View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13787_low_5 (Length: 791)

Name: NF13787_low_5
Description: NF13787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13787_low_5
NF13787_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-776)||(32725825-32726586)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 32726586 - 32725825
Alignment:
Q  24 ggatgaggaagaagaagaaatggaaacaacaac---------aacaacgacaataaaaacgcaagaagttggtgatgattcaaaagggctaaaactagtg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726586 ggatgaggaagaagaagaaatggaaacaacaaccacaacaacaacaacggcaataaaaacgcatgaagttggtgatgattcaaaagggctaaaactagtg 32726487  T
Q  115 cacctattgatggctggcgcggaagccttaaccggttcaaccaaaaaccgtgacttagctcgagtgatattgatccggctcaaggaattagtctcacaac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726486 cacctattgatggctggcgcggaagccttaaccggttcaaccaaaaaccgtgacttagctcgagtgatattgatccggctcaaggaattagtctcacaac 32726387  T
Q  215 atgctaacggctccaacatggagagacttgccgctcatttcaccgaagcccttcatggactactagaaggtgctgggggtgcgcataataaccaccatca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726386 atgctaacggctccaacatggagagacttgccgctcatttcaccgaagcccttcatggactactagaaggtgctgggggtgcgcataataaccaccatca 32726287  T
Q  315 ccacaacaacaacaaacattacctcaccacaaatggtccccgcgacaaccaaaacgacacacttgctgctttccaactacttcaagacatgtcaccttac 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726286 ccacaacaacaacaaacattacctcaccacaaatggtccccacgacaaccaaaacgacacacttgctgctttccaactacttcaagacatgtcaccttac 32726187  T
Q  415 gtcaaattcggccacttcacagccaatcaagccatcatcgaagccgtggcccacgaacgccgcgtccatgtcatcgactacgatatcatggaaggggtcc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726186 gtcaaattcggccacttcacagccaatcaagccatcatcgaagccgtggcccacgaacgccgcgtccatgtcatcgactacgatatcatggaaggggtcc 32726087  T
Q  515 aatgggcctcattaatccaatcacttgcttccaacaacaacggtccacatcttcggataaccgcattatcgcggacaggaaccggccggaggtcaatcgc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726086 aatgggcctcattaatccaatcacttgcttccaacaacaacggtccacatcttcggataaccgcattatcgcggacaggaaccggccggaggtcaatcgc 32725987  T
Q  615 caccgtacaagaaaccggcaggcgattaacctcctttgccgcttccctcggacaaccattttcttttcatcactgcagattagactccgatgaagctttc 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32725986 caccgtacaagaaaccggcaggcgattaacctcctttgccgcttccctcggacaaccattttcttttcatcactgcagattagactccgatgaaactttc 32725887  T
Q  715 cgtccttctgcattaaagcttgtacgtggagaggctttggttttcaactgcatgctgaattt 776  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725886 cgtccttctgcattaaagcttgtacgtggagaggctttggttttcaactgcatgctgaattt 32725825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University