View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13808_low_3 (Length: 883)

Name: NF13808_low_3
Description: NF13808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13808_low_3
NF13808_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (23-864)||(7969828-7970669)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 864
Target Start/End: Original strand, 7969828 - 7970669
Alignment:
Q  23 gatatgaaccatcagacacagagacggagtggcaagacactccacgtcatgaacgaggaagaaagaacaacatgactttgagtccagaagaaacaaaagc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7969828 gatatgaaccatcagacacagagacggagtggcaagacactccacgtcatgaacgaggaagaaagaacaacatgactttgagtccagaagaaacaaaagc 7969927  T
Q  123 tttgtatctaaggaacaaaagtcctatgacactccacaagagacacccttcaaggtttgaatttgaagtcccatcatcaccttcaataacaggttcagtt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7969928 tttgtatctaaggaacaaaagtcctatgacactccacaagagacacccttcaaggtttgaatttgaagtcccatcatcaccttcaataacaggttcagtt 7970027  T
Q  223 cttaaccaaccaagaagaagacatctcagtaaatcaccctataggccacgcgtagcacatgataatcattatgatgttgatggtaatgatgatgatgctt 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970028 cttaaccaaccaagaagaagacatctcagtaaatcaccctataggccacgcgtagcacatgataatcattatgatgttgatggtaatgatgatgatgctt 7970127  T
Q  323 cgttaacaaacataacaggtgtgaactcacgtagaaatatgagtcctttgccaaggcctgacattggaagaacagtgtctccttataacagaaaccgtga 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7970128 cgttaacaaacataacaggtgtgaactcacgtagaaatatgagtcctttgccaaggcctgacattggaagaacattgtctccttataacagaaaccgtga 7970227  T
Q  423 gcaaagaacaccttataatgaaaataggaaagcaagttcagggcttctagaaatggatagagtgagtacaaaatcaaactacaagagagcagtgactgct 522  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970228 gcaaagagcaccttataatgaaaataggaaagcaagttcagggcttctagaaatggatagagtgggtacaaaatcaaactacaagagagcagtgactgct 7970327  T
Q  523 ccaagattgagagaccaacaacaaacagtgcaaaacactgcgagaactctgaaacaaagggaaaaatctcctttcaaaacaggtttagttaaagaaagag 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970328 ccaagattgagagaccaacaacaaacagtgcaaaacactgcgagaactctgaaacaaagggaaaaatctcctttcaaaacaggtttagttaaagaaagag 7970427  T
Q  623 aaatcaaagaaatgatagcagaggtgaaactatcaaaaaaccctactgatgattattcatcagcactcgaaagtacagactcaattcaaacaggtgatct 722  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970428 aaatcaatgaaatgatagcagaggtgaaactatcaaaaaaccctactgatgattattcatcagcactcgaaagtacagactcaattcaaacaggtgatct 7970527  T
Q  723 tttcttttctcgtgaatgcaatgccttgcaagcgaagaattcttcaatgccnnnnnnngttcaacaatacgagtattttagccctagacctgtgatcact 822  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  7970528 tttcttttctcgtgaatgcaatgccttgcaagcgaagaattcttcaatgccaaaaaaagttcaacaatacgagtattttagccctagacaagtgatcacc 7970627  T
Q  823 accattaatcccattaccaacccatgtgaaagtggtaaacac 864  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970628 accattaatcccattaccaacccatgtgaaagtggtaaacac 7970669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University