View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1378_low_15 (Length: 293)

Name: NF1378_low_15
Description: NF1378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1378_low_15
NF1378_low_15
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (75-293)||(44547311-44547529)
chr8 (133-259)||(44547447-44547573)
chr8 (169-278)||(44547645-44547751)
chr8 (133-234)||(44547525-44547626)
chr8 (133-293)||(44547891-44548051)
chr8 (169-256)||(44547849-44547936)
chr8 (133-231)||(44547969-44548067)
chr8 (133-249)||(44547687-44547803)
chr8 (169-259)||(44548089-44548179)
chr8 (169-249)||(44547807-44547887)
chr8 (169-249)||(44548047-44548127)
chr8 (169-250)||(44547603-44547684)
chr8 (133-227)||(44548167-44548261)
chr8 (133-259)||(44548089-44548215)
chr8 (169-233)||(44547765-44547829)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 75 - 293
Target Start/End: Original strand, 44547311 - 44547529
Alignment:
Q  75 ataatactgtaacagatttcggtgaagctacaatgcaagtggaggttggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaaga 174  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547311 ataatactataacagatttcggtgaagctacaatgcaagtggagattggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaaga 44547410  T
Q  175 gctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggccggtcctcaggctcaagagctaggactgggggtggttgtt 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| | |||||||||||||  || |||| ||| |    
T  44547411 gctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtgattgct 44547510  T
Q  275 gctcatgctcaacctcaag 293  Q
     |||| |||||||||||||    
T  44547511 cctcaggctcaacctcaag 44547529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 133 - 259
Target Start/End: Original strand, 44547447 - 44547573
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44547447 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggta 44547546  T
Q  233 gccggtcctcaggctcaagagctagga 259  Q
    || |||||||| |||||||||||||||    
T  44547547 gctggtcctcatgctcaagagctagga 44547573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 169 - 278
Target Start/End: Original strand, 44547645 - 44547751
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggccggtcctcaggctcaagagctaggactgggggtg 268  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    |||||    
T  44547645 tcaaaagctaggaagggtggtggcgggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaagagctagga---agggtg 44547741  T
Q  269 gttgttgctc 278  Q
    ||||||||||    
T  44547742 gttgttgctc 44547751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 133 - 234
Target Start/End: Original strand, 44547525 - 44547626
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
T  44547525 tcaagagctaggaagggtggtagctggtcctcatgctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaaaagctaggaagggtgatg 44547624  T
Q  233 gc 234  Q
    ||    
T  44547625 gc 44547626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 133 - 293
Target Start/End: Original strand, 44547891 - 44548051
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||| ||||   |||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  44547891 tcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacagacccaacctcaaaagctaggaagggtggtg 44547990  T
Q  233 gccggtcctcaggctcaagagctaggactgggggtggttgttgctcatgctcaacctcaag 293  Q
    || |||||||||||||||||| |||||  || ||||| |  | | ||||||||||||||||    
T  44547991 gctggtcctcaggctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaag 44548051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 256
Target Start/End: Original strand, 44547849 - 44547936
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggccggtcctcaggctcaagagcta 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||| |||||    
T  44547849 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagcta 44547936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 133 - 231
Target Start/End: Original strand, 44547969 - 44548067
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggt 231  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44547969 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagctgggaagggtggt 44548067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 133 - 249
Target Start/End: Original strand, 44547687 - 44547803
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||| | || ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  44547687 tcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaagagctaggaagggtggttgttgctccacagactcaacctcaaaagctaggaagggtggtt 44547786  T
Q  233 gccggtcctcaggctca 249  Q
    ||  ||||||| |||||    
T  44547787 gctagtcctcaagctca 44547803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 169 - 259
Target Start/End: Original strand, 44548089 - 44548179
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggccggtcctcaggctcaagagctagga 259  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  44548089 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaaaagctagga 44548179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Original strand, 44547807 - 44547887
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggccggtcctcaggctca 249  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  44547807 tcaagagctagaaagagtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctca 44547887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 249
Target Start/End: Original strand, 44548047 - 44548127
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggccggtcctcaggctca 249  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  44548047 tcaagagctgggaagggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctca 44548127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 169 - 250
Target Start/End: Original strand, 44547603 - 44547684
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggccggtcctcaggctcaa 250  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  44547603 tcaaaagctaggaagggtgatggctgctccacatgctcagcctcaaaagctaggaagggtggtggcgggtcctcaagctcaa 44547684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 227
Target Start/End: Original strand, 44548167 - 44548261
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaaggg 227  Q
    |||| |||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  44548167 tcaaaagctaggaagggtagtggctggtcctcaggctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagagcttggaaggg 44548261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 259
Target Start/End: Original strand, 44548089 - 44548215
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatca------agagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagg 226  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||      |||| |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||       |||||||||||    
T  44548089 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaaa------agctaggaagg 44548182  T
Q  227 gtggtggccggtcctcaggctcaagagctagga 259  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44548183 gtagtggctggtcctcaggctcaagagctagga 44548215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 233
Target Start/End: Original strand, 44547765 - 44547829
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtgg 233  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||| ||| |||||||    
T  44547765 tcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagagctagaaagagtggtgg 44547829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University