View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13812_high_2 (Length: 622)

Name: NF13812_high_2
Description: NF13812
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13812_high_2
NF13812_high_2
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (14-606)||(4159666-4160258)
chr7 (14-606)||(4171744-4172336)
chr7 (15-606)||(4177368-4177944)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (66-236)||(34343525-34343695)
chr1 (83-183)||(34330971-34331071)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 4160258 - 4159666
Alignment:
Q  14 atgaacatgtccccaccaacatatgtcaaattgttatttccacataaattctctacaacctttggacgatcaaaaacaacacatttcaacttagaaaatg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  4160258 atgaacatgtccccaccaacatatgtcaaattgttacttccacataaattctctacaacctttggacgatcaaaaacaacacaagtcaacttaggaaatg 4160159  T
Q  114 tctcacaaataatcttaccagttgttccatttccaccaccaacatccacaattgattccaacccctcaaacaccaaattacaatctttcattgccaaatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4160158 tctcacaaataatcttaccagttgttccatttccaccaccaacatccacaattgattccaacccctcaaacaccaaattgcaatctttcattgccaaatt 4160059  T
Q  214 aatcatttttgaatcactagccaaagcatcattgtataatgtattatactcagggtttttgttaagaaactcccataaatcacaacctaaattgacagta 313  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4160058 aatcattttggaatcactagccaaagcatcattgtataatgtattatactcagggtttttgttaagaaactcccataaatcacaacctaaattgacagca 4159959  T
Q  314 aatagagtgagatcttcctcataaacccatttctttaacttatgaaatgaagctgaaagtgttggatcaagaacacactcaaccattggagctaaacaaa 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4159958 aatagagtgagatcttcctcataaacccatttctttaagttatgaaatgaagttgaaagtgttggatcaagaacacactcaaccattggagctaaacaaa 4159859  T
Q  414 gttcagttcctttaacaagaagctctgaagcaacagtgagagcataagcttcttcttcattttctaattcttgatttgtaattatctcaaagaatccatt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4159858 gttcagttcctttaacaagaagctctgaagcaacagtgagagcataagcttcttcttcattttctaattcttgatttgtaattatctcaaagaatccatt 4159759  T
Q  514 gtgtgcgaggtaacgcatgagacgctgcacgttatcgactttggttgatggaatttgaagaattgaaactaagttggaaagagtaattggttt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4159758 gtgtgcgaggtaacgcatgagacgctgcacgttatcgactttggttgatggaatttgaagaattgaaactaagtttgaaagagtaattggttt 4159666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 606
Target Start/End: Original strand, 4171744 - 4172336
Alignment:
Q  14 atgaacatgtccccaccaacatatgtcaaattgttatttccacataaattctctacaacctttggacgatcaaaaacaacacatttcaacttagaaaatg 113  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  4171744 atgaacatgtccccaccgacatatgtcaaattgttacttccacataaattctctacaacctttggacgatcaaaaacaacacatctcaacttaggatatg 4171843  T
Q  114 tctcacaaataatcttaccagttgttccatttccaccaccaacatccacaattgattccaacccctcaaacaccaaattacaatctttcattgccaaatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  4171844 tctcacaaataatcttaccagttgttccatttccaccaccaacatccacaattgaatccaacccctcaaacacaaaattgcaatctttcaatgccaaatt 4171943  T
Q  214 aatcatttttgaatcactagccaaagcatcattgtataatgtattatactcagggtttttgttaagaaactcccataaatcacaacctaaattgacagta 313  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |  || |    
T  4171944 aatcattttggaatcactagccatagcatcattgaacaatctattatattcaggatttttgttaagaaactcccataaatcacatcctaaagaggtagca 4172043  T
Q  314 aatagagtgagatcttcctcataaacccatttctttaacttatgaaatgaagctgaaagtgttggatcaagaacacactcaaccattggagctaaacaaa 413  Q
    || || ||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||| |   || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4172044 aagagggtgagatcttcctcataaatccacttcttgaaattatgaaatgaaacattaaatttaggatcaagaacacactcaaccattggagctaaacaaa 4172143  T
Q  414 gttcagttcctttaacaagaagctctgaagcaacagtgagagcataagcttcttcttcattttctaattcttgatttgtaattatctcaaagaatccatt 513  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  4172144 gttcagtccctttaacaagaagctctgaagtaactgtgagagcataagcttcttcttcattttccaattcttgattcgttactatctcaaagaatccatt 4172243  T
Q  514 gtgtgcgaggtaacgcatgagacgctgcacgttatcgactttggttgatggaatttgaagaattgaaactaagttggaaagagtaattggttt 606  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4172244 gtgtgcaaggagacgcatgagacgctgcacgttatcgactttggttgatggaatttgaagaattgaaactaagtttgaaagagtaattggttt 4172336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 606
Target Start/End: Original strand, 4177368 - 4177944
Alignment:
Q  15 tgaacatgtccccaccaacatatgtcaaattgttatttccacataaattctctacaacctttggacgatcaaaaacaacacatttcaacttagaaaatgt 114  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||| ||||||||||| | ||| | |||||| |||| |||||||||||||| ||| ||    
T  4177368 tgaacatgtccccaccaacataagtcaaattattgcttccagataagttctctacaacttgtggcctatcaaacacaatacatttcaacttaggaaaagt 4177467  T
Q  115 ctcacaaataatcttaccagttgttccatttccaccaccaacatccacaattgattccaacccctcaaacaccaaattacaatctttcattgccaaatta 214  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| ||| |||||| ||     
T  4177468 ctcacaaataattttaccagtggttccatttccaccaccaacatccacaattgattccaatccatcaaacacaaaatcacaatctctcaatgccaagttt 4177567  T
Q  215 atcatttttgaatcactagccaaagcatcattgtataatgtattatactcagggtttttgttaagaaactcccataaatcacaacctaaattgacagtaa 314  Q
    |||| ||| |||||||||||||  ||||||||  || || ||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||| ||| || | |||||| | |||  ||    
T  4177568 atcaatttagaatcactagccattgcatcattaaatgatctattatattcaggatttttatcaagaaaatcccaaaaaccagaccctaaagtaacaccaa 4177667  T
Q  315 atagagtgagatcttcctcataaacccatttctttaacttatgaaatgaagctgaaagtgttggatcaagaacacactcaaccattggagctaaacaaag 414  Q
    | || || |||||||||||||||| ||||||||| | || |||| | ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4177668 agagtgtaagatcttcctcataaatccatttcttcagctcatgatacgaacccgaaagagttggatcaagaacacactcaaccattggtgctaaacaaag 4177767  T
Q  415 ttcagttcctttaacaagaagctctgaagcaacagtgagagcataagcttcttcttcattttctaattcttgatttgtaattatctcaaagaatccattg 514  Q
     ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||                ||||||||||||||||||||||| |||    
T  4177768 atcactacctctaacaagaagctctgaagcaacagtgagagcataagactcttcttc---------------ttttgtaattatctcaaagaatccgttg 4177852  T
Q  515 tgtgcgaggtaacgcatgagacgctgcacgttatcgactttggttgatggaatttgaagaattgaaactaagttggaaagagtaattggttt 606  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||| |  ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||    
T  4177853 tgcgcgaggtaacgcatgagacgccgcacgttacctattttcgacgatggaacttgaagaattgaaactaaatttgaaagtgaaattggttt 4177944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 66 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 34343695 - 34343525
Alignment:
Q  66 ctacaacctttggacgatcaaaaacaacacatttcaacttagaaaatgtctcacaaataatcttaccagttgttccatttccaccaccaacatccacaat 165  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||  || | || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34343695 ctacaacctgtggaagatcataaacaacacatttcaacttaggaaaagcctcacatataattctagctgtggttccagttccaccaccaacatccacaat 34343596  T
Q  166 tgattccaacccctcaaacaccaaattacaatctttcattgccaaattaatcatttttgaatcactagcca 236  Q
     || || | ||| |||||||||  | |||||| |||||  |||||||| | |||||  |||||||||||||    
T  34343595 agaatcaatcccttcaaacaccttactacaatttttcaaagccaaattcaccatttgagaatcactagcca 34343525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 83 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 34331071 - 34330971
Alignment:
Q  83 tcaaaaacaacacatttcaacttagaaaatgtctcacaaataatcttaccagttgttccatttccaccaccaacatccacaattgattccaacccctcaa 182  Q
    |||||||||| |||||| | ||||| ||| | |||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  34331071 tcaaaaacaagacatttgaccttaggaaaagcctcacatataattttagccgtcgttccatttccaccaccaacatccacaatagattctatcccctcaa 34330972  T
Q  183 a 183  Q
    |    
T  34330971 a 34330971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University