View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1378_low_1 (Length: 973)

Name: NF1378_low_1
Description: NF1378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1378_low_1
NF1378_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (99-900)||(31592083-31592878)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 99 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 31592878 - 31592083
Alignment:
Q  99 caagtttcttctataattttacatttggttctttatgccttttgcatcggtctgttttgctttaaatagtcatggatgcttactgttttcaagttttatt 198  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31592878 caagtttcttctataatttcacatttggttctttatgccttttgcatcggtctgttttgctttaaatagtcatggatgcttactgttttcaagttttatt 31592779  T
Q  199 gattgtgcacgtggtgcgtgattgtttgctacggattgagatttgttgctacaatttaccccttagggctgttctttatcacccatctaggttgttgttc 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31592778 gattgtgcacgtggtgcgtgattgtttgctacggattgagatttgtcgctac--tttaccccttagggctgttctttatcacccatctaggttgttgttg 31592681  T
Q  299 tttgctttcattggataagactttatgtccccaaattatttgtactcttttatttatttaaatatacttatgaaatctcatatgtctaagaaataaataa 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  31592680 tttgctttcattggataagactttatgtccccaaattatttgtactcctttatttatttaaatatacttatgaa-tctcatatgtctaagaaatatataa 31592582  T
Q  399 ataaataaattagttgtatatacaaaatggtaagacccggtcacaatatgatgagtaaaggaacaaccaaatacgttctaattcttccaatcacattgaa 498  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31592581 ataaat----tagttgtatatacaaaatggta---cccggtcacaatatgatgagtaaaggaacaaccaaatacgttctaattcttccaatcacattgaa 31592489  T
Q  499 agtcacatgaccgatattgcaaccaaattacaaccctaagcactaggaatttcaatcaacagaatccatacattctaatggatgtaaaatccattggccg 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31592488 agtcacatgaccgatattgcaaccaaattacaaccctaagcactaggaatttcaatcaacagaatccatacattctaatggatgtaaaatccattggccg 31592389  T
Q  599 atttgagattagttcaaaacacctccctttaataaattatccttcgttggaaccttgattggtagtaaccttcataccgaaaaaacacaccttcaacaga 698  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  31592388 atttgagattagttaaaaacacctctttttaataaattatccttcgttggaaccttgattagtagtaaccttcataccga-aaaagacaccttcaacaga 31592290  T
Q  699 acacatctgtttcacacatctgcaaattacctaaggtcttcattcgccggttcctcca--attgacgcataagcttctttaactgaatatgtgcttcctt 796  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  31592289 actaatctgtttcacacatctgcaaatttcccaaggtcttcattcgccggttcctccaatattgacgcataagtttctttaactgaacatgtgcttcctt 31592190  T
Q  797 accaaaatcacttatccacaatacttgctgttgagcttattccatgaatttttcctcaaatttcctt---ctccatcgtaaacttcatttctactactcc 893  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  31592189 accaaaatcacttgtccacaatactttctcttgagcttattccatgaatttttcctcaaatttccttatgatccatcgaaaatttcatttctactactcc 31592090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University