View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13794_low_1 (Length: 1094)

Name: NF13794_low_1
Description: NF13794
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13794_low_1
NF13794_low_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (11-946)||(27355618-27356555)
chr2 (11-946)||(45410608-45411542)
chr2 (941-1076)||(27356738-27356873)
chr2 (941-1076)||(45410290-45410425)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (770-946)||(1130581-1130757)
chr4 (980-1075)||(1130264-1130359)
chr4 (770-815)||(1109867-1109912)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (86-244)||(7552123-7552281)
chr6 (94-153)||(8849968-8850027)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (33-220)||(14806232-14806416)
chr8 (953-1075)||(31965482-31965604)
chr8 (848-941)||(31965192-31965285)
chr8 (91-170)||(10280970-10281049)
chr8 (770-823)||(31965117-31965170)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (96-218)||(55212258-55212377)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (35-116)||(31608527-31608605)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 946
Target Start/End: Original strand, 27355618 - 27356555
Alignment:
Q  11 cacagagaatgcattaatgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctag 110  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27355618 cacagagaatgcattagtgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctag 27355717  T
Q  111 aagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatcatggttaggtagaagttttgatttg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  27355718 aagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcaccatatggtttacttggtggtcaagaaaccatggttagttagaagttttgatttg 27355817  T
Q  211 tgtatataagttatgcattgcactgagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccaaaatcctttttccacaaaattaagcaacctatcccaacat 310  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27355818 tgtatataagttatgtattgcacttagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccagaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacat 27355917  T
Q  311 aaattgcctagtaatattgtaaattgatgagtatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagt 410  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27355918 aaattgcctattaatcttgtaaattgatgattatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagt 27356017  T
Q  411 agagaatttatgagtaagtaagtaataggcaaagacgacacattctaactgtattgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaa 510  Q
    | ||||||||||    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356018 aaagaatttatg----agtcagtaataggcaaaaacgacacattctaactgtagtgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaagaaa 27356113  T
Q  511 aataatcatgttaggaacatgcatctttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttct 610  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356114 aataatcatgttaggaacatgcaactttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgtttct 27356213  T
Q  611 atagaattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcaccgcc 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356214 atagaattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgcaccgcc 27356313  T
Q  711 t------tagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagcaattgccaaagataagctaccatcatttgt 804  Q
    |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356314 ttagaaatagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagcaattgccaaagataagctaccatcatttgt 27356413  T
Q  805 tgagcttggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcttcatggattggtaac 904  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27356414 tgagctcggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcttcatagattggtaac 27356513  T
Q  905 cttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagta 946  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356514 cttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagta 27356555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 45411542 - 45410608
Alignment:
Q  11 cacagagaatgcattaatgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411542 cacagagaatgcattaatgtagtaatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctag 45411443  T
Q  111 aagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatcatggttaggtagaagttttgatttg 210  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45411442 aagttagttggataaggatgagatagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatcatggttagttagaagttttgatttg 45411343  T
Q  211 tgtatataagttatgcattgcactgagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccaaaatcctttttccacaaaattaagcaacctatcccaacat 310  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45411342 tgtatataaattatgtattgcactgagaaaatgtatcatataagttgaataaaatttccacaatcctttttccacaaaattaagcaacttatcccaacat 45411243  T
Q  311 aaattgcctagtaatattgtaaattgatgagtatttatcatgtgtaaattgcctattagcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagt 410  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||             ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411242 aaattgcctattaatcttgtaaattgatgattatttatcat-------------attcgcgtttagttccttccttgaaataaggcactaaacatggagt 45411156  T
Q  411 agagaatttatgagt-aagtaa-gtaataggcaaagacgacacattctaactgtattgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaaga 508  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411155 agagaatttatgagttaagtaaagtaataggcaaagacgacacattctaactgtattgcaaaaagaatgactatttattatgaaaatgaaatgttgaaga 45411056  T
Q  509 aaaataatcatgttaggaacatgcatctttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgttt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45411055 aaaataatcatgttaggaacatgcaactttggcgccaaaacaatgaaagcaatcacaaatcttgtccaaatgtgatgtcaaattaataacacacttgttt 45410956  T
Q  609 ctatagaattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaatt----gattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgc 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45410955 ctatagaattacacacactttgccaagccagaagcaagtccatgattacacatttaattgattgattcataaaaagtaaaaagctaggaagaaaacatgc 45410856  T
Q  705 accgcct------tagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagagcaattgccaaagataagctaccatc 798  Q
    |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45410855 accgccttagaaatagaatccctcaaatgtcataaaacaattcctgaaacagtttcatctgatctggaggcagaccaattgccaaagataagctaccatc 45410756  T
Q  799 atttgttgagcttggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcttcatggatt 898  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45410755 atttgttgagctcggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcttcatagatt 45410656  T
Q  899 ggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagta 946  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45410655 ggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagta 45410608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 941 - 1076
Target Start/End: Original strand, 27356738 - 27356873
Alignment:
Q  941 aaagtagccttgtggaagtgaaggttgaagccttgatcttccatcagttgcaatgtacaattttgtttcttgatcaacaggaagtgctcttgccttgctt 1040  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356738 aaagtaaccttgtggaagtgaaggttgaagccttgatcttccatcagttgcaatgtacaattttgtttcttgatcaacaggaagtgctcttgccttgctt 27356837  T
Q  1041 acacttctccatacatgacctgccaacatctcatag 1076  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27356838 acacttctccatacatgacctgccaacatctcatag 27356873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 941 - 1076
Target Start/End: Complemental strand, 45410425 - 45410290
Alignment:
Q  941 aaagtagccttgtggaagtgaaggttgaagccttgatcttccatcagttgcaatgtacaattttgtttcttgatcaacaggaagtgctcttgccttgctt 1040  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45410425 aaagtaaccttgtggaagtgaaggttgaagccttgatcttccatcagttgcaatgtacaattttgtttcttgatcaacaggaagtgctctagccttgctt 45410326  T
Q  1041 acacttctccatacatgacctgccaacatctcatag 1076  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45410325 acacttctccatacatgacctgccaacatctcatag 45410290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 85; Significance: 6e-40; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 770 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 1130757 - 1130581
Alignment:
Q  770 agagcaattgccaaagataagctaccatcatttgttgagcttggaatgatgaaagataacccctcatatgcaatcccaccaggtcccatgaatatgggtc 869  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |    
T  1130757 agagcaattgccacagataaacttccatcatttgctgagcttggaattatgaaagaaagcccttcataagcaatcccaccaggtcccatgaaaataggcc 1130658  T
Q  870 ttccccaaccaaagtcagcttcatggattggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaaaagta 946  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| || || | ||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  1130657 ttccccaaccaaaatcagcatcatgtatcggaagcctagcccaactagtaataccaagattcggacacttgaaagta 1130581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 980 - 1075
Target Start/End: Complemental strand, 1130359 - 1130264
Alignment:
Q  980 tccatcagttgcaatgtacaattttgtttcttgatcaacaggaagtgctcttgccttgcttacacttctccatacatgacctgccaacatctcata 1075  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | || |||||| ||||  ||||||||||| ||||| || || |||||||||||    
T  1130359 tccatcggttgcaatatacaatttggtttcttgatcatcaggtaatgatcttgctttgcagacacttctccaaacatgtccggctaacatctcata 1130264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 770 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 1109912 - 1109867
Alignment:
Q  770 agagcaattgccaaagataagctaccatcatttgttgagcttggaa 815  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  1109912 agagcaattgccactgataaactcccatcatttgttgagcttggaa 1109867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 244
Target Start/End: Original strand, 7552123 - 7552281
Alignment:
Q  86 ttattattagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatc 185  Q
    |||||||||  |||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||   ||||||||   ||||||||| |    
T  7552123 ttattattaaattgttattggctagaagttggtcggataaggatgagttagttagttaaaaattaactcaccatagaatttacttgcgagtcaagtaacc 7552222  T
Q  186 atggttaggtagaagttttgatttgtgtatataagttatgcattgcactgagaaaatgt 244  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||| ||||    
T  7552223 atagttagttagaagttttgatttgtgtatataagtgatgtattgtattgagaatatgt 7552281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 8850027 - 8849968
Alignment:
Q  94 agtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaact 153  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||    
T  8850027 agttagttactagctaaaagttagttggataagattgagttagttagtttaagattaact 8849968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14806416 - 14806232
Alignment:
Q  33 taatctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgag 132  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||  | ||| ||||||  |   |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||     
T  14806416 taatctaatgtatagttgttatgatgtacatactttagattaaaacaagtttgttaaaa---gtttgttacaggctagaagttagttggataaggacgaa 14806320  T
Q  133 ttagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatcatggttaggtagaagttttgatttgtgtatataag 220  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||   || | ||||||| |||  || ||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  14806319 ttagttagttagagattaactcactatagatttaatttggtggacaaacaaccatagttagtcagaagttttaatttgtgtatataag 14806232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 953 - 1075
Target Start/End: Original strand, 31965482 - 31965604
Alignment:
Q  953 tggaagtgaaggttgaagccttgatcttccatcagttgcaatgtacaattttgtttcttgatcaacaggaagtgctcttgccttgcttacacttctccat 1052  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||  || |||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||  |||  |||||||||||     
T  31965482 tggaagtggaggttgcaaccttgatcttccatctgttgggatatacaatttggtttcttgatcattgggaagtgatcttgctatgcagacacttctccaa 31965581  T
Q  1053 acatgacctgccaacatctcata 1075  Q
    |||||||| || |||||||||||    
T  31965582 acatgaccagctaacatctcata 31965604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 848 - 941
Target Start/End: Original strand, 31965192 - 31965285
Alignment:
Q  848 ccaggtcccatgaatatgggtcttccccaaccaaagtcagcttcatggattggtaaccttgcccagctagtgataccaagatttggacacttaa 941  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| ||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  31965192 ccaggtcccatgaaaattggccttccccaaccaaaatcagcatcatagattggaaactttgcccaactaatgatcgcaagatttggacacttaa 31965285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 10281049 - 10280970
Alignment:
Q  91 attagtttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcacgatatggtttactt 170  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||  ||| ||||||||||||  || |||||||||    
T  10281049 attagtttgtgactatctagaagttagttagagaaggatgagttagttggttagagattaactcaccttagggtttactt 10280970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 770 - 823
Target Start/End: Original strand, 31965117 - 31965170
Alignment:
Q  770 agagcaattgccaaagataagctaccatcatttgttgagcttggaatgatgaaa 823  Q
    |||| |||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31965117 agagaaattaccacagataaactcccatcatttgttgagcttggaattatgaaa 31965170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 218
Target Start/End: Original strand, 55212258 - 55212377
Alignment:
Q  96 tttgttactagctagaagttagttggataaggatgagttagttacttaaagattaactcacgatatggtttacttggtggtcaagtaatcatggttaggt 195  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||    ||| |||||| |  |  |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||  |    
T  55212258 tttgttactagatagaagttggtttgataaggatgagttag----ttagagattagcaaatcatatggtttacttggtagtcaagtaaccatgattaatt 55212353  T
Q  196 agaagtttt-gatttgtgtatata 218  Q
    | ||||||| ||||||||||||||    
T  55212354 ataagttttcgatttgtgtatata 55212377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 31608605 - 31608527
Alignment:
Q  35 atctagtgtatagttgtaatgatgcatatactttagattagcataagcttgttattattagtttgttactagctagaagtta 116  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||||||||| ||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31608605 atctagtgtatagttgttttgatgtatatatattagattagcacaaatttg---ttattagtttgttcctagctagaagtta 31608527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University