View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13835_high_9 (Length: 512)

Name: NF13835_high_9
Description: NF13835
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13835_high_9
NF13835_high_9
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (20-494)||(8412250-8412724)
chr2 (20-494)||(8434348-8434822)
chr2 (64-494)||(8406130-8406560)
chr2 (64-494)||(8395012-8395442)
chr2 (20-305)||(8394725-8395010)
chr2 (9-419)||(8431353-8431758)
chr2 (269-494)||(8375531-8375756)
chr2 (269-494)||(8439347-8439572)
chr2 (83-494)||(8417465-8417882)
chr2 (83-219)||(8375339-8375475)
chr2 (83-219)||(8439628-8439764)
chr2 (76-195)||(8368812-8368931)
chr2 (76-195)||(8400479-8400598)
chr2 (76-195)||(8422056-8422175)
chr2 (305-372)||(41119234-41119301)
chr2 (241-354)||(8404329-8404444)
chr2 (269-372)||(8368638-8368741)
chr2 (306-372)||(8400706-8400772)
chr2 (78-212)||(8404470-8404604)
chr2 (306-372)||(8422283-8422349)
chr2 (437-494)||(8404183-8404240)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (443-492)||(55331068-55331117)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8412724 - 8412250
Alignment:
Q  20 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412724 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8412625  T
Q  120 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412624 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8412525  T
Q  220 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaa 319  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8412524 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgtttatcatgaacaaa 8412425  T
Q  320 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatccta 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412424 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatccta 8412325  T
Q  420 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggag 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  8412324 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcaattgataaagcataccctcttcctttattgggag 8412250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8434822 - 8434348
Alignment:
Q  20 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434822 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8434723  T
Q  120 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434722 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8434623  T
Q  220 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaa 319  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8434622 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgtttatcatgaacaaa 8434523  T
Q  320 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatccta 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434522 atccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaagattgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatccta 8434423  T
Q  420 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggag 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  8434422 ccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcaattgataaagcataccctcttcctttattgggag 8434348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8406560 - 8406130
Alignment:
Q  64 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406560 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8406461  T
Q  164 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406460 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8406361  T
Q  264 tgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaag 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  8406360 tgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaag 8406261  T
Q  364 gttgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatcctaccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggccctt 463  Q
     |||||||| |||||||||||  ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||    
T  8406260 attgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatcctagtgaggaagatgttaagggtgcaatggaaaaagttttggccctt 8406161  T
Q  464 gacaaagcatatccacttccattattaggag 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406160 gacaaagcatatccacttccattattaggag 8406130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 494
Target Start/End: Original strand, 8395012 - 8395442
Alignment:
Q  64 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395012 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8395111  T
Q  164 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395112 ctattaaactcaataaaaatgattactctcactgctacaaccatgtctggagttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8395211  T
Q  264 tgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaag 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  8395212 tgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgattatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaagaaatgctacaag 8395311  T
Q  364 gttgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatcctaccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggccctt 463  Q
     |||||||| |||||||||||  ||||  |||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||    
T  8395312 attgttcaaacaacttcaaagcaatattcaaactacaatagctcttggaaatcctagtgaggaagatgttaagggtgcaatggaaaaagttttggccctt 8395411  T
Q  464 gacaaagcatatccacttccattattaggag 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395412 gacaaagcatatccacttccattattaggag 8395442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 20 - 305
Target Start/End: Original strand, 8394725 - 8395010
Alignment:
Q  20 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394725 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8394824  T
Q  120 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394825 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8394924  T
Q  220 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgc 305  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394925 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgc 8395010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 9 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 8431758 - 8431353
Alignment:
Q  9 acatcatcaaaacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcaga 108  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||| ||||||||||  |||| || ||||||||||||||    
T  8431758 acatcaacaaaacagaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaaagccacaattcaactcta--cagttttagaagctgtatcaga 8431661  T
Q  109 cagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||    
T  8431660 cagaatagaaatgcatcacaacattggcgaac---gtaacaactggaataatcttcttttgaactcaataaacatgattactctcactgctaagactatg 8431564  T
Q  209 tctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctcttttattctctgctgccactggattattgctta 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||  | || || || ||||  ||||| |||||||    
T  8431563 tctggtgttgcagctgtcacaagtggggaagttgcaccacttttggctctgaaactatcttctgctctcctgttttcggcagccaacggattgttgctta 8431464  T
Q  309 tcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgttcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| || ||  |||||||||||||| |    
T  8431463 tcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaagaacaaaggaatgccacaagattgttcaagtaacttcaaaggcaaattcaaactacaattgctct 8431364  T
Q  409 tggaaatccta 419  Q
    |||||||||||    
T  8431363 tggaaatccta 8431353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 269 - 494
Target Start/End: Original strand, 8375531 - 8375756
Alignment:
Q  269 tctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgt 368  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  8375531 tctgctcttttattctctgcagccactggattgttgcttatcatgaacaaaatccaaccttctcaattggccgaggaacaaagaaatgctacaagattgt 8375630  T
Q  369 tcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatcctaccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcccttgacaa 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  8375631 tcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatcctaccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcaattgataa 8375730  T
Q  469 agcatatccacttccattattaggag 494  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||    
T  8375731 agcataccctcttcctttattgggag 8375756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 269 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8439572 - 8439347
Alignment:
Q  269 tctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgt 368  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  8439572 tctgctcttttattctctgcagccactggattgttgcttatcatgaacaaaatccaaccttctcaattggccgaggaacaaagaaatgctacaagattgt 8439473  T
Q  369 tcaagcaacttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatcctaccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcccttgacaa 468  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  8439472 tcaagcaacttcaaagtcaaatccaaactaaaattgctataggaaatcctaccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcacttgataa 8439373  T
Q  469 agcatatccacttccattattaggag 494  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||    
T  8439372 agcataccctcttcctttattgggag 8439347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 83 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8417882 - 8417465
Alignment:
Q  83 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 182  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | |||||| || || || || || |    
T  8417882 tatgcagtcttggaagttgtttctgacagaattgaaatgcatcacaacatttgtgaactacgtaacaattggaacactcttctcttgaattccatcaaca 8417783  T
Q  183 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcag---ctgt---cacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgctct 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||   ||| |   |   || | || ||||| ||||| ||||  | || ||||||||    
T  8417782 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtcttgctgctactgttcccactacttgctcagattcatcacttttggctttgaagttatcttctgctct 8417683  T
Q  277 tttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgttcaagcaa 376  Q
    ||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||||| ||| | ||  | ||||| ||||||||||||    
T  8417682 tttgttttctgcagccaccggattgttgcttatcatgaacaaaatccaaccttctcaattggccgaggagcaatgaaacactacaagattgttcaagcaa 8417583  T
Q  377 cttcaaagtcatatcaaaactacaattgctattggaaatcctaccgaggaagatgtcaaagatgcaatggaaaaggttttggcccttgacaaagcatatc 476  Q
    ||||||||||| ||| |||| | ||||||| |||||||| ||||  | |||||||||||||| || || ||||| |||||||| | ||| |||||| | |    
T  8417582 cttcaaagtcaaatccaaacaaaaattgctcttggaaattctactaaagaagatgtcaaagaagctattgaaaaagttttggcacatgataaagcacacc 8417483  T
Q  477 cacttccattattaggag 494  Q
    ||||||| ||||| ||||    
T  8417482 cacttcctttattgggag 8417465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 219
Target Start/End: Original strand, 8375339 - 8375475
Alignment:
Q  83 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 182  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8375339 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtaacaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8375438  T
Q  183 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8375439 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8375475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 83 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 8439764 - 8439628
Alignment:
Q  83 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 182  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8439764 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtagcaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8439665  T
Q  183 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8439664 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8439628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 76 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 8368931 - 8368812
Alignment:
Q  76 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 175  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8368931 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8368832  T
Q  176 ataaatatgattactctcac 195  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8368831 atcaacatgatcactctcac 8368812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 76 - 195
Target Start/End: Original strand, 8400479 - 8400598
Alignment:
Q  76 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 175  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8400479 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8400578  T
Q  176 ataaatatgattactctcac 195  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8400579 atcaacatgatcactctcac 8400598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 76 - 195
Target Start/End: Original strand, 8422056 - 8422175
Alignment:
Q  76 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 175  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8422056 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8422155  T
Q  176 ataaatatgattactctcac 195  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8422156 atcaacatgatcactctcac 8422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 305 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 41119301 - 41119234
Alignment:
Q  305 cttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgttcaa 372  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  41119301 cttatcatgaacaaaccccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgctacaagaatgttcaa 41119234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 8404444 - 8404329
Alignment:
Q  241 tgcaccacttatggctatgaaactgtc--ctctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactca 338  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||| ||  ||||||| | ||||| ||||| ||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||| || |||||      
T  8404444 tgcaccccttctggctttgaaactatcttctctgctatgttattttctgccgccactggaatattacttgtgatgaacaaaatccaaccttcacaacttg 8404345  T
Q  339 cagaggaacaaaggaa 354  Q
    |||| |||||||||||    
T  8404344 cagaagaacaaaggaa 8404329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 8368741 - 8368638
Alignment:
Q  269 tctgctcttttattctctgctgccactggattattgcttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgt 368  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | |||||  | ||  |||||||||||||||||||||| || |||||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  8368741 tctgcacttttattctcagcttctactggtatgttaattatcatgaacaaaatccaaccttcacaacttgctgaggagcaaagaaatgcaacaagattgt 8368642  T
Q  369 tcaa 372  Q
    ||||    
T  8368641 tcaa 8368638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 372
Target Start/End: Original strand, 8400706 - 8400772
Alignment:
Q  306 ttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgttcaa 372  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8400706 ttatcatgaacaaaatccaaccttcacaacttgctgaggagcaaagaaatgcaacaagattgttcaa 8400772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 8404604 - 8404470
Alignment:
Q  78 aactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaat 177  Q
    ||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | ||  |||||||| |||| ||||| |  ||| |||||||||| ||    
T  8404604 aactctatgcaatttcggaggctgtatcagacagaattgaaatgcataaaaacttaggacaacaacgtgacaattggaacacgcttttattaaactccat 8404505  T
Q  178 aaatatgattactctcactgctacaaccatgtctg 212  Q
     || ||||| || ||||| ||| |||| |||||||    
T  8404504 caacatgataacactcacagcttcaacaatgtctg 8404470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 372
Target Start/End: Original strand, 8422283 - 8422349
Alignment:
Q  306 ttatcatgaacaaaatccaaccctctcaactcacagaggaacaaaggaatgcaacaaggttgttcaa 372  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8422283 ttatcatgaacaaaatccaaccttcacaacttgctgaggagcaaagaaatgcaacaagattgttcaa 8422349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 437 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8404240 - 8404183
Alignment:
Q  437 gatgcaatggaaaaggttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattaggag 494  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  8404240 gatgcaattgagaaggttttggctcttgataaagcctatccacttcctttattaggag 8404183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 443 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 55331117 - 55331068
Alignment:
Q  443 atggaaaaggttttggcccttgacaaagcatatccacttccattattagg 492  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  55331117 atggagaaagttttggcacttgacaaagcttatccacttcctttattagg 55331068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University