View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13812_low_6 (Length: 434)

Name: NF13812_low_6
Description: NF13812
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13812_low_6
NF13812_low_6
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-419)||(16843468-16843869)
chr4 (18-419)||(16846136-16846536)
chr4 (18-359)||(24218203-24218544)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (20-387)||(37593523-37593890)
chr5 (20-387)||(37695914-37696281)
chr5 (20-387)||(37532419-37532786)
chr5 (18-391)||(37823219-37823592)
chr5 (18-358)||(37702031-37702371)
chr5 (18-391)||(37393349-37393722)
chr5 (18-391)||(37401470-37401843)
chr5 (18-391)||(37639061-37639434)
chr5 (18-364)||(37710846-37711192)
chr5 (20-419)||(37382800-37383199)
chr5 (18-419)||(37434997-37435398)
chr5 (22-289)||(37413641-37413908)
chr5 (195-419)||(37428339-37428562)
chr5 (262-350)||(26437679-26437767)
chr5 (262-350)||(26451048-26451136)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-391)||(14552687-14553058)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 419
Target Start/End: Original strand, 16843468 - 16843869
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843468 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 16843567  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843568 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 16843667  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843668 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 16843767  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcacggacaattactacaacgattctg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843768 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcacggacaattactacaacgattctg 16843867  T
Q  418 tg 419  Q
    ||    
T  16843868 tg 16843869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 419
Target Start/End: Original strand, 16846136 - 16846536
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||    
T  16846136 agcattcctagaaccttttccaaaggaaatgtgtttgtcactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccacggtctttagctaactgtt 16846235  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| | ||    
T  16846236 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacatgtactcagtttaaggtc 16846335  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     ||||| ||| ||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||   | ||||| || |||||  | |||    
T  16846336 aaataaactttatggttcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcc-aaattgagaattttggacatcttcgataacaaattcagtggaccgttg 16846434  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcacggacaattactacaacgattctg 417  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| | | ||||||   | | ||||||||| |||||||| | || ||||||||| || |||||||    
T  16846435 ccaacatcatgtatcaagaattttcaaggaatgatgaacgcgaatgataataaaactggtttgcagtacatgggaaaggtcaattactataatgattctg 16846534  T
Q  418 tg 419  Q
    ||    
T  16846535 tg 16846536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 359
Target Start/End: Original strand, 24218203 - 24218544
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||      
T  24218203 agcatgcctaaaacattttcggaaggaaatgcattcgagactataaagttgaatggcaaccaattggagggaccattaccacagtctttggctcactgca 24218302  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    || | |||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |||| | |||  ||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  24218303 cacaacttgaagttttggaccttggagacaacatcataaacgatacatttcccaattggttagaagttctgcaagagttacaggtactcagtttacgatc 24218402  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| |||||||||  |||||||||   || |||||  ||||| || ||    
T  24218403 aaatcatcttcatggtggaatcacttgttctagcaccaaacaatcatttccgaagatgagaatttacgatgtctctggtaataatttccgtggccccgtg 24218502  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtg 359  Q
    |||||||| ||| || |||| |||||||||||||| ||||||    
T  24218503 ccaacatcttgcctcaagaattttcaaggaatgattaatgtg 24218544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 37593890 - 37593523
Alignment:
Q  20 cattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttca 119  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593890 cattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttca 37593791  T
Q  120 tatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatcta 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| || ||    |||||||| |    
T  37593790 tttcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggacacatttccaaattggctagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaa 37593691  T
Q  220 ataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgcc 319  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||    
T  37593690 ataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgcc 37593591  T
Q  320 aacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaataca 387  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  37593590 aacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaataca 37593523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 37696281 - 37695914
Alignment:
Q  20 cattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttca 119  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696281 cattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttca 37696182  T
Q  120 tatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatcta 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| || ||    |||||||| |    
T  37696181 tttcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggacacatttccaaattggctagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaa 37696082  T
Q  220 ataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgcc 319  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||    
T  37696081 ataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcccttgcc 37695982  T
Q  320 aacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaataca 387  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  37695981 aacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaataca 37695914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 20 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 37532786 - 37532419
Alignment:
Q  20 cattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttca 119  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37532786 cattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccccagtctttgtctcactgttca 37532687  T
Q  120 tatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatcta 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| || ||    |||||||| |    
T  37532686 tttcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggacacatttccaaattggctagaaactctacaagagttacaagttctaagcttacgatcaa 37532587  T
Q  220 ataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgcc 319  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37532586 ataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctaacaacaattttagtgggcccttgcc 37532487  T
Q  320 aacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaataca 387  Q
    || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  37532486 aatatcatgcatcaagaactttaaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaataca 37532419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37823592 - 37823219
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  37823592 agcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccacaatctttggctaactgtt 37823493  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||||||||  |   |||||||||    
T  37823492 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatc 37823393  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  37823392 aaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttg 37823293  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatggg 391  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||   ||| ||||||||||||||||||||    
T  37823292 ccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgagtgacgaccaaattggtttgcaatacatggg 37823219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 37702371 - 37702031
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  37702371 agcattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccgcagtctttggctcaatgtt 37702272  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||| ||   |||||||||    
T  37702271 caaatcttgaagtattggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccaattggctagaaactttaccagagttacaggtgctgagtttacgatc 37702172  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  37702171 aaatcatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgcctctaacaacaattttagtggccccttg 37702072  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgt 358  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  37702071 ccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgattaatgt 37702031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 391
Target Start/End: Original strand, 37393349 - 37393722
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||    
T  37393349 agcattcctggaaccttttccaaaggaaatatatttgagactataaaattgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacaatgtttggcttactgtt 37393448  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||    
T  37393449 catatcttgaagtattggaccttggtgacaacaacatagaggatacttttcccaattggctagaaactctacaagagttacaggtgctaagtttacgatc 37393548  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     ||| ||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  37393549 aaatcatcttcatgggtcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttatgatgtctctagtaacaattttagtggccccttg 37393648  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatggg 391  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  37393649 ccaacatcatgcttcaagaactttcaaggaatgatggatgtgaataacagccaaattggtttgcaatacatggg 37393722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 391
Target Start/End: Original strand, 37401470 - 37401843
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  37401470 agcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccacaatctttggctaactgtt 37401569  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||||||||  |   |||||||||    
T  37401570 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatc 37401669  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  37401670 aaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttg 37401769  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatggg 391  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |   | | ||||||||||||||||||    
T  37401770 ccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatggg 37401843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37639434 - 37639061
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  37639434 agcattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggaccattaccacaatctttggctaactgtt 37639335  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||||||||  |   |||||||||    
T  37639334 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatc 37639235  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  37639234 aaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttg 37639135  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatggg 391  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |   | | ||||||||||||||||||    
T  37639134 ccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatggg 37639061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 37711192 - 37710846
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||    
T  37711192 agcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaaccaattggaaggatcattaccacaatctttggctaactgtt 37711093  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||||||||  |   |||||||||    
T  37711092 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacgttgaggatacatttcctgattggctagaaactctaccagagttacaggtgataagtttacgatc 37710993  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  37710992 aaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtgggcccttg 37710893  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatga 364  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  37710892 ccagcatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaaggtgaatga 37710846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 20 - 419
Target Start/End: Original strand, 37382800 - 37383199
Alignment:
Q  20 cattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttca 119  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  37382800 cattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagacaataaagttgaatggaaaccgattggaaggaccattaccacagtctttggctcactgtaca 37382899  T
Q  120 tatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatcta 219  Q
     | || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| |||| |    
T  37382900 aaactcgaagttttggaccttggagacaacaacgtagaggatacttttcccaattggcttgaaactctacaagaattacaggtgctcagtttaagatcaa 37382999  T
Q  220 ataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgcc 319  Q
    |||| |||||||| | |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  37383000 ataaacttcatggcgcaatcacatgctctagcaccaaacatccatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttattgggcccttgcc 37383099  T
Q  320 aacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcacggacaattactacaacgattctgtg 419  Q
    |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |   | | |||||||||||||||||| | |  ||||||||| || |||||||||    
T  37383100 aacatcgtgcatcaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtaagtccaattactataatgattctgtg 37383199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 37435398 - 37434997
Alignment:
Q  18 agcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgtt 117  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||     
T  37435398 agcatgcctaaaactttttccagaggaaatgccttcgagactataaagttgaatggcaaccaattagaaggaccattacctcaatctttggctcactgta 37435299  T
Q  118 catatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatc 217  Q
    || | ||  || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||    
T  37435298 cagaactcaaaattttggaccttggatacaacaacatagaggatacatttcccaattggctagaaactctacaagagttacaggtactcagtttaagatc 37435199  T
Q  218 taataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttg 317  Q
     ||||| ||| ||||   |||||| ||||||| |||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||  |||     ||||||||||||||  |||||    
T  37435198 aaataaacttaatggttcaatcacctgttctaacaccaaccatcctttttctaagttaagaatttttgacatcttcggtaacaattttagtggatccttg 37435099  T
Q  318 ccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcacggacaattactacaacgattctg 417  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| || |||||||    
T  37435098 ccaacatcatgtatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccagattggtttgcaatacatgggtaagaacaattactataatgattctg 37434999  T
Q  418 tg 419  Q
    ||    
T  37434998 tg 37434997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 22 - 289
Target Start/End: Original strand, 37413641 - 37413908
Alignment:
Q  22 ttcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttcata 121  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||   | |    
T  37413641 ttcctagaaccttttccaaaggaaatacatttgagatgataaagttgaacggaaatcaattggaaggaccattaccacagtctttggcttagtgcataaa 37413740  T
Q  122 tcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatctaat 221  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| |||    
T  37413741 tcttgaagttctggaccttggtgacaacaatatagaggatacatttcccaattggctagaaactctacaagagttacaggtgctaagtttacgatcaaat 37413840  T
Q  222 aatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgt 289  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  37413841 aatcttcatggtgcaatcacctgttctagcacaaagcatacatttcccaagttgagaatattttatgt 37413908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 195 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 37428562 - 37428339
Alignment:
Q  195 ttacaggtactcgttttacgatctaataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctcta 294  Q
    |||||||| ||| ||||| |||| ||||| || |||||   ||||||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||  ||| ||    
T  37428562 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaaacatccattccc-aagttgagaattttcgacatctata 37428464  T
Q  295 acaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcac 394  Q
    | || | |||||||||  ||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |     
T  37428463 ataaaatttttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 37428364  T
Q  395 ggacaattactacaacgattctgtg 419  Q
    || ||||||||| || |||||||||    
T  37428363 ggccaattactataatgattctgtg 37428339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 26437767 - 26437679
Alignment:
Q  262 catttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatg 350  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| ||| | | |||| | |||||| ||||||||    
T  26437767 catttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtggctctttgcccacaacgtacatcaaaaactttaaaggaatg 26437679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 26451136 - 26451048
Alignment:
Q  262 catttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatg 350  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| ||| | | |||| | |||||| ||||||||    
T  26451136 catttcctaagttgagggtttttgatgtctccaacaataattttagtggctctttgcccacaacgtacatcaaaaactttaaaggaatg 26451048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 20 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 14553058 - 14552687
Alignment:
Q  20 cattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggaccattaccacagtctttgtctcactgttca 119  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  14553058 cattcctagaaccttttcaaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggaaaccaattgaaaggaccactaccacagtcattggctcactgttca 14552959  T
Q  120 tatcttgaagttttggaccttggtgacaacaacatagaggatacatttcccagttggcttgaaactctacaagagttacaggtactcgttttacgatcta 219  Q
     |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||   ||||||||| |    
T  14552958 aatcttgaagtattagaccttggtgacaacagcatagaggatacatttcccaattggctagaaactctacaagagttacaagtgctaagtttacgatcaa 14552859  T
Q  220 ataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgcc 319  Q
    || ||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14552858 atcatcttcacggagcaatcacctgttctagcatcaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgcc 14552759  T
Q  320 aacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatggg 391  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  14552758 aacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaacgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacatggg 14552687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University