View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13826_low_6 (Length: 453)

Name: NF13826_low_6
Description: NF13826
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13826_low_6
NF13826_low_6
[»] chr4 (46 HSPs)
chr4 (105-442)||(24477388-24477725)
chr4 (100-431)||(24421150-24421481)
chr4 (85-431)||(24470242-24470588)
chr4 (19-266)||(24421159-24421412)
chr4 (18-266)||(24470311-24470565)
chr4 (19-266)||(24470503-24470756)
chr4 (85-442)||(24470423-24470780)
chr4 (64-436)||(24470765-24471136)
chr4 (18-227)||(24477121-24477339)
chr4 (85-266)||(24477464-24477645)
chr4 (64-368)||(24420490-24420794)
chr4 (19-425)||(24420967-24421379)
chr4 (109-425)||(24421111-24421427)
chr4 (61-416)||(24420775-24421130)
chr4 (82-425)||(24470536-24470878)
chr4 (100-442)||(24420958-24421300)
chr4 (109-436)||(24420631-24420958)
chr4 (61-425)||(24470488-24470852)
chr4 (174-431)||(24421080-24421337)
chr4 (109-421)||(24420343-24420655)
chr4 (187-431)||(24420805-24421049)
chr4 (115-425)||(24470728-24471037)
chr4 (124-436)||(24420406-24420718)
chr4 (64-431)||(24420394-24420761)
chr4 (64-335)||(24470961-24471232)
chr4 (109-146)||(24481522-24481559)
chr4 (196-287)||(24476978-24477069)
chr4 (97-200)||(24477620-24477723)
chr4 (174-224)||(24477004-24477054)
chr4 (111-188)||(24481477-24481553)
chr4 (99-247)||(24406468-24406616)
chr4 (103-155)||(24477674-24477726)
chr4 (358-434)||(24481484-24481559)
chr4 (174-242)||(24481492-24481559)
chr4 (215-267)||(24482195-24482247)
chr4 (173-267)||(24406392-24406486)
chr4 (173-267)||(24406494-24406588)
chr4 (18-56)||(24421350-24421388)
chr4 (181-323)||(24477197-24477339)
chr4 (307-368)||(24476993-24477054)
chr4 (109-158)||(24477074-24477123)
chr4 (18-58)||(24470813-24470853)
chr4 (175-239)||(24477092-24477156)
chr4 (376-436)||(24481334-24481394)
chr4 (352-392)||(24481852-24481892)
chr4 (351-391)||(24482157-24482197)
[»] scaffold0879 (7 HSPs)
scaffold0879 (19-203)||(4425-4615)
scaffold0879 (100-293)||(4431-4624)
scaffold0879 (19-335)||(4485-4807)
scaffold0879 (100-442)||(4474-4816)
scaffold0879 (174-431)||(4437-4694)
scaffold0879 (106-431)||(4533-4858)
scaffold0879 (196-416)||(4644-4864)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (109-266)||(41900280-41900437)
chr2 (124-421)||(41899959-41900256)
chr2 (112-431)||(41899851-41900170)
chr2 (109-267)||(41900472-41900630)
chr2 (110-266)||(41900089-41900245)
chr2 (355-434)||(41899950-41900029)
chr2 (106-267)||(41899893-41900054)
chr2 (220-425)||(41900295-41900500)
chr2 (183-427)||(41899826-41900070)
chr2 (252-421)||(41900279-41900448)
chr2 (298-413)||(41900517-41900632)
chr2 (149-266)||(41900272-41900389)
chr2 (364-431)||(41900295-41900362)
chr2 (85-254)||(41900016-41900185)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (97-416)||(11879445-11879764)
chr1 (280-436)||(11902069-11902225)
chr1 (355-436)||(11879473-11879554)
chr1 (103-272)||(11902281-11902450)
chr1 (375-416)||(11902377-11902418)
chr1 (91-267)||(52821302-52821478)
chr1 (91-266)||(11902047-11902222)
chr1 (349-434)||(11901906-11901991)
chr1 (97-227)||(52821068-52821198)
chr1 (106-227)||(11879442-11879563)
chr1 (182-266)||(11901930-11902014)
chr1 (91-179)||(11902278-11902366)
chr1 (352-416)||(52821035-52821099)
[»] scaffold1918 (2 HSPs)
scaffold1918 (232-267)||(16-51)
scaffold1918 (182-263)||(425-506)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 46)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 105 - 442
Target Start/End: Original strand, 24477388 - 24477725
Alignment:
Q  105 gggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaagga 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24477388 gggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagaggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaagga 24477487  T
Q  205 gatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacg 304  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24477488 gatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacg 24477587  T
Q  305 gaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtgg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24477588 gaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggaggaggtggtgagggagatggtgg 24477687  T
Q  405 tggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24477688 tggaggagacttatagacataaggtggtggtggtgatg 24477725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 100 - 431
Target Start/End: Original strand, 24421150 - 24421481
Alignment:
Q  100 ggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtg 199  Q
    ||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||  |||| ||   |||||| ||||| |||||||||||||    
T  24421150 ggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtg 24421249  T
Q  200 aaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaagg 299  Q
    | || ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  24421250 agggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaagg 24421349  T
Q  300 agacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagat 399  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  24421350 agatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtacacatacggaggaggtggtgagggagat 24421449  T
Q  400 ggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
    ||||| || ||||| || |||  |||||||||    
T  24421450 ggtggaggtggagatttgtagtaataaggtgg 24421481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 85 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 24470588 - 24470242
Alignment:
Q  85 acatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacat 184  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||  |||| ||   |||||| ||||    
T  24470588 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacat 24470489  T
Q  185 atggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatgg 284  Q
    | || ||||||||||| || | ||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24470488 agggcgggggaggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatgg 24470389  T
Q  285 tgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaa 384  Q
    |||||||||  |||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  24470388 tgggggaggtgaaggtgatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtacacatacggagga 24470289  T
Q  385 ggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| || |||  |||||||||    
T  24470288 ggtggtgagggagatggtggaggtggagatttgtagtaataaggtgg 24470242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 24421159 - 24421412
Alignment:
Q  19 gatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggagg-ggtg-----gatggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatg 112  Q
    ||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||     ||||||||||| |||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  24421159 gatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatg 24421258  T
Q  113 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggagg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24421259 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggagg 24421358  T
Q  213 acgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24421359 aggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtgg 24421412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 24470565 - 24470311
Alignment:
Q  18 agatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggagg-ggtg-----gatggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgat 111  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||     || |||||||| |||| ||  |||||||| || |||||||| ||||||| |    
T  24470565 agatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacatagggcgggggaggtgagggtgtt 24470466  T
Q  112 ggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24470465 ggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggtgatggag 24470366  T
Q  212 gacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24470365 gaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtgg 24470311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 24470756 - 24470503
Alignment:
Q  19 gatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggagg-ggtg-----gatggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatg 112  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||     ||||||||||| || | || ||||| ||| |||||||||||||| |||||||    
T  24470756 gatggtggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtgggggaggagaaggtgatg 24470657  T
Q  113 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggagg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24470656 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggagg 24470557  T
Q  213 acgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||    
T  24470556 aggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtgg 24470503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 85 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 24470780 - 24470423
Alignment:
Q  85 acatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacat 184  Q
    ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||  |||| ||   ||| || | ||    
T  24470780 acatatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatat 24470681  T
Q  185 atggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatgg 284  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24470680 agggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatgg 24470581  T
Q  285 tgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaa 384  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||  | || ||||||||||| |||||||| ||||| || |      
T  24470580 tgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacatagggcggg 24470481  T
Q  385 ggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 442  Q
    || |||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  24470480 ggaggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatg 24470423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 64 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 24471136 - 24470765
Alignment:
Q  64 ggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggta 163  Q
    |||||||| |||| || ||  ||||| ||||| ||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||      
T  24471136 ggaggtggaggtgacttatggacatagggtggaggaggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggag 24471037  T
Q  164 gtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 263  Q
    | |||||   ||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||| ||| ||    
T  24471036 gaggaggggacttatagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagatgctggagg 24470937  T
Q  264 tggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggg 363  Q
     ||   |||||| || ||||| || || ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||| |||||||||| |||||     
T  24470936 aggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgg-ggaggagagggagatggaggaggtggt 24470838  T
Q  364 gacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 436  Q
    ||||| || |||||||| | ||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||    
T  24470837 gacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtg 24470765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 227
Target Start/End: Original strand, 24477121 - 24477339
Alignment:
Q  18 agatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggaggggt---ggatggaggtg------gcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24477121 agatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggaggggtaggggatggaggtggcggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggt 24477220  T
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatg 208  Q
    |||||||||||| ||||||| || |||||||| || || |||||  | || ||| |||| ||   |||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||||    
T  24477221 gatggtggaggaagagacttatatacatatggtggagggggtgagtgtgacggtggtggtggggacttgtagacataaggtgaaggaggggaaggggatg 24477320  T
Q  209 gaggacgtggtgacttgta 227  Q
    ||||  ||||||| |||||    
T  24477321 gaggtggtggtgatttgta 24477339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 85 - 266
Target Start/End: Original strand, 24477464 - 24477645
Alignment:
Q  85 acatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacat 184  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||    
T  24477464 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacat 24477563  T
Q  185 atggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  24477564 atggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtgg 24477645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 64 - 368
Target Start/End: Original strand, 24420490 - 24420794
Alignment:
Q  64 ggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggta 163  Q
    |||||||| |||| || ||| ||||| ||||| || || || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||      
T  24420490 ggaggtggaggtgacttatagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggag 24420589  T
Q  164 gtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 263  Q
    | |||||   ||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||    
T  24420590 gaggaggggacttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggagg 24420689  T
Q  264 tggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggg 363  Q
     |||   ||||| || ||||| || || ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||     
T  24420690 aggagatttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggc 24420789  T
Q  364 gactt 368  Q
    |||||    
T  24420790 gactt 24420794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 425
Target Start/End: Original strand, 24420967 - 24421379
Alignment:
Q  19 gatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggaggggtggatgga------ggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatg 112  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||      ||||| ||||  | ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  24420967 gatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatg 24421066  T
Q  113 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggagg 212  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| || || |||||||| || ||| |||| ||   |||||| | |||||| || || || || || ||||| ||    
T  24421067 gtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtgg 24421166  T
Q  213 acgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggt 312  Q
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||   ||| || ||||| |||||||||||  | || || || |||||     
T  24421167 tggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatggtggagga 24421266  T
Q  313 ggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggag 412  Q
    || || |||||||||| |||||| || || ||  |||| || ||||||||   ||| || |||||||| |  || ||||| |||||||| || || || |    
T  24421267 ggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtg 24421366  T
Q  413 acttatagacata 425  Q
    |||| ||||||||    
T  24421367 acttgtagacata 24421379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 109 - 425
Target Start/End: Original strand, 24421111 - 24421427
Alignment:
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatg 208  Q
    |||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||| |||| ||   ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  24421111 gatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatg 24421210  T
Q  209 gaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggagg 308  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| || |||  ||| ||||||||||| || || ||  | ||||| || ||    
T  24421211 gaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtgg 24421310  T
Q  309 aggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtgga 408  Q
     |||||    || ||||||| ||| || ||||| ||  |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| |||||     
T  24421311 tggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggt 24421410  T
Q  409 ggagacttatagacata 425  Q
    || ||||| || |||||    
T  24421411 ggggacttgtacacata 24421427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 61 - 416
Target Start/End: Original strand, 24420775 - 24421130
Alignment:
Q  61 gatggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaag 160  Q
    ||||||||||| || | || ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || || || || ||||    
T  24420775 gatggaggtggtggcgacttataaatatagggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaacatatggaggaggaggggaaggggaag 24420874  T
Q  161 gtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtgg 260  Q
    |  |||| ||   ||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| || || || ||||||||    
T  24420875 gaggtggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtgg 24420974  T
Q  261 tggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggt 360  Q
     |||||   ||| |||||||||||||| || ||| | ||||| || || ||||||||||| || |||| ||| || ||||| ||| | ||||| || ||     
T  24420975 aggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggagga 24421074  T
Q  361 ggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 416  Q
    || |||||||| | |||||| | ||| ||||| || ||||||||||| || |||||    
T  24421075 ggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggactt 24421130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 82 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 24470878 - 24470536
Alignment:
Q  82 taaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtaga 181  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||||| || || ||||| || || ||| | || |||   |||||||    
T  24470878 taaacatatggtgggg-aggagagggagatggaggaggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtaga 24470780  T
Q  182 catatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacata 281  Q
    |||||||||| || || || || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||   |||||| | |||    
T  24470779 catatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatata 24470680  T
Q  282 tggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatgga 381  Q
     |||||||||||  |||| || || ||||| || || |||||||||| |||||| || || ||  |||| || ||||||||   ||| || ||||||||     
T  24470679 gggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggt 24470580  T
Q  382 gaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacata 425  Q
    |  || ||||| |||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  24470579 gggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacata 24470536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 100 - 442
Target Start/End: Original strand, 24420958 - 24421300
Alignment:
Q  100 ggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtg 199  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || |||||||| ||  |||| ||    || || ||||||||||||||||| |    
T  24420958 ggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggagggg 24421057  T
Q  200 aaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaagg 299  Q
    | || ||||| ||| | || |||||||| | |||||| || || ||||| || ||||||||||||||   ||| || | |||||| || || ||  | ||    
T  24421058 agggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatgg 24421157  T
Q  300 agacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagat 399  Q
     || || || |||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||| || |  || |||||||| |||    
T  24421158 ggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgat 24421257  T
Q  400 ggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 442  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  24421258 ggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatg 24421300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 109 - 436
Target Start/End: Original strand, 24420631 - 24420958
Alignment:
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatg 208  Q
    |||||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||||||   || || || ||||| || || || || ||||| |    
T  24420631 gatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaacgtatggaggtggtggggatggagacg 24420730  T
Q  209 gaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggagg 308  Q
    | ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||   |||||| | ||| ||||| |||||  |||| || || ||    
T  24420731 gtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtggaggaggagaaggtgatggtgg 24420830  T
Q  309 aggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtgga 408  Q
     ||||| || ||||| |||| |||||| ||||| ||  | || ||||||||||| ||||| || |||||||| | ||| ||||| || |||||||| ||     
T  24420831 gggtggggacttgtaaacatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggt 24420930  T
Q  409 ggagacttatagacataaggtggtggtg 436  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||    
T  24420931 ggagatttgtagacatatggaggtggtg 24420958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 61 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 24470852 - 24470488
Alignment:
Q  61 gatggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaag 160  Q
    |||||||| || |||| || ||| ||||| ||||| || || || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |    
T  24470852 gatggaggaggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtggagatggggatg 24470753  T
Q  161 gtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtgg 260  Q
    || | || ||   ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||| ||||| || | ||| || || ||||| || || ||||||||    
T  24470752 gtggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtgggggaggagaaggtgatggtgg 24470653  T
Q  261 tggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggt 360  Q
     || |||  ||| ||||||||||| || || ||  | ||||| || || |||||    || ||||||| ||| || ||||| ||  |||||||||| |||    
T  24470652 aggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggt 24470553  T
Q  361 ggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacata 425  Q
    || |||||||| |||||||||| ||| ||||| || || || ||||| || ||||| || |||||    
T  24470552 ggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacata 24470488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 174 - 431
Target Start/End: Original strand, 24421080 - 24421337
Alignment:
Q  174 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 273  Q
    |||||| | ||||||||| || ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| | |||||||||||| || || || ||||||||||||||   |||     
T  24421080 cttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttg 24421179  T
Q  274 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 373  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| || ||||| |||||||| ||||| ||||  || || ||||| ||| | ||||| || || || |||||||| |    
T  24421180 tagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtaga 24421279  T
Q  374 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  24421280 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 24421337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 109 - 421
Target Start/End: Original strand, 24420343 - 24420655
Alignment:
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatg 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||||| || |||||  |||| ||   ||| ||| |||||||||| |||||||| ||||| |    
T  24420343 gatggtggaggtggagacttgtaaatataaggaggcggtggtgaaggcgaaggaggtggcggtgacttatagccatatggtggaggaggtgatggagaag 24420442  T
Q  209 gaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggagg 308  Q
    | ||| |||| || ||||||   |||||||| || ||||| |  || || ||||| ||   |||||||||||| ||||| || ||  ||||||| || ||    
T  24420443 gtggaggtggagatttgtagtagtatggaggaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttatagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgg 24420542  T
Q  309 aggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtgga 408  Q
     || || |||||||| |||| |||||| || || ||  |||| ||||| || |||||||| || ||||||||||  |||||||| || |||||||||||     
T  24420543 gggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggt 24420642  T
Q  409 ggagacttataga 421  Q
    || ||||| ||||    
T  24420643 ggtgacttgtaga 24420655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 187 - 431
Target Start/End: Original strand, 24420805 - 24421049
Alignment:
Q  187 ggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtg 286  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || || || ||||||||   |||||| ||||||||||    
T  24420805 ggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaacatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtg 24420904  T
Q  287 ggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaagg 386  Q
    | || ||  |||| || || || ||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  | ||||| || ||||| |||||||| |||||||| | |||    
T  24420905 gagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagg 24421004  T
Q  387 tggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
     || || |||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||    
T  24421005 gggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgg 24421049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 115 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 24471037 - 24470728
Alignment:
Q  115 ggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggac 214  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || || ||| |||| ||   |||||||| |||||| || || |||||||||||||  |||     
T  24471037 ggaggaggggacttatagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagatgctggag 24470938  T
Q  215 gtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtgg 314  Q
    | |||||||| || || ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||   ||| || ||||||||| |||||||  | ||||| |||||||||||    
T  24470937 gaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggt-ggggaggagagggagatggaggaggtgg 24470839  T
Q  315 tgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagac 414  Q
    ||| || || |||| ||| || || || ||  | ||||| || ||||| || ||||| |||||||| |  ||||| || || |||||||| || || |||    
T  24470838 tgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgac 24470739  T
Q  415 ttatagacata 425  Q
    || ||||||||    
T  24470738 ttgtagacata 24470728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 124 - 436
Target Start/End: Original strand, 24420406 - 24420718
Alignment:
Q  124 gacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgact 223  Q
    ||||| ||| ||||||| || || ||||||||||||||| | || |||   ||||||   ||||| || || |||||||  || |||||  | |||||||    
T  24420406 gacttatagccatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggaggaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgact 24420505  T
Q  224 tgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgta 323  Q
    | |||||||| || || || ||||| ||||||||||| || |||   || || |||||||| || || ||  ||||||| |||||||| || || || ||    
T  24420506 tatagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttata 24420605  T
Q  324 gacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagaca 423  Q
    ||||| |||||| || || ||  | ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  24420606 gacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaacg 24420705  T
Q  424 taaggtggtggtg 436  Q
    || || |||||||    
T  24420706 tatggaggtggtg 24420718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 64 - 431
Target Start/End: Original strand, 24420394 - 24420761
Alignment:
Q  64 ggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggta 163  Q
    ||||||||||||| || |||  |||| ||||| ||||| || || || |||||||| ||||| ||||||   |||||||| |||||||| |  |||||      
T  24420394 ggaggtggcggtgacttatagccatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggaggaggtggtgaagctgaaggag 24420493  T
Q  164 gtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 263  Q
    |||||||   ||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||  | || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || || ||    
T  24420494 gtggaggtgacttatagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggagg 24420593  T
Q  264 tggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggg 363  Q
     ||   ||||||||||||||| || || ||  |||| || || || |||||||| ||||||| || ||||||||| || ||  ||||||| || || ||     
T  24420594 aggggacttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggagga 24420693  T
Q  364 gacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
    || || || || |||||||  ||||| || ||||| ||||| || || ||||| || ||||| |||||    
T  24420694 gatttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgg 24420761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 64 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 24471232 - 24470961
Alignment:
Q  64 ggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggta 163  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||| ||||| ||||| || || || |||||||| ||||| ||||||   |||||||| |||||||| |  |||||      
T  24471232 ggaggtggcggtgacctatagacatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggaggaggtggtgaagctgaaggag 24471133  T
Q  164 gtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 263  Q
    |||||||   ||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  | || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || || ||    
T  24471132 gtggaggtgacttatggacatagggtggaggaggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggagg 24471033  T
Q  264 tggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggagg 335  Q
     ||   ||||||||| ||||| ||||| ||  |||| || || || |||||||| ||||||| || ||||||    
T  24471032 aggggacttatagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggagg 24470961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 146
Target Start/End: Original strand, 24481522 - 24481559
Alignment:
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtgg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24481522 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtgg 24481559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 196 - 287
Target Start/End: Original strand, 24476978 - 24477069
Alignment:
Q  196 ggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 287  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||   |||||| | |||||||||    
T  24476978 ggtgaagtagatggtggaggtggtgacttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatagatatggtgg 24477069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 200
Target Start/End: Original strand, 24477620 - 24477723
Alignment:
Q  97 ggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggag 196  Q
    ||||||||| | ||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||  ||| |||||||| ||||| || |    
T  24477620 ggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggaggaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 24477719  T
Q  197 gtga 200  Q
    ||||    
T  24477720 gtga 24477723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 224
Target Start/End: Original strand, 24477004 - 24477054
Alignment:
Q  174 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgactt 224  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  24477004 cttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgactt 24477054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 111 - 188
Target Start/End: Original strand, 24481477 - 24481553
Alignment:
Q  111 tggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatgg 188  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||||  |||||||||||||||    
T  24481477 tggtggaggtggcgacttgtatacatatggtgg-ggtggtgatggagatggtggaggaggagacttgtagacatatgg 24481553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 99 - 247
Target Start/End: Original strand, 24406468 - 24406616
Alignment:
Q  99 aggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggt 198  Q
    |||||| ||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |||||||| ||||| || |||||  |||| ||   |||  ||||||| ||||| ||||||    
T  24406468 aggagatggtggaggtggaggtggagtcttgtagatataaggaggtggcggtgaaggcgaaggaggtggtggtgacttaaagacataaggtggaggaggt 24406567  T
Q  199 gaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtg 247  Q
    ||||||||||| ||  |||| || ||||| ||||| || ||||| ||||    
T  24406568 gaaggagatggtgggggtggagatttgtaaacatacggtggtggtggtg 24406616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 155
Target Start/End: Original strand, 24477674 - 24477726
Alignment:
Q  103 gagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatgg 155  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  24477674 gagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtggtgatgg 24477726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 358 - 434
Target Start/End: Original strand, 24481484 - 24481559
Alignment:
Q  358 ggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtgg 434  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  24481484 ggtggcgacttgtatacatatggtgg-ggtggtgatggagatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtgg 24481559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 242
Target Start/End: Original strand, 24481492 - 24481559
Alignment:
Q  174 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtgg 242  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||| |||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  24481492 cttgtatacatatggtggggt-ggtgatggagatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtgg 24481559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 267
Target Start/End: Original strand, 24482195 - 24482247
Alignment:
Q  215 gtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 267  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24482195 gtggtgatttatagacataaggaggtggtggtgatggagatggtggtggtgga 24482247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 267
Target Start/End: Original strand, 24406392 - 24406486
Alignment:
Q  173 tcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 267  Q
    ||||||||| ||| || || || |||||||| || |||||  ||||||||||  ||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24406392 tcttgtagatataaggaggtggcggtgaaggcgaaggaggtggtggtgacttaaagacataaggtggaggaggtgaaggagatggtggaggtgga 24406486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 267
Target Start/End: Original strand, 24406494 - 24406588
Alignment:
Q  173 tcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 267  Q
    ||||||||| ||| || || || |||||||| || |||||  ||||||||||  ||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24406494 tcttgtagatataaggaggtggcggtgaaggcgaaggaggtggtggtgacttaaagacataaggtggaggaggtgaaggagatggtgggggtgga 24406588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 56
Target Start/End: Original strand, 24421350 - 24421388
Alignment:
Q  18 agatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggagg 56  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  24421350 agatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggagg 24421388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 181 - 323
Target Start/End: Original strand, 24477197 - 24477339
Alignment:
Q  181 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacat 280  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| ||| |  | ||||| || |||||||| || || |||||| | || |||||||||||   ||| |||||||    
T  24477197 acatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaagagacttatatacatatggtggagggggtgagtgtgacggtggtggtggggacttgtagacat 24477296  T
Q  281 atggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgta 323  Q
    | ||||  |||||| |||| || ||||| ||||||||||||||    
T  24477297 aaggtgaaggaggggaaggggatggaggtggtggtgatttgta 24477339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 307 - 368
Target Start/End: Original strand, 24476993 - 24477054
Alignment:
Q  307 ggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggactt 368  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  24476993 ggaggtggtgacttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgactt 24477054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 158
Target Start/End: Original strand, 24477074 - 24477123
Alignment:
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggaga 158  Q
    |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  24477074 gatggtgggggtggagatttgtaaacatatggaggtggtggggatggaga 24477123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 24470853 - 24470813
Alignment:
Q  18 agatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggagggg 58  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  24470853 agatggaggaggtggtgacttatatacatatggtggagggg 24470813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 239
Target Start/End: Original strand, 24477092 - 24477156
Alignment:
Q  175 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggagg 239  Q
    ||||| |||||||| || || || || |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  24477092 ttgtaaacatatggaggtggtggggatggagatggaggaggtggtgccttatagacatatggagg 24477156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 376 - 436
Target Start/End: Original strand, 24481334 - 24481394
Alignment:
Q  376 tatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 436  Q
    ||||||| ||||||||| || || ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  24481334 tatggaggaggtggtgatggtgagggtggaggaggtgactcataaacataaggtggtggtg 24481394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 352 - 392
Target Start/End: Original strand, 24481852 - 24481892
Alignment:
Q  352 ggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtga 392  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24481852 ggaggtgggggtgacttgtacacatatggaggaggtggtga 24481892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 351 - 391
Target Start/End: Original strand, 24482157 - 24482197
Alignment:
Q  351 tggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtg 391  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24482157 tggaggaggtggtgacttgtacacatatggaggaggtggtg 24482197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 7)
Name: scaffold0879
Description:

Target: scaffold0879; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 4615 - 4425
Alignment:
Q  19 gatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggagg-ggtg-----gatggaggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatg 112  Q
    ||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||     ||||||||||| |||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4615 gatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgatg 4516  T
Q  113 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaagg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4515 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaagg 4425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 100 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 4624 - 4431
Alignment:
Q  100 ggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtg 199  Q
    ||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||  |||| ||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  4624 ggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtg 4525  T
Q  200 aaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagg 293  Q
    | || ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4524 agggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagg 4431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 4807 - 4485
Alignment:
Q  19 gatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggaggggtggatggaggtggcggtggc------tcataaacatacggtgggggaggagagggtgatg 112  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||       | ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4807 gatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatg 4708  T
Q  113 gtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggagg 212  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| || || |||||||| || ||| |||| ||   |||||| | |||||| || || || || || ||||| ||    
T  4707 gtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtgg 4608  T
Q  213 acgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggt 312  Q
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||   ||| || |||||||||||||||||  | || || || |||||     
T  4607 tggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgatggtggagga 4508  T
Q  313 ggtgatttgtagacatgtggagg 335  Q
    || || |||||||||| ||||||    
T  4507 ggagacttgtagacatatggagg 4485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 4816 - 4474
Alignment:
Q  100 ggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtg 199  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || |||||||| ||  |||| ||    || || ||||||||||||||||| |    
T  4816 ggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggagggg 4717  T
Q  200 aaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaagg 299  Q
    | || ||||| ||| | || |||||||| | |||||| || || ||||| || ||||||||||||||   ||| || | |||||| || || ||  | ||    
T  4716 agggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatgg 4617  T
Q  300 agacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagat 399  Q
     || || || |||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||| |  || |||||||| |||    
T  4616 ggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgat 4517  T
Q  400 ggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 442  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  4516 ggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatg 4474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 174 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 4694 - 4437
Alignment:
Q  174 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 273  Q
    |||||| | ||||||||| || ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| | |||||||||||| || || || ||||||||||||||   |||     
T  4694 cttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttg 4595  T
Q  274 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 373  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| || ||||| |||||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||| | ||||| || || || |||||||| |    
T  4594 tagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtaga 4495  T
Q  374 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  4494 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 4437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 106 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 4858 - 4533
Alignment:
Q  106 ggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggag 205  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| | || ||   |||||||||||||||||| || || || ||||    
T  4858 ggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggag 4759  T
Q  206 atggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacgg 305  Q
    |||| ||  ||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||  ||| || | ||||||||| || ||  | || || ||    
T  4758 atgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatgg 4659  T
Q  306 aggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggt 405  Q
     || ||||| || ||||| | || |||||| || |||||  | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||    
T  4658 tggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggt 4559  T
Q  406 ggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
    || || ||||| || ||||| |||||    
T  4558 ggtggtgacttgtaaacatatggtgg 4533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 196 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 4864 - 4644
Alignment:
Q  196 ggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggga 295  Q
    |||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||   ||| |||||||||||||| || |||     
T  4864 ggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggaggggggg 4765  T
Q  296 aaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgaggg 395  Q
    | ||||| || || ||||||||||| || |||| ||| || ||||| ||| | ||||| || || || |||||||| | |||||| | ||| ||||| ||    
T  4764 atggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatgg 4665  T
Q  396 agatggtggtggaggagactt 416  Q
     ||||||||||| || |||||    
T  4664 ggatggtggtggtggggactt 4644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 109 - 266
Target Start/End: Original strand, 41900280 - 41900437
Alignment:
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||   ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  41900280 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaag 41900379  T
Q  209 gaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    ||||  ||||||||||||| | ||| || || || ||||| || ||||||||||||||    
T  41900380 gaggtggtggtgacttgtaaatataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtgg 41900437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 124 - 421
Target Start/End: Original strand, 41899959 - 41900256
Alignment:
Q  124 gacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgact 223  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| |||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| || |    
T  41899959 gacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtggagagt 41900058  T
Q  224 tgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgta 323  Q
    |||||||||| | | | ||  | || | | |||||||||| |||   || || |||||||| || || ||  ||||||| ||||| || || ||||||||    
T  41900059 tgtagacataagaaaggggtagcgatgcatatggtggtggaggagatttgtaaacatatggaggcggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgta 41900158  T
Q  324 gacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttataga 421  Q
    |||||  || || ||||| ||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||| || | ||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  41900159 gacatacggtggaggaggtgagggagaaggatgtggtggtgacttgtgcacataaggcggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaga 41900256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 112 - 431
Target Start/End: Original strand, 41899851 - 41900170
Alignment:
Q  112 ggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggag 211  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || || ||| | ||||||  ||||||  ||||||| || || ||||| || || || |    
T  41899851 ggtggaggtggagacttgtaaacatatggaggaggcggtgaaggtgatggtgggggaggagacttgtacgcatatggaggagggggtgacggggaaggcg 41899950  T
Q  212 gacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggagg 311  Q
    |  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||   ||| |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||    
T  41899951 gtggtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtggaggtgaaggagagggaggagg 41900050  T
Q  312 tggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggagga 411  Q
    ||| || ||||||||||  | | | ||  | ||   | |||| ||||| || || ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || |||||||||    
T  41900051 tggagagttgtagacataagaaaggggtagcgatgcatatggtggtggaggagatttgtaaacatatggaggcggtggtgaaggagagggaggtggagga 41900150  T
Q  412 gacttatagacataaggtgg 431  Q
    || || |||||||| |||||    
T  41900151 gatttgtagacatacggtgg 41900170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 109 - 267
Target Start/End: Original strand, 41900472 - 41900630
Alignment:
Q  109 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatg 208  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||||||||||| ||  ||||||||   |||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  41900472 gatggtggaggaggagacttatagacatacttaggttgtggtgatggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggcggaggaggtgaaggagagg 41900571  T
Q  209 gaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 267  Q
    ||||  |||||||||| || | ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||    
T  41900572 gaggtggtggtgacttataaatataaggtggaggtggtgaaggagatggtggtggtgga 41900630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 110 - 266
Target Start/End: Original strand, 41900089 - 41900245
Alignment:
Q  110 atggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatgg 209  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||   ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||    
T  41900089 atggtggtggaggagatttgtaaacatatggaggcggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatacggtggaggaggtgagggagaagg 41900188  T
Q  210 aggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    | |  ||||||||||||  ||||| || || || ||||| || ||||||||||||||    
T  41900189 atgtggtggtgacttgtgcacataaggcggaggtggtgatggggatggtggtggtgg 41900245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 355 - 434
Target Start/End: Original strand, 41899950 - 41900029
Alignment:
Q  355 ggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtgg 434  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||    
T  41899950 ggtggtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtgg 41900029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 106 - 267
Target Start/End: Original strand, 41899893 - 41900054
Alignment:
Q  106 ggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggag 205  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| || ||||| || |||||  |||| ||   |||||| |||||||| || || ||||| || |    
T  41899893 ggtgatggtgggggaggagacttgtacgcatatggaggagggggtgacggggaaggcggtggtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgaggggg 41899992  T
Q  206 atggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 267  Q
    | || ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||    
T  41899993 aaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtgga 41900054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 220 - 425
Target Start/End: Original strand, 41900295 - 41900500
Alignment:
Q  220 gacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||   || |||||||||||||| ||| |  ||||||| ||||| |||||||| |    
T  41900295 gacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaaggaggtggtggtgact 41900394  T
Q  320 tgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttata 419  Q
    |||| | ||  || || || || ||  | ||||| ||||||||||||||||| |  || | |   ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  41900395 tgtaaatataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtagatgtaagaaaggggtagtgatgcagatggtggaggaggagacttata 41900494  T
Q  420 gacata 425  Q
    ||||||    
T  41900495 gacata 41900500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 183 - 427
Target Start/End: Original strand, 41899826 - 41900070
Alignment:
Q  183 atatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatat 282  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |||  ||| ||  |||||    
T  41899826 atatggtggaggaggtgaagaagaaggtggaggtggagacttgtaaacatatggaggaggcggtgaaggtgatggtgggggaggagacttgtacgcatat 41899925  T
Q  283 ggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggag 382  Q
    || || || ||  | || || || || ||||| || ||||| |||| |||||| || || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  41899926 ggaggagggggtgacggggaaggcggtggtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtg 41900025  T
Q  383 aaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataag 427  Q
      || ||||| ||||| || || || ||||| || ||||||||||    
T  41900026 gtggaggtgaaggagagggaggaggtggagagttgtagacataag 41900070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 421
Target Start/End: Original strand, 41900279 - 41900448
Alignment:
Q  252 agatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagat 351  Q
    ||||||||| || |||  ||| ||||||||||| || || ||  ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||| || ||| | ||  ||||     
T  41900279 agatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaa 41900378  T
Q  352 ggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttataga 421  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| || | ||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  41900379 ggaggtggtggtgacttgtaaatataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaga 41900448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 298 - 413
Target Start/End: Original strand, 41900517 - 41900632
Alignment:
Q  298 ggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggag 397  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||||||| ||| || ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| || | ||| || | ||||||||| ||||    
T  41900517 ggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggcggaggaggtgaaggagagggaggtggtggtgacttataaatataaggtggaggtggtgaaggag 41900616  T
Q  398 atggtggtggaggaga 413  Q
    |||||||||| |||||    
T  41900617 atggtggtggtggaga 41900632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 149 - 266
Target Start/End: Original strand, 41900272 - 41900389
Alignment:
Q  149 gtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtga 248  Q
    |||||| ||| ||| | ||||||  ||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||  | || || |||||||||||||| || ||| ||||    
T  41900272 gtgatgcagatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtga 41900371  T
Q  249 gggagatggtggtggtgg 266  Q
     ||||| || ||||||||    
T  41900372 aggagaaggaggtggtgg 41900389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 431
Target Start/End: Original strand, 41900295 - 41900362
Alignment:
Q  364 gacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 431  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  41900295 gacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtgg 41900362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 254
Target Start/End: Original strand, 41900016 - 41900185
Alignment:
Q  85 acatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacat 184  Q
    ||||| ||||| ||||| || || || || ||||| ||||| ||||||||||| | | | ||| | |||| | | ||| ||||||||   ||||| ||||    
T  41900016 acatatggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtggagagttgtagacataagaaaggggtagcgatgcatatggtggtggaggagatttgtaaacat 41900115  T
Q  185 atggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggaga 254  Q
    |||| || || ||||||||||| |||||  | || || ||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  41900116 atggaggcggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatacggtggaggaggtgagggaga 41900185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 97 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 11879764 - 11879445
Alignment:
Q  97 ggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggag 196  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||  ||||||    |||||||| || |    
T  11879764 ggaggggagggtgagggtggtgggggagacttgtagtaatatggtggtggaggtgagggagatggtggtggaggagacttgtaatagtatggtggtggtg 11879665  T
Q  197 gtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaa 296  Q
    | ||||| || || ||  | || || ||||||   || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||   |||||||| || ||| |    
T  11879664 gggaaggtgagggtggtggaggagatttgtagtagtaaggaggtggaggtgaaggagaaggtggtggaggactcttgtagtagtatggtggtggtgggga 11879565  T
Q  297 aggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgaggga 396  Q
    ||| || || || |||||||| ||||| ||||  ||||| || || ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||    
T  11879564 aggtgagggtggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaagga 11879465  T
Q  397 gatggtggtggaggagactt 416  Q
    | ||||||||| || |||||    
T  11879464 gttggtggtggtggtgactt 11879445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11902225 - 11902069
Alignment:
Q  280 tatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatg 379  Q
    ||||||||||| ||| |||| || || || |||||||| ||||| || |  ||||| || || ||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  11902225 tatggtgggggcggggaaggcgagggtggtggtggtgacttgtacacgtaaggaggtgggggtgatggggatggaggtggtggtgacttgtacacataag 11902126  T
Q  380 gagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 436  Q
    |||  |  ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  11902125 gaggtgacggtgaaggagatggtggtggtggtgacttgtatacataaggaggtggtg 11902069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 355 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11879554 - 11879473
Alignment:
Q  355 ggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 436  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  11879554 ggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtg 11879473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 11902450 - 11902281
Alignment:
Q  103 gagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaag 202  Q
    |||||||| ||||| |  ||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||  ||||||    |||||||||||||| ||||    
T  11902450 gagggtgaaggtggtgtgggagacttgtagtaatatggaggaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttgtaatagtatggtgggggaggggaag 11902351  T
Q  203 gagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctt 272  Q
    | || || ||  | || || || |||   || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  11902350 gtgagggtggtggaggcgatttatagtagtaaggaggtggaggtgaaggagagggtggtggaggactctt 11902281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 375 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 11902418 - 11902377
Alignment:
Q  375 atatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 416  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902418 atatggaggaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 11902377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 267
Target Start/End: Original strand, 52821302 - 52821478
Alignment:
Q  91 ggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtg 190  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||   || |||||||| ||||| ||||| ||| |||||||   |||||||   || || |    
T  52821302 ggtggaggaggtgaaggtgaaggtggtggaggtgacttgtagtagtaaggaggtggaggtgagggagagggtggtggaggtgacttgtagtagtaaggag 52821401  T
Q  191 ggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 267  Q
    | |||||||| ||||| || ||  |||| |||||||||   || || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52821402 gtggaggtgagggagagggtggtggtggggacttgtagtagtaaggtggtggaggtgagggagagggtggtggtgga 52821478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11902222 - 11902047
Alignment:
Q  91 ggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtg 190  Q
    |||||||| || || || || ||||| || || |||||||| || || |||||||| |||||||| || ||  |||| ||   |||||| ||||| || |    
T  11902222 ggtgggggcggggaaggcgagggtggtggtggtgacttgtacacgtaaggaggtgggggtgatggggatggaggtggtggtgacttgtacacataaggag 11902123  T
Q  191 ggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    | |  |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||||    
T  11902122 gtgacggtgaaggagatggtggtggtggtgacttgtatacataaggaggtggtggtgaagaagttggtggtggtgg 11902047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 349 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 11901991 - 11901906
Alignment:
Q  349 gatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtgg 434  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||  |||||||||||||    
T  11901991 gatgggggaggtggtgacttatacacataaggaggaggtggtgagggagacggcggtggtggggacttgtactcataaggtggtgg 11901906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 227
Target Start/End: Original strand, 52821068 - 52821198
Alignment:
Q  97 ggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggag 196  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||   || |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||  |||||||   || ||||| ||||    
T  52821068 ggaggggagggtgagggtggtgggggagacttgtagtagtaaggaggtggaggtgagggagagggtggtggaggagacttgtagtagtaaggtggtggag 52821167  T
Q  197 gtgaaggagatggaggacgtggtgacttgta 227  Q
    |||| ||||| || ||| | || ||||||||    
T  52821168 gtgagggagaaggtggagggggagacttgta 52821198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11879563 - 11879442
Alignment:
Q  106 ggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggag 205  Q
    ||||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||| ||   |||||| ||||| || || || ||||||||||    
T  11879563 ggtgagggtggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggag 11879464  T
Q  206 atggaggacgtggtgacttgta 227  Q
     ||| ||  |||||||||||||    
T  11879463 ttggtggtggtggtgacttgta 11879442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 182 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11902014 - 11901930
Alignment:
Q  182 catatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 266  Q
    |||||||||| || ||||| |  ||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  11902014 catatggtggtgggggtgacgaggatgggggaggtggtgacttatacacataaggaggaggtggtgagggagacggcggtggtgg 11901930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 11902366 - 11902278
Alignment:
Q  91 ggtgggggaggagagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagtggaggactcttgta 179  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || || |||   || |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  11902366 ggtgggggaggggaaggtgagggtggtggaggcgatttatagtagtaaggaggtggaggtgaaggagagggtggtggaggactcttgta 11902278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 352 - 416
Target Start/End: Original strand, 52821035 - 52821099
Alignment:
Q  352 ggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 416  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||| ||| || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  52821035 ggaggtggtggggacttgtaataatatggaggaggaggggagggtgagggtggtgggggagactt 52821099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1918 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold1918
Description:

Target: scaffold1918; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 232 - 267
Target Start/End: Original strand, 16 - 51
Alignment:
Q  232 tatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16 tatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 51  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1918; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 263
Target Start/End: Original strand, 425 - 506
Alignment:
Q  182 catatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 263  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |  || || ||||||||||| || ||||| |||||    
T  425 catatggtggtggaggtgacggtgatggaggtggtggtgacttgtaaatgtaaggtggtggaggtgatggtgatggaggtgg 506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University