View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13824_low_1 (Length: 679)

Name: NF13824_low_1
Description: NF13824
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13824_low_1
NF13824_low_1
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (1-663)||(68334-68996)
scaffold0008 (1-663)||(76177-76839)


Alignment Details
Target: scaffold0008 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 663
Target Start/End: Original strand, 68334 - 68996
Alignment:
Q  1 aatcgttggggaatgaggcaattacgcctcaaggattacaacaatccaagaaggaatccaatactaagtcaaatctcattaacaaaccagccaataaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  68334 aatcgttggggaatgaggcaattacgcctcaaggattacaacaatccaagaaggaatccaatactaagtcaaatcccattaacaaaccagccaataaatg 68433  T
Q  101 ggcgaggaggaaaggagagaggaaggggaataataaataggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  68434 ggcgaggaggaaaggagagaggaaggggaataataaagaggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggtt 68533  T
Q  201 gaaccgatggacctatgtggtgtggaataaatgaggagaattattgttgacaagggacatgtgcatttacaagaatacccgaatgaaaattttaagttgg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  68534 gaaccgatggacctatgtggtgtggaataaatgaggagaattattgttgacaagggacatgtgcatttacaagaatacccgaatgaaaattttaagttgg 68633  T
Q  301 aactgcagatagttagggagtcctcttgtcgattaaagagttttgagatgaaaggtttaaagaaaaaatgtggtttaattcctgtcaagtagtgggttgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  68634 aactgcagatagttagggagtcctcttgtcgattaaagagttttgagatgaaaggtttaaagcaaaaatgtggtttaattcctgtcaagtagtgggttgt 68733  T
Q  401 agaggaattggaaaagagcgtgttggaggtttggctttgttataaaatgattaattacaaatcacaattccatcatgttctttgaaccatatttggggtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  68734 agaggaattggaaaagagcgtgttggaggtttggctttgttatgaaatgattaattacaaatcactattccatcatgttctttgaaccatgtttggggtc 68833  T
Q  501 gttttaaagatggcgaacaaggaaaccaatgtcatatttcaggcatatatggtacccaaaaaagggcaataaagagataacatggcaactaatttgtaat 600  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  68834 gttttaaagacggtgaacaaggaaaccagtgtcatatttcaggcatatatggtacccagaaaagggcaataaagggataacatggcaactaatttgtaat 68933  T
Q  601 ggacatgttttagagattttaacgacattatcttttcctcaaagaagatgggaggcaatatac 663  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  68934 ggacatgttttacagattttaacgacattatcttttcctcaaagaagatgggaggcaatatac 68996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 663
Target Start/End: Original strand, 76177 - 76839
Alignment:
Q  1 aatcgttggggaatgaggcaattacgcctcaaggattacaacaatccaagaaggaatccaatactaagtcaaatctcattaacaaaccagccaataaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  76177 aatcgttggggaatgaggcaattacgcctcaaggattacaacaatccaagaaggaatccaatactaagtcaaatcccattaacaaaccagccaataaatg 76276  T
Q  101 ggcgaggaggaaaggagagaggaaggggaataataaataggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76277 ggcgaggaggaaaggagagaggaaggggaataataaagaggaaaaattggtggtagaattatggaagagacaatttgtggaagtaacaatttcagaggtt 76376  T
Q  201 gaaccgatggacctatgtggtgtggaataaatgaggagaattattgttgacaagggacatgtgcatttacaagaatacccgaatgaaaattttaagttgg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76377 gaaccgatggacctatgtggtgtggaataaatgaggagaattattgttgacaagggacatgtgcatttacaagaatacccgaatgaaaattttaagttgg 76476  T
Q  301 aactgcagatagttagggagtcctcttgtcgattaaagagttttgagatgaaaggtttaaagaaaaaatgtggtttaattcctgtcaagtagtgggttgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76477 aactgcagatagttagggagtcctcttgtcgattaaagagttttgagatgaaaggtttaaagcaaaaatgtggtttaattcctgtcaagtagtgggttgt 76576  T
Q  401 agaggaattggaaaagagcgtgttggaggtttggctttgttataaaatgattaattacaaatcacaattccatcatgttctttgaaccatatttggggtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  76577 agaggaattggaaaagagcgtgttggaggtttggctttgttatgaaatgattaattacaaatcactattccatcatgttctttgaaccatgtttggggtc 76676  T
Q  501 gttttaaagatggcgaacaaggaaaccaatgtcatatttcaggcatatatggtacccaaaaaagggcaataaagagataacatggcaactaatttgtaat 600  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  76677 gttttaaagacggtgaacaaggaaaccagtgtcatatttcaggcatatatggtacccagaaaagggcaataaagggataacatggcaactaatttgtaat 76776  T
Q  601 ggacatgttttagagattttaacgacattatcttttcctcaaagaagatgggaggcaatatac 663  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  76777 ggacatgttttacagattttaacgacattatcttttcctcaaagaagatgggaggcaatatac 76839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University