View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1379-INSERTION-5 (Length: 507)

Name: NF1379-INSERTION-5
Description: NF1379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1379-INSERTION-5
NF1379-INSERTION-5
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-493)||(42780374-42780859)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-492)||(29538982-29539467)
chr3 (13-465)||(29553833-29554285)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (270-394)||(42194087-42194211)
chr2 (168-269)||(42193884-42193985)
chr2 (392-492)||(42194659-42194759)
chr2 (48-95)||(42192065-42192112)
chr2 (12-47)||(42191873-42191908)
chr2 (99-166)||(42193126-42193193)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (168-269)||(25211719-25211820)
chr4 (266-386)||(25211907-25212027)
chr4 (15-47)||(25209324-25209356)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 42780859 - 42780374
Alignment:
Q  8 gtatacacattattatgagcggtgggctagcaaccaatcttcaaggcaaaaagctcttgctgatctacaccagatgcaaacggttcatatagagaagctt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42780859 gtatacacattattatgagcggtgggctagcaaccaatcttcaaggcaaaaagctcttgctgatctacaccagatgcaaacggttcatatagagaagctt 42780760  T
Q  108 cgtgacgcacagtgccaagctgaagcagagcttaagttcataaccgaggcttggttacaaatagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42780759 cgtgacgcacagtgccaagctgaagcagagcttaagttcataaccgaggcttggttacaaatagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgcat 42780660  T
Q  208 atggatactatttagcagagcatgagcatgctaaaaagcagttctttgagtacttgcaaggtgaggcagaatcaagtttggagagacttcatcaatgcgc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42780659 atggatactatttagcagagcatgagcatgctaaaaagcagttctttgagtacttgcaaggtgaggcagaatcaagtttggagagacttcatcaatgcgc 42780560  T
Q  308 ggaaaaggaactccaagtattcctcagtactgaagacccgtctaaagaattcaacgattttcgctcaaaactagctggattgaccagtgtgactaaaaac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42780559 ggaaaaggaactccaagtattcctcagtactgaagacccgtctaaagaattcaacgattttcgctcaaaactagctggattgaccggtgtgactaaaaac 42780460  T
Q  408 ttcttcaagaatttggttagtgcattagagaatggtttatgtgatgtggatagtaatggagctgctacaagcaaagcnacgagttt 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42780459 ttcttcaagaatttggttagtgcattagagaatggtttatgtgatgtggatagtaatggagctgctacaagcaaagcaacgagttt 42780374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 492
Target Start/End: Original strand, 29538982 - 29539467
Alignment:
Q  7 agtatacacattattatgagcggtgggctagcaaccaatcttcaaggcaaaaagctcttgctgatctacaccagatgcaaacggttcatatagagaagct 106  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  29538982 agtacacacattattatgagcggtgggctacaaaccaatcttcaaggcaaaaagctcttactgatctacaccagatgcaaactgttcatatggagaatct 29539081  T
Q  107 tcgtgacgcacagtgccaagctgaagcagagcttaagttcataaccgaggcttggttacaaatagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgca 206  Q
    | |||||  |||||||||| ||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29539082 tagtgacatacagtgccaacctgagtcgcagcttaagttcataaccgaggcttggttacagatagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgca 29539181  T
Q  207 tatggatactatttagcagagcatgagcatgctaaaaagcagttctttgagtacttgcaaggtgaggcagaatcaagtttggagagacttcatcaatgcg 306  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |    
T  29539182 tatggatactatttagatgagcatgagcttgctaaaaagaagctctttgagtacttgcaaggtgaggcagaatcaggcttggagagacttcatctatgtg 29539281  T
Q  307 cggaaaaggaactccaagtattcctcagtactgaagacccgtctaaagaattcaacgattttcgctcaaaactagctggattgaccagtgtgactaaaaa 406  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29539282 ccgaaaaggaactccaagtattcctcagtgctgaaggcccctctaaagaattcaacgattttcgctcaaaactagctggattgacccgtgtgactaaaaa 29539381  T
Q  407 cttcttcaagaatttggttagtgcattagagaatggtttatgtgatgtggatagtaatggagctgctacaagcaaagcnacgagtt 492  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||    
T  29539382 cttcttcgagaatttggttagggcattagagaatggtttaagtgatgtggatagtaatggagctgctacgagcaaagcaaagagtt 29539467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 465
Target Start/End: Original strand, 29553833 - 29554285
Alignment:
Q  13 cacattattatgagcggtgggctagcaaccaatcttcaaggcaaaaagctcttgctgatctacaccagatgcaaacggttcatatagagaagcttcgtga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||     
T  29553833 cacattattatgagcggtgggctagtaacaattcttcaaggcaaaaagctcttgctgatctacaccagatgcaaactgttcatatgaagaagcttagtgt 29553932  T
Q  113 cgcacagtgccaagctgaagcagagcttaagttcataaccgaggcttggttacaaatagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgcatatgga 212  Q
    |  |||||||||| ||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29553933 catacagtgccaacctgagtcacagcttaagttcattaccgaggcttggttacagatagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgcatatgga 29554032  T
Q  213 tactatttagcagagcatgagcatgctaaaaagcagttctttgagtacttgcaaggtgaggcagaatcaagtttggagagacttcatcaatgcgcggaaa 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29554033 tactatttagctgagcatgagcatgctaaaaagcagctctttgagtacttgcaaggtgtggcagaatcaggtttggagagacttcatcaatgcgccgaaa 29554132  T
Q  313 aggaactccaagtattcctcagtactgaagacccgtctaaagaattcaacgattttcgctcaaaactagctggattgaccagtgtgactaaaaacttctt 412  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29554133 aggaactccaagcattcctcagtgctgaagccccgtctgaaggattcaacaattttcgcagaaaactggctggattgaccagtgtgactaaaaacttctt 29554232  T
Q  413 caagaatttggttagtgcattagagaatggtttatgtgatgtggatagtaatg 465  Q
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29554233 tgagaatttggttagggcattagagaatggtttatgtgatgtggatagtaatg 29554285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 270 - 394
Target Start/End: Original strand, 42194087 - 42194211
Alignment:
Q  270 gaggcagaatcaagtttggagagacttcatcaatgcgcggaaaaggaactccaagtattcctcagtactgaagacccgtctaaagaattcaacgattttc 369  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42194087 gaggcagaatcaggtttggagagacttcatcaatgcgccgaaaaggaactccaagtattcctcagtgctgaaggcccgtctaaagaattcaacgattttc 42194186  T
Q  370 gctcaaaactagctggattgaccag 394  Q
    || | ||||||||||||||||||||    
T  42194187 gcaccaaactagctggattgaccag 42194211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 168 - 269
Target Start/End: Original strand, 42193884 - 42193985
Alignment:
Q  168 atagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgcatatggatactatttagcagagcatgagcatgctaaaaagcagttctttgagtacttgcaag 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193884 atagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgcatatggatactatttagccgagcatgagcatgctaaaaagcagttctttgagtacttgcaag 42193983  T
Q  268 gt 269  Q
    ||    
T  42193984 gt 42193985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 392 - 492
Target Start/End: Original strand, 42194659 - 42194759
Alignment:
Q  392 cagtgtgactaaaaacttcttcaagaatttggttagtgcattagagaatggtttatgtgatgtggatagtaatggagctgctacaagcaaagcnacgagt 491  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42194659 cagtgtgactaaaaacttcttcgagaatttggtcagggcattagagaatggtttatgtgatgtggatagtaatggagctgctacaagcaaagcaacgagt 42194758  T
Q  492 t 492  Q
    |    
T  42194759 t 42194759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 48 - 95
Target Start/End: Original strand, 42192065 - 42192112
Alignment:
Q  48 tcaaggcaaaaagctcttgctgatctacaccagatgcaaacggttcat 95  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42192065 tcaaggcaaaaagctcttgctgatctacaccagatgcaaactgttcat 42192112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 47
Target Start/End: Original strand, 42191873 - 42191908
Alignment:
Q  12 acacattattatgagcggtgggctagcaaccaatct 47  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42191873 acacattattatgagcggtgggctagcaaccaatct 42191908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 166
Target Start/End: Original strand, 42193126 - 42193193
Alignment:
Q  99 gagaagcttcgtgacgcacagtgccaagctgaagcagagcttaagttcataaccgaggcttggttaca 166  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193126 gagaagcttagtgacacacaatgccaacctgagtcacaacttaagttcataaccgaggcttggttaca 42193193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 269
Target Start/End: Original strand, 25211719 - 25211820
Alignment:
Q  168 atagttgagtgcaggcgggtattgaagtggacatatgcatatggatactatttagcagagcatgagcatgctaaaaagcagttctttgagtacttgcaag 267  Q
    ||||||||||| ||| | ||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  25211719 atagttgagtgtaggagagtgctgaaatggacgtatgcatatggttactatttacctgagcatgagggtgcaaaaaaacagttctttgagtatttgcaag 25211818  T
Q  268 gt 269  Q
    ||    
T  25211819 gt 25211820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 386
Target Start/End: Original strand, 25211907 - 25212027
Alignment:
Q  266 aggtgaggcagaatcaagtttggagagacttcatcaatgcgcggaaaaggaactccaagtattcctcagtactgaagacccgtctaaagaattcaacgat 365  Q
    |||||| ||||||||  || | ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||   |||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||||     
T  25211907 aggtgaagcagaatctggtctagagagacttcatcaatgtgctgaaaaagaactacagcaattcctcactgctgaaggccaatctaaagaattcaacgac 25212006  T
Q  366 tttcgctcaaaactagctgga 386  Q
    || ||  ||||| ||||||||    
T  25212007 ttccgtacaaaattagctgga 25212027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 15 - 47
Target Start/End: Original strand, 25209324 - 25209356
Alignment:
Q  15 cattattatgagcggtgggctagcaaccaatct 47  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25209324 cattattatgagcggtgggccagcaaccaatct 25209356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University