View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13837_low_1 (Length: 775)

Name: NF13837_low_1
Description: NF13837
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13837_low_1
NF13837_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-756)||(39325943-39326682)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 756
Target Start/End: Original strand, 39325943 - 39326682
Alignment:
Q  19 aaggagtgtaggtgccccactagaaaataaacactatgatttgtaaaaacttgaattgactagtcaatgtggtaactagtcaaattggggcatattcttc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39325943 aaggagtgtaggtgccccactagaaaataaacactatgatttgtaaaaacttgaattgactagtcaatgttgtaactagtcaaattggggcatattcttc 39326042  T
Q  119 attgcctttttgccctttcacttaagtcaaagccataattgagttacttttaatgtggttacaagtaatatgttgtaacttaggtggatagcacaagcat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39326043 attgcctttttgccctttcacttaagtcaaagccataattgagttacttttaatgtggttacaagtaatatgttgtaacttaggtggataccacaagcat 39326142  T
Q  219 gcatccttaacggtgattattttgttcat--ttgtgtgtgtttttcttacaaagcagttgtacattgcgacctcacatacacattgccggtaaggaaaat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326143 gcatccttaacggtgattattttgttcatatttgtgtgtgtttttcttacaaagcagttgtacattgcgacctcacatacacattgccggtaaggaaaat 39326242  T
Q  317 aatggcaaatcattgctctttgatttgcatcctacttgaggagaactcgtggaactagagctttgcttttacgtgcctaatcatcaatttcacatcatta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326243 aatggcaaatcattgctctttgatttgcatcctacttgaggagaactcgtggaactagagctttgcttttacgtgcctaatcatcaatttcacatcatta 39326342  T
Q  417 tttccaattggctcgttactcaaggtcaagtgagtcgtagcacctaacttaaagggtaaaataataagttggtcgagttttattttctagtattcaaatt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326343 tttccaattggctcgttactcaaggtcaagtgagtcgtagcacctaacttaaagggtaaaataataagttggtcgagttttattttctagtattcaaatt 39326442  T
Q  517 taagatcaatagcaatatattttgcatgttacccgctacagagttgaaaataggccagatcgaacgagaagtactatgatatgacctattcggctatatg 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326443 taagatcaatagcaatatattttgcatgttacccgctacagagttgaaaataggccggatcgaacgagaagtactatgatatgacctattcggctatatg 39326542  T
Q  617 tattcgacctttaccgtattctttgtgccaaacctaacttaaagggttgtcttgaaatcctcatttgtctcatactaccatagtaccattcattgtttcc 716  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326543 tattcgacgtttaccgtattctttgtgccaaacctaacttaaagggttgtcttgaaatcctcatttgtctcatactaccatagtaccattcattgtttcc 39326642  T
Q  717 gctgtgcaatttgtgccaaatggtgaatatgaaatcgacc 756  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326643 gctgtgcaatttgtgccaaatggtgaatatgaaatcgacc 39326682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University