View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13831_low_1 (Length: 1005)

Name: NF13831_low_1
Description: NF13831
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13831_low_1
NF13831_low_1
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (1-664)||(74354-75017)
scaffold0007 (739-987)||(74106-74354)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (6-987)||(617753-618733)
chr3 (856-979)||(616915-617043)
chr3 (856-987)||(617471-617607)
chr3 (874-987)||(617330-617448)
chr3 (839-979)||(617620-617765)
chr3 (856-987)||(617189-617325)
chr3 (839-979)||(617056-617201)
chr3 (856-931)||(616686-616761)
chr3 (877-931)||(616827-616881)
[»] chr6 (48 HSPs)
chr6 (4-987)||(29470839-29471827)
chr6 (30-946)||(29767448-29768360)
chr6 (1-930)||(29662985-29663922)
chr6 (4-931)||(29689443-29690363)
chr6 (4-507)||(28487733-28488230)
chr6 (4-507)||(29800145-29800642)
chr6 (685-987)||(29756577-29756884)
chr6 (4-508)||(29718626-29719130)
chr6 (685-979)||(28488438-28488743)
chr6 (685-979)||(29800850-29801155)
chr6 (102-463)||(29756007-29756367)
chr6 (685-979)||(29719292-29719591)
chr6 (102-339)||(29712088-29712319)
chr6 (4-336)||(29671554-29671884)
chr6 (839-987)||(29719587-29719740)
chr6 (859-987)||(29712350-29712483)
chr6 (839-983)||(29801151-29801300)
chr6 (856-987)||(29719886-29720022)
chr6 (856-974)||(29720732-29720855)
chr6 (856-974)||(29720873-29720996)
chr6 (856-987)||(29672338-29672474)
chr6 (823-931)||(29690462-29690570)
chr6 (848-987)||(29757022-29757166)
chr6 (843-931)||(29757299-29757387)
chr6 (823-931)||(29768585-29768693)
chr6 (839-937)||(28488739-28488837)
chr6 (856-987)||(29720168-29720304)
chr6 (823-931)||(29768378-29768486)
chr6 (877-987)||(29690582-29690697)
chr6 (856-931)||(29705023-29705098)
chr6 (823-936)||(29470613-29470726)
chr6 (843-987)||(29757158-29757307)
chr6 (868-987)||(29671927-29672051)
chr6 (856-987)||(29720450-29720586)
chr6 (856-931)||(29721296-29721371)
chr6 (856-937)||(29712629-29712710)
chr6 (887-946)||(29768508-29768567)
chr6 (887-946)||(29768715-29768774)
chr6 (856-926)||(29721155-29721225)
chr6 (823-936)||(29664105-29664218)
chr6 (839-920)||(29690685-29690766)
chr6 (839-931)||(29672039-29672131)
chr6 (841-933)||(29672464-29672556)
chr6 (715-773)||(29470776-29470834)
chr6 (839-937)||(29712757-29712855)
chr6 (856-926)||(29720309-29720379)
chr6 (956-985)||(29672161-29672190)
chr6 (856-937)||(29721014-29721095)
[»] scaffold0012 (6 HSPs)
scaffold0012 (141-979)||(209615-210441)
scaffold0012 (740-987)||(236499-236751)
scaffold0012 (839-987)||(236739-236892)
scaffold0012 (4-144)||(208920-209060)
scaffold0012 (856-987)||(236897-237033)
scaffold0012 (839-931)||(237021-237113)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (33-508)||(12591757-12592233)
chr8 (639-926)||(12591378-12591665)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (823-936)||(5920666-5920779)
chr1 (801-936)||(5919939-5920074)
chr1 (205-504)||(5918746-5919045)
chr1 (839-936)||(5921105-5921202)
chr1 (825-937)||(5920104-5920216)


Alignment Details
Target: scaffold0007 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 75017 - 74354
Alignment:
Q  1 gaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  75017 gaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccg 74918  T
Q  101 gaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaataca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74917 gaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaataca 74818  T
Q  201 ttacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74817 ttacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaat 74718  T
Q  301 cccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74717 cccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcaatagatttaggaagaactgtgaattgattttca 74618  T
Q  401 gttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74617 gttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgaaaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtg 74518  T
Q  501 aagattgctttgggctcacttttctttcacccttgatgataaattcagccagcagtgacaatgcaacaactctatttggtaaataaacagttccacattt 600  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74517 aagattgcttcgggctcacttttctttcacccttgatgataaattcagccagcagcgacaatgcaacaactctatttggtaaataaacagttccacattt 74418  T
Q  601 gcatggatatgatgttggaggcagagtatgattttcaaatggaaacggcaattcattaaaggga 664  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  74417 gcatggatatgatgttggaagcagagtatgattttcaaatggaaacggaaattcatttaaggga 74354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 739 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 74354 - 74106
Alignment:
Q  739 atatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaac 838  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74354 atatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaacttgagccgagggatattcctatgcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaac 74255  T
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaa 938  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74254 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagcttttcaagcgaatccaacttgagagctggaatactcttgagaa 74155  T
Q  939 tgtaacaaaacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74154 tgtaacaaaacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 74106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 618733 - 617753
Alignment:
Q  6 atggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaacc 105  Q
    ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| | ||||||||||||| | ||  || ||||||   ||||||    
T  618733 atggcaggaaacttgttacgaaaccagaaagaaattgacaatcctgccaaacattggtgattgaaccactctggaattttcgcttgtggcaaatggaacc 618634  T
Q  106 aagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaag---tttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacatt 202  Q
    |||| ||||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  618633 aagtatttccagcctcatgtaattcctattagtcataaataattaatgtaaaatttttaactatatcaagaataatatcaattatcatatcaaatgcata 618534  T
Q  203 aca-----aaata-aatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggag 296  Q
    |||     ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  618533 acacaaaaaaatataatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacgacgaagtcaacgatttgcagtttattgcagataaagattttaagcatggag 618434  T
Q  297 gaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgatt 396  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  618433 gaatcccttcaatttccaaaagttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaagatgacatttttcgatagatttaggaagaactgtgaattgatt 618334  T
Q  397 ttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctact 496  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||     
T  618333 tttagttaggtgtaattctttcacattagcaaacaacataagactttttgacagatattcatctgaaagtttgcagttcctgacacaaatatgctttaca 618234  T
Q  497 tgtgaagattgctttgggctcacttttctttcacccttgatgataaattcagccagcagtgacaatgcaacaactctatttggtaaataaacagttccac 596  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||   ||||  || |||  |||||||||||||   ||||         |  ||||||||||| || |||  |||||    
T  618233 tgtgaagattgcattgcgttcactttctcttcattctggatagtaaattcagccagtcttgac---------atcctatttggtaagtagacatatccac 618143  T
Q  597 atttgcatggatatgatgttggaggcagagtatgattttcaaatggaaacggcaattcattaaagggagttttatcaaagtgaacttttggtatgtttct 696  Q
    | ||      | || ||||| ||||  | ||| |||||| |||||||||||||||||| || | |||||||| ||| ||| | |||  |||||  |||||    
T  618142 agtt------acataatgtttgaggttgtgtaagattttgaaatggaaacggcaattcttttatgggagtttcatccaagaggactcctggtacatttct 618049  T
Q  697 catctctcccaatatttctggaaaactctccagacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagc 796  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  618048 catctctcccaatatttctggaaaactctcaagactataacaacatgaaagattgaaatgttccaacaaagtcaacctgagccgtgggatattcctaagc 617949  T
Q  797 atggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtt 896  Q
    ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  617948 atgatgcaacattcgatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatccaccaccaatggaaaactctcaagactacaacaacatgaaaggtcaagtt 617849  T
Q  897 tttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||     |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  617848 tttctaaagaatccaaattgagaggtgggatactcctgagattgtgacaacttgtaacaagtagggttttaagttttccaagaaacccatccacca 617753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 856 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 617043 - 616915
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||     ||||    
T  617043 tggaaaactttcaagactataacaacatgaaagatcaagtgtttctagtgcatccaacttgagaggtggaatactcttgaggttgtgacaacttttaaca 616944  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaagaaaccc 979  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  616943 agcaaggttttaagttttccaagaaaccc 616915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 856 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 617607 - 617471
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    |||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||| |||||   ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||     ||||    
T  617607 tggaaaattctcgagcctataacaatttgaaaggtcaagttcttctagcaaatccaacttgagaggtggaatactcctgagattgtgacaacttgtaaca 617508  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  617507 cgcagggttttaagttttccaagaaacccgtccacca 617471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 874 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 617448 - 617330
Alignment:
Q  874 ataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagtttt 968  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||| ||| ||||     |||||| |||||||||||||||    
T  617448 ataacaacatgaaaggtcaagtgtttctaaagaatccaacttgagcggtgggatactcttaagattgtgacaacttgtaacaagtaaggttttaagtttt 617349  T
Q  969 ccaagaaacccatccacca 987  Q
    |||||||| || |||||||    
T  617348 ccaagaaaaccgtccacca 617330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 839 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 617765 - 617620
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaa 938  Q
    |||||||| ||||||  ||||||| |||| || |||||||||  |||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||| |||||||||| |||||     
T  617765 aacccatccaccacaagtggaaaactctcgagcctataacaatttgaaaggtcaagtttttcaagtgaatccaactggagaggtggaatactcctgagat 617666  T
Q  939 tgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaaccc 979  Q
    ||| ||||     |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  617665 tgtgacaacttgtaacaagaagggttttaagttttccaagaaaccc 617620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 856 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 617325 - 617189
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||||| |||| |||||||||| | ||| ||| ||||     | ||    
T  617325 tggaaaactctcaagactataacaacatgaaaggtcaaatgtttctagtgaatccaacttaagaggtggaatactcctaagattgtgacaattttcagca 617226  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  617225 agaagggtttcaagttttccaagaaacccatccacca 617189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 839 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 617201 - 617056
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaa 938  Q
    |||||||| |||||  |||||||| |||||||||||  |||| | |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||  |||||     
T  617201 aacccatccaccaccaatggaaaactctcaagactaccacaataagaaaggtcaaatttttctagcgaatccaacttgagaggtggaatacttctgagat 617102  T
Q  939 tgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaaccc 979  Q
    ||  ||||     |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  617101 tgccacaactagtaacaagtagggttttaagttttccaagaaaccc 617056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 856 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 616761 - 616686
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||    
T  616761 tggaaaactctcaagactataacaacatgaaaggttaagtgtttctagcaaatccaacttgagaggtggaatactc 616686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 877 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 616881 - 616827
Alignment:
Q  877 acaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
    |||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||    
T  616881 acaatatgaaaggtcaagtttttctagcaaatccaacttgagaggtggaatactc 616827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 48)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 29471827 - 29470839
Alignment:
Q  4 ctatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaa 103  Q
    ||||| ||||||| || || || || ||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||  ||||||||  |||||    
T  29471827 ctatgacaggaaacttgttcctgaaccagaaagaaatagacaatcctgccaagcattgatggtcgaaccactctggaatccttgttcgtggcaaacggaa 29471728  T
Q  104 ccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaa-tatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacatt 202  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||   ||||  | |    
T  29471727 ccaagtgtttcctgcctcatgtaattcctggtagtcataaattattaatgtaagtttaacctatatcaagaagaatatcaaata-cattaaaaattaaat 29471629  T
Q  203 acaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatcc 302  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  29471628 acaaaatatatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacggtgaggtcaatgatttgcagtttaatgcagataatgtttttaagcatggtggaatcc 29471529  T
Q  303 cttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagt 402  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| | ||||| ||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| || ||| |    
T  29471528 cttcaatttcctgaagttcctcacagttatccaggacaagcctctgtaaaaaatgacatttttcgatagattttggaagaattttgaattggttatcact 29471429  T
Q  403 taggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaa 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  29471428 taggtgtaattctttcacattagtaaacaacatgagacccgttgacaaatattcatctgaaaatttgcagttcctcagacaaatatattctacatgtgaa 29471329  T
Q  503 gattgctttgggctcacttttctttcacccttgatgataaattcagccagcagtgacaatgcaacaactctatttggtaaataaacagttccacatttgc 602  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||||   |||||   || || ||||||| | ||||||||||  |||||| || |    
T  29471328 gattgcattgggctcactttttcttcagcctggatggtaaattcagccagttttgacatcacagcagctctattcgataaataaacaactccacagttac 29471229  T
Q  603 atggatatgatgttggaggcagagtatgattttcaaatggaaacggcaattcattaaagggagttttatcaaagtgaacttttggtatgtttctcatctc 702  Q
    || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |  | | |||| ||||| ||||||| || || ||| ||  |||||||    
T  29471228 attgatataatgtttgaggcggagtaagattttgaaatggaaacggcaattcttgtatgagagtattatccaagtgaatttctgttatattattcatctc 29471129  T
Q  703 tcccaatatttctggaaaactctccagacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagcatggtg 802  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || || | ||||| ||||||||||||  ||||||| || ||||||  ||||   |||||| || ||||| ||  |    
T  29471128 tcccaatatttttggaaatctctctaggctcagacaatgtgaaagattgaaccgttccaatgaggtcaacctgagcgatgggatactcgtaagcttgacg 29471029  T
Q  803 caatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttcta 902  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  29471028 caatgttccatactcaagaatttaagtttatccaacaacccatccaccacagttggaaaactctcgagactataacaatgtgaaaggtcaagcttttcta 29470929  T
Q  903 aagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    | ||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||  ||||     |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29470928 atgaatccaacctgagaggtggaatactcctgagattgcgacaatatttaacaagtaggattttaagttttccaagaaacccatccacca 29470839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 30 - 946
Target Start/End: Original strand, 29767448 - 29768360
Alignment:
Q  30 cagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgatt 129  Q
    |||||||||||||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||  || |||| ||| ||||| || |||||| |||    
T  29767448 cagaaagaaattgactttcctgcctcgcattggtggtcgaaccactctggaatctttgcacgtggcaaacgaaaccgagtatttccagcctcatgtaatt 29767547  T
Q  130 cctgttaatcataaataattaatgt-aagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacattacaaaataaatcacaacctgatttag 228  Q
     || ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||  |||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  29767548 tctattagtcataaataattaatgttaagtttaactatatcaagaaaaatataaaata-cattacaaataaaa-acaaaataaatcataacctgatttag 29767645  T
Q  229 taattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaa 328  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||   | |||||||||||||||||||||  ||||||  || ||||| ||||    
T  29767646 taatttgcttttgcacgacgaagtcaata---tgcagtttagtgcagataactctcttaagcatggaggaatccctttcatttccataagttccttacaa 29767742  T
Q  329 tcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaa 428  Q
    ||||||||||| |   |||||||||| | |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||   | ||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  29767743 tcatccaagacgattttccataaaaattgacatttttcaatagatttaggaataactgtgaattgacagttagttatgtgtagttctttcacattagcaa 29767842  T
Q  429 acaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaagattgctttgggctcacttttctttc 528  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||| || || ||| ||||  |||    
T  29767843 acaacatgagacttattgacagatattcatctgaaagtttgcagttcctgacacaaatatactttacatgtgaagattgcatttggttcattttttcttc 29767942  T
Q  529 acccttgatgataaattcagccagcagtgacaatgcaacaactctatttggtaaataaacagttccacatttgcatggatatgatgttggaggcagagta 628  Q
    | |||||||| ||| |||||||     |||||   ||||| |||||||||||||     ||  |||||| |  |||| |    || || ||||| |||||    
T  29767943 agccttgatggtaagttcagccgattctgacatcacaacatctctatttggtaagcggccatatccacagtcacatgaaacaaatctttgaggctgagta 29768042  T
Q  629 tgattttcaaatggaaacggcaattcattaaagggagttttatcaaagtgaacttttggtatgtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctcca 728  Q
     || ||| |||| |||| || ||||| || | |||||||| ||| ||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29768043 agagtttgaaattgaaatggaaattcttttatgggagtttcatccaagtggagtcttggtatatttctcatctctcccaatatttctggaaaactctcaa 29768142  T
Q  729 gacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaag 828  Q
    | ||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||| |     
T  29768143 gcctataacaacatgaaagattgaaatgttccaacgaagtcaggctgagccgtgggatattcctaagcatgatgcagtttacaatattcaagaatttcaa 29768242  T
Q  829 tttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaata 928  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||| ||  ||||||||  |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  29768243 tttatccaacaacccatccaccacacttggaaagctctcgagcttataacaatctgaaaggtcaagtttttcaagtgaatccaacttgagagctggaata 29768342  T
Q  929 ctcttgagaatgtaacaa 946  Q
     || ||||| ||| ||||    
T  29768343 ttcctgagattgtgacaa 29768360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 930
Target Start/End: Original strand, 29662985 - 29663922
Alignment:
Q  1 gaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccg 100  Q
    |||||||||||||||| || || |  || ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||  ||    
T  29662985 gaactatggcaggaaacttgttacggaaccagaatgaaattgacaatcctgccaagccttggtggtcgaatcactctggaatctttgctcatggcaaacg 29663084  T
Q  101 gaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaataca 200  Q
    ||||| |||||||||||| |||||  |||||| ||| |||  || |||||| ||  ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  29663085 gaaccgagtgtttcctgcctcatgcaattcctattactca--aacaattaacgtttgtttaaccatatcaagaagaataacgattatcatatcaaataca 29663182  T
Q  201 tta----------caaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagc 290  Q
    |||          ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||||||| |  |||||||| | ||||||||    
T  29663183 ttaacaataaaaacaaaataaatcattacctgacttagtaatttgcttttgcatgacgaagacagcgatttgcagttaaaagcagataatgattttaagc 29663282  T
Q  291 atggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaa 390  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||  |||||    
T  29663283 atggtggaatccctttaatttcctgaagttccttacaattatccaagacaggcctccataaaaaatgacatttttcgaaagatttaggaagaaacgtgaa 29663382  T
Q  391 ttgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatat 490  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||| || ||| || || || ||||||||||||    
T  29663383 ttgactttcatttaggtgtaattctttcacattagcaaacaacatgagacctattgacaagtactcatctggaacttttcaatttctaagacaaatatat 29663482  T
Q  491 tctacttgtgaagattgctttgggctcacttttctttcacccttgatgataaattcagccagcagtgacaatgcaacaactctatttggtaaataaacag 590  Q
    ||||| ||| |||||||  | ||| ||||||||  |||| ||| |||| || ||||  ||||   |||||  |||  |   ||| |||||||  |||||     
T  29663483 tctacgtgtaaagattggatcgggatcactttttgttcagcctggatggtacattccaccagttttgacatcgcataattactagttggtaaggaaacaa 29663582  T
Q  591 ttccacatttgcatggatatgatgttggaggcagagtatgattttcaaatggaaacggcaattcattaaagggagttttatcaaagtgaacttttggtat 690  Q
     |||||| || ||||||||| || ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || | |||||| |  || |||| ||  |||| ||     
T  29663583 atccacagttacatggatat-atttt--aggcagagtaagattttgaaatggaaacggcaattcttttatgggagtatattccaagttaaggtttgttac 29663679  T
Q  691 gtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccagacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaac---tcgagccgagggata 787  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||||||     |||| | || |||    
T  29663680 atttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccagacttagacaatatgaaagatcaaacaatttcaacgaagtcaaccagctgagcggtggaata 29663779  T
Q  788 ttcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaa 887  Q
     |||||| ||||   |||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||  ||||||    |||||| |||||||| ||||||    
T  29663780 ctcctaatcatgacacaatgtttaatactcaagaattcaagtttatccaacaacccatccacaacatctggaaagccatcaagattataacaatatgaaa 29663879  T
Q  888 ggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatact 930  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  29663880 ggtcaagttcttctagcgaatccaacttgagaggtggaatact 29663922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 4 - 931
Target Start/End: Original strand, 29689443 - 29690363
Alignment:
Q  4 ctatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaa 103  Q
    |||||| |||||| || || | ||| |||||||||| ||||| |||| ||  |||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||  |  ||    
T  29689443 ctatggaaggaaacttgttacaaaaccagaaagaaactgacattcctgcctcgcattggtggtcaaaccactctggaatctttgcccgtggcaaacaaaa 29689542  T
Q  104 ccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacatta 203  Q
    || ||||||||| || |||||| ||| |||||| |||||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||||  || ||   || |||||  |  |    
T  29689543 ccgagtgtttccagcctcatgtaatttctgttattcataaatta--aatgtaagtttaacgatatcaagaagaatagaaaatacagta-caaatttaaaa 29689639  T
Q  204 caaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatccc 303  Q
      |||||||| | ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||   |||||||||| |||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  29689640 ataaataaat-ataacctgatttagtaaattgcttttgcatgacgaagtcaat---ttgcagtttactgcagataactctcttaagcatggaggaatccc 29689735  T
Q  304 ttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagtt 403  Q
    || |||||||  || ||||| ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| | | | ||||    
T  29689736 tttaatttcctcaagttccttacaatcatccaagaccagtttccatagaaaattacatttttcaatagatttaggaataactgtgaatttactgttagtt 29689835  T
Q  404 aggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaag 503  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||| | ||| |||||||    
T  29689836 aggtgtaattctttcacattagcaaacaacatgagagtttttgacagatattcatctgaaagtttgcatttcttcacacaaatatactttacatgtgaag 29689935  T
Q  504 attgctttgggctcacttttctttcacccttgatgataaattcagccagcagtgacaatgcaacaa-ctctatttggtaaataaacagttccacatttgc 602  Q
    ||||  ||||||||| ||||   ||  |||  |||   | ||||||||    ||||| |  || || |||||||||| ||  ||  |  |||||| || |    
T  29689936 attgtattgggctcattttttcctcggcctgaatggagagttcagccatttttgaca-tcaaagaagctctatttggaaagcaagaatgtccacagttac 29690034  T
Q  603 atggatatgatgttggaggcagagtatgattttcaaatggaaacggcaattcattaaagggagttttatcaaagtgaacttttggtatgtttctcatctc 702  Q
    |||||||  ||||| | ||| | ||| |||||| |||||||||||| ||||| || | |||||||| ||| ||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  29690035 atggataatatgtttggggctgtgtaagattttgaaatggaaacggtaattcttttatgggagtttcatccaagtggagtcttggtatatttctcatctc 29690134  T
Q  703 tcccaatatttctggaaaactctccagacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagcatggtg 802  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||| ||    
T  29690135 tcccaatatttctggaaaactctcaagcctataacaacatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaaactgagccgtgggatattcctaagcatgatg 29690234  T
Q  803 caatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttcta 902  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||| ||||||  |||| ||  ||||||||  |||||||| |||| ||||||    
T  29690235 caattttcaatattcaagaatttcaatttatccaacaacccatccacaacacttggaaagctctcgagcttataacaatctgaaaggttaagtgtttcta 29690334  T
Q  903 aagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
      |||||||||||||||| ||||||||||    
T  29690335 gtgaatccaacttgagagatggaatactc 29690363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 4 - 507
Target Start/End: Original strand, 28487733 - 28488230
Alignment:
Q  4 ctatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaa 103  Q
    ||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||| |||||    ||||||  |||||    
T  28487733 ctatggcaggaaacttgttaagaaaccagaaagaaattgacaatcctgcctcgctttggtggtcgaaccactctggaatctttgtctgtggcaaacggaa 28487832  T
Q  104 ccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacatta 203  Q
    ||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    |||||| ||||||||||| || |||  |||||| ||      
T  28487833 ccaagtgtttccatcctcatgtaattcctgttagtcataaataattaatttaagtcta----tatcaataagaatatcaaata-cattacaaata-atag 28487926  T
Q  204 caaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatccc 303  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |||| | |||||||| || |||||||| ||| |||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||||| ||||    
T  28487927 caaaataaatcataacctgctttactaatatgcttttgcatgaagaagtcaacgatatgcaatttagtgcagataacatttttaagcttggaggattccc 28488026  T
Q  304 ttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagtt 403  Q
    || ||||||| |||  ||||  ||||||||||| || ||  |||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  28488027 tttaatttcctgaagatccttgcaatcatccaaaacgagtttccacaaaaaatgacatttttcaatagatttaggaagaactgtgaattgaatgttagtt 28488126  T
Q  404 aggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaag 503  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| | ||| |||| ||    
T  28488127 aggtgtaattctttcacattagcaaacaacatgagatttagtgacagatattcatctgaaagtttgcagtccctgatgcaaatatactttacatgtgcag 28488226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 4 - 507
Target Start/End: Original strand, 29800145 - 29800642
Alignment:
Q  4 ctatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaa 103  Q
    ||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||| |||||    ||||||  |||||    
T  29800145 ctatggcaggaaacttgttaagaaaccagaaagaaattgacaatcctgcctcgctttggtggtcgaaccactctggaatctttgtctgtggcaaacggaa 29800244  T
Q  104 ccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacatta 203  Q
    ||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    |||||| ||||||||||| || |||  |||||| ||      
T  29800245 ccaagtgtttccatcctcatgtaattcctgttagtcataaataattaatttaagtcta----tatcaataagaatatcaaata-cattacaaata-atag 29800338  T
Q  204 caaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatccc 303  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |||| | |||||||| || |||||||| ||| |||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||||| ||||    
T  29800339 caaaataaatcataacctgctttactaatatgcttttgcatgaagaagtcaacgatatgcaatttagtgcagataacatttttaagcttggaggattccc 29800438  T
Q  304 ttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagtt 403  Q
    || ||||||| |||  ||||  ||||||||||| || ||  |||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  29800439 tttaatttcctgaagatccttgcaatcatccaaaacgagtttccacaaaaaatgacatttttcaatagatttaggaagaactgtgaattgaatgttagtt 29800538  T
Q  404 aggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaag 503  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| | ||| |||| ||    
T  29800539 aggtgtaattctttcacattagcaaacaacatgagatttagtgacagatattcatctgaaagtttgcagtccctgatgcaaatatactttacatgtgcag 29800638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 685 - 987
Target Start/End: Original strand, 29756577 - 29756884
Alignment:
Q  685 tggtatgtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccagacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgaggg 784  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||  |||||| |||    
T  29756577 tggtatatttctcatttcccccaatatttctggaaaactctcgagactataacaacatgaaagattgaaatattccaatgaagtcaacctgagccgtggg 29756676  T
Q  785 atattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatg 884  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||    
T  29756677 atattcctaagcatgatgcaacattcaatattcaaaaatttaagtttatccaacaacccatccaccacacatggaaaactctcaagactacagcaacatg 29756776  T
Q  885 aaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaaca-----aaacaagcaaggttttaagttttccaagaaaccc 979  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||      |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29756777 aaaggtcaagtttctctaaagaatccagcttgagaggtgggatactcttgagattgtaacactttctaacaagcagggttttaagttttccaagaaaccc 29756876  T
Q  980 atccacca 987  Q
     |||||||    
T  29756877 gtccacca 29756884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 508
Target Start/End: Original strand, 29718626 - 29719130
Alignment:
Q  4 ctatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtcttt---actcgtggcatccg 100  Q
    |||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||| |||| |||||   || |||||||  ||    
T  29718626 ctatggcaggaaatttgttacgaaaccagaaagaaattgacaatcctgcctcgcatttgtggtcgaaccactttggaatctttggaacccgtggcaaacg 29718725  T
Q  101 gaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaataca 200  Q
     || || |||||||  || |||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||  |||| | |    
T  29718726 aaagcaggtgtttctagcctcatgtaattcctgttagtaaaaaataattaatgtaagtttaactatatcaaaaagaatataaaata-cattacaaacaaa 29718824  T
Q  201 ttacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaat 300  Q
      | ||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||   | |||||| |||||||||    
T  29718825 --aaaaaaagaatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacgacgaagtcaacgatatgcagtgtactgcagataacactcttaagcgtggaggaat 29718922  T
Q  301 cccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttca 400  Q
    ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| | |||||| || ||||||||||||| || ||||| |||||| |      
T  29718923 ccctttaatttcgtgaagttccttacaatcatccaagacaagtttccataaaaattgacatttttcaatagatttaggaataattgtgagttgattgttt 29719022  T
Q  401 gttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagttt-gcagttcctgagacaaatatattctacttgt 499  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | | || |||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| | ||| | |    
T  29719023 gttaggtgtaattctttcacattggcaaacaacataagagtttttgacaataattcatctgaaagtttagca-ttcctgacacaaatatactttacattt 29719121  T
Q  500 gaagattgc 508  Q
    |||||||||    
T  29719122 gaagattgc 29719130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 685 - 979
Target Start/End: Original strand, 28488438 - 28488743
Alignment:
Q  685 tggtatgtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccaga------cttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagc 778  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||      ||  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  28488438 tggtatatttctcatctctcccaatatatctggaaaactctcaagatcaagactataacaacatgaaagattgaaatgttccaaagaagtcaacttgagc 28488537  T
Q  779 cgagggatattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataac 878  Q
    |  ||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  ||||| || ||||| |||| |||||| |||    
T  28488538 catgggatattcctaagcatgacacaacattcaatattcaagaatttcagtttatccagcaacccatcctccacagatagaaaactctcgagactacaac 28488637  T
Q  879 aaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaag 973  Q
    || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||||     |||||| | ||||||||||||||||||    
T  28488638 aatatgaaaggtcaagtttttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactcctgagtttgtgacaacttccaacaagaagggttttaagttttccaag 28488737  T
Q  974 aaaccc 979  Q
    ||||||    
T  28488738 aaaccc 28488743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 685 - 979
Target Start/End: Original strand, 29800850 - 29801155
Alignment:
Q  685 tggtatgtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccaga------cttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagc 778  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||      ||  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  29800850 tggtatatttctcatctctcccaatatatctggaaaactctcaagatcaagactataacaacatgaaagattgaaatgttccaaagaagtcaacttgagc 29800949  T
Q  779 cgagggatattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataac 878  Q
    |  ||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  ||||| || ||||| |||| |||||| |||    
T  29800950 catgggatattcctaagcatgacacaacattcaatattcaagaatttcagtttatccagcaacccatcctccacagatagaaaactctcgagactacaac 29801049  T
Q  879 aaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaag 973  Q
    || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||||     |||||| | ||||||||||||||||||    
T  29801050 aatatgaaaggtcaagtttttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactcctgagtttgtgacaacttccaacaagaagggttttaagttttccaag 29801149  T
Q  974 aaaccc 979  Q
    ||||||    
T  29801150 aaaccc 29801155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 102 - 463
Target Start/End: Original strand, 29756007 - 29756367
Alignment:
Q  102 aaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacat 201  Q
    ||||| || ||||| || |||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||  |||||| |     
T  29756007 aaccatgtttttccagcctcatgtaattcctgttagtcataaacaattaatataagtttaactatatcaagaagaatataaaata-cattacaaataaaa 29756105  T
Q  202 tacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatc 301  Q
     | ||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||    
T  29756106 aagaaaataaatcataacctgatttagcaatttgctcttgcacgacgaagtcaacgacttgcagtttagtgcagataacattcttaagcatggaggaatc 29756205  T
Q  302 ccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcag 401  Q
    |||| ||||||   || | ||  ||||||||||||||  ||  |||| ||||| | ||| || || ||||||||||||| ||||||||| |||||   ||    
T  29756206 cctttaatttctttaagtgccgtacaatcatccaagatgagtttccacaaaaattgacaattttcaatagatttaggaataactgtgaaatgattactag 29756305  T
Q  402 ttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaa 463  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||| ||||||    
T  29756306 ttaagtgtaattctttcacattagcaaacaacataagactttttgacagatattcctctgaa 29756367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 685 - 979
Target Start/End: Original strand, 29719292 - 29719591
Alignment:
Q  685 tggtatgtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccagacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgaggg 784  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||| | || ||| ||||| |||  |||| | |||    
T  29719292 tggtatatttctcatctctcccaatatttctggaaaactctcaagactataacaacatgaaagattgaaatatttcaaagaagttaacctgagctgtggg 29719391  T
Q  785 atattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatg 884  Q
    ||| ||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||||| || |||| |||| ||  || |||||  ||    
T  29719392 atactcctaagcatgatgcagaattcaatattcacgaatttaagtttatccaacaactcatcccgcacacttgaaaaactctcgagcataaaacaatttg 29719491  T
Q  885 aaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaaccc 979  Q
    |||||||||||| || ||   |||||||||| |||| |||||||||  ||||| ||| ||||     |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29719492 aaaggtcaagttcttgtagcaaatccaacttaagaggtggaatacttctgagattgtgacaatttttaacaagcatggttttaagttttccaagaaaccc 29719591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 102 - 339
Target Start/End: Original strand, 29712088 - 29712319
Alignment:
Q  102 aaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacat 201  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| || || |||  |||||| |     
T  29712088 aaccaagtgtttcctgccttatgtaattcctgtcaataataaataattaatttaagtttaactatatcaaaaggaatataaaata-cattacaaata-aa 29712185  T
Q  202 tacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatc 301  Q
     | |||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||      ||||||||||||||||    
T  29712186 aataaaaaaaatcataacctgatttagtaatctgcttttgcacgacgaagtcaacgacatgcagtttactgcagataa----cataagcatggaggaatc 29712281  T
Q  302 ccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagac 339  Q
     ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  29712282 acttgaatttcctgaagttccttacaatcatccaagac 29712319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 336
Target Start/End: Original strand, 29671554 - 29671884
Alignment:
Q  4 ctatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtcttt---actcgtggcatccg 100  Q
    ||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||  ||  | ||| |||||| |||||||||||| | |||   || |||||||  |     
T  29671554 ctatggcaggaaacttgttacgaaaccagaaagaaattgacaatccggcctcgtatttgtggtcaaaccactctggaatttttggcacccgtggcaaaca 29671653  T
Q  101 gaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaataca 200  Q
     |||||||||||||| || | |||| |||||||||| | |||||||||| |    ||||||| |||||||| |||||||| || ||   || |||||| |    
T  29671654 aaaccaagtgtttccagccttatgtaattcctgttagttataaataattca----agtttaactatatcaaaaagaatataaaataaatta-caaataaa 29671748  T
Q  201 ttacaaaataaatcacaa-cctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaa 299  Q
      ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||  |||||||||  ||||||||  || |||||||||||||||    
T  29671749 a-acaaaataaatcataaacctgatttagtaatttgcttgtgcacgaagaagtcaacgacgtgcagtttacagcagataacattcttaagcatggaggaa 29671847  T
Q  300 tcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaa 336  Q
    || ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  29671848 tcactttaatttcctgaagttccttacaatcatccaa 29671884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 839 - 987
Target Start/End: Original strand, 29719587 - 29719740
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaa 938  Q
    ||||| || ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||     
T  29719587 aacccgtcaaccacaagtggaaaattctcaagactaaaacaacatgaaagatcaagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactcctgagac 29719686  T
Q  939 tgtaaca-----aaacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    || ||||      |||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  29719687 tgaaacagtttgtaacaagcatggttttaagttttccaagatactcgtccacca 29719740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 859 - 987
Target Start/End: Original strand, 29712350 - 29712483
Alignment:
Q  859 aaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagc 953  Q
    |||| ||| |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||| ||||     |||||||    
T  29712350 aaaactcttaagattataacaacatgaaaggttaagtgtttctagcaaatccaacttgagaggtggaatacttctgagattgtgacaaccttcaacaagc 29712449  T
Q  954 aaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29712450 aaggttttaagttttccaagaaacccgtccacca 29712483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 839 - 983
Target Start/End: Original strand, 29801151 - 29801300
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaa 938  Q
    ||||| |||||||||  ||||||| |||| ||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  29801151 aacccgtctaccacaagtggaaaactctcgagattataacaatttgaaaggtcaagtgtttctagtgaatccaacatgagaggtggaatactcttgagat 29801250  T
Q  939 tgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatcc 983  Q
    | | ||||     || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  29801251 tatgacaatttttaagaagcaaggtttttagttttccgagaaacccatcc 29801300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 856 - 987
Target Start/End: Original strand, 29719886 - 29720022
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||| ||||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||     ||||    
T  29719886 tggaaaactctcaagagtatcacaacatgaaagttctagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactcttgagactgtgacaatttttaaca 29719985  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  29719986 agcatggttttaagttttccaagatactcgtccacca 29720022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 856 - 974
Target Start/End: Original strand, 29720732 - 29720855
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||| ||||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||     ||||    
T  29720732 tggaaaactctcaagagtatcacaacatgaaagttctagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactcttgagattgtgacaatttttaaca 29720831  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaaga 974  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  29720832 agcatggttttaagttttccaaga 29720855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 856 - 974
Target Start/End: Original strand, 29720873 - 29720996
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||  |||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||     ||||    
T  29720873 tggaaaactctcaagactatgacaatctgaaagttctagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactcttgagattgtgacaatttttaaca 29720972  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaaga 974  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  29720973 agcatggttttaagttttccaaga 29720996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 856 - 987
Target Start/End: Original strand, 29672338 - 29672474
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    ||||||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||| ||||     ||||    
T  29672338 tggaaaactctcaagactaccacaatatgaaatgtcaagtttttctaacgaatccaacttgagtggtggaatactcctgagattgtgacaactttcaaca 29672437  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
      ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  29672438 ttcagagttttaatttttccaagaatcccatccacca 29672474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 823 - 931
Target Start/End: Original strand, 29690462 - 29690570
Alignment:
Q  823 tttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagct 922  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  |||||||  ||||||||  ||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  29690462 tttaagtttatccaacaacccatccaccacgcctggaaagctctcaagcttataacaatttgaaatgacaagtttttctagtgaatccaacttgagaggt 29690561  T
Q  923 ggaatactc 931  Q
    | |||||||    
T  29690562 gaaatactc 29690570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 848 - 987
Target Start/End: Original strand, 29757022 - 29757166
Alignment:
Q  848 accacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa- 946  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||| | |  ||  |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||     
T  29757022 accacagatggaaaattctcaagattataacaatgtgaaaggttaagatatattagcgaatccaacttgagaggttgaatactcttgagattgtgacaac 29757121  T
Q  947 ----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
        ||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29757122 tttcaacattcagggttttaagttttccaagaaacgcatccacca 29757166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 843 - 931
Target Start/End: Original strand, 29757299 - 29757387
Alignment:
Q  843 catctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  29757299 catctaccacaagtggaaaattctcaagactataacactgcgaaaggtcaagtgtttctagagaattcaacttgagaggtggaatactc 29757387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 823 - 931
Target Start/End: Original strand, 29768585 - 29768693
Alignment:
Q  823 tttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagct 922  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  |||| ||  ||||||||  ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  29768585 tttaagtttatccaacaacccatccaccacgcttggaaagctctcgagcttataacaatttgaaaggacaagtttttctagtgaatccaacttgagaggt 29768684  T
Q  923 ggaatactc 931  Q
    | |||||||    
T  29768685 gaaatactc 29768693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 839 - 937
Target Start/End: Original strand, 28488739 - 28488837
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgaga 937  Q
    ||||| |||||||||  ||||||| |||| ||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  28488739 aacccgtctaccacaagtggaaaactctcgagattataacaatttgaaaggtcaagtgtttctagtgaatccaacatgagaggtggaatactcttgaga 28488837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 856 - 987
Target Start/End: Original strand, 29720168 - 29720304
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aaca 950  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||  |||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||     ||||    
T  29720168 tggaaaactctcaagagtatcacaacctgaaagttctagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaatacttttgagattgtgacaatttttaaca 29720267  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  29720268 agcatggttttaagttttccaagatactcgtccacca 29720304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 823 - 931
Target Start/End: Original strand, 29768378 - 29768486
Alignment:
Q  823 tttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagct 922  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||  |||| ||  ||||||||  ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  29768378 tttaagtttattcaacaacccatccaccacgcttggaaagctctcgagcttataacaatttgaaaggacaagtttttctagtgaatccaacttgagaggt 29768477  T
Q  923 ggaatactc 931  Q
    | |||||||    
T  29768478 gaaatactc 29768486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 877 - 987
Target Start/End: Original strand, 29690582 - 29690697
Alignment:
Q  877 acaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttcca 971  Q
    |||| |||| |||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||      ||||  | ||||||||||||||||    
T  29690582 acaatatgataggtaaagtttttcaagtgaatccaacttgagagctggaatactcctgagattgtgacaacttttcacaaatagggttttaagttttcca 29690681  T
Q  972 agaaacccatccacca 987  Q
    ||||||||||||||||    
T  29690682 agaaacccatccacca 29690697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 856 - 931
Target Start/End: Original strand, 29705023 - 29705098
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||  |||||||||    
T  29705023 tggaaaactctcaagactataacaacatgaaagttcaagtgtttctagtgaatccaacttgagagggggaatactc 29705098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 823 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 29470726 - 29470613
Alignment:
Q  823 tttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagct 922  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||   |||||| || |||| ||| | |||| ||||||||||||      
T  29470726 tttaagtttatccaccaacccatctaccacaggtggaaaactctcaagacaagaacactgtgaaagatcgagttcttccagagaagccaacttgagaggc 29470627  T
Q  923 ggaatactcttgag 936  Q
    ||||||||| ||||    
T  29470626 ggaatactcctgag 29470613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 843 - 987
Target Start/End: Original strand, 29757158 - 29757307
Alignment:
Q  843 catctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgta 942  Q
    |||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| | ||  || |    
T  29757158 catccaccacaagtgggaaattctcaagactataacattgcgaaaggtcaagtgtttctagagaattcaacttgagaggtggaatactcgttagtttgca 29757257  T
Q  943 acaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
     |||     ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  29757258 gcaacctttaacattcaaggttttaagttttccaagaaacgcatctacca 29757307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 868 - 987
Target Start/End: Original strand, 29671927 - 29672051
Alignment:
Q  868 aagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaaca-----aaacaagcaaggtttta 962  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  | |||  |||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||      |||||| | |||||||    
T  29671927 aagactataacaacatgaaaggtcaagtgtttctagtgcatcacacttcagaggtggaatactcttaagattgtgacagtttgtaacaagtagggtttta 29672026  T
Q  963 agttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    ||||||||||||||||| |||||||    
T  29672027 agttttccaagaaacccgtccacca 29672051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 856 - 987
Target Start/End: Original strand, 29720450 - 29720586
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaaca-----aaaca 950  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||  |||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||  |||      ||||    
T  29720450 tggaaaactctcaagactatgacaaaatgaaagttttagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtgtaatactcatgagactgcgacagtttgtaaca 29720549  T
Q  951 agcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  29720550 agcatggttttaagttttccaagatactcgtccacca 29720586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 856 - 931
Target Start/End: Original strand, 29721296 - 29721371
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  29721296 tggaaaactctcaagactatgacaaaatgaaagttttagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactc 29721371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 856 - 937
Target Start/End: Original strand, 29712629 - 29712710
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgaga 937  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | | || |   ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  29712629 tggaaaattctcaagactatgacaatatgaaaggtcaaatgtctccagtaaatccaacttgagaggtggaatactcctgaga 29712710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 887 - 946
Target Start/End: Original strand, 29768508 - 29768567
Alignment:
Q  887 aggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa 946  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  29768508 aggtcaagtttttcaagtgaatccaacttgagagctggaatactcctgagattgtgacaa 29768567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 887 - 946
Target Start/End: Original strand, 29768715 - 29768774
Alignment:
Q  887 aggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa 946  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  29768715 aggtcaagtttttcaagtgaatccaacttgagagctggaatactcctgagattgtgacaa 29768774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 856 - 926
Target Start/End: Original strand, 29721155 - 29721225
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaa 926  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  29721155 tggaaaactctcaagactatgacaaaatgaaagttttagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaa 29721225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 823 - 936
Target Start/End: Original strand, 29664105 - 29664218
Alignment:
Q  823 tttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagct 922  Q
    |||||||||||||  ||||||||| |||||   ||||||| |||||||||   ||||   |||||| ||||||| ||||| |||| |||| ||||||| |    
T  29664105 tttaagtttatccgccaacccatccaccactggtggaaaactctcaagacatgaacactctgaaagatcaagttcttctagagaagccaagttgagaggt 29664204  T
Q  923 ggaatactcttgag 936  Q
    ||||||||| ||||    
T  29664205 ggaatactcctgag 29664218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 839 - 920
Target Start/End: Original strand, 29690685 - 29690766
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagag 920  Q
    |||||||| ||||||  ||||||| |||| ||  ||||||||  |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  29690685 aacccatccaccacatttggaaaactctcgagcttataacaacttgaaaggtaaagtttttctagtgaatccaacttgagag 29690766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 839 - 931
Target Start/End: Original strand, 29672039 - 29672131
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
    ||||| || ||||||  ||||| | |||||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29672039 aacccgtccaccacaagtggaagactctcaagactaacacaatttgaaaggtcaagtgtttctagtaaatccaacttgagagatggaatactc 29672131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 841 - 933
Target Start/End: Original strand, 29672464 - 29672556
Alignment:
Q  841 cccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactctt 933  Q
    |||||| ||||||  ||||||| |||| |||| | ||||| |||||||||| | | ||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29672464 cccatccaccacaagtggaaaactctcgagacgaaaacaacatgaaaggtccattgtttctagtgaatccaacttaagaggtggaatactctt 29672556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 715 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 29470834 - 29470776
Alignment:
Q  715 tggaaaactctccagacttaaacaatatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaact 773  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| || || ||| |||||||||||||    
T  29470834 tggaaaactctcgagactaaaacaatttgaaagatcgagttcttctaacgaagtcaact 29470776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 839 - 937
Target Start/End: Original strand, 29712757 - 29712855
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgaga 937  Q
    ||||| || ||||||  ||||||| |||||||||  | ||||  ||||| ||||||  ||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  29712757 aacccgtccaccacaattggaaaactctcaagaccgtgacaatgtgaaaagtcaagagtttctagtgaatccaacttgagaggtggaatactcctgaga 29712855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 856 - 926
Target Start/End: Original strand, 29720309 - 29720379
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaa 926  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||  |||||| || ||| ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  29720309 tggaaaactctcaagactatgacaatctgaaagttctagtgtttctagtgaatccaacttgagaggtggaa 29720379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 956 - 985
Target Start/End: Original strand, 29672161 - 29672190
Alignment:
Q  956 ggttttaagttttccaagaaacccatccac 985  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29672161 ggttttaagttttccaagaaacccatccac 29672190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 856 - 937
Target Start/End: Original strand, 29721014 - 29721095
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgaga 937  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||  |||||| || ||| ||||||  ||||||||||||||||  |||| |||| |||||    
T  29721014 tggaaaactctcaagactatgacaatttgaaagttctagtgtttctagtgaatccaacttgagaggcggaaaactcctgaga 29721095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 277; Significance: 1e-154; HSPs: 6)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 141 - 979
Target Start/End: Original strand, 209615 - 210441
Alignment:
Q  141 taaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttctttt 240  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||  || |||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  209615 taaacaatcaatgtaagtttaactatatcaagaagaatataaaatatagta-caaataaaagg-aaaataaatcataacctgatttagtaatttgctttt 209712  T
Q  241 gcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagaca 340  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | ||| |||||||||||||||     
T  209713 gcacgacgaagtcaatgatatgcagtttagtgcagataacattcttaagcatggaggaatccctttaatttcttgaagtgccttacaatcatccaagacg 209812  T
Q  341 agcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaac 440  Q
    ||  |||| ||| | ||||| |  ||||||||||||||||  |||||||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||    
T  209813 agtttccacaaagatttacaatattcgatagatttaggaattactgtgaagtgattactagttaggtgtaattctttcacattagcaaataacataagac 209912  T
Q  441 ttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaagattgctttgggctcacttttctttcacccttgatgat 540  Q
    || |||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||| | ||| ||| |||||||| ||| | ||||||||  ||||  ||||||| |    
T  209913 tttttgacagatattcatctgaaagattgcacctcctgacacaaatatactttacatgtaaagattgcattgtgttcactttttcttcattcttgatggt 210012  T
Q  541 aaattcagccagcagtgacaatgcaacaactctatttggtaaataaacagttccacatttgcatggatatgatgttggaggcagagtatgattttcaaat 640  Q
    ||||||||||||   |||||           ||||||||||| ||||||  ||||||||  |||       |||||  |||  | ||| |||||| ||||    
T  210013 aaattcagccagtgttgacatc---------ctatttggtaagtaaacatatccacattcacata------atgttttaggttgggtaagatttttaaat 210097  T
Q  641 ggaaacggcaattcattaaagggagttttatcaaagtgaacttttggtatgtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccagacttaaacaat 740  Q
    |||||||||||||| || | |||||||| ||| | | | |||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||    
T  210098 ggaaacggcaattcttttatgggagtttcatccatgaggactcctggcatatttctcatctctcccaatatttctggaaaactcttgagactataacaat 210197  T
Q  741 atgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaa 840  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  210198 atgaaagattgaaatgttccaatgaagtcaacctaagccgcgggatattcctaagcatgatgcaacattcaatgttcaagaatttaagtttatccaacaa 210297  T
Q  841 cccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatg 940  Q
    | |||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||    
T  210298 ctcatccaccacacatggaaaactttcaagactacaacaacatgaaaggtcaagtacttctaatgaatccaacttgagaggtgggatgctcttaagattg 210397  T
Q  941 taacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaaccc 979  Q
    ||||||     |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  210398 taacaatttgtaacaagcagggttttaagttttccaagaaaccc 210441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 740 - 987
Target Start/End: Original strand, 236499 - 236751
Alignment:
Q  740 tatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaaca 839  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||   | |||||  ||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| || |  |    
T  236499 tatgaaatattgaattgttccaacgaagtcaaccggaatggtgggatgctccgaagcatcatgcaatgttcaatattcaagaatttaagtttttcaagaa 236598  T
Q  840 acccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaat 939  Q
    |||| || || |||  || |||| |||  || ||| ||||   ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||| |||||  ||||| |    
T  236599 acccgtccactacatgtgaaaaactcttgagcctacaacagtttgaaaggtcaagtctttctaaggattccaacttgagaggtgggatacttctgagatt 236698  T
Q  940 gtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    || ||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  236699 gtgacaatttctaacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 236751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 839 - 987
Target Start/End: Original strand, 236739 - 236892
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaa 938  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||  || ||| |||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||     
T  236739 aacccatccaccacacatggaaaactcttgagcctacaacaatttgaaaggttaagtttttctaaggaatccaacttgagagctggtatacttctgagat 236838  T
Q  939 tgtaacaa-----aacaagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    ||| ||||     || ||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  236839 tgtgacaaccttcaataagtagggttttaagttttccaagaaactcgtccacca 236892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 4 - 144
Target Start/End: Original strand, 208920 - 209060
Alignment:
Q  4 ctatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaa 103  Q
    ||||||||||||| || || | ||| |||||||||| |||||||| | || | || |||||||||||||||||||||    |  |||||||||  || ||    
T  208920 ctatggcaggaaacttgttacgaaaccagaaagaaaatgacaatcttgccaaacagtggtggtcgaaccactctggaaatgtcgctcgtggcaaacgaaa 209019  T
Q  104 ccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaa 144  Q
    |||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||    
T  209020 ccaagtgtttccagcctcatgtaattcctgttagtcataaa 209060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 856 - 987
Target Start/End: Original strand, 236897 - 237033
Alignment:
Q  856 tggaaaattctcaagactataacaaaat-gaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgagaatgtaacaa-----aac 949  Q
    |||||||  |||||||||||||||| || |||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  |  ||||     |||    
T  236897 tggaaaacgctcaagactataacaatattgaaaag-caagttcttctagagaatccaacttgagaggtggaatactcctgagatcgcgacaactattaac 236995  T
Q  950 aagcaaggttttaagttttccaagaaacccatccacca 987  Q
    |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  236996 attcagggttttaagttttccaagaaacccatccacca 237033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 839 - 931
Target Start/End: Original strand, 237021 - 237113
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactc 931  Q
    |||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||| |||| |||| |||| |||  ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  237021 aacccatccaccacaggtggaaaactctcaagactatcacaacatgagaggttaagggtttctagcgaatccaacttgagaggtgggatactc 237113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 2e-92; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 33 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 12592233 - 12591757
Alignment:
Q  33 aaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtcttt---actcgtggcatccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgatt 129  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||   || |||||||  || |||||||||||||  || || ||  |||    
T  12592233 aaagaaattgacaatcctgccgagcatttgtggtcgaaccactctggaatctttggcacccgtggcaaacgaaaccaagtgtttctagcctcgtgcaatt 12592134  T
Q  130 cctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacattacaaaataaatcacaacctgatttagt 229  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||  || || |||  |||| | |  ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  12592133 cctgttagtcaaaaataattaaagtaagtttaactatatcaaaaagaatacaaaata-cattacaaacaaaa-acaaaatgaatcataacctgatttagt 12592036  T
Q  230 aattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaat 329  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||    
T  12592035 aatttgcttttgcacgacgaagtcaatgacttgcagtttagtgcagataacattcttaagcgtggaggaatccctttaatttcctgaagttccttacaat 12591936  T
Q  330 catccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaa 429  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||| |||||  |||||| | |||||||||||| |||||||||  | |||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  12591935 catccaagacgagtttccataaaaaatgacattcttcgatacaattaggaagaactttgaattgatagttagttaggtgtaattcttgcacattagaaaa 12591836  T
Q  430 caacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaagattgc 508  Q
    ||| |||| | || |||||| || ||||| ||||||||||||||| |  | ||||||||| | ||| | ||||||||||    
T  12591835 caagatgagaatttttgacagattttcatatgaaagtttgcagtttcccacacaaatatactttacatttgaagattgc 12591757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 639 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 12591665 - 12591378
Alignment:
Q  639 atggaaacggcaattcattaaagggagttttatcaaagtgaacttttggtatgtttctcatctctcccaatatttctggaaaactctccagacttaaaca 738  Q
    ||||| |||||||||| || | || ||||||||| ||| ||| |  |||||| |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||| |||||  ||||    
T  12591665 atggagacggcaattcttttatggaagttttatccaagcgaagtcctggtatatttctcagatcttccaatatttctggtaaactctcaagactataaca 12591566  T
Q  739 atatgaaagattgaattgttccaacgaagtcaactcgagccgagggatattcctaagcatggtgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaac 838  Q
    | |||||| |||||| ||||| || |||||||||  |||||| || ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12591565 acatgaaatattgaaatgttctaaagaagtcaacgtgagccgtggaatactcctaagcatgatgcagtattcaatattcaagaatttaagtttatccaac 12591466  T
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaa 926  Q
    ||||||||  |||||| || |||| |||| ||  ||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  12591465 aacccatccgccacacttgaaaaactctcgagcatataacaatttgaaaggtcaagtttttctagcgaatccaacttgagaggtggaa 12591378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 823 - 936
Target Start/End: Original strand, 5920666 - 5920779
Alignment:
Q  823 tttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagct 922  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||   ||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||| || |||| ||| |||| | |||||||||||| |    
T  5920666 tttaagtttacccaacaacccatccaccacgggtggaaaactctcaaggctattgcaatatgaaagatcgagttgttccaaagcacccaacttgagaggt 5920765  T
Q  923 ggaatactcttgag 936  Q
    |||||| |||||||    
T  5920766 ggaatattcttgag 5920779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 801 - 936
Target Start/End: Original strand, 5919939 - 5920074
Alignment:
Q  801 tgcaatattcaatattcaagaatttaagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttc 900  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||  || ||||| |||| |   |||||| |||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||  |||    
T  5919939 tgcaatatataatactcaagaattgaagtttatccataaatccatccaccaaaagaggaaaactctcgagattatcacaatatgaaagatcaagtacttc 5920038  T
Q  901 taaagaatccaacttgagagctggaatactcttgag 936  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  5920039 taaagaagccaacttgagaggtggaaaacttttgag 5920074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 205 - 504
Target Start/End: Original strand, 5918746 - 5919045
Alignment:
Q  205 aaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatccct 304  Q
    |||||||||||  |||||||| |  || || ||| | |||||| ||||||| ||| ||||||| || || || ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  5918746 aaaataaatcaagacctgattcataaacttgcttgtacacgacaaagtcaaagatatgcagttaatggccgaaaaagtttttaagtttggcggaatccct 5918845  T
Q  305 tcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagtta 404  Q
    |  |||||| |||  | |||||| | |||||||| |||| || ||||||| |  ||||| || ||  | || || ||||  || |||| | |   | |||    
T  5918846 ttgatttcctgaagattctcacagttatccaagaaaagcttctataaaaagtggcatttttcaatgcagttggggagaatggtaaatttactccaactta 5918945  T
Q  405 ggtgtaattcttttacattagcaaacaacatgaaacttattgacaaatattcatctgaaagtttgcagttcctgagacaaatatattctacttgtgaaga 504  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||| |||| | ||  |||| |||  ||||||| ||||| |||||||||| || || || | ||||||||||||||||    
T  5918946 ggtataattctttaacattagcaaaccacataagaccgattgccaatgattcatcagaaaggttgcagttccagacacgaagaaattctacttgtgaaga 5919045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 839 - 936
Target Start/End: Original strand, 5921105 - 5921202
Alignment:
Q  839 aacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctggaatactcttgag 936  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||| |  | ||||||| || |||| |||||  ||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  5921105 aacccatctaccacatgtggaaaactctcgagactatcaatatatgaaagatcgagttcttctagcgaaaccaacttgagaggtggaagactcttgag 5921202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 825 - 937
Target Start/End: Original strand, 5920104 - 5920216
Alignment:
Q  825 taagtttatccaacaacccatctaccacacatggaaaattctcaagactataacaaaatgaaaggtcaagtttttctaaagaatccaacttgagagctgg 924  Q
    |||||||| |||| || ||||| |||||   ||||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| ||| |  ||| ||||||| |||| |||    
T  5920104 taagtttacccaaaaatccatccaccactgttggaaaactctcgagactatcacaatatgaaagatcaagttcttccagtgaagccaactttagaggtgg 5920203  T
Q  925 aatactcttgaga 937  Q
     ||||||||||||    
T  5920204 gatactcttgaga 5920216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University