View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13787_high_6 (Length: 577)

Name: NF13787_high_6
Description: NF13787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13787_high_6
NF13787_high_6
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (13-563)||(2692180-2692730)
chr2 (9-563)||(2699879-2700436)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-563)||(14521254-14521804)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 2692730 - 2692180
Alignment:
Q  13 aatatggagaagtggttactgggatggtagaatttttactggtgttgatatgacaggcagttttcttcatggttttgtacttaattatgataataatgga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2692730 aatatggagaagtggttactgggatggtagaatttttactggtgttgatatgacaggcagttttcttcatggttttgtacttaattatgataataatgga 2692631  T
Q  113 gataggtattttgtttataatgataatgagtggaagttgaatggtagtttagtgaggtttcagattggttgggatggttatgaaagagagcttgtatgga 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2692630 gataggtattttgtttataatgataatgagtggaagttgaatggtagtttagtgaggtttcagattggttgggatggttatgaaagagagcttgtatgga 2692531  T
Q  213 acgaaaatgagaaacgttggattgagatacaaaaagggccccataatgagtgtgaattatataactattgtggtagttttgctgcttgtgaattgtcagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2692530 acgaaaatgagaaacgttggattgagatacaaaaagggccccataatgagtgtgaattatataactattgtggtagttttgctgcttgtgaattgtcagt 2692431  T
Q  313 gttgggttcggctatttgtagttgcttacaagggtttgaactatgggatgaggggaatttgtcaggtggttgtacgaggatcacagcattgaagggtgat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2692430 gttgggttcggctatttgtagttgcttacaagggtttgaactatgggatgaggggaatttgtcaggtggttgtacgaggatcacagcattgaagggtaat 2692331  T
Q  413 cagagtaatggtagttttggcgaggatggtttcttggagcgtacgtatatgaagttacctgactttgcacgtgtggttgttactaatgattgtgaaggta 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2692330 cagagtaatggtagttttggcgaggatggtttcttggagcgtacgtatatgaagttacctgactttgcacatgtggttgttactaatgattgtgaaggta 2692231  T
Q  513 attgtttggagaatacttcttgtactgcttatgcagaagtcattggaattg 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2692230 attgtttggagaatacttcttgtactgcttatgcagaagtcattggaattg 2692180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 9 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 2700436 - 2699879
Alignment:
Q  9 gaagaatatggagaagtggttactgggatggtagaatttttactggtgttgatatgacaggcagttttcttcatggttttgtacttaattatgataataa 108  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  2700436 gaagaacatggagaagtggttattgggatggtagaatttttactggtgttgatatgacaggtagttttcttcatggttttatacttaattatgatagtaa 2700337  T
Q  109 tggagataggtattttgtttataatgataatgagtggaagttgaatggta---gtttagtgaggtttcagattggttgggatggttatgaaagagagctt 205  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  ||||| ||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||    
T  2700336 tggagataggtcttttgtttataatgataacgagttgaaggagaatgataatagttcagtgaggtttcagattggttgggatggtattgaaagagagttt 2700237  T
Q  206 gtatggaacgaaaatgagaaacgttggattgagatacaaaaagggccccataatgagtgtgaattatataactattgtggtagttttgctgcttgtgaat 305  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||  | |||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  2700236 ctatggaaagaaaatgagaaacgttggactgagatacaaaaagggcctcataatgtgtgtgaggtttataactattgtggtgattttgcagcttgtgaat 2700137  T
Q  306 tgtcagtgttgggttcggctatttgtagttgcttacaagggtttgaactatgggatgaggggaatttgtcaggtggttgtacgaggatcacagcattgaa 405  Q
    |||| || | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   |||| || ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||    
T  2700136 tgtcggtttcgggttcggctatttgtaattgcttaaaagggtttgaactgaaggataagaggaatttgtcaagtggatgtaggaggatgacagcattgaa 2700037  T
Q  406 gggtgatcagagtaatggtagttttggcgaggatggtttcttggagcgtacgtatatgaagttacctgactttgcacgtgtggttgttactaatgattgt 505  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||  |  ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| || ||||||    
T  2700036 gggtgatcagaggaatggtagttttggtgaggatggttttttggtgcgtgggagtatgaagttacctgattttgcgcgtgtggttgatacgaaagattgt 2699937  T
Q  506 gaaggtaattgtttggagaatacttcttgtactgcttatgcagaagtcattggaattg 563  Q
     |||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2699936 aaaggtaattgtttacagaatggttcttgtactgcttatgcagaagttattggaattg 2699879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 16 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 14521804 - 14521254
Alignment:
Q  16 atggagaagtggttactgggatggtagaatttttactggtgttgatatgacaggcagttttcttcatggttttgtacttaattatgataataatggagat 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||  || | | |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  14521804 atggagaagtggttattgggatggtagggtttttaccggtgttgatgcgaaaagtagttttcttcatggttttatactaaattatgatagtaatggagat 14521705  T
Q  116 aggtattttgtttataatgataatgagtggaagttgaatggta---gtttagtgaggtttcagattggttgggatggttatgaaagagagcttgtatgga 212  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14521704 agatattttgtttataatgataatgagtggaagttgaatggtaatagttcagttaggtttcagattggttgggatggttatgaaagagagcttatatgga 14521605  T
Q  213 acgaaaatgagaaacgttggattgagatacaaaaagggccccataatgagtgtgaattatataactattgtggtagttttgctgcttgtgaattgtcagt 312  Q
    | |||| |||||||  ||||| || ||  ||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||   ||||||  |||||||   |||||     
T  14521604 atgaaactgagaaatattggagtgtgaatcaaaaggggcctcataatcagtgtgaattttataactattgtggcgattttgcatcttgtgatacgtcaga 14521505  T
Q  313 gttgggttcggctatttgtagttgcttacaagggtttgaactatgggatgaggggaatttgtcaggtggttgtacgaggatcacagcattgaagggtgat 412  Q
     | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14521504 ttcgggttgggctatttgtagttgcttacaagggtttgaactaaaggataaggagaatttgtcaagtggatgtacgaggaagacagcattgaagggtgat 14521405  T
Q  413 cagagtaatggtagttttggcgaggatggtttcttggagcgtacgtatatgaagttacctgactttgcacgtgtggttgttactaatgattgtgaaggta 512  Q
    ||||  | || | | |||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14521404 cagacaagtgatggatttgacgaggatggtttctttgagcgtacgagtatgaagttacccgactttgcacgtgtggttgatactaaggattgtgaaggta 14521305  T
Q  513 attgtttggagaatacttcttgtactgcttatgcagaagtcattggaattg 563  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  14521304 attgtttggagaatgcttcttgtactgcttatgcagaagtaactggaattg 14521254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University