View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13783_low_16 (Length: 344)

Name: NF13783_low_16
Description: NF13783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13783_low_16
NF13783_low_16
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-325)||(7582069-7582384)
chr1 (45-323)||(7098897-7099175)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-318)||(13616057-13616354)
chr4 (49-322)||(20296944-20297217)
chr4 (45-110)||(52351439-52351504)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (45-322)||(26706817-26707094)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (45-318)||(30749116-30749389)
chr5 (45-322)||(30242725-30243002)
chr5 (45-318)||(30677525-30677798)
chr5 (45-318)||(30713779-30714052)
chr5 (45-318)||(30059842-30060115)
chr5 (49-318)||(30338882-30339151)
chr5 (45-318)||(30482877-30483150)
chr5 (45-322)||(29852784-29853061)
chr5 (45-318)||(29871659-29871932)
chr5 (49-312)||(30435299-30435562)
chr5 (182-308)||(17982513-17982639)
chr5 (45-318)||(30399550-30399823)
chr5 (55-318)||(30206008-30206271)
chr5 (18-160)||(17982373-17982514)
chr5 (49-226)||(17418606-17418783)
chr5 (202-322)||(30475011-30475131)
chr5 (45-123)||(30474854-30474932)
chr5 (273-325)||(30521972-30522024)
chr5 (273-325)||(30562312-30562364)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 10 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 7582384 - 7582069
Alignment:
Q  10 ataatactggtcttaacagatgaatcattgtgcaaccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagata 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7582384 ataatagtggtcttaacagatgaatcattgtgcaaccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagata 7582285  T
Q  110 aactaccgacatttggtaagcctctgatctccagctttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgta 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7582284 aactaccgacatttggtaagcctctgatctccagctttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatata 7582185  T
Q  210 aacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7582184 aacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaag 7582085  T
Q  310 caagacaagtgttccg 325  Q
    ||||||||||||||||    
T  7582084 caagacaagtgttccg 7582069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 45 - 323
Target Start/End: Original strand, 7098897 - 7099175
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||    
T  7098897 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccattaaattggcttctttagcttcagataaactaccaacattttgtaagcctttgatctccagc 7098996  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7098997 tttcctcctaaatttagatcacgtaactctgctaagctatgtcctttctcgaaattaacaatataaacacttaaggttcttaagcaagataattttccaa 7099096  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttc 323  Q
      ||| ||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099097 tgtgaggaaacatgcgagacaatgaattacaaccttcaatgattaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttc 7099175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 13616057 - 13616354
Alignment:
Q  18 ggtcttaacagatgaatcattgtgcaaccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccg 117  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||     
T  13616057 ggtcttgacagatgaatctttgtgctgccatgacaagaataattcatcgaggtcttttttatccattaaattggcttcttgagcttcaaataaactacct 13616156  T
Q  118 acatttggtaagcctctgatctccagctttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacactta 217  Q
    | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||| ||| ||||        ||| ||||| || ||| |||    
T  13616157 atattttgtaagcctttgatctccagctttcctcctaagtctagatcatgtaactttgctaagttatctcct------agattaacaatatagacagtta 13616250  T
Q  218 atgttcttaagcaagataattttccaacatgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaat---cttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaaga 314  Q
     |||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||  | || |||||||| ||| |||||    |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  13616251 ttgttcttaggcaatataattttccaatgtgaggacccttgtgagacaacgaataacaatttaattcaatgacttaatatctaagatgttgtaagcaaga 13616350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 20297217 - 20296944
Alignment:
Q  49 gacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagctttc 148  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||| |  ||||||| ||||   ||| ||||    
T  20297217 gacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattggcttcttgagcttcagatatactgccaacatcttttaagcctttgatactcagttttc 20297118  T
Q  149 ctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatg 248  Q
    | || |  ||||||||||||||||| |  |||||||  |||||||   || | |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||        
T  20297117 caccaagttttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctttaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagataattttccaatgct 20297018  T
Q  249 acgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgtt 322  Q
    | ||||||| ||||||||  |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  20297017 aggaaacattcgagacaaagaccaacaatcttcaatgactatatgtctaagattttgtaggcaggccaagtgtt 20296944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 110
Target Start/End: Original strand, 52351439 - 52351504
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataa 110  Q
    |||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| ||| || | ||||||||    
T  52351439 ccatgacaggcataattctcggaggtcttttttacccatcaaattggcctctcgaacatcagataa 52351504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 86; Significance: 5e-41; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 45 - 322
Target Start/End: Original strand, 26706817 - 26707094
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |  |||||||  |||   |||     
T  26706817 ccatgacaagcataatttttcgaggttttttttccccatcaaattggcttcttgagcttcagataaactgccaacatcttttaagccttcgatactcagt 26706916  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  26706917 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaggataattttccaa 26707016  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgtt 322  Q
        | ||||||| ||||||||  |   |||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  26707017 tgctaggaaacattcgagacaaagatccacatccttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagtcaagtgtt 26707094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 79; Significance: 7e-37; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Original strand, 30749116 - 30749389
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||||||||||| || |||||   ||| ||| ||||   |||     
T  30749116 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacattgtttaatcctttgatactcagt 30749215  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  30749216 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaa 30749315  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatct-tcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
      | | |||||||| |||||||  | | || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30749316 tgttaggaaacatgagagacaaagatttac-atctgtcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaag 30749389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 30243002 - 30242725
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||||||||||| || |||||   ||||  |  |||   |||     
T  30243002 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacattgtttaagtgttggatactcagt 30242903  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | ||||| || ||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  30242902 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatatacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaa 30242803  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgtt 322  Q
      | | |||||||| |||||||  |  |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30242802 tgttaggaaacatgagagacaaagaccgacattctttaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagtgtt 30242725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 30677798 - 30677525
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| || ||  ||| |||||||||||||||| | |||||   ||| ||| ||||   |||     
T  30677798 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttatccatcaatttagccgcttcagcttcagataaactagcaacattgtttaatcctttgatactcagt 30677699  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| |  | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||    
T  30677698 tttccactgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttctaa 30677599  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
      | | ||||||| ||||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  30677598 tgttaggaaacatacgagacaaagattcacaatattcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaag 30677525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 30714052 - 30713779
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||| ||||||| || |||||   ||| ||| ||||   |||     
T  30714052 ccatgacaagtataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcaaataaactgccaacattgtttaatcctttgatactcagt 30713953  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  30713952 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaa 30713853  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
      | | ||||||| ||||||||  |  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  30713852 tgttaggaaacattcgagacaaagatcgacattcttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaag 30713779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Original strand, 30059842 - 30060115
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||| |||| || || |||||   ||| |||  ||| | |||     
T  30059842 ccatgacaagtataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcaaataacctgccaacattgtttaatccttggatatgcagt 30059941  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  30059942 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaa 30060041  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
      | | |||||||| |||||||  |  ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30060042 tgttaggaaacatgagagacaaagaccgacatacttcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaag 30060115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 30339151 - 30338882
Alignment:
Q  49 gacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagctttc 148  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| |||||||||||| || || |||||   ||| |||  ||| | ||| ||||    
T  30339151 gacaagcataattgatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataacctgccaacattgtttaatccttggatatgcagttttc 30339052  T
Q  149 ctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatg 248  Q
    | || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |     
T  30339051 caccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagataattttccaatgtt 30338952  T
Q  249 acgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
    | |||||||  |||||||  |  |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  30338951 aggaaacattagagacaaagaccgacattcttcaatgactatatgcctaagattttgtaagcaagccaag 30338882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Original strand, 30482877 - 30483150
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| |||||||||||| || || |||||   ||| |||  ||| | |||     
T  30482877 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataacctgccaacattgtttaatccttggatatgcagt 30482976  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||   | | |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  30482977 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgtcaagctattccctttctctacactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaa 30483076  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
      | | |||||||  |||||||  |  |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  30483077 tgttaggaaacatttgagacaaagaccgacattcttcaatgactatatgcctaagattttgtaagcaagccaag 30483150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 45 - 322
Target Start/End: Original strand, 29852784 - 29853061
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||| ||||||||||  | |||| ||||||||||||| || ||  ||| ||||||||||||||| || |||| |  ||||||| ||||   ||||    
T  29852784 ccatgacaaacataattcatgaatgtctgttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgcccacatcttttaagcctttgatactcagc 29852883  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | ||||||||||| |||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| |  |||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  29852884 tttccaccaaggtttagatcacataactctgtcaagctattccctttctctaaactaacaatgtacatgcttaatgttcttagacaagataatttgccaa 29852983  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgtt 322  Q
      | | |||||||| |||||||  |  ||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29852984 tgttaggaaacatgagagacaaagatcgacatcctttaatgactatatgtctaagattttgtaagcaagccaagtgtt 29853061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Original strand, 29871659 - 29871932
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||||||||||| || |||||   ||| |||  |||   |||     
T  29871659 ccatgacaagcataattgatgaaggtcttttttacccatcaaattagccgcttcagcttcagataaactgccaacattgtttaatccttcgatactcagt 29871758  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || |  ||||||||||||||||| |  || ||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  29871759 tttccaccgagttttagatcacgtaactctgtcaaactattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttaaacaagttaattttccaa 29871858  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
      | | ||||||| | ||||||  |  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  29871859 tgttaggaaacatactagacaaagatcgacattcttcaatgactatatgtctaagattttgtaaacaagccaag 29871932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 312
Target Start/End: Original strand, 30435299 - 30435562
Alignment:
Q  49 gacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagctttc 148  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| || ||  ||| |||||||||||||||||| |||||   ||| ||| ||||   ||| ||||    
T  30435299 gacaagcataattcatgaaggtcttttttacccttcaaattagccgcttcagcttcagataaactaccaacattgtttaatcctttgatactcagttttc 30435398  T
Q  149 ctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatg 248  Q
    | || | |||||||||| ||||||| |  ||||||| |||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||  |     
T  30435399 caccgaggtttagatcatgtaactctgtcaagctatttcctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaagttaattttccaatgtt 30435498  T
Q  249 acgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaa 312  Q
      ||||||| ||| | ||  |   |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30435499 gggaaacattcgaaataaagatccacatccttcaatgactatatgtctaagattttgtaagcaa 30435562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 182 - 308
Target Start/End: Original strand, 17982513 - 17982639
Alignment:
Q  182 tatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttc 281  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||| || |||||||||| | ||||||| |||||||||||||  ||| |||||||| |||||||| ||| ||||  |||    
T  17982513 tatgtcctttctctggattaacaatatagacacttaatgattttaagcatgataattttccaatgtgaggaaacatgtgagacaacgaataacaacgttc 17982612  T
Q  282 aatgactaaatgtctaagattttgtaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  17982613 aatgactaaatgtctaagattttgtaa 17982639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Original strand, 30399550 - 30399823
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagc 144  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |  ||  ||||||||| ||||||||| || | || |  |||||||  |||   |||     
T  30399550 ccatgacaagcataattcatgaaggtcttttttacccatcaaatcagccgcttgagcttgagataaactgccaaaatcttttaagccttcgatacgcagt 30399649  T
Q  145 tttcctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaa 244  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||  || | |||||||| |||||||||||| |||  | || |||||||||||    
T  30399650 tttccaccgaggtttagatcacgtaactctgacaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgtttttagactagttaattttccaa 30399749  T
Q  245 catgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
      | | ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30399750 tgttaggaaacattcgagacaaagatatacaatattcaataactatatgtctaagattttgtaagaaagccaag 30399823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 318
Target Start/End: Original strand, 30206008 - 30206271
Alignment:
Q  55 cataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagctttcctccta 154  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||    ||| ||| ||||    || |||||||| |    
T  30206008 cataattcctggaggtcttttttacccatcaaattggctgcttgagcttcagataaactacaaacatcatttaaacctttgatacttagttttcctccca 30206107  T
Q  155 agtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatgacgaaa 254  Q
     |||||||||  ||||||| || |||||||  ||||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||  || | |||||||||||  |   ||||    
T  30206108 ggtttagatcgtgtaactctgccaagctattccctttctctaaactaacaatgtacacacttaatgttcttagacaggttaattttccaatgtatggaaa 30206207  T
Q  255 catgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaag 318  Q
    |||| || ||||  |||| ||||||| |||||| | |||||| ||||| ||||| |||| ||||    
T  30206208 catgtgaaacaatgaatggcaatctttaatgacaagatgtctgagattctgtaaacaagccaag 30206271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 160
Target Start/End: Original strand, 17982373 - 17982514
Alignment:
Q  18 ggtcttaacagatgaatcattgtgcaaccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccg 117  Q
    |||||| ||||||||| | | ||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || || || ||||||| | ||||||||||||||| |    
T  17982373 ggtcttgacagatgaaccttggtgccgccatgacaggcataattcattgaggtcttttttacctataaaatttgcttcttcaacttcagataaactactg 17982472  T
Q  118 acatttggtaagcctctgatctccagctttcctcctaagttta 160  Q
    |||||| || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17982473 acattttgt-aggctctgatttccagttttcctcctaagttta 17982514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 49 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 17418783 - 17418606
Alignment:
Q  49 gacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacatttggtaagcctctgatctccagctttc 148  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||| |  ||||||| ||||   ||  ||||    
T  17418783 gacaagcataattcttggaggtcttttttacctatcaacttagcttcttgagcttcagataaattaccaacatcttttaagcctttgatactcaattttc 17418684  T
Q  149 ctcctaagtttagatcacgtaactccgctaagctatgtcctttctcggaatttacaatgtaaacacttaatgttctta 226  Q
    | || | ||||||||||| ||||||  | |||||||  ||| |||| ||| | |||||||| |  |||||||||||||    
T  17418683 caccgaggtttagatcacctaactctaccaagctattacctctctctgaactaacaatgtataagcttaatgttctta 17418606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 202 - 322
Target Start/End: Original strand, 30475011 - 30475131
Alignment:
Q  202 acaatgtaaacacttaatgttcttaagcaagataattttccaacatgacgaaacatgcgagacaacaaatgacaatcttcaatgactaaatgtctaagat 301  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | || | |||||||||| || | ||||||  | ||||||  ||| ||||||||||||||| | ||| || ||||    
T  30475011 acaatgtatacacttaatgttcttaggaaatacaattttccaatataaggaaacacacaagacaatgaattacaatcttcaatgacaagatgcctgagat 30475110  T
Q  302 tttgtaagcaagacaagtgtt 322  Q
    | ||||| |||| ||||||||    
T  30475111 tctgtaaacaagtcaagtgtt 30475131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 123
Target Start/End: Original strand, 30474854 - 30474932
Alignment:
Q  45 ccatgacaagcataattcatcgaggtcttttttacccatcaagttggcttcttgagcttcagataaactaccgacattt 123  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||| | | |||||||| |||| ||||| ||||||    
T  30474854 ccatgacaaggataattcttggaggtcctttttacccatcaaattggcatgtcgagcttcaaataagctaccaacattt 30474932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 30522024 - 30521972
Alignment:
Q  273 acaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttccg 325  Q
    ||||| |||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  30522024 acaattttcaataacaagatgtctgagattttgtaagcaagtcaagtgttccg 30521972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 30562364 - 30562312
Alignment:
Q  273 acaatcttcaatgactaaatgtctaagattttgtaagcaagacaagtgttccg 325  Q
    ||||| |||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  30562364 acaattttcaataacaagatgtctgagattttgtaagcaagtcaagtgttccg 30562312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University