View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13811_low_1 (Length: 768)

Name: NF13811_low_1
Description: NF13811
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13811_low_1
NF13811_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-751)||(56577651-56578403)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 56578403 - 56577651
Alignment:
Q  1 atgagtcggacaacaattctgctatagcagactttttgccataagagcatccgattccatcatcgcctgattgtatccacctcccttgctaactttatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56578403 atgagtcggacaacaattctgctgtagcagactttttgccataagagcatccgattccatcatcgcctgattgtatccacctcccttgctaactttatac 56578304  T
Q  101 tcatgtacacagccaacaactcataaacttactatgcatggtataacatgctagttctaataataaattaaaaaatatgaaatttaagacactaggttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56578303 tcatgtacacagccaacaactcataaacttactatgcatggtataacacgctagttctaataataaattaaaaaatatgaaatttaagacactaggttgt 56578204  T
Q  201 agatggtgagaaaaacctaccataaaactttgtttctcagtaagnnnnnnnn--catcaatagtggcattcattacataataaagaagggtggcaaaagg 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56578203 agatggtgagaaaaacctaccataaaacttcgtttctcagtaagaaaagaaaaacatcaatagtggcattcattacataataaagaagggtggcaaaagg 56578104  T
Q  299 aaataaaaatgcaaaatatataacaatggtagccaaatctacctaagcgacgctggtaagagggagcagaaattggggaagatgacgctccaaaatcact 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56578103 aaataaaaatgcaaaatatataacaatggtagccaaatctacctaagcgacgctggtaagagggagcagaaattggggaagatgacgctccaaaatcact 56578004  T
Q  399 agtaaatctctaccattagtcacttcatcaaagaccctatccccaagccttcttgcagcttcaaccaattgtcccctaagtcgttgagaaaacaagcagc 498  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56578003 agtaaatctctagcattagtcacttcatcaaagaccctatccccaagccttcttgcagcttcaaccaattgtcccctaagtcgttgagaaaacaagcagc 56577904  T
Q  499 cacccgccttgacacactctctataaagtgggagataagcaattgccacagtcagtggggatggaagatctctcaagcaaataggagactcaccccgttc 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56577903 cacccgccttgacacactctctataaagtgggagataagcaattgccacagtcagtggggatggaagatctctcaagcaaataggagactcaccccgttc 56577804  T
Q  599 aatgattctcacaaggttcatgtaatgctcttgccctaactttaatccgtctatgtaagctccttctgaccaatgctctttaagaaaagcctttagctcg 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56577803 aatgattctcacaaggttcatgtaatgctcttgccctaactttaatccttctatgtaagctccttctgaccaatgctctttaagaaaagcctttagctcg 56577704  T
Q  699 ggagcaacagcctcatcctccaatttagcaataatgtctgcaacagcataagt 751  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56577703 ggagcaacagcctcatcctccaatttagcaataatgtctgcaacagcataagt 56577651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University