View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13820_high_3 (Length: 455)

Name: NF13820_high_3
Description: NF13820
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13820_high_3
NF13820_high_3
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-449)||(10239486-10239934)
chr5 (1-449)||(10230706-10231154)
chr5 (52-436)||(10254684-10255068)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Original strand, 10239486 - 10239934
Alignment:
Q  1 tgaccagttaacacacgtgctacagccacggatccacgtgccgctaaaccaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239486 tgaccagttaacacacgtgctacagccacggatccacgtgccgctaaaccaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccag 10239585  T
Q  101 cttcgttttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtgtggcttttccgtttgtgattttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239586 cttcgttttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtgtggcttttccgtttgtgattttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtc 10239685  T
Q  201 aaagagatggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttcttatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239686 aaagagatggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttcttatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttg 10239785  T
Q  301 cattgtgttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaagatgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10239786 cattgtgttggagggagttcgtcaaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaaggtgt 10239885  T
Q  401 tgataatgtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgatattgatgatgt 449  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10239886 tgatgatgtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgagattgatgatgt 10239934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Original strand, 10230706 - 10231154
Alignment:
Q  1 tgaccagttaacacacgtgctacagccacggatccacgtgccgctaaaccaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccag 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  10230706 tgaccggttaacacccgtgctacaaccacggatccacgtgccgctaaagcaataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggataagttggtgaccag 10230805  T
Q  101 cttcgttttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtgtggcttttccgtttgtgattttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtc 200  Q
    ||| |||||| |||||||| || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  10230806 ctttgttttcaattttgtacttgtaggtttttacataacggctacatagtgtggctttcccgtttgagattgtaatggcatgaagcatgccgtcaccgtc 10230905  T
Q  201 aaagagatggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttcttatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttg 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||| |       
T  10230906 aaagagatggtagggtccacgtggaaggaactgtgggtttggtccgtttcttatgtaagcaccgtaaagtgacggcgggagtgtacctttgatgattaca 10231005  T
Q  301 cattgtgttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaagatgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10231006 cattgtgttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaaacatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaaggtgt 10231105  T
Q  401 tgataatgtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgatattgatgatgt 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10231106 tgataatgtcatcgagtgtgttgagtattagtgctgatattgatgatgt 10231154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 52 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 10255068 - 10254684
Alignment:
Q  52 ataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggagaatttggtaaccagcttcgttttcgattttgtatttataggtttgaacgtaacggctacatagtg 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  10255068 ataagcgagttgaaaccagaaaacacgtttgggataagttggtaaccagcttcgttttcgattttgtatttgtaagtttgaacgtaacggctacagagtg 10254969  T
Q  152 tggcttttccgtttgtgattttaacagcatgaagcatgccgtcaccgtcaaagagatggtaaggtccacgtggaaggaactgagggtttggtccgtttct 251  Q
    | ||||||||||||| |||| |||  || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10254968 tagcttttccgtttgagattgtaatggcgtgaagcatgccatcaccgtcgaagaggtggtagggtccacgtggaaggaactgtgggtttggtccgtttct 10254869  T
Q  252 tatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttgcattgtgttggagggagttcgtctaggactggtgcaaagttttgggacaaa 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10254868 tatgtaaacaccgttaagtgacggtggaagtgtgcctttaatgactttgcattgtgttggagggagttcgtcaaggactggtgcaaagttttgggacaaa 10254769  T
Q  352 acatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaagatgttgataatgtcatcgagtgtgttgagtattagtgctg 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||| || ||||||||    
T  10254768 acatgtcttggatctacggatggttttattggtgggtctatgaaggtgttgatgatgtcgtcgaatgtgttgaatagtagtgctg 10254684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University