View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1376_low_73 (Length: 356)

Name: NF1376_low_73
Description: NF1376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1376_low_73
NF1376_low_73
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (30-345)||(5664339-5664654)
chr5 (30-311)||(5662765-5663046)
chr5 (69-191)||(5047518-5047641)
chr5 (69-191)||(5046747-5046870)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (30-345)||(6824550-6824867)
chr4 (29-345)||(24853610-24853926)
chr4 (32-168)||(28787278-28787415)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (96-326)||(12738527-12738760)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (72-191)||(1275690-1275812)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (61-191)||(37485569-37485701)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (262-345)||(22056174-22056257)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 30 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 5664654 - 5664339
Alignment:
Q  30 acctcgtgtcaccaactatatattctgcaatatgaattttactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactcaaacaaaagtagtataggtagcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  5664654 acctcgtgtcaccaactatatattctgcaatatgaattttactatcctactaaactagaaaattcagtctacgactcagacaaaagtaatataggtagcc 5664555  T
Q  130 acaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaagaatgcaatagaggagttcaggtgtttaagagtttgatcctcttaaattcaagttaaacta 229  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5664554 acaggttcctactttgtttgagttcaaacccaaaactaagaatgcaatagaggagttcaggtgtttaagagtttgatcctcttaaattcaagttaaacta 5664455  T
Q  230 atgtcccaaacctatggcaaaaaagactcaatttcagatagagtacaagcccggtcaataaataaaaatggagacatgcagcctctgatgcttaacttga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5664454 atgtcccaaacctatggcaaaaaagactcaatttcaaatagagtacaagcccggtcaataaataaaaatggagacatgcagcctctgatgcttaacttga 5664355  T
Q  330 gtacaagtctaggaag 345  Q
    ||||||||||||||||    
T  5664354 gtacaagtctaggaag 5664339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 30 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 5663046 - 5662765
Alignment:
Q  30 acctcgtgtcaccaactatatattctgcaatatgaattttactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactcaaacaaaagtagtataggtagcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5663046 acctcgtgtcaccaactatatattctgcaatatgaattttactatcctactaaactagaaaatccagtctacgactcagacaaaagtagtataggtagcc 5662947  T
Q  130 acaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaagaatgcaatagaggagttcaggtgtttaagagtttgatcctcttaaattcaagttaaacta 229  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5662946 acaaatccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaagaatgcaatagaggagttcatgtgtttaagagtttgatcctcttaaattcaagttaaacta 5662847  T
Q  230 atgtcccaaacctatggcaaaaaagactcaatttcagatagagtacaagcccggtcaataaataaaaatggagacatgcagc 311  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5662846 atgtcgcaaacctatggcaaaaaatactcaatttcagatagagttcaagcccagtcaataaataaaaatggagacatgcagc 5662765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 191
Target Start/End: Original strand, 5047518 - 5047641
Alignment:
Q  69 tactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactcaaa-caaaagtagtataggtagccacaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaacta 167  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| | || |||||||| |||||| |||| | ||  |||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  5047518 tactatccaactaaactagaaaatccaatttatgactcaaaacaaaaggagtacatgtccccaccaggctctactatgtttgagttcaaacccaaaacaa 5047617  T
Q  168 agaatgcaatagaggagttcaggt 191  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  5047618 agaaggcaatagaggagttcaggt 5047641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 69 - 191
Target Start/End: Original strand, 5046747 - 5046870
Alignment:
Q  69 tactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactcaaa-caaaagtagtataggtagccacaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaacta 167  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| | || |||||||| |||||| |||| | ||  |||| || | ||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  5046747 tactatccaactaaactagaaaatccaatttatgactcaaaacaaaaggagtacatgtccccaccaggctctactatgtttgagttcaaacccaaaataa 5046846  T
Q  168 agaatgcaatagaggagttcaggt 191  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  5046847 agaaggcaatagaggagttcaggt 5046870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 9e-58; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 30 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 6824867 - 6824550
Alignment:
Q  30 acctcgtgtcaccaactatatattctgcaatatgaattttactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactcaaa-caaaagtagtataggtagc 128  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||| | |||||| |||||| |||| | |||||    
T  6824867 accttgtgtcaccaactatatattctacaacatgaattctactatcctaccaaactagaaaatccagcctatggctcaaaacaaaaggagtacatgtagc 6824768  T
Q  129 cacaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaagaatgcaatagaggagttcaggt-gtttaagagtttgatcctcttaaattcaagttaaac 227  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||| ||   ||||||||||| |||||||  |||    
T  6824767 tacaagggcctactttgtttgagttcaaacctaaaactaagaaggcaatagaggagttcaggtagcctaacaggccgatcctcttaagttcaagtccaac 6824668  T
Q  228 taatgtcccaaacctatggcaaaaaagactcaatttcagatagagtacaagcccggtcaataaataaaaatggagacatgcagcctctgatgcttaactt 327  Q
    |||||||  |||||||| || || ||  ||||| ||||||||||| ||||| || | |||||||| ||||||||||| | |  ||||||||| | |||||    
T  6824667 taatgtcaaaaacctatagcgaataatgctcaaattcagatagagcacaagtccagacaataaattaaaatggagacctacgacctctgatgatcaactt 6824568  T
Q  328 gagtacaagtctaggaag 345  Q
     |||||||| ||||||||    
T  6824567 cagtacaagcctaggaag 6824550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 345
Target Start/End: Original strand, 24853610 - 24853926
Alignment:
Q  29 aacctcgtgtcaccaactatatattctgcaatatgaattttactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactcaaa-caaaagtagtataggtag 127  Q
    |||||| ||||||||||||| |  ||  ||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||  |  ||| |||||||| |||||| |||| || |||    
T  24853610 aacctcatgtcaccaactattt--tccacaacatgaattctactatcctaccaaactagaaaatttaaactatgactcaaaacaaaaggagtacagctag 24853707  T
Q  128 ccacaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaagaatgcaatagaggagttcaggt-gtttaagagtttgatcctcttaaattcaagttaaa 226  Q
    ||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||| |     | |||||||| || ||||  ||    
T  24853708 ccacaaggccttactctatttgagttcaaacccaaaactaagaaggcaatagaggagttcaggaagcttaacaacccaaccctcttaagtttaagtccaa 24853807  T
Q  227 ctaatgtcccaaacctatggcaaaaaagactcaatttcagatagagtacaagcccggtcaataaataaaaatggagacatgcagcctctgatgcttaact 326  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||    
T  24853808 ctaatgtcgcaaacctattgcaaataagactcaagttcagatagagtacaagtccaggcaataaataaaaatggagacttgcgacctctgatgctcaact 24853907  T
Q  327 tgagtacaagtctaggaag 345  Q
    | |||||||| ||| ||||    
T  24853908 taagtacaagcctatgaag 24853926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 168
Target Start/End: Original strand, 28787278 - 28787415
Alignment:
Q  32 ctcgtgtcaccaactatatattctgcaatatgaattttactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactc-aaacaaaagtagtataggtagcca 130  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||| |||| | |||||||    
T  28787278 ctcgtgtcaccaactatatattctacaacatgaattctactatcctactaaactagaaaattcagcctatgactcaaaacaaaaggagtacatgtagcca 28787377  T
Q  131 caagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaa 168  Q
    |||| | ||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  28787378 caaggctctactctatttgagttcaaacctaaaactaa 28787415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 326
Target Start/End: Original strand, 12738527 - 12738760
Alignment:
Q  96 gtctacgactcaaaca--aaagtagtataggtagccacaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaagaatgcaatagaggagttcaggt-g 192  Q
    ||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||   ||||| |||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||| || |||| |    
T  12738527 gtctaagactcaaacagaaaaggagtataggtagccataaggatctactctgttcgagttcaaacccaaaactaagaagaaaatagaggaatttaggttg 12738626  T
Q  193 tttaagagtttgatcctcttaaattcaagttaaactaatgtcccaaacctatggcaaaaaagactcaatttcagatagagtacaagcccggtcaataaat 292  Q
      ||| ||   ||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||| ||||| || | ||||||||    
T  12738627 cctaacagcccgatcctcttaagttcatgtttaactaatgtctcaaacctatggcgaataagactcaagttctgatagagcacaagtccaggcaataaat 12738726  T
Q  293 aaaaatggagacatgcagcctctgatgcttaact 326  Q
     ||||||||||| |||  ||||||| ||| ||||    
T  12738727 gaaaatggagacctgcgacctctgacgctcaact 12738760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 1275812 - 1275690
Alignment:
Q  72 tatcctactaaattagaaaatcc-agtctacgactcaaa--caaaagtagtataggtagccacaagtccctactttgtttgagttcaaacccaaaactaa 168  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||| || || |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  1275812 tatcctactaaactagaaaatccgagtctatgactcaaaaacaaaaggagtataggtagccactaggccatactctatttgagttcaaacccaaaactaa 1275713  T
Q  169 gaatgcaatagaggagttcaggt 191  Q
    ||| | |||||| ||||||||||    
T  1275712 gaaggaaatagaagagttcaggt 1275690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 37485701 - 37485569
Alignment:
Q  61 atgaattttactatcctactaaattagaaaatccagtctacgactcaaaca--aaagtagtataggtagccacaagtccctactttgtttgagttcaaac 158  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||  |||| ||||| |||||||| | | ||| ||  ||| |||||||||||    
T  37485701 atgaattctactatcttactaaactagaaaatcaagtctttgactcaaacataaaaggagtatgggtagccatacgacccgaccctgtatgagttcaaac 37485602  T
Q  159 ccaaaactaagaatgcaatagaggagttcaggt 191  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  37485601 ccaaaactaagaaggcaagagaggagttcaggt 37485569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 262 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 22056257 - 22056174
Alignment:
Q  262 ttcagatagagtacaagcccggtcaataaataaaaatggagacatgcagcctctgatgcttaacttgagtacaagtctaggaag 345  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22056257 ttcagatagagcacaagcccaggcaataaataaaaagggagacttgcgacctttgatgctcaacttgagtacaagcctaggaag 22056174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University