View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13808_low_1 (Length: 1295)

Name: NF13808_low_1
Description: NF13808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13808_low_1
NF13808_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-1288)||(43653281-43654551)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1239; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1239; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1288
Target Start/End: Complemental strand, 43654551 - 43653281
Alignment:
Q  18 aaatgggactcgcaagtgggttgtgcgaaattcagagaaaaaacaaacgggtttttgttgaatcagtcaaagattgtttctttgcaagaatttggtgggg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43654551 aaatgggactcgcaagtgggttgtgcgaaattcagagaaaaaacaaacggggttttgttgaatcagtcaaagattgtttctttgcaagaatttggtgggg 43654452  T
Q  118 ataaagtttgtaagggttttaaaatgaaccatgttagtgtattggttaaagggtggacttggattcctgataatttggataatttgtattcttgtcgttg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43654451 ataaagtttgtaagggttttaaaatgaaccatgttagtgtattggttaaagggtggacgtggattcctgataatttggataatttgtattcttgtcgttg 43654352  T
Q  218 tgggttgagttgtttgtggactaaatccaatgttcttgctgataagcctgatgctttgatgtttgaatcatctacgcctccgattcaggtatattttatt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43654351 tgggttgagttgtttgtggactaaatccaatgttcttgctgataagcctgatgctttgatgtttgaatcatctacgcctccgattcaggtagattttatt 43654252  T
Q  318 gtttaagtgtttctttagtctgttggatttgttggaaatgttaatgcgtttgaagttaaacattttggtatgcttgattttgccatgggtgttttggaaa 417  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43654251 atttaagtgtttctttagtctgttggatttgttggaaatgttaatgcgtttgaagttaaacattttggtatgcttgattttgccatgggtgttttggaaa 43654152  T
Q  418 gctttgattgattgtttagatgattgaatctagtctgccattactgagagtttggtttatgatccatgctttgcaattgattcttttcatgttcgataaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43654151 gctttgattgattgtttagatgattgaatctagtctgccattactgagagtttggtttatgatccatgctttgcaattgattcttttcatgttcgataaa 43654052  T
Q  518 tgttcatttattgtttgagtttgcatggttgaaacaataggtagttagagtttcatttaattattcatttttagtttgtttctggcgctagtgatcttag 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43654051 tgttcatttattgtttgagtttgcatggttgaaacaataggtagttagagtttcatttaattattcatttttagtttgtttctggcgctagtgatcttag 43653952  T
Q  618 ttgaaggctcgaggttggataatgatgagaattatccttttcagcaaatgctgagaaactaatcttagttgatgacattgctatgtggaaaatctcccat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43653951 ttgaaggctcgaggttggataatgaggagaattatccttttcagcaaatgctgagaaactaatcttagttgatgacattgctatgtggaaaatctcccat 43653852  T
Q  718 tagtcatgccttcctagattgatgggcagcagaatatttgctaagtgatgacagatttcacaggcagttttacctggaactattggatgatttttgtgtg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43653851 tagtcatgccttcctagattgatgggcagcagaatatttgctaagtgatgacatatttcacaggcagttttacctggaactattggatgatttttgtgtg 43653752  T
Q  818 aagattgggctaatggatcttgcatttgagtttgagtaaagcttcaaaaattgtgctcgagtgccttttattagaattccacgatccaataaacttgtat 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43653751 aagattgggctaatggatcttgcatttgagtttgagtaaagcttcaaaaattgtgctcgagtgccttttattagaattccacgatccaataaacttgtat 43653652  T
Q  918 tagcatgtaatgcagatatcagatatctggtataattatttcataaccaggactatttgctagggtaggatctgtagtagcatttctttatcctgattaa 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43653651 tagcatgtaatgcagatatcagatatctggtataattatttcataaccaggactatttgctagggtaggatctgtagtagcatttctttatcctgattaa 43653552  T
Q  1018 ttgtagttattctagaatgttttgctggtcatgtagtggaactgaagtgtattttatttgggaattcttgatagataagaacagtgaaatataacaacaa 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43653551 ttgtagttattctagaatgttttgctggtcatgtagtggaactgaagtgtattttatttgggaattcttgatagataagaacagtgaaatataacaacaa 43653452  T
Q  1118 cagtccatttttatatgagggatttattcggccaaatgaccgcaattttcattatcgttccttcatgtttacatctttgctgtaatccattccacggctt 1217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43653451 caatccatttttatatgagggatttattcggccaaatgaccgcaattttcattatcgttccttcatgtttacatctttgctgtaatccattccacggctt 43653352  T
Q  1218 aggagaaaaacaaatttctttgttactttaccaataaaaaatgacagaaagttctgttgctgatgatgtcc 1288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43653351 aggagaaaaacaaatttctttgttacttcaccaataaaaaatgacagaaagttctgttgctgatgatgtcc 43653281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University