View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13771_low_62 (Length: 316)

Name: NF13771_low_62
Description: NF13771
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13771_low_62
NF13771_low_62
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (18-305)||(31484145-31484432)
chr2 (58-298)||(14294702-14294942)
chr2 (25-296)||(10927018-10927288)
chr2 (125-295)||(27546825-27546994)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (25-293)||(31042949-31043217)
chr5 (61-244)||(31058223-31058406)
chr5 (58-291)||(20534580-20534813)
chr5 (80-290)||(21941255-21941465)
chr5 (239-296)||(31056930-31056987)
chr5 (232-291)||(11848135-11848194)
chr5 (234-296)||(23350515-23350577)
chr5 (70-116)||(34827877-34827923)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (25-296)||(26674263-26674534)
chr8 (25-192)||(16667470-16667637)
chr8 (58-185)||(12847506-12847633)
chr8 (204-296)||(16668370-16668462)
chr8 (57-116)||(9138858-9138917)
chr8 (152-196)||(14825116-14825160)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (81-286)||(13423519-13423724)
chr3 (35-296)||(25477756-25478016)
chr3 (26-197)||(25626469-25626640)
chr3 (81-297)||(45295037-45295252)
chr3 (70-116)||(52969694-52969740)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (26-296)||(19336942-19337212)
chr7 (26-296)||(44712221-44712490)
chr7 (123-297)||(42574737-42574911)
chr7 (140-296)||(5236702-5236858)
chr7 (74-293)||(24578721-24578939)
chr7 (25-132)||(22623871-22623978)
chr7 (203-297)||(8039214-8039308)
chr7 (234-296)||(41254341-41254403)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (60-296)||(13069119-13069355)
chr4 (173-297)||(4216085-4216209)
chr4 (58-296)||(31180279-31180517)
chr4 (108-270)||(21883138-21883302)
chr4 (173-297)||(3796961-3797085)
chr4 (231-297)||(21880762-21880828)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (58-297)||(21545028-21545269)
chr1 (70-201)||(12864949-12865080)
chr1 (65-271)||(16765319-16765525)
chr1 (79-141)||(5206955-5207017)
chr1 (245-297)||(7330151-7330203)
chr1 (234-291)||(45907910-45907967)
chr1 (219-296)||(50517893-50517970)
chr1 (74-150)||(25368799-25368875)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (108-272)||(26547700-26547862)
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (22-139)||(259954-260072)
scaffold0008 (232-297)||(259895-259960)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 305
Target Start/End: Original strand, 31484145 - 31484432
Alignment:
Q  18 atatgcaatataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31484145 atatgcaatataaacaggtcttatgagctctaaccttttctggtattggtcttgcaccactggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaa 31484244  T
Q  118 tgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31484245 tgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactga 31484344  T
Q  218 atgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttctacacctt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31484345 atgatgtgcatgacacatgtgaatgacaaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttctacacctt 31484432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 58 - 298
Target Start/End: Original strand, 14294702 - 14294942
Alignment:
Q  58 tggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccatt 157  Q
    ||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||| || | |||||     
T  14294702 tggtattggtcttgctccaccgaaaaaatggatgatcatgacggatatgagtttcctcattgcacatagatacaagcatgtggtggttctattgtccatc 14294801  T
Q  158 gagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtg-catgacacatgtgaatgataaccattttatg 256  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||| |||| || | ||||||||||| | ||||||||||||    
T  14294802 gagaaagggcaattgaaaacctttttccctctacgtggtgaaccttcacatagagattgaatgttgtgtcaag-cacatgtgaataacaaccattttatg 14294900  T
Q  257 attatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttct 298  Q
    || ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  14294901 atgatatatttgaaggatggttatccaattccttccacttct 14294942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 296
Target Start/End: Original strand, 10927018 - 10927288
Alignment:
Q  25 atataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacag 124  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||| | || |  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   || || |||||||||  ||||||    
T  10927018 atataaataggtcttaggcgctctaacctattattatattggtcctgcaccaccgaataaatggatgaccatgccatatatgggtttcctcatggcacag 10927117  T
Q  125 agatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgt 224  Q
    ||||||||||||| | | ||| || | |||||||  |||||||||||  |||||| ||| |||||||| |||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  10927118 agatacaaacatgcgatggttctattgtccattgc-aaagggcgatcagaaacctatttgcctctatgcggtgcactgccacatagagactgattgatgt 10927216  T
Q  225 gcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |  | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10927217 gtctaacacatgtgaatgaaaaccattttatgataatatatttgaaggatggttgtcaaattcctcccactt 10927288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 125 - 295
Target Start/End: Original strand, 27546825 - 27546994
Alignment:
Q  125 agatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgt 224  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||||| | ||||| |||||||||||  |||||||  ||||| ||||||| ||| |||||| |  |||||||||    
T  27546825 agatacaaacatgtggttgttctgctgtccatcgtgaaagagcgatcgaaaatatttttcca-ctatgcggtgcacaatcgcatagaaatcgaatgatgt 27546923  T
Q  225 gcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccact 295  Q
    |  | || ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27546924 gtctaactcatgtgaatgacaaccattttatgatggtgtatttgaagaatggttgtccaattcctcccact 27546994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 141; Significance: 6e-74; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 25 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 31043217 - 31042949
Alignment:
Q  25 atataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacag 124  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| | ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||    
T  31043217 atataaacaggtcttaggcgctctaacttattccgatattggtcatgcaccaccggataaatggatgaccatgccggatatgagtttcctcattgtacag 31043118  T
Q  125 agatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgt 224  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| || |||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||    
T  31043117 agatacaaacatgtggtggttctactgtctattgcgaaagggtgattggaaacctatttccctctatgtggtgcaccatcacatagaggtcgattgatgt 31043018  T
Q  225 gcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctccca 293  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  31043017 gtctgacacatgtgaatgacaaccattttatgataatatatttgaatgatggttttccaattcctccca 31042949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 61 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 31058406 - 31058223
Alignment:
Q  61 tattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgag 160  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||| |    
T  31058406 tattggtcctgcaccactggataaatggatgaccatgcaggatatgagtttcctcattgtacagagatacaaacatgtggtggttctactgtctattgcg 31058307  T
Q  161 aaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgat 244  Q
    |||||| ||| | || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  31058306 aaagggtgattggaaccctatttccctctatgtggtgcaccataacatagaggctgattgatgtgtctgacacatgtgaatgat 31058223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 291
Target Start/End: Original strand, 20534580 - 20534813
Alignment:
Q  58 tggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccatt 157  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||| | | || |||| |||| || ||||||| | | || |||||||||  |||||||| ||| |||| |||||     
T  20534580 tggtattggtcccgctccaacggataaatagctaattatgccggatatgggtttccttattccatagagatacatgcatgtggtggttctactgtccatc 20534679  T
Q  158 gagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatga 257  Q
     |||||| || |||||||||||||||||||||| |  ||| ||| || |||| |||| |||||| |||  |  |||| ||||||   || ||||||||||    
T  20534680 aagaaagtgcaatcgaaaacctttttccctctacgcagtgaaccttcgcataaagaccgaatgaagtgtctagcacacgtgaatatcaatcattttatga 20534779  T
Q  258 ttatatatttgaaggttggttgtccaattcctcc 291  Q
    |  ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  20534780 tggtatatttgagggatggttgtccaattcctcc 20534813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 80 - 290
Target Start/End: Original strand, 21941255 - 21941465
Alignment:
Q  80 gataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacct 179  Q
    ||||||||||||||||||  | || ||| ||| |||| |||||| |||||||| |||||||| ||| |||| |||||  | ||||||| |||  |||| |    
T  21941255 gataaatggatgatcatgtcgaatatgaattttctcattgcacatagatacaagcatgtggtggttctactgtccatcaataaagggcaatcagaaactt 21941354  T
Q  180 ttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttg 279  Q
    |||||||||||   |||||||| |  ||| || |  ||||||| ||  | |||||||||||||| ||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||    
T  21941355 ttttccctctactcggtgcacctttgcattgacaacgaatgatttgtctaacacatgtgaatgaaaattattttatgatggtatatttgaagaatggttg 21941454  T
Q  280 tccaattcctc 290  Q
    |||||||||||    
T  21941455 tccaattcctc 21941465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 239 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 31056987 - 31056930
Alignment:
Q  239 aatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  31056987 aatgacaaccattttatgataatatatttgaatgatggttgtccaattcctcccactt 31056930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 11848194 - 11848135
Alignment:
Q  232 acatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcc 291  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11848194 acatgtgaatgacaaccattttattatggtttatttgaaggatggttgtccaattcctcc 11848135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 23350577 - 23350515
Alignment:
Q  234 atgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |||||||||| ||||||||||||    |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23350577 atgtgaatgacaaccattttatggcattggatttgaaggatggttgtccaattcctcccactt 23350515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 34827923 - 34827877
Alignment:
Q  70 tgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctca 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  34827923 tgcaccacgggataaatggatgaccatgccggatatgagtttcctca 34827877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 25 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 26674534 - 26674263
Alignment:
Q  25 atataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacag 124  Q
    ||||||| ||||||||   ||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||     
T  26674534 atataaagaggtcttagtcgctctaatattttgcggtattggtcctgcaccaccagataaatggatgaccatgccggatatgagtttcctcattgcacaa 26674435  T
Q  125 agatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgt 224  Q
    |||||||||||  |||||| | |||| ||||||||||||  ||||||  |||||||||||||| |||  | |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  26674434 agatacaaacacatggttggtctactgtccattgagaaaaagcgatcagaaacctttttccctttatacgatgcaccgtcacatagagagtgattgatgt 26674335  T
Q  225 gcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |  || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  26674334 gtctggcacatgtgaatgacaaccattttatgataatatatttaaaggatggttgtccaattcctcccactt 26674263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 192
Target Start/End: Original strand, 16667470 - 16667637
Alignment:
Q  25 atataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacag 124  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |  |||||||||||| |||| ||||| |  ||||||||| |||||||    
T  16667470 atataaagaggtcttaggcgctctaacattttgtggtattggtcatgcaccatcaaataaatggatgaccatgttggatataggtttcctcattgcacag 16667569  T
Q  125 agatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatg 192  Q
    ||||||||||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  16667570 agatacaaacacgtcattgttctactatacattgagaaagggcgatcggaaaccttttttcctctatg 16667637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 58 - 185
Target Start/End: Original strand, 12847506 - 12847633
Alignment:
Q  58 tggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccatt 157  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||| ||||| || |||||||| ||| |||| || ||     
T  12847506 tggtattggtcctactccaccagataaatggatgatcatgtcggatatgagtttcctcattggacaaagatataagcatgtggtagttctactgtctata 12847605  T
Q  158 gagaaagggcgatcgaaaacctttttcc 185  Q
     | ||||| | |||||||||||||||||    
T  12847606 aaaaaaggacaatcgaaaacctttttcc 12847633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 204 - 296
Target Start/End: Original strand, 16668370 - 16668462
Alignment:
Q  204 cacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |||||| ||| ||| | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||  |||||||||||||    
T  16668370 cacatacagagtgattaatgtgtatggcacatgtgaatgacaaccattttatgataatatacttgaagaatggttgtcatattcctcccactt 16668462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 57 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 9138917 - 9138858
Alignment:
Q  57 ctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctca 116  Q
    ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||    
T  9138917 ctggtattgggaatgcaccacgggataaatggatgatcatgcaggatatgggtttcctca 9138858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 152 - 196
Target Start/End: Original strand, 14825116 - 14825160
Alignment:
Q  152 tccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggt 196  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  14825116 tccattgggaaagggcgatcggtaacctatttccctctatgtggt 14825160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 81 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 13423724 - 13423519
Alignment:
Q  81 ataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctt 180  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  13423724 ataaatggatgatcatgccggatatgagtttcctcattgcgctgagatacaaacatgtggttgtttcactgtccattgggaaagggcgatcataaacctt 13423625  T
Q  181 tttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgt 280  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||| |  ||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||    
T  13423624 tttccctctatatggtgcatcatcgcatagaaatcgaatgatgtgtttgacacatgtgaatcacaaccattttatgatggtatatttgaaggatagttgt 13423525  T
Q  281 ccaatt 286  Q
    ||||||    
T  13423524 ccaatt 13423519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 25478016 - 25477756
Alignment:
Q  35 gtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaac 134  Q
    |||||| | |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||      
T  25478016 gtcttaggcgctctaaccttttgcggtattggtcctgcaccactggataaatggacgactatgctggatatgggtttcctcattgcaaagagatacaact 25477917  T
Q  135 atgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacaca 234  Q
      |  |||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| | || ||   |||||| | |  || ||||||| | || ||     
T  25477916 gcggtgttgtcctactgtccattgagaaagggcgatctgaaaccttttt-cctctatgcgatgaacagccacatacaaagcgattgatgtgtacgaaacg 25477818  T
Q  235 tgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||  | |||||||||||    
T  25477817 tgtgaatgacaaccatttcatgataatatatttgaaggatgattgtcatactcctcccactt 25477756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 26 - 197
Target Start/End: Original strand, 25626469 - 25626640
Alignment:
Q  26 tataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacaga 125  Q
    |||||| |||||||  | |||||||| |||||  ||||||||| ||||||||| | ||||||||||  |||||  ||| || |||| |||| ||| ||||    
T  25626469 tataaagaggtcttgggcgctctaaccttttccagtattggtcatgcaccaccaggtaaatggatggccatgccagatatgggttttctcattgctcaga 25626568  T
Q  126 gatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtg 197  Q
     |||||| || || |||||| || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  25626569 aatacaaccacgtcgttgttctaatatccattgcgaaagggcgatctgaaaccttttttcctctatggggtg 25626640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 81 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 45295252 - 45295037
Alignment:
Q  81 ataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctt 180  Q
    |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||| |||| |||  ||||||| |||||| |||  |||   |||  | ||||||| |||  |||||||    
T  45295252 ataaattgatgatcatgtcggatatgagtttcctcattgcaaaga--tacaaacgtgtggtggttccactcctcatcaacaaagggcaatcataaacctt 45295155  T
Q  181 ttt-ccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttg 279  Q
    ||| ||||||| |||||||||| || |||| ||| |||||||||||  |   | |||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| | | ||||    
T  45295154 ttttccctctacgtggtgcaccttcgcatatagattgaatgatgtgtctaggatatgtgaatgacaaccatttgatgaagatatatttgaatgattgttg 45295055  T
Q  280 tccaattcctcccacttc 297  Q
    || |||||||||||||||    
T  45295054 tcaaattcctcccacttc 45295037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 52969740 - 52969694
Alignment:
Q  70 tgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctca 116  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  52969740 tgcaccacgggataaatggatgatcatgccggatatgagtttcctca 52969694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 19337212 - 19336942
Alignment:
Q  26 tataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacaga 125  Q
    |||||||||||||||    ||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||| ||||||||    
T  19337212 tataaacaggtcttagacactctaacctattccggtattggtcatgcaccaccggataaatggatgaccatgccggatataagtttcctcattgcacaga 19337113  T
Q  126 gatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtg 225  Q
    |||||| |||  |||| ||| |||| ||||  | ||||||| ||||  ||||||  ||||||||||   |||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  19337112 gatacacacagatggtggttctactgtccacagcgaaagggagatcagaaacctacttccctctatccagtgcactatcacatagagactaattgatgtg 19337013  T
Q  226 catgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
      ||  |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| | || |||||||||| |||||||||    
T  19337012 tctggtacatgtgaatgacaaccattttatgataatatttttgaatgatgattgtccaatttctcccactt 19336942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 296
Target Start/End: Original strand, 44712221 - 44712490
Alignment:
Q  26 tataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacaga 125  Q
    |||||| |||||||  |||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||| |||| ||||||||    
T  44712221 tataaagaggtcttgggagctctaacctttttcggtattggtcttgcaccaccggataaatggatgaccatgatggatatgggttttctcattgcacaga 44712320  T
Q  126 gatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtg 225  Q
     ||||||  |    |||||| || |||||| | ||||||||| ||    ||| ||||| |||||||| |||| |||  |||||| |||  || |||||||    
T  44712321 aatacaacgacaccgttgttctattatccactaagaaagggcaatttgtaacattttt-cctctatggggtgaaccgccacatacagagcgattgatgtg 44712419  T
Q  226 catgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
     ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  44712420 tatggcacatgtcaatgacaaccatttcatgataatacatttgaaggatgattgtccaattcctcccactt 44712490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 123 - 297
Target Start/End: Original strand, 42574737 - 42574911
Alignment:
Q  123 agagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgat 222  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | | |||||||     
T  42574737 agagatacaaacatatggttgttcgactgtccatcgagaaggggtgatcgaaaacctttttccctcgatgcggtgcaccatcacatataaattgaatgac 42574836  T
Q  223 gtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
    |||  |  |  | |||| ||| ||||||||||||||  ||||| | |||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  42574837 gtgtgtagcttacgtgagtgacaaccattttatgatggtatatctaaaggatgactgtccaattcctcccacttc 42574911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 140 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 5236858 - 5236702
Alignment:
Q  140 gttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtga 239  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||||| ||   |||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||  ||  || ||||||| ||| |||| ||||    
T  5236858 gttgttctactatccactaagaaagggcaatttgaaaccttttttcctctattgggtgaaccaccacatattgagcgattgatgtgtatggcacaagtga 5236759  T
Q  240 atgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  5236758 atgacaaccatttcatgataatacatttgaaggatggttgtcttattcctcccactt 5236702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 24578939 - 24578721
Alignment:
Q  74 ccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcga 173  Q
    |||||| |||||||||||||||||    || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| || | | |||  |  |||||  |||      
T  24578939 ccaccgaataaatggatgatcatgtcaaatatgagtttcctcactgcacagagatacaagcatgtggtggttctattgtacatcaaacaagggtaatcat 24578840  T
Q  174 aaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggt 273  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |  | || | |||||||||||||  |   ||||||| | ||  || ||||||||||| ||||| |||| |     
T  24578839 aaacctttttccctatatgtggtgcacctttgcttataaactgaatgatgtgtttacgacatgtg-aggactacaattttatgattgtatatatgaatga 24578741  T
Q  274 tggttgtccaattcctccca 293  Q
    || |||||||||||||||||    
T  24578740 tgattgtccaattcctccca 24578721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 132
Target Start/End: Original strand, 22623871 - 22623978
Alignment:
Q  25 atataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacag 124  Q
    ||||||| |||||||  | |||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||  | || ||||||| |||||||| |||    
T  22623871 atataaagaggtcttgggtgctctaaccttttatggtattggtcatgtaccaccggataaattgatgaccatgtcgtatatgagttttctcaatgctcag 22623970  T
Q  125 agatacaa 132  Q
    | ||||||    
T  22623971 aaatacaa 22623978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 203 - 297
Target Start/End: Original strand, 8039214 - 8039308
Alignment:
Q  203 tcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |  | ||| ||||||| || |||||||| || |||| |||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  8039214 tcacatagaaattgaatgatgtgtctagctcatttgaatgacaatcattttataatgatatctttgaaagatgattgtccaattcctcccacttc 8039308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 41254403 - 41254341
Alignment:
Q  234 atgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |||||||||| ||||||||||||  | |  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  41254403 atgtgaatgacaaccattttatggctttggatttgaaggatggttgtccgattcctcccactt 41254341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 60 - 296
Target Start/End: Original strand, 13069119 - 13069355
Alignment:
Q  60 gtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattga 159  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||| || || |||||| ||||||||||||||| || || |||||| |||||||||||||    
T  13069119 gtattggtcatgcaccacttgataaatggatgaccatgccggatatgggtgtcctcattgcacagagatacaatcacgtcgttgttctactatccattga 13069218  T
Q  160 gaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgatt 259  Q
    |||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||| | |  |  ||||||| ||| |||||||||| || ||| |||| |||||     
T  13069219 gaaagggcgacctaaaaccttttttcctctatgcggtgaaccaccacatacatagcgcttgatgtgtatgccacatgtgaacgacaactatttcatgata 13069318  T
Q  260 atatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |||||||||| || ||||||||  |||||||||||||    
T  13069319 atatatttgatggatggttgtcatattcctcccactt 13069355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 173 - 297
Target Start/End: Original strand, 4216085 - 4216209
Alignment:
Q  173 aaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaagg 272  Q
    |||||||||||||||||| |||| | ||| || ||||||||| |||| |||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  4216085 aaaacctttttccctctacgtggcgaaccttcgcatagagaccgaataatgtgtctagcacatgtgaatgataaccattttatgatggtatatttgacgg 4216184  T
Q  273 ttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
     || |||||||||||||||||||||    
T  4216185 atgattgtccaattcctcccacttc 4216209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 58 - 296
Target Start/End: Original strand, 31180279 - 31180517
Alignment:
Q  58 tggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccatt 157  Q
    ||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||   |||| ||  ||||||   | |||| |||||||| ||| |||| ||| |||| || ||     
T  31180279 tggtattggccctactccaccagataaatggatgatcatatcggatatggctttccttgttacacaaagatacaagcatatggtagttctactgtcgatc 31180378  T
Q  158 gagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatga 257  Q
     | ||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||||| |  |||| | || ||||||||||  |  | ||||||||||||||||||||||| |    
T  31180379 aataaagggcaattagaaacctttttccctttatgtggtgcacctttgcatatataccgaatgatgtgtctagcgcatgtgaatgataaccattttatta 31180478  T
Q  258 ttatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |  |||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  31180479 tggtatattagaaggatggttgtataattcctcccactt 31180517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 108 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 21883302 - 21883138
Alignment:
Q  108 gtttcctcaatgcacagagatacaaa-catgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcac 206  Q
    |||| |||| |||||| ||||| ||| ||||| || ||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| || |  ||||||| ||||    
T  21883302 gttttctcattgcacatagatataaagcatgttgtggttctactatccatcgataaagggcaatcgaaaacctttttccctttacgcagtgcaccttcac 21883203  T
Q  207 atag-agactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaa 270  Q
    |||| | || ||||||||||  |  ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||    
T  21883202 atagaaaaccgaatgatgtgtctagcacatgtgaatgacaaccatattatgatagtatatttgaa 21883138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 173 - 297
Target Start/End: Original strand, 3796961 - 3797085
Alignment:
Q  173 aaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaagg 272  Q
    ||||||||||||| | || ||||  |||| || ||||||||| |||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||| ||    
T  3796961 aaaacctttttccttgtacgtggcacaccttcgcatagagaccgaataatgtgtctagcacatgtgaatggtaaccattttatgatggtatatatgacgg 3797060  T
Q  273 ttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
     || |||||||||||||||||||||    
T  3797061 atgattgtccaattcctcccacttc 3797085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 21880828 - 21880762
Alignment:
Q  231 cacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || | || |||||||||| || |||||||    
T  21880828 cacatgtgaatgacaaccattttatgataatatatttaaaagatgattgtccaattgctgccacttc 21880762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 58 - 297
Target Start/End: Original strand, 21545028 - 21545269
Alignment:
Q  58 tggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccatt 157  Q
    ||||||||||| |||  || | ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| || | |||||     
T  21545028 tggtattggtcgtgctacatcagataaatggatgatcatgccggatatgagattcctcattgcacagagatacaaacatgtagtggttctaatgtccatc 21545127  T
Q  158 gagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatg--ataaccattttat 255  Q
    || ||| | | ||| |||| ||||||||||||| | |||||| | || ||||||||| ||||||||||  |  ||||||||||||  | |||||||||||    
T  21545128 gataaacgacaatcaaaaatctttttccctctacgcggtgcatcttcccatagagaccgaatgatgtgtctagcacatgtgaatgacaaaaccattttat 21545227  T
Q  256 gattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
    ||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  21545228 gatgatatatttgatggatggttgtccatttcctcccacttc 21545269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 12865080 - 12864949
Alignment:
Q  70 tgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcga 169  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||  ||| ||| || ||| ||   ||||||| |  | ||||||| ||||||||||    
T  12865080 tgcaccatcggataaatggatgaccatgtcggatatgagtttcctcatcgcatagaaattcaaccaaacggttgttgtgttttccattgggaaagggcga 12864981  T
Q  170 tcgaaaacctttttccctctatgtggtgcacc 201  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  12864980 tcggaaacctatttccctctatgtggtccacc 12864949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 65 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 16765525 - 16765319
Alignment:
Q  65 ggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaag 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || |||| |||| ||||||   |||||| || || |||||| |||| |||| | ||||||    
T  16765525 ggtcctgcaccaccggataaatggatgaccatgc-agatatgggttttctcattgcacaataatacaaccacgtcgttgttctactgtccacttagaaag 16765427  T
Q  165 ggcgatc-gaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcacatagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatat 263  Q
    ||||||| |||| | ||||| |||||||| |||| |||  ||| |   ||  || | |||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||     
T  16765426 ggcgatctgaaacctttttttcctctatggggtgaaccgccacttgttgagcgattaatgtgtttgacacatgtgaatgacaaccatttcatgattatac 16765327  T
Q  264 atttgaag 271  Q
    ||| ||||    
T  16765326 attcgaag 16765319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 5207017 - 5206955
Alignment:
Q  79 ggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggt 141  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  5207017 ggataaatggatgatcatgttgaatatgagtttcttcattgcacagagatacaagcatgtggt 5206955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 245 - 297
Target Start/End: Original strand, 7330151 - 7330203
Alignment:
Q  245 aaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  7330151 aaccattttatgatgatatatttgaagaatggttgtccaattcctccaacttc 7330203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 45907967 - 45907910
Alignment:
Q  234 atgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcc 291  Q
    |||||||||| |||||||||||| || |  ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  45907967 atgtgaatgacaaccattttatggttgtggatttgaaggatggttgtccgattcctcc 45907910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 296
Target Start/End: Original strand, 50517893 - 50517970
Alignment:
Q  219 tgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccactt 296  Q
    |||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||  | |  ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  50517893 tgatgtgtttgacatatgtgaatgacaaccattttatggctttggatttgaaggatggttgtccgattcctcctactt 50517970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 25368875 - 25368799
Alignment:
Q  74 ccaccggataaatggatgatcatgctggatttgagtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatact 150  Q
    |||||| |||| ||||||||||||  | || ||||||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||| ||||    
T  25368875 ccaccgaataagtggatgatcatgtcgaatatgagttttctcattgcacagagatataagcatgtggtggttctact 25368799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 272
Target Start/End: Original strand, 26547700 - 26547862
Alignment:
Q  108 gtttcctcaatgcacagagatacaaacatgtggttgttatactatccattgagaaagggcgatcgaaaacctttttccctctatgtggtgcaccatcaca 207  Q
    ||||||||| |||| | |||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||  |||||| || | |||||||||  ||||||   |||||||| |||||    
T  26547700 gtttcctcattgcataaagatacaatcatgtggtggttttactgtccatcgaacaagggcaatgggaaacctttt--cctctacacggtgcaccttcaca 26547797  T
Q  208 tagagactgaatgatgtgcatgacacatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaagg 272  Q
    ||||||| ||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||    
T  26547798 tagagaccgaatgatgtgtctaacacatgtgaatgacaaccatttcatgatggtatatttgaagg 26547862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 22 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 260072 - 259954
Alignment:
Q  22 gcaatataaacaggtcttatgagctctaacattttctggtattggtcctgcaccaccggataaatggatgatcatgctggatttgag-tttcctcaatgc 120  Q
    |||||||||||  |||||| | |||||||| | ||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | |||| ||| |||    
T  260072 gcaatataaactagtcttaggtgctctaacttgttctggtattggatctacaccaccagataaatggatgattatgccggatttgggttttcttcattgc 259973  T
Q  121 acagagatacaaacatgtg 139  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  259972 acatagatacaaacatgtg 259954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 259960 - 259895
Alignment:
Q  232 acatgtgaatgataaccattttatgattatatatttgaaggttggttgtccaattcctcccacttc 297  Q
    |||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||    
T  259960 acatgtgaatgaaaatcattttttgatgatatatttgaaggatagttgtccaattcctctcacttc 259895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University