View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13814_low_4 (Length: 658)

Name: NF13814_low_4
Description: NF13814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13814_low_4
NF13814_low_4
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (15-479)||(44474456-44474920)
chr4 (485-642)||(44475283-44475440)
chr4 (16-286)||(44474319-44474589)
[»] chr8 (39 HSPs)
chr8 (14-558)||(38453341-38453885)
chr8 (61-364)||(39848636-39848939)
chr8 (65-353)||(38632929-38633216)
chr8 (61-286)||(38632648-38632871)
chr8 (482-632)||(38633363-38633516)
chr8 (122-280)||(34544781-34544939)
chr8 (69-286)||(34533725-34533942)
chr8 (84-286)||(34533863-34534065)
chr8 (57-281)||(38632780-38633007)
chr8 (79-286)||(39848375-39848582)
chr8 (155-281)||(38453894-38454020)
chr8 (57-286)||(34533587-34533816)
chr8 (94-279)||(34916295-34916480)
chr8 (84-291)||(39848518-39848728)
chr8 (136-281)||(34539031-34539176)
chr8 (14-286)||(38453751-38454023)
chr8 (84-286)||(34916426-34916628)
chr8 (61-147)||(34539027-34539113)
chr8 (483-555)||(39849073-39849145)
chr8 (20-191)||(34544732-34544903)
chr8 (94-279)||(34916157-34916342)
chr8 (207-295)||(34549174-34549262)
chr8 (202-286)||(38632548-38632632)
chr8 (147-271)||(36951413-36951537)
chr8 (155-279)||(39848214-39848338)
chr8 (84-169)||(34533566-34533651)
chr8 (94-191)||(34916107-34916204)
chr8 (480-518)||(36951893-36951931)
chr8 (482-563)||(34547833-34547914)
chr8 (69-150)||(34549181-34549262)
chr8 (194-279)||(34916571-34916656)
chr8 (17-153)||(39848730-39848866)
chr8 (200-275)||(34548525-34548600)
chr8 (64-149)||(38632548-38632633)
chr8 (210-286)||(39848368-39848444)
chr8 (79-133)||(36951483-36951537)
chr8 (64-164)||(39848261-39848361)
chr8 (557-642)||(39849165-39849250)
chr8 (94-134)||(34548528-34548568)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (14-432)||(7045679-7046084)
chr3 (16-263)||(7045973-7046220)
chr3 (489-564)||(7045533-7045608)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 479
Target Start/End: Original strand, 44474456 - 44474920
Alignment:
Q  15 ctggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgg 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44474456 ctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgatcattttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatgg 44474555  T
Q  115 atttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgat 214  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44474556 atttggagtttatacatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaatgacaaaatggatggaagagggaccatgagttggactaatggtgat 44474655  T
Q  215 gtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaacttc 314  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44474656 gtttttgaaggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttaaatttgcaaatggggatgtcgacattggtaacttcaggagtaaacttc 44474755  T
Q  315 tccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgacgatatggag 414  Q
    |  ||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44474756 tttatgacaacggaacatacacatgttcaaatgaaacaatgtacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgatgatatggag 44474855  T
Q  415 ccttaaaaatcctgatggaggttgtatatgtgctaattgctcacgtggtgtgagccctgtgatca 479  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||  |||||||| |||| ||||||    
T  44474856 ccttcaaaatcctaatggaggttgtatatatcataattgctcatctggtgtgatccctttgatca 44474920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 485 - 642
Target Start/End: Original strand, 44475283 - 44475440
Alignment:
Q  485 agggaatatatgcaaggagttctaattgtggagaaaattagacagtattcaaaaggaacacataataataagaacaaaaaacaggatgcatgcagtgcga 584  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  44475283 aggggatatatgaatggagttctaattgtggagaaaattcgacagtattcaaaagtaacacataaaaataagaacaaaaaacaggatgcattcagtgcaa 44475382  T
Q  585 agatggtaaagaagagatcgtgtatatggcctcttttgaagagcatcatagcaattat 642  Q
    |||  |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||| |||||    
T  44475383 agagagtaaagcagagatcgtgtatatgggcttttttgaagaccatcaaagctattat 44475440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 286
Target Start/End: Original strand, 44474319 - 44474589
Alignment:
Q  16 tggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgga 115  Q
    |||||||||||||| || || |   |||||| |||||| ||| | |||||||| ||| |||  ||||| ||||| |  ||||||||| |||  |||||||    
T  44474319 tggaaattggaaaaaagatacaccagatggaagagggattttcacttgggctattggcgatgtttttattggttcttggtcaaatggccttgtacatgga 44474418  T
Q  116 tttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatg 215  Q
    |||||||||| || || | || |||||||||||||    ||||||||||||| ||  ||| |||||||| ||||||   ||| ||||||||||| ||||     
T  44474419 tttggagtttttacatctctagatggggatgtctacgctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgatc 44474518  T
Q  216 tttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 286  Q
     |||| | |||||   ||||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  44474519 attttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatggatttggagtttatacatttgtaaatggggatgtc 44474589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 39)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 14 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 38453885 - 38453341
Alignment:
Q  14 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 113  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  38453885 actggaaattggaaagcagggagattggatggaagagggattttgaattggactaacggtgatcaatttgatggttgtctgtcgcatggacttagacatg 38453786  T
Q  114 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 213  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  38453785 gacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtga 38453686  T
Q  214 tgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaactt 313  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||      
T  38453685 tgtttttgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggggatgtcgacattggtaacttcaggagtaaacaa 38453586  T
Q  314 ctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgacgatatgga 413  Q
    || |||| |||||||  ||||||||  |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||      
T  38453585 cttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggttgcatatgctcaaatggaaaagtgatagagaaaagactgatgatatgag 38453486  T
Q  414 gccttaaaaatcctgatggaggttgtatatgtgctaattgctcacgtggtgtgagccctgtgatcattgaaagggaatatatgcaaggagttctaattgt 513  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| || ||| ||||  ||||||||  | |    | || |||| ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38453485 gccttcaaaatcccgatggagattgtatatgtcctgattcctcatctggtgtgattctttctgttatcgaaatggaatatatgcaaagagttctgattgt 38453386  T
Q  514 ggagaaaattagacagtattcaaaaggaacacataataataagaa 558  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  38453385 ggagaaaattagaccatattcagaagtaacacataataataagaa 38453341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 61 - 364
Target Start/End: Original strand, 39848636 - 39848939
Alignment:
Q  61 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaat 160  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  39848636 ttgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggggatgtctacatcggaaat 39848735  T
Q  161 tggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggag 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| |  ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39848736 tggaaaaaagacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatatggag 39848835  T
Q  261 tttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaa 360  Q
    ||| ||||| ||| || |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||  ||||||| ||||||| ||| |    
T  39848836 tttatagatatgctaacggggatgtcgatattggtaacttcaggagtaaacttctccatgacaatggaaaatacacacactcaaatggaacaatatacga 39848935  T
Q  361 gggt 364  Q
    ||||    
T  39848936 gggt 39848939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 65 - 353
Target Start/End: Original strand, 38632929 - 38633216
Alignment:
Q  65 gctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattgga 164  Q
    ||||| ||||||  |||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | ||||||||||    
T  38632929 gctaacggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatggatttggagtttataaatttgcaaatggggatgtttacgtaggaaattgga 38633028  T
Q  165 aaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttt 264  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||  |||| |||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  38633029 aaa-agacaaaatggatggaatagggattatgacttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatgggcttatacatggatctggagttta 38633127  T
Q  265 tagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaacttctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaa 353  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||| || ||||||    
T  38633128 tagatatgctaatggggatgtcgatattggtaacttcaggagtaaacttctccatgtcaatggaaaatacacatgctcagatggaacaa 38633216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 61 - 286
Target Start/End: Original strand, 38632648 - 38632871
Alignment:
Q  61 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaat 160  Q
    ||||||| ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| || ||||||    
T  38632648 ttgggctgatggtgatgcttttgatggttgtctatcaaatggatttagacatggatttggagtttatagatatgcagatgggcatgtctacatgggaaat 38632747  T
Q  161 tggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggag 260  Q
    ||||||||||||  ||||||||||  ||| |  ||||||||||||| ||||||||| || || ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38632748 tggaaaaaagac--aatggatggaaaaggaattatgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggag 38632845  T
Q  261 tttttagatttgcaaatgggggtgtc 286  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  38632846 tttatagatctgcaaatggggatgtc 38632871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 482 - 632
Target Start/End: Original strand, 38633363 - 38633516
Alignment:
Q  482 gaaagggaatatatgcaaggagttctaattgtggagaaaattagacagtattcaaaaggaacacataataat---aagaacaaaaaacaggatgcatgca 578  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||  |    
T  38633363 gaaagggaatgtatgcaaggagttctaattgtggagaaaattagacagtattcagaagtaacacataataataagaagaacaaaaaacaggatgcattta 38633462  T
Q  579 gtgcgaagatggtaaagaagagatcgtgtatatggcctcttttgaagagcatca 632  Q
    |||| ||||   ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||    
T  38633463 gtgcaaagaaactaaagaagagatcgtgtatatgggcctttttgaagaccatca 38633516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 34544939 - 34544781
Alignment:
Q  122 gtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttg 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||| ||||||  |||| ||||| |||||||||||||||      
T  34544939 gtttatagatttgcaaatggggatgtctacattggtaattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttca 34544840  T
Q  222 acggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggg 280  Q
    | || || ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  34544839 atggatgttggtcaaatggacatagacatggatatggagtttatagattttcaaatggg 34544781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 69 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 34533942 - 34533725
Alignment:
Q  69 atggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaa 168  Q
    ||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| | |  ||| ||||||||||    
T  34533942 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggatgtccacactggacattggaaaaa 34533843  T
Q  169 agacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttaga 268  Q
    ||    ||  ||||||  |||||  ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  34533842 agggggaaatgatggaaaagggattatgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtaga 34533743  T
Q  269 tttgcaaatgggggtgtc 286  Q
    ||| ||||||||| ||||    
T  34533742 tttacaaatggggatgtc 34533725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 84 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 34534065 - 34533863
Alignment:
Q  84 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatgg 183  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||| |||| |  ||||| |||||    
T  34534065 atggttgttggtcaaatggacttaaacatggacatggggtttatagatatgtaaatggagatgtttatagaggaaattgggaaaatgggaaaatagatgg 34533966  T
Q  184 aggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggt 283  Q
       |||||  |||| ||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  34533965 gaaagggattatgaattgggttgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggat 34533866  T
Q  284 gtc 286  Q
    |||    
T  34533865 gtc 34533863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 57 - 281
Target Start/End: Original strand, 38632780 - 38633007
Alignment:
Q  57 tgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcgg 156  Q
    |||||||||||| |||||||   ||  ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  ||    
T  38632780 tgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggagtttatagatctgcaaatggggatgtctacactgg 38632879  T
Q  157 aaattggaaaaaagacaaaatgg---atggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatgga 253  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||  || |||   ||  ||  ||||| |||||||||||||| ||||  | |||||||||||||| | |||||    
T  38632880 aaattggaaaatagacaaaatggattatgggagatggattttggattcagctaacggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatgga 38632979  T
Q  254 tctggagtttttagatttgcaaatgggg 281  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||    
T  38632980 tttggagtttataaatttgcaaatgggg 38633007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 79 - 286
Target Start/End: Original strand, 39848375 - 39848582
Alignment:
Q  79 ttttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatg 178  Q
    |||| |||||||||  |||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||||| |  ||| |    
T  39848375 ttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtctatatcggaatttggaaaaaacatgaaagg 39848474  T
Q  179 gatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatg 278  Q
    ||||||  |||||  |||||||||| || ||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||  |||||||    
T  39848475 gatggattagggattatgagttgggatactggagatgtcttctatggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatg 39848574  T
Q  279 ggggtgtc 286  Q
    ||| ||||    
T  39848575 gggatgtc 39848582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 155 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 38454020 - 38453894
Alignment:
Q  155 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggat 254  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  38454020 ggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggat 38453921  T
Q  255 ctggagtttttagatttgcaaatgggg 281  Q
     |||||||| ||||| || ||||||||    
T  38453920 atggagtttatagatctgtaaatgggg 38453894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 57 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 34533816 - 34533587
Alignment:
Q  57 tgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcgg 156  Q
    |||| ||||||||||||| |  |||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| | |  ||    
T  34533816 tgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtagatttacaaatggggatgtccacagtgg 34533717  T
Q  157 aaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatct 256  Q
    | ||||||||||||   ||| |||||||  |||||  | ||| |||||    ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  34533716 acattggaaaaaaggggaaaaggatggaaaagggattaagagatgggcaggcggtgatgttttcgatggttgttggtaaaatggacttaaacatggatct 34533617  T
Q  257 ggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 286  Q
    ||||||| || || ||| ||||||| ||||    
T  34533616 ggagtttatacatatgctaatggggatgtc 34533587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 94 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 34916480 - 34916295
Alignment:
Q  94 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacc 193  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||      
T  34916480 gtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggatgtctatgctggaaattgggaaaaaggagaaaaggatggaaaagggatt 34916381  T
Q  194 atgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 279  Q
    |||| ||||| |||||||| | |||| || ||||  |||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||    
T  34916380 atgaattggggtaatggtgctattttcgatggttattggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgctaatgg 34916295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 84 - 291
Target Start/End: Original strand, 39848518 - 39848728
Alignment:
Q  84 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatg---ga 180  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||  || ||||||||||||| |   ||||||   ||    
T  39848518 atggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatggggatgtctccattggaaattggaaaacatggaaaatggatga 39848617  T
Q  181 tggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggg 280  Q
    |||  ||| ||   |   |||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  39848618 tgggagagcgattttcgattgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggg 39848717  T
Q  281 ggtgtcgacat 291  Q
    | |||| ||||    
T  39848718 gatgtctacat 39848728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 136 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 34539176 - 34539031
Alignment:
Q  136 aaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtca 235  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||||   ||||  ||||||   ||||  |||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  34539176 aaatggcgatgtctataatggaaattggaaaaaaaggaaaagagatggaaatgggattatgaattgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtca 34539077  T
Q  236 aatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggg 281  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  34539076 aatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatgggg 34539031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 14 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 38454023 - 38453751
Alignment:
Q  14 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 113  Q
    |||||||||||||||| || ||||   |||||| |||||| | |||||||| || ||||||||  |||| ||||||||  ||||||| |||||  |||||    
T  38454023 actggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatg 38453924  T
Q  114 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 213  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||  | |  ||||||||||||  ||  | | |||||||| ||||||   ||| |||| |||| |||||    
T  38453923 gatatggagtttatagatctgtaaatggggatgttaacactggaaattggaaagcagggagattggatggaagagggattttgaattggactaacggtga 38453824  T
Q  214 tgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 286  Q
    |   ||||| |||||   |||  ||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38453823 tcaatttgatggttgtctgtcgcatggacttagacatggacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 38453751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 84 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 34916628 - 34916426
Alignment:
Q  84 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatgg 183  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||   ||| | ||||    
T  34916628 atggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaaggcatgg 34916529  T
Q  184 aggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggt 283  Q
    |  |||||  ||||  |||||||| | ||||||||| || ||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  34916528 aaaagggattatgaaatgggctaacgatgatgttttcgatggttattggtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggat 34916429  T
Q  284 gtc 286  Q
    |||    
T  34916428 gtc 34916426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 34539113 - 34539027
Alignment:
Q  61 ttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgt 147  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34539113 ttgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtcaaatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatggggatgt 34539027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 483 - 555
Target Start/End: Original strand, 39849073 - 39849145
Alignment:
Q  483 aaagggaatatatgcaaggagttctaattgtggagaaaattagacagtattcaaaaggaacacataataataa 555  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  39849073 aaagggaatatatgcaaggagttttaattgtggagaaaatcagaccgtattcagaagtaacacataataataa 39849145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 34544903 - 34544732
Alignment:
Q  20 aattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttg 119  Q
    ||||||||||  | |||| |||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||  ||| ||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34544903 aattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttcaatggatgttggtcaaatggacatagacatggatatg 34544804  T
Q  120 gagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 191  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||    |||||||  ||||| || |||||||| ||| ||||||    
T  34544803 gagtttatagattttcaaatgggaatgtctacgcaggaaattttaaaaatgataaaatggacggaagaggga 34544732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 94 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 34916342 - 34916157
Alignment:
Q  94 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggacc 193  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  | ||||| |  ||||||||| ||||||   ||| |||||||  |||||      
T  34916342 gtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgctaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaagggatggaaaagggatt 34916243  T
Q  194 atgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 279  Q
    ||||  |||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||||||  | |||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  34916242 atgaaatgggctaacggtgatgttttcgatggttattggtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatgg 34916157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 207 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549174
Alignment:
Q  207 atggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggt 295  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  |||| ||||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtctacattggt 34549174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 202 - 286
Target Start/End: Original strand, 38632548 - 38632632
Alignment:
Q  202 ggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 286  Q
    |||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  38632548 ggctaatggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtc 38632632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 147 - 271
Target Start/End: Original strand, 36951413 - 36951537
Alignment:
Q  147 tctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttat 246  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| | ||||  ||||  |||  ||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||     
T  36951413 tctatattggaaattggaaaaaagggaaaatagatggaagggggattatgaagtggtttaacggcgatgtttttgatggttgttggttaaatggacttag 36951512  T
Q  247 acatggatctggagtttttagattt 271  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||    
T  36951513 acaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 279
Target Start/End: Original strand, 39848214 - 39848338
Alignment:
Q  155 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggat 254  Q
    |||||||||||||| || ||||  |||||| ||||||    || || ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||   || || ||||||    
T  39848214 ggaaattggaaaaatgataaaaaagatggaagagggattgagactttggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaatgactttgtatatggat 39848313  T
Q  255 ctggagtttttagatttgcaaatgg 279  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  39848314 atggagtttttagatttgcaaatgg 39848338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 34533651 - 34533566
Alignment:
Q  84 atggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaa 169  Q
    ||||||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  34533651 atggttgttggtaaaatggacttaaacatggatctggagtttatacatatgctaatggggatgtctatattggaaaatggaaaaaa 34533566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 34916204 - 34916107
Alignment:
Q  94 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggaggga 191  Q
    |||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  34916204 gtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatggagatgtctacactggaaattggaaaaataataaaatggatggaagaggga 34916107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 480 - 518
Target Start/End: Original strand, 36951893 - 36951931
Alignment:
Q  480 ttgaaagggaatatatgcaaggagttctaattgtggaga 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36951893 ttgaaagggaatatatgcaaggagttctaattgtggaga 36951931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 482 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 34547914 - 34547833
Alignment:
Q  482 gaaagggaatatatgcaaggagttctaattgtggagaaaattagacagtattcaaaaggaacacataataataagaacaaaa 563  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||| | |||||||| ||  | | |||||||||||||||||||    
T  34547914 gaaagggaatataagcaaggagttgtaattacggagaaaattataaagtattcagaaaaatctcataataataagaacaaaa 34547833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 69 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549181
Alignment:
Q  69 atggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtcta 150  Q
    ||||||||  |||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtcta 34549181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 194 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 34916656 - 34916571
Alignment:
Q  194 atgagttgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgg 279  Q
    |||| ||||| |||||||| | |||| || ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  34916656 atgaattggggtaatggtgctattttcgatggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatgg 34916571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #32
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 153
Target Start/End: Original strand, 39848730 - 39848866
Alignment:
Q  17 ggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggat 116  Q
    ||||||||||||| ||  ||| ||||||||  ||||| | ||||||||| |  |||||||   ||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  39848730 ggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggat 39848829  T
Q  117 ttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatat 153  Q
     |||||||||||||| ||  || ||||||||| ||||    
T  39848830 atggagtttatagatatgctaacggggatgtcgatat 39848866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #33
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 200 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 34548600 - 34548525
Alignment:
Q  200 tgggctaatggtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaa 275  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| || ||||||||    
T  34548600 tgggctaatggtgatattttcgatggtggctggtcaaatggagttagacatggatttgaagtttatatatttgcaa 34548525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 149
Target Start/End: Original strand, 38632548 - 38632633
Alignment:
Q  64 ggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtct 149  Q
    |||||||||||||  |||  ||| ||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  38632548 ggctaatggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtct 38632633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 210 - 286
Target Start/End: Original strand, 39848368 - 39848444
Alignment:
Q  210 gtgatgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtc 286  Q
    ||||||||||||| |||||  | |||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  39848368 gtgatgtttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtc 39848444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 133
Target Start/End: Original strand, 36951483 - 36951537
Alignment:
Q  79 ttttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagattt 133  Q
    |||| ||||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  36951483 ttttgatggttgttggttaaatggacttagacaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #37
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 164
Target Start/End: Original strand, 39848261 - 39848361
Alignment:
Q  64 ggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttag-acatggatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattg 162  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| ||||| | | |||||| |||||||| |||||||| |||||| || ||||| |  ||||||||    
T  39848261 ggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaat-gactttgtatatggatatggagtttttagatttgcaaatggtgacgtctacactggaaattg 39848359  T
Q  163 ga 164  Q
    ||    
T  39848360 ga 39848361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 557 - 642
Target Start/End: Original strand, 39849165 - 39849250
Alignment:
Q  557 aacaaaaaacaggatgcatgcagtgcgaagatggtaaagaagagatcgtgtatatggcctcttttgaagagcatcatagcaattat 642  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||||||  | ||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||| ||||| ||| |||||    
T  39849165 aacaaaaaacagggtgcatttagtgcgaagaaagcaaagaagagttcgtgcatatgggcaattttgaagaccatcaaagctattat 39849250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 94 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 34548568 - 34548528
Alignment:
Q  94 gtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttg 134  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  34548568 gtcaaatggagttagacatggatttgaagtttatatatttg 34548528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 7046084 - 7045679
Alignment:
Q  14 actggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatg 113  Q
    |||||| |||||||||  |  ||| ||||||||| ||||| |||   ||||| ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||    
T  7046084 actggatattggaaaaatgagaaaatggatggagaagggattttatattgggttaatggtgatagttttgatggttgcctgtcaaatggactcagagatg 7045985  T
Q  114 gatttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtga 213  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||    |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  7045984 gatttggagtttataaatttagaaatggtgatgtctacggaggaaattggaaagaagagaaaatggatggaagagggatcatgagttgggttaatgttga 7045885  T
Q  214 tgtttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatgggggtgtcgacattggtaacttcaggggtaaactt 313  Q
    ||||||          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||| | | || |||||    
T  7045884 tgtttt----------tggtcaaatggacttatacatggatatggagtttttacatttgcaaatggagatgtcaacattggtaactttaagagtcaactt 7045795  T
Q  314 ctccatgacaacggatcatacacatgctcaaatagaacaatctacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatagagaaaggactgacgatatgga 413  Q
    ||| |||||||||||   | |||||| |||||| ||||||| ||| | ||   ||| ||     ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  7045794 ctctatgacaacggaaagtgcacatggtcaaatggaacaatgtacgaagg--ccat-tgtgttgatgaaaaagtgatagagaaaggactaatgatatgga 7045698  T
Q  414 gccttaaaaatcctgatgg 432  Q
    ||| | |||||||||||||    
T  7045697 gccctcaaaatcctgatgg 7045679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 7046220 - 7045973
Alignment:
Q  16 tggaaattggaaaacaggtaaattggatggaggagggaatttgagttgggctaatggtgatcattttaatggttgtctgtcaaatggacttagacatgga 115  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||  |||| || ||  |  || ||||||| ||  ||||| |    
T  7046220 tggaaattggaaaaaagataaaatggatggaaaagggattgtgagttgggctaatggtgattttttttatagtccttagttaaatggagttgtacatgaa 7046121  T
Q  116 tttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctatatcggaaattggaaaaaagacaaaatggatggaggagggaccatgagttgggctaatggtgatg 215  Q
    ||||||  ||||| || || ||| ||||||||||| |  ||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||   |   ||||| ||||||||||     
T  7046120 tttggaagttatatatgtggaaacggggatgtctacactggatattggaaaaatgagaaaatggatggagaagggattttatattgggttaatggtgata 7046021  T
Q  216 tttttgacggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagttt 263  Q
     |||||| ||||||  |||||||||||| | | |||||| ||||||||    
T  7046020 gttttgatggttgcctgtcaaatggactcagagatggatttggagttt 7045973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 489 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 7045608 - 7045533
Alignment:
Q  489 aatatatgcaaggagttctaattgtggagaaaattagacagtattcaaaaggaacacataataataagaacaaaaa 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  7045608 aatatatgcaaggagttctaattgtggagaaaattaaataggattcagaagtaacatataataataggaacaaaaa 7045533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University