View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13837_low_11 (Length: 364)

Name: NF13837_low_11
Description: NF13837
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13837_low_11
NF13837_low_11
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (11-347)||(16874051-16874387)
chr6 (11-346)||(16580192-16580527)
chr6 (11-346)||(16614853-16615188)
chr6 (46-278)||(16572274-16572506)
chr6 (12-216)||(16977489-16977692)
chr6 (73-130)||(16691581-16691638)
chr6 (295-347)||(16572229-16572281)
chr6 (252-299)||(16977712-16977759)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (11-347)||(11193-11529)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (12-299)||(21628996-21629284)
chr2 (12-274)||(233669-233932)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (12-268)||(48298785-48299042)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-274)||(7391563-7391826)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 11 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 16874387 - 16874051
Alignment:
Q  11 gataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16874387 gataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagtggctgaaattct 16874288  T
Q  111 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacag 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16874287 tactgatgatcttacgcttcacgtcaggaacattggctgcaatattgaaaacttccaatagcataacagatattagatacactgattccagtagctaaag 16874188  T
Q  211 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  16874187 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttccggaaagataagaaaataaagagttaattgttacgttaaataaacgcatgct 16874088  T
Q  311 tagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaat 347  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16874087 tagctaagcaacaaattacaaaagagatgtactcaat 16874051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 11 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 16580527 - 16580192
Alignment:
Q  11 gataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  16580527 gataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaacattttcgggaggacagttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagcgactgaaattct 16580428  T
Q  111 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacag 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16580427 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaacattagctgcaatattgaaaacttccaatagcataacagatattagatacactgattccagtagctaaag 16580328  T
Q  211 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16580327 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttgatttcaacctttccggaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgct 16580228  T
Q  311 tagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaa 346  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16580227 tagcttagcaacaaattacaaaagagatgtactcaa 16580192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 11 - 346
Target Start/End: Original strand, 16614853 - 16615188
Alignment:
Q  11 gataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  16614853 gataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaacattttcgggaggacagttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagcgactgaaattct 16614952  T
Q  111 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacag 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16614953 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaacattagctgcaatattgaaaacttccaatagcataacagatattagatacactgattccagtagctaaag 16615052  T
Q  211 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16615053 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttgatttcaacctttccggaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgct 16615152  T
Q  311 tagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaa 346  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16615153 tagcttagcaacaaattacaaaagagatgtactcaa 16615188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 46 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 16572506 - 16572274
Alignment:
Q  46 taacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatg 145  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16572506 taacatttttgggagaaccgttgaatgttttttgtcactgatctcgagcaagcgactgaaattcttactgatgatcttacgcttcacgtcatgaatattg 16572407  T
Q  146 gctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacagatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16572406 gctgcaatattgaaaacttccaatagcatatcagatattagatacactgattccagtagctaaagatttatgtgcatacgatatggcatctgtcggcttc 16572307  T
Q  246 tttccaacctttcctgaaagataagtaaataaa 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16572306 tttccaacctttcctgaaagataagtaaataaa 16572274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Original strand, 16977489 - 16977692
Alignment:
Q  12 ataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattctt 111  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||  ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||  |||     ||||||| |    
T  16977489 ataagaagccttgttacaaccatgacatgatccttaacattttctggtagaccgctgaattttgtttatcactgatctcgaaaaagcaatggaaattcgt 16977588  T
Q  112 actgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacaga 211  Q
    | ||||||||||| ||||| |||| |||| | |||||||| ||| | || ||| || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||  |||    
T  16977589 attgatgatcttatgcttcgcgtcttgaacattggctgcattatgggaa-cttgcattagcatagaagatattatatacactgattccaggagctcaaga 16977687  T
Q  212 tttat 216  Q
    |||||    
T  16977688 tttat 16977692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 73 - 130
Target Start/End: Original strand, 16691581 - 16691638
Alignment:
Q  73 ttttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattcttactgatgatcttacgcttc 130  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||| |||||    
T  16691581 ttttttgtcaccgatctcgagcaagcgatggaaattcttactgatgatcttatgcttc 16691638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 16572281 - 16572229
Alignment:
Q  295 taaataaacacatgcttagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaat 347  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  16572281 taaataaacgcatgcttagcttagcaacaaattgcaaaagagatttactcaat 16572229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 252 - 299
Target Start/End: Original strand, 16977712 - 16977759
Alignment:
Q  252 acctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaat 299  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  16977712 acctttcctaaaagataagtaaataaagagttaacttttattttaaat 16977759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 347
Target Start/End: Original strand, 11193 - 11529
Alignment:
Q  11 gataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgtttttt-gtcacggatctcgagcaagtggctgaaattc 109  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |   ||||||     
T  11193 gataagaagccttgtgacaaccatgacatgatccttaacattt-caggaggaccgttgaatgtttttttgtcactgatctcgagcaagcgaaggaaattg 11291  T
Q  110 ttactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctaca 209  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||||| | ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| | || || |  |    
T  11292 ttactgatgatcttatgcttcgcatcatgaacattggctgcaatattgggaacttccagtagcatagcagatactagatacactgatcctaggagatcga 11391  T
Q  210 gatttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacacatgc 309  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11392 gatttatatgcatatgatatggcatctgcatgcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaataaacgcatgc 11491  T
Q  310 ttagctaagcaacaatttacaaaagagatgtactcaat 347  Q
    |||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  11492 ttaggttagcaacgaattacaaaagagatgtactcaat 11529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 12 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 21629284 - 21628996
Alignment:
Q  12 ataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgtt-ttttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattct 110  Q
    ||||||||  |||||||| |||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |   ||||||||    
T  21629284 ataagaagtcttgtgacagccataacatgatccctaacattttcaggaggaccgttgaatgttcttttgtcacttatctcgagcaagcgatggaaattct 21629185  T
Q  111 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacag 210  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| || ||||  ||    
T  21629184 tactgatgatcttacgcttcgtgtcatgaatattggctgccatattgggaacttccaataccatagcagatatgagatacactgattcaaggagctcaag 21629085  T
Q  211 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaataaagagttaattgttatgttaaat 299  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  21629084 atttatatgcatatgatatggcatcagccggcttctttccaacaattcctgaaatataaggaaaaaaagagttaattgtgatgttaaat 21628996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 274
Target Start/End: Original strand, 233669 - 233932
Alignment:
Q  12 ataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttt-tttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattct 110  Q
    ||||||| | ||||| || |||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||| |||||| ||| ||||||||    
T  233669 ataagaacccttgtggcagccataacatgatccctgacagtttcaggaggaccggtgaatgtttgtttctcactgacctcaagcaagcggcggaaattct 233768  T
Q  111 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacag 210  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||||| || ||   ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  ||    
T  233769 tactgatgatcttacgcttagcatcatgaacattggctgccatgtttggaacttccagcagcatagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaag 233868  T
Q  211 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaa 274  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  233869 atttatatgcatatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagataattaaa 233932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 268
Target Start/End: Original strand, 48298785 - 48299042
Alignment:
Q  12 ataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttt-tttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattct 110  Q
    ||||||| | ||||| || |||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||| |||||| ||| ||||||||    
T  48298785 ataagaacccttgtggcagccataacatgatccctgacagtttcaggaggaccggtgaatgtttgtttctcactgacctcaagcaagcggcggaaattct 48298884  T
Q  111 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacag 210  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||||| || |||  ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  ||    
T  48298885 tactgatgatcttacgcttagcatcatgaacattggctgccatgttgggaacttccagcagcatagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaag 48298984  T
Q  211 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagata 268  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  48298985 atttatatgcatatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagata 48299042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 7391826 - 7391563
Alignment:
Q  12 ataagaagcattgtgacaaccatgacatgttccataacattttcgggaggaccgttgaatgttt-tttgtcacggatctcgagcaagtggctgaaattct 110  Q
    ||||||| | ||||| || |||| ||||| ||| | ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| || | || ||| |||||| | | ||||||||    
T  7391826 ataagaacccttgtggcagccataacatgatccctgacagtttcaggaggaccggtgaatgtttgtttctcgctgacctcaagcaagcgtcggaaattct 7391727  T
Q  111 tactgatgatcttacgcttcacgtcatgaataatggctgcaatattgaaaacttccaatagcatagcagatgttagatacactgattccagtagctacag 210  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||||| || |||  ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  ||    
T  7391726 tactgatgatcttacgctttgcatcatgaacattggctgccatgttgggaacttccagcagcatagcagatgtaagatgcactgattccaggagctcaag 7391627  T
Q  211 atttatgtgcatatgatatggcatctgtcggcttctttccaacctttcctgaaagataagtaaa 274  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7391626 atttatatgcatatgatatggcatctgccgtcttctttccaacctttcctgaaagataattaaa 7391563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University