ||||||||    
T  17438799 tcaaccgagtccaaaagtaaatgattttttaatgcttctatacgagaatttatcccaactaaatcttttgaattacatgaagatttgcattccaatatat 17438700  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    |||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  17438699 tcattatcttttgaacaatctttttaatctc 17438669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 424
Target Start/End: Original strand, 8569 - 8992
Alignment:
Q  1 aattgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatattt 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||| ||| |||  |   ||  ||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  8569 aattgttcaacttgatccacattatcaagaattagaagggtcttttcacgacttagcctatgtcttatcaaatcagttgcactataatgattgcatattt 8668  T
Q  101 gattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaaca 200  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| |  |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  8669 gatggtgttctatgccaagagtttgatgtaggatttgcttttgtgcatcaattggaccatcatgtaatctaaaaattttgcttacatcatcaatgaaaca 8768  T
Q  201 ggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcacca 300  Q
    |||||||  |||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  8769 ggatgcatcaaatcgatgacagatttggccatataaattcatagcaagggttgtcttccctattcctcccatcccccaaattcctataacacgaacacca 8868  T
Q  301 tcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatat 400  Q
    ||| |||| | |||||| || |||| || |||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  8869 tcaaccgaattcaaaagtaactgatgttttaatgcttctgtacgagaatttatcccaactaaatcttttgaaacgaatgaagatttgcacttcaatatat 8968  T
Q  401 tcattatcgtccgaacaatctttt 424  Q
    |||  |||||  ||||||||||||    
T  8969 tcaagatcgtttgaacaatctttt 8992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 196 - 424
Target Start/End: Original strand, 3 - 231
Alignment:
Q  196 aaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgag 295  Q
    ||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  3 aaacaggatgcatcaaatcgatgacagatttggccatataaattcatagcaagggttgtcttccctattcctcccatcccccaaattcctataacacgaa 102  T
Q  296 caccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgtacttcaa 395  Q
    |||||||| |||| | |||||| || |||| || |||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  103 caccatcaaccgaattcaaaagtaactgatgttttaatgcttctgtacgagaatttatcccaactaaatcttttgaaacgaatgaagatttgcacttcaa 202  T
Q  396 tatattcattatcgtccgaacaatctttt 424  Q
    ||||||||  |||||  ||||||||||||    
T  203 tatattcaagatcgtttgaacaatctttt 231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 31477243 - 31476862
Alignment:
Q  3 ttgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttga 102  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| |||| |||||| | |||||||  |   ||  ||||| |||| |||  || || |||||||||| |||    
T  31477243 ttgttcaactttatcaacattatcaaaaatcataaggaccctttgacgacatagtctacgtctaatcaagttagatgcagtggaaagattgcatatctga 31477144  T
Q  103 ttgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacagg 202  Q
    ||||| | |   |||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||| || ||||||  | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||     
T  31477143 ttgtgattttcaccgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacatcgagtggcccatcatgtaatctaaacattttgcttacatcatcaataaaacagc 31477044  T
Q  203 atgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatc 302  Q
    |||||| |||| ||||||| |||    |||| | |  |||  |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || || ||||    
T  31477043 atgcaccaaattgatgagaaattctatcatatagaaccatgccaagggttgtcttccctattccacccatcccacaaattcctacaacatgaacatcatc 31476944  T
Q  303 atccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagat 384  Q
    | | ||||||||||| ||| | |||| |||| ||| | |||||||||  |||| ||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  31476943 aacagagtccaaaagtaaaagcttttctaattcttgtctaggagaatccatcccaactaaatcgtttgaagcacttgaagat 31476862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 67 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 31497132 - 31496768
Alignment:
Q  67 atcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctg 166  Q
    ||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||| |||||||     || ||||||| ||||||||||||||||  ||| ||| || ||||||  |     
T  31497132 atcaagttagatgcgatgtgaagattgcatatatgatggtgttcttcattgagagtttgatgtagaatttgcttttgaacattgagtggtccatcatgta 31497033  T
Q  167 atctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcc 266  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||| ||| ||| ||||   |||||||||   |||||||||  ||||||||||||||    
T  31497032 atctaaaaattttgcttacatcatcaataaaacatcatgcatcaaattgattagagattttagcatacaaagcagtagcaagggtagtcttccctattcc 31496933  T
Q  267 tcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatct 366  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| || ||| | ||||||||||||| ||| | |||| ||||  ||  ||| |||| |  |||| |||||||||     
T  31496932 tcccatcccacaaattcctatgacacgaccatcattaaccgagtccaaaagtaaaagcttttctaatttttgcatatgagagtccatcccaactaaatca 31496833  T
Q  367 tttgaaacacatgaagatttgtacttcaatatattcattatcgtccgaacaatctttttcatctc 431  Q
    ||||||||||||  ||||||| | | ||| |||| ||||||| |  ||||||| ||||| |||||    
T  31496832 tttgaaacacatatagatttgcaatccaaaatatccattatcctttgaacaatttttttaatctc 31496768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 317
Target Start/End: Original strand, 31019688 - 31019913
Alignment:
Q  89 gattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatc 188  Q
    |||||||||| |||  ||||||  |||| | ||||||  |||||||||||||||||||| | |   ||||||||  || |||||| |||||||||| |||    
T  31019688 gattgcatatctgaaagtgttccttgccaagagtttggtgtagaatttgcttttgtgcaccaacttgaccatca--tg-tctatatattttgcttagatc 31019784  T
Q  189 atcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctata 288  Q
    ||||||||||||   ||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||   |||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |    
T  31019785 atcaataaaacaacgtgcatcaaattgatgagagatttgaccatataaagcagtagccagagttgtcttccctattccacccatcccacaaattcctaca 31019884  T
Q  289 acacgagcaccatcatccgagtccaaaag 317  Q
    || ||| || ||||| |||||||||||||    
T  31019885 acccgaacatcatcaaccgagtccaaaag 31019913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 89 - 317
Target Start/End: Original strand, 31029569 - 31029794
Alignment:
Q  89 gattgcatatttgattgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatc 188  Q
    |||||||||| |||  ||||||  |||| | ||||||  |||||||||||||||||||| | |   ||||||||  || |||||| |||||||||| |||    
T  31029569 gattgcatatctgaaagtgttccttgccaaaagtttggtgtagaatttgcttttgtgcaccaacttgaccatca--tg-tctatatattttgcttagatc 31029665  T
Q  189 atcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctata 288  Q
    ||||||||||||   ||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||   |||  || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |    
T  31029666 atcaataaaacaacgtgcatcaaattgatgagagatttgaccatataaagcagtagtcagagttgtcttccctattccacccatcccacaaattcctaca 31029765  T
Q  289 acacgagcaccatcatccgagtccaaaag 317  Q
    || ||| || ||||| |||||||||||||    
T  31029766 acccgaacatcatcaaccgagtccaaaag 31029794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 31502365 - 31501988
Alignment:
Q  3 ttgtccaacttgatctacattatcaagaatcagaagggccctttcatgacatagagttattcgcatcaaattagttgcgctgtaatgattgcatatttga 102  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||| ||||| |||| |||||| | |||||||  |   ||| ||||| |||| |||  |  || ||||||||||||||    
T  31502365 ttgttcaactttatcaacattatcaaaaatcaaaaggaccctttgacgacatagcctgcgtcgaatcaagttagatgcagtagaaagattgcatatttga 31502266  T
Q  103 ttgtgttctatgccgacagtttgaagtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacagg 202  Q
    |||||||||   |||   ||||||  ||| |||||||||||  || | || || ||||||  | ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||      
T  31502265 ttgtgttcttcaccgtgtgtttgatatagtatttgcttttgaacaccaagtggtccatcatgtaatctaaacattttgcttacatcatcgataaaacaac 31502166  T
Q  203 atgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatc 302  Q
    |||||| |||| ||||||| |||    |||| | |  | || |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| | |  || || ||||    
T  31502165 atgcaccaaattgatgagaaattctatcatatagaaccctaccaagggttgtcttccctattccacccatcccacagattcctacagcttgaacatcatc 31502066  T
Q  303 atccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatga 380  Q
    | | |||||||| || ||| | |||| |||||||| |||| |||||  ||| | |||||  |||||||||||||||||    
T  31502065 aacagagtccaagagtaaaagtttttctaatgcttgtatatgagaaacaattccaactatgtcttttgaaacacatga 31501988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 168 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 31489782 - 31489633
Alignment:
Q  168 tctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcct 267  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||   ||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||   |||| || | |||||||||||||||     
T  31489782 tctatatattttgcttagatcatcaataaaacaacgtgcatcaaattgatgagagatttgaccatataaagcagtagccagagttgtcttccctattcca 31489683  T
Q  268 cccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaag 317  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||| || |||||   |||||||||||    
T  31489682 cccatcccacaaattcctacaacccgaacatcatcaatggagtccaaaag 31489633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 388
Target Start/End: Original strand, 31159176 - 31159433
Alignment:
Q  128 gtagaatttgcttttgtgcatcgaggggaccatcacctgatctataaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttg 227  Q
    |||| ||||||||||||||| | |  |||||||||  || |||||| ||| |||||| |||||||||||||||   | ||  |||||||||||| |||      
T  31159176 gtaggatttgcttttgtgcaccaattggaccatca--tg-tctatatattctgcttagatcatcaataaaacaacgtacatcaaatcgatgagagattct 31159272  T
Q  228 gccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattt 327  Q
     ||| | ||||   ||| ||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| || ||||| | ||||||||||| ||  |||||    
T  31159273 accacataaagcagtagtaagagttgtcttccctattccacccatcccacaaattcctacaacccgaacatcatcaacggagtccaaaagtaatagattt 31159372  T
Q  328 tgtaatgcttctataggagaattaatcctaactaaatcttttgaaacacatgaagatttgt 388  Q
      || |  |||||||||| |||| || | |||||| ||||||| || ||||||| ||||||    
T  31159373 gctactttttctataggataatttattccaactaattcttttggaagacatgaaaatttgt 31159433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 242 - 370
Target Start/End: Original strand, 31150386 - 31150514
Alignment:
Q  242 tagcaagggctgtcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctat 341  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||  || |||||  |||||||||||| ||||| |||| |||| | | ||     
T  31150386 tagcaagggttgtcttccctactccacccatcccacaaattcctacaacacggacatcatcaagcgagtccaaaagtaaatgtttttctaattcatgtag 31150485  T
Q  342 aggagaattaatcctaactaaatcttttg 370  Q
    ||||||||  ||||  ||||||| |||||    
T  31150486 aggagaatgcatcccgactaaattttttg 31150514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 254 - 349
Target Start/End: Original strand, 31161692 - 31161787
Alignment:
Q  254 tcttccctattcctcccattccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttctataggagaat 349  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| ||  || ||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||| ||||| || ||||||    
T  31161692 tcttccctattccacccatcccacaaactcctacaacccgcacatcatcaaccgaatccaaaagtaaatgtttttctaattcttctgtaagagaat 31161787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 172 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 31245185 - 31245019
Alignment:
Q  172 taaattttgcttacatcatcaataaaacaggatgcactaaatcgatgagatatttggccatacaaagtcatagcaagggctgtcttccctattcctccca 271  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||  |||| ||| ||| |||    |||||||||   ||||||| |  |||||||||||||| ||||    
T  31245185 taaattttacttacatcctcaataaagcagcaagcatcaaattgattagagattctatcatacaaagcagtagcaagagtagtcttccctattccaccca 31245086  T
Q  272 ttccacaaattcctataacacgagcaccatcatccgagtccaaaagcaaatgattttgtaatgcttc 338  Q
    |||||||||| ||||  || ||| || ||||||| ||||||| || |||| | |||| |||| ||||    
T  31245085 ttccacaaatccctaccactcgaacatcatcatctgagtccataatcaaaagcttttctaattcttc 31245019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University