View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13801_low_1 (Length: 1129)

Name: NF13801_low_1
Description: NF13801
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13801_low_1
NF13801_low_1
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (15-1114)||(25959747-25960849)
chr5 (320-1070)||(25925021-25925768)
chr5 (354-1064)||(25884932-25885639)
chr5 (341-722)||(25906547-25906928)
chr5 (772-1064)||(25906978-25907267)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (858-928)||(33421665-33421735)
chr3 (990-1052)||(33421797-33421859)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 969; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 969; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1114
Target Start/End: Complemental strand, 25960849 - 25959747
Alignment:
Q  15 ttacagcattataatcaaagtttccccctatgtaccctttttcgtcgcactgcgatcaatgatattccagaaaactgttgttaaagatatttgacatggc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||    |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960849 ttacagcattataatcaaagtttcaaattatggaccctttttagtcgcactgtgatcaatgatattccagaaaactgttgttaaagatatttgacatggc 25960750  T
Q  115 tggaatcatggtatagaaaataacatttagacgattgcagactatttttat---tctacgttgtgtgcaatcataactccgtgatagcatgcagtaagca 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25960749 tggaatcatggtatagaaaataacatttagacgattgcagactatttttatggatctacgttgtgtgcaatcataactccgtgatagcttgcagtaagca 25960650  T
Q  212 aagtctagagtgtccgatcaagatttcaaatttaaacggtccacgtctcaagatgttactggctgcgtgtagtcacactgcgcacattccaaatccaann 311  Q
    | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  25960649 acgtctagagtatccaatcaagatttcaaatttaaacggtccacgtcttaagatgttactggctgcgtgtagtcacactgcgcacattccaaatccaatt 25960550  T
Q  312 nnnnnnaccacatgcgggtttattttttcatggataaagcgtagaagaaaactaaccagggttatagtcaccaaacacaacctgagccagagccattcca 411  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960549 ttttttaccacatgcgggtttattttttcatggataaagcgtagaagaaaactaaccagggttatagtcaccaaacacaacctgagccagagccattcca 25960450  T
Q  412 ccaagttcaccaggataaccagcccacaaaatccctccaattttgtcatcaaccttagcaaaagaaatatcaacagggccaccacacaaaagtaccaaaa 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25960449 ccaagttcaccaggataaccagcccacaaaatccctccaattttgtcatcaaccttagcaaaagaaatatcaacagggccaccacagaaaagtaccaaaa 25960350  T
Q  512 taaccggtcttttagacgctttagcaacactattaataagttcccgttgtttccctggcaactctaagtcatctctatcatgtccttcactctcttgact 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960349 taaccggtcttttagacgctttagcaacactattaataagttcctgttgtttccctggcaactctaagtcatctctatcatgtccttcactctcttgact 25960250  T
Q  612 ttgatccaatcccataaccaacacaacataatcaactactttagcaacttcaactgctcggtcaatttcagctgaaacacactttgttccatcgctacat 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960249 ttgatccaatcccataaccaacacaacataatcaactactttagcaacttcaacagctctgtcaatttcagctgaaacacactttgttccatcgctacat 25960150  T
Q  712 ccaggatgatacaacaagttatcagaatagttctcaaagccctgtaatattgttaccaaattacaaggacggccaaaataatttcctagaacaacttgtg 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960149 ccaggatgatacaacaagttatcagaatagttctcaaagccttgtaatattgttaccaaattacaaggacggccaaaataatttcctagaacaacttgtg 25960050  T
Q  812 atgaagaattggcattcgggcctataactacaatggaatctgtcgattttggaagtgggagaattgaggcagcgttttttaaaagtacaatgccgcttct 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960049 atgaagaattggcattcgggcctataactacaatggaatctgtcgattttggaagtgggagaattgaggcagcgttttttaaaagtacaatgccgcttct 25959950  T
Q  912 tgcagcttctagagctatgtttaggttttgttttgaacatactctatttggaccaattttaccatatttcagtttggttggatttccatcaaataatcct 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25959949 tgcagcttctagagctatgtttaggttttgttttgaacatactctatttggaccaattttaccatatttcagtttggttggatgtccatcaaataatcct 25959850  T
Q  1012 agccttattctaatggagaatagattgtgtagggcacggtcgatttgagatattggtacnnnnnnnngtaacactgctgatttggaatgacttgtgaagt 1111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25959849 agccttattctaatggagaatagattgtgtagggcacggtcgatttgagatattggtacttttttttgtaacactgctgatttggaatgacttgtgaagt 25959750  T
Q  1112 aat 1114  Q
    |||    
T  25959749 aat 25959747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 320 - 1070
Target Start/End: Original strand, 25925021 - 25925768
Alignment:
Q  320 cacatgcgggtttattttttcatggataaagcgtagaagaaaactaaccagggttatagtcaccaaacacaacctgagccagagccattccaccaagttc 419  Q
    |||||| | |||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  25925021 cacatgtgtgtttatttgtcaatggataaagcatagaagaaaacaaacctgggttatagtcaccaaacacaacctgagcaagagcccttccaccaagttc 25925120  T
Q  420 accaggataaccagcccacaaaatccctccaattttgtcatcaaccttagcaaaagaaatatcaacagggccaccacacaaaagtaccaaaataaccggt 519  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  25925121 accaggataaccagcccaaataatccctccaattttgtcattattcttagcaaaagtaatatcaacaggaccaccacacaaaagcaccaaaataacaggc 25925220  T
Q  520 cttttagacgctttagcaacactattaataagttcccgttgtttccctggcaactctaagtcatctctatcatgtccttcactctcttgactttgatcca 619  Q
     | ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||||||| ||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  25925221 ttcttagaagctttagcaacactgttaataagttcctgttgcttaccaggcaactctaaatcatctctatcacgtgattccctctcttgactttggtcca 25925320  T
Q  620 atcccataaccaacacaacataatcaactactttagcaacttcaactgctcggtcaatttcagctgaaacacactttgttccatcgctacatccaggatg 719  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| | |    
T  25925321 atcccataaccaaaataacataatcacttattttagcaacttcaactgctcggtcaatttcagctgaagcacactttgttccatcaagacatccagaacg 25925420  T
Q  720 atacaacaagttatc-agaatagttctcaaagccctgtaatattgttaccaaattacaaggacggccaaaataatttcctagaacaacttgtgatgaaga 818  Q
    ||| |     ||  | || |||  | | |||||| | |||||||| ||| ||  |||||||||||||||| || ||||||| |||||| |  |||||       
T  25925421 ata-atgtgtttggctagcataagtgtaaaagccttttaatattggtactaatctacaaggacggccaaagtagtttcctaaaacaaccttagatgattt 25925519  T
Q  819 attggcattcgggcctataactacaatggaatctgtcgattttggaagtgggagaattgaggcagcgttttttaaaagtacaatgccgcttcttgcagct 918  Q
    ||||||||| |||||||||||| | | || ||   |   | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25925520 attggcattagggcctataactccgagggtat---ttactcttggaagtgggagaattgaggcagtgttttttaaaagtacaatgccacttcttgcagct 25925616  T
Q  919 tctagagctatgtttaggttttgttttgaacatactctatttggaccaattttaccatatttcagtttggttggatttccatcaaataatcctagcctta 1018  Q
    || ||||| | || |||||||| ||| || ||||||  ||||||||||||| | |||||||  ||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||    
T  25925617 tcaagagcaaggtctaggttttctttagagcatacttgatttggaccaattctgccatattggagttttgttggattcccatcaaacaagcctagtctta 25925716  T
Q  1019 ttctaatggagaatagattgtgtagggcacggtcgatttgagatattggtac 1070  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25925717 ttctaatggtaaacagattgtgtagggcacggtcgatttgagatataggtac 25925768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 354 - 1064
Target Start/End: Original strand, 25884932 - 25885639
Alignment:
Q  354 agaagaaaactaaccagggttatagtcaccaaacacaacctgagccagagccattccaccaagttcaccaggataaccagcccacaaaatccctccaatt 453  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  25884932 agaagaaaacaaacctgggttatagtcaccaaacacaacctgagcaagagcccttccaccaagttcaccaggataaccagcccaaataatccctccaatt 25885031  T
Q  454 ttgtcatcaaccttagcaaaagaaatatcaacagggccaccacacaaaagtaccaaaataaccggtcttttagacgctttagcaacactattaataagtt 553  Q
    ||||||| |  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||  | || || |||||||||||||| ||||||||||    
T  25885032 ttgtcattattcttagcaaaagtaatatcaacaggaccaccacacaaaattaccaaaataacaggcttcttggaagctttagcaacactgttaataagtt 25885131  T
Q  554 cccgttgtttccctggcaactctaagtcatctctatcatgtccttcactctcttgactttgatccaatcccataaccaacacaacataatcaactacttt 653  Q
     | |||| || || ||||||||||| | |||||||||| ||  |||  ||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||  || |||    
T  25885132 tctgttgcttaccaggcaactctaaatgatctctatcaagtgtttccgtctcttgactttggtctaatcccataaccaaaataacataatcacttatttt 25885231  T
Q  654 agcaacttcaactgctcggtcaatttcagctgaaacacactttgttccatcgctacatccaggatgatacaacaagttatcagaatagttctcaaagccc 753  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||  ||||||||| | ||||       |     | |||  | | ||||||     
T  25885232 agcaacttcaactgctcggtcaatttcggctgaagcacactttactccatcagtacatccagaacgataatgtgtctggctggcataagtgtaaaagcct 25885331  T
Q  754 tgtaatattgttaccaaattacaaggacggccaaaataatttcctagaacaacttgtgatgaagaattggcattcgggcctataactacaatggaatctg 853  Q
    | |||||||| |||    ||||||||  | |||||||| ||||||| || ||||  ||||||   ||||||||| |||||||||||| ||| || ||       
T  25885332 tttaatattgatacttgtttacaaggttgaccaaaatagtttcctaaaagaactattgatgatttattggcattagggcctataactccaagggtat--- 25885428  T
Q  854 tcgattttggaagtgggagaattgaggcagcgttttttaaaagtacaatgccgcttcttgcagcttctagagctatgtttaggttttgttttgaacatac 953  Q
    |   | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||||| ||| || |||||    
T  25885429 ttactcttggaagtgggagaattgaggcagtgttttttaaaagtacaatgccacttcttgcagcttcaagagcaaggtctaggttttctttagagcatac 25885528  T
Q  954 tctatttggaccaattttaccatatttcagtttggttggatttccatcaaataatcctagccttattctaatggagaatagattgtgtagggcacggtcg 1053  Q
    |  ||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25885529 ttgatttggaccaattctgccatattggagtttggttggattcccatcaaacaagcctagtcttattctaatggtgaatagattgtgtagggcacggtcg 25885628  T
Q  1054 atttgagatat 1064  Q
    |||||||||||    
T  25885629 atttgagatat 25885639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 341 - 722
Target Start/End: Original strand, 25906547 - 25906928
Alignment:
Q  341 atggataaagcgtagaagaaaactaaccagggttatagtcaccaaacacaacctgagccagagccattccaccaagttcaccaggataaccagcccacaa 440  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  25906547 atggataaagcatagaagaaaacaaacctgggttatagtcaccaaacacaacctgagcaagagcccttccaccaagttcaccaggataaccagcccaaat 25906646  T
Q  441 aatccctccaattttgtcatcaaccttagcaaaagaaatatcaacagggccaccacacaaaagtaccaaaataaccggtcttttagacgctttagcaaca 540  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||  | ||||| ||||| ||||||    
T  25906647 aatccctccaattttgtcattattcttagcaaaagtaatatcaacaggaccaccgcacaaaagcaccaaaataacaggcttcttagaagctttcgcaaca 25906746  T
Q  541 ctattaataagttcccgttgtttccctggcaactctaagtcatctctatcatgtccttcactctcttgactttgatccaatcccataaccaacacaacat 640  Q
    || |||||||||| | |||| || || ||||||||||| | |||||||||| ||  |||  ||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||    
T  25906747 ctgttaataagtttctgttgcttaccaggcaactctaaatgatctctatcaagtgtttccgtctcttgactttggtctaatcccataaccaaaataacat 25906846  T
Q  641 aatcaactactttagcaacttcaactgctcggtcaatttcagctgaaacacactttgttccatcgctacatccaggatgata 722  Q
    |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  25906847 aatcacttattttagcaacttcaactgctcggtcaatttcggctgaagcacactttgttccatcagtacatccagaatgata 25906928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 772 - 1064
Target Start/End: Original strand, 25906978 - 25907267
Alignment:
Q  772 ttacaaggacggccaaaataatttcctagaacaacttgtgatgaagaattggcattcgggcctataactacaatggaatctgtcgattttggaagtggga 871  Q
    ||||||||| | |||| ||| ||||||| || ||||  ||||||   ||||||||| |||||||||||| ||| || ||   ||  | ||||||||||||    
T  25906978 ttacaaggaggaccaatatagtttcctaaaagaactattgatgatttattggcattagggcctataactccaagggtat---tcactcttggaagtggga 25907074  T
Q  872 gaattgaggcagcgttttttaaaagtacaatgccgcttcttgcagcttctagagctatgtttaggttttgttttgaacatactctatttggaccaatttt 971  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||| ||| || ||||||  ||||||||||||| |    
T  25907075 gaattgaggcagtgtttttcaaaagtacaatgccacttcttgcagcttctagagcaaggtctaggttttctttagagcatacttgatttggaccaattct 25907174  T
Q  972 accatatttcagtttggttggatttccatcaaataatcctagccttattctaatggagaatagattgtgtagggcacggtcgatttgagatat 1064  Q
     |||||||  ||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25907175 gccatattggagttttgttggattcccatcaaacaagcctagtcttattctaatggtaaacagattgtgtagggcacggtcgatttgagatat 25907267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 858 - 928
Target Start/End: Original strand, 33421665 - 33421735
Alignment:
Q  858 ttttggaagtgggagaattgaggcagcgttttttaaaagtacaatgccgcttcttgcagcttctagagcta 928  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  33421665 ttttggaagtggaagaagtgaagcagtgttctttaaaaggacaatgccgtttcttgcagcttcaagagcta 33421735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 990 - 1052
Target Start/End: Original strand, 33421797 - 33421859
Alignment:
Q  990 tggatttccatcaaataatcctagccttattctaatggagaatagattgtgtagggcacggtc 1052  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  33421797 tggatttccatcaaattggcctagccttattctaattgaaaatagattgtgaagggcacggtc 33421859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University