View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13770_high_3 (Length: 487)
Name: NF13770_high_3
Description: NF13770
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13770_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 14813049 - 14812581
Alignment:
| Q |
1 |
agaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataa |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14813049 |
agaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataa |
14812950 |
T |
|
| Q |
101 |
tagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacagg |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812949 |
tagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacagg |
14812850 |
T |
|
| Q |
201 |
tgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatgatagtatattaaacttg |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812849 |
tgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatgatagtatattaaacttg |
14812750 |
T |
|
| Q |
301 |
gcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttct |
400 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812749 |
gcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttct |
14812650 |
T |
|
| Q |
401 |
tggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
469 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
14812649 |
tggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
14812581 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 15260044 - 15259576
Alignment:
| Q |
1 |
agaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15260044 |
agaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataa |
15259945 |
T |
|
| Q |
101 |
tagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacagg |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259944 |
tagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacagg |
15259845 |
T |
|
| Q |
201 |
tgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatgatagtatattaaacttg |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259844 |
tgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatgatagtatattaaacttg |
15259745 |
T |
|
| Q |
301 |
gcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttct |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259744 |
gcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttct |
15259645 |
T |
|
| Q |
401 |
tggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
469 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259644 |
tggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
15259576 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 14749996 - 14749960
Alignment:
| Q |
24 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcc |
60 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14749996 |
aaggagactattgaaaatcacatgcttagattaatcc |
14749960 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 14757915 - 14757879
Alignment:
| Q |
24 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcc |
60 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14757915 |
aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcc |
14757879 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Original strand, 17521131 - 17521599
Alignment:
| Q |
1 |
agaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521131 |
agaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataa |
17521230 |
T |
|
| Q |
101 |
tagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacagg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521231 |
tagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctctgttagaaacacagg |
17521330 |
T |
|
| Q |
201 |
tgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatgatagtatattaaacttg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521331 |
tgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatgatagtatattaaacttg |
17521430 |
T |
|
| Q |
301 |
gcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttct |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521431 |
gcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttct |
17521530 |
T |
|
| Q |
401 |
tggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
469 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
17521531 |
tggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtggtgatgt |
17521599 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 17621964 - 17621904
Alignment:
| Q |
24 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaa |
84 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
17621964 |
aaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatggaaaattctgggttagtaa |
17621904 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 60
Target Start/End: Original strand, 17570620 - 17570656
Alignment:
| Q |
24 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcc |
60 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17570620 |
aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcc |
17570656 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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