View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13772_low_1 (Length: 780)

Name: NF13772_low_1
Description: NF13772
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13772_low_1
NF13772_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-761)||(23130698-23131452)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 761
Target Start/End: Original strand, 23130698 - 23131452
Alignment:
Q  16 atactatcagagtaagaacttaatccattcgacgtgtctccaaactttccgtcattgtcgacaaagtgagaccatggccatatctcttctaccaagtgat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23130698 atactatcagagtaagaacttaatccattcgacgtgtctccaaactttccgtcattgtcgacaaagtgagaccatggccatatctcttctaccaagtgat 23130797  T
Q  116 ttgattttgtctccacataaccaatatgttttgtctcaaatgatgaggaaaccatctcattttcatttgctcttttgagggattttagctgaatttctct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23130798 ttgattttgtctccacataaccaatatgttttgtctcaaatgatgaggaaaccatctcattttcatttgctcttttgagggattttagctgaatttctct 23130897  T
Q  216 agacaatccatagtcattctgaggaaatcttgttgatgcatttatattgaaggaagtactagctgaagaagattcgtcgaagctatccatcaaataatgc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23130898 agacaatccatagtcattctgaggaaatcttgttgatgcatttatattgaaggaagtactagctgaagaagattcgtcgaagctatccatcaaataatgc 23130997  T
Q  316 gatagagttgagaatgaccaatcttgagaatcagttcccaagttcaatggtgtagaattagcttcctgacgatgaatgaaatt---------cttgatat 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||         ||||||||    
T  23130998 gatagagttgagaatgaccaatcttgagaatcagttcccaagttcaatggtgtacaattagcttccagacgatgaatgaaattaaatttctccttgatat 23131097  T
Q  407 tggtaacaaattccaggtcttcggcaacctattatatcatgtaatatgaataagcataaagaaattatttgctacaaaaaatacaattgttataacccgt 506  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23131098 tggtaataaattccaggtcttcagcaacctattatatcatgtaatatgaataagcataaagaaattattcgctacaaaaaatacaattgttataacccgt 23131197  T
Q  507 aattgcaggttggataatnnnnnnntactattaagaaaaccaattttcggacctaaacctataaggaagaaatcgaccaagttgaaggtaatatgtaagg 606  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23131198 aattgcaggttggataataaaaaaatactattaagaaaaccaattttcggacctaaacctataaggaagaaatcgaccaagttgaaggtaatatgtaagg 23131297  T
Q  607 aaaggaacaaacatgtaacagaatttataagtattttctttgatgtgtgctagcatatcgtaaaacaaacaggttgtccagctcataatcaaaatatnnn 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  23131298 aaaggaacaaacatgtaacagaatttataagtattttctttgatgtgtgctagcatattgtaaaacaaacaggttgtccagctcataatcaaaatatcaa 23131397  T
Q  707 nnnntatacgcaccgagttaaacgaagcaaattgcaaaactccttgtgggagaac 761  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23131398 aaaatatacgcaccgagttaaacgaagcaaattgcaaaactccttgtggaagaac 23131452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University