View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13836_low_1 (Length: 988)

Name: NF13836_low_1
Description: NF13836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13836_low_1
NF13836_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-970)||(30900593-30901554)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 852; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 852; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 970
Target Start/End: Complemental strand, 30901554 - 30900593
Alignment:
Q  5 atgaagtgccacacattgatgattatgtgaattaaatctggttttgttcatttcatttccatttctactaaaaactaaacggatggatgtaatgataagt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30901554 atgaagtgccacacattgatgattatgtgaattaaatctggttttgttcatttcatttccatttctaataaaaactaaacggatggatgtaatgataagt 30901455  T
Q  105 aaattgaagtataaataaaatttggttcagtaaattttactcctttgctccaatggtctcaaatatcaatatttctttaaagggttgaccattcaaatct 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30901454 aaattgaagtataaataaaatttggttcagtaaattttactcctttgctccaatggtctcaaatatcaatatttctttaaagggttgaccattcaaatct 30901355  T
Q  205 atctaattattatacagaaaataaattgagacaacattcttattcttctatactacatataggagcaaaacaaagagaacacagaaaaacataactaact 304  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  30901354 atataattattatacagaaaataaattgagacaacattcttattcttctatactacatataggagcaaaacatagagaacgcagaaaaacataactaact 30901255  T
Q  305 tccctgtaaatctcagtgcttttgaaagggattgagactaatctggataagtgactatctttactttaactcaaaattcaatatatggaaattggatagg 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30901254 tccctgtaaatctcagtgcttttgaaagggattgagaataatctggataagtgactatctttactttaactcaaaattcaatatatggaaattggatagg 30901155  T
Q  405 cataatcatcatcataactagcaagtacacatgtccacaaccacaagcaatgcagcaatcaataaatcattccatattaattccaacaaaacaaaaccaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30901154 cataatcatcatcataactagcaagtacacatgtccacaaccacaagcaatgcagcaatcaattaatcattccatattaattccaacaaaacaaaaccaa 30901055  T
Q  505 ttcaaaagatacccagatggaaaattagtgaattttacaaacaaacnnnnnnnnnnnnnnnnncctttgaaggagaaggttgttcaggtggatgaatcat 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30901054 ttcaaaagatacccagatggaaaattagtgaattttacaaacaaac-aaaaaaaaagtaaaaacctttgaaggagaaggttgttcaggtggatgaatcat 30900956  T
Q  605 cctttcaaaatgaggaacaaaatctttgttccacaaataatcatcagaagctaaaggatcagggtcttcaccaccccaatacttacgaagcttggtggtt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30900955 cctttcaaaatgaggaacaaaatctttgttccacaaataatcatcagaagctaaagggtcagggtcttcaccaccccaatacttacgaagcttggtggtt 30900856  T
Q  705 gttggaggaccaccgtagtcaccaggagccataccagtagaccatttcataggttttttgttcggaagaataacctttgtttgtcttgggtttggttgta 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30900855 gttggaggaccaccgtagtcaccaggagccataccagtagaccatttcatgggttttttgttcggaagaataacctttgtttgtcttgggtttggttgta 30900756  T
Q  805 atggtgatgatgatgaatcttgtgacattggtgttgctgcacatgttacacaattgtagtagttcataattcccattttgtttctcactgtcgtcttatg 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  30900755 atggtgatgatgatgaatcttgtgaaattggtgttgctgcacatgttacacaattgtagtagttaataattcccattttgtttctcact---gtcttatg 30900659  T
Q  905 ttctggttcttgtgttgtggctatgtgtgtgagaaaagcaatgaactaaaaaacacagaaccagta 970  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30900658 ttctggttcttgtgttgtggctatgtgtgtgagaaaagcaatgaactgaaaaacacagaaccagta 30900593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University