View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13838_high_14 (Length: 306)

Name: NF13838_high_14
Description: NF13838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13838_high_14
NF13838_high_14
[»] chr4 (43 HSPs)
chr4 (23-295)||(24477453-24477725)
chr4 (27-284)||(24421224-24421481)
chr4 (27-284)||(24470242-24470499)
chr4 (40-295)||(24470423-24470678)
chr4 (73-215)||(24477407-24477549)
chr4 (23-119)||(24421316-24421412)
chr4 (31-289)||(24470765-24471022)
chr4 (23-119)||(24470311-24470407)
chr4 (23-119)||(24470503-24470599)
chr4 (31-221)||(24420604-24420794)
chr4 (28-278)||(24470536-24470786)
chr4 (34-295)||(24421039-24421300)
chr4 (27-284)||(24421080-24421337)
chr4 (28-278)||(24420937-24421187)
chr4 (55-272)||(24470686-24470902)
chr4 (34-269)||(24420895-24421130)
chr4 (55-289)||(24420724-24420958)
chr4 (34-284)||(24470578-24470828)
chr4 (27-284)||(24470386-24470643)
chr4 (28-272)||(24420553-24420797)
chr4 (40-284)||(24420805-24421049)
chr4 (27-284)||(24420984-24421241)
chr4 (70-289)||(24420499-24420718)
chr4 (27-284)||(24420648-24420905)
chr4 (27-284)||(24420744-24421001)
chr4 (27-278)||(24470488-24470739)
chr4 (27-278)||(24470728-24470978)
chr4 (31-274)||(24470971-24471214)
chr4 (28-284)||(24470818-24471073)
chr4 (49-140)||(24476978-24477069)
chr4 (27-77)||(24477004-24477054)
chr4 (31-284)||(24420508-24420761)
chr4 (211-287)||(24481484-24481559)
chr4 (27-95)||(24481492-24481559)
chr4 (68-120)||(24482195-24482247)
chr4 (26-120)||(24406392-24406486)
chr4 (26-120)||(24406494-24406588)
chr4 (34-176)||(24477197-24477339)
chr4 (160-221)||(24476993-24477054)
chr4 (28-92)||(24477092-24477156)
chr4 (229-289)||(24481334-24481394)
chr4 (205-245)||(24481852-24481892)
chr4 (204-244)||(24482157-24482197)
[»] scaffold0879 (8 HSPs)
scaffold0879 (27-146)||(4431-4550)
scaffold0879 (27-284)||(4437-4694)
scaffold0879 (34-295)||(4474-4735)
scaffold0879 (28-278)||(4587-4837)
scaffold0879 (49-269)||(4644-4864)
scaffold0879 (27-284)||(4533-4790)
scaffold0879 (163-284)||(4725-4846)
scaffold0879 (23-56)||(4425-4458)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (27-274)||(41900009-41900256)
chr2 (68-284)||(41899954-41900170)
chr2 (208-287)||(41899950-41900029)
chr2 (73-278)||(41900295-41900500)
chr2 (36-280)||(41899826-41900070)
chr2 (28-120)||(41900538-41900630)
chr2 (28-119)||(41900346-41900437)
chr2 (105-274)||(41900279-41900448)
chr2 (151-266)||(41900517-41900632)
chr2 (27-119)||(41900297-41900389)
chr2 (217-284)||(41900295-41900362)
chr2 (27-120)||(41899961-41900054)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (88-269)||(11879445-11879626)
chr1 (27-119)||(11879451-11879543)
chr1 (133-289)||(11902069-11902225)
chr1 (208-289)||(11879473-11879554)
chr1 (228-269)||(11902377-11902418)
chr1 (49-119)||(11902047-11902117)
chr1 (49-119)||(11902095-11902165)
chr1 (202-287)||(11901906-11901991)
chr1 (23-119)||(11879499-11879595)
chr1 (73-116)||(11879694-11879737)
chr1 (70-119)||(52821380-52821429)
chr1 (241-269)||(11879685-11879713)
chr1 (35-119)||(11901930-11902014)
chr1 (205-269)||(52821035-52821099)
chr1 (40-116)||(52821302-52821378)
[»] scaffold1918 (2 HSPs)
scaffold1918 (85-120)||(16-51)
scaffold1918 (35-116)||(425-506)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 43)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 23 - 295
Target Start/End: Original strand, 24477453 - 24477725
Alignment:
Q  23 gactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggact 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24477453 gactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggact 24477552  T
Q  123 cttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24477553 cttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttg 24477652  T
Q  223 tacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 295  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24477653 tacacatatggaggaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtggtgatg 24477725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Original strand, 24421224 - 24421481
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24421224 cttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactctta 24421323  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24421324 tagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtaca 24421423  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||  |||||||||    
T  24421424 catacggaggaggtggtgagggagatggtggaggtggagatttgtagtaataaggtgg 24421481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24470499 - 24470242
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24470499 cttgtaaacatagggcgggggaggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactctta 24470400  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24470399 tagacatatggtgggggaggtgaaggtgatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtaca 24470300  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||  |||||||||    
T  24470299 catacggaggaggtggtgagggagatggtggaggtggagatttgtagtaataaggtgg 24470242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 24470678 - 24470423
Alignment:
Q  40 ggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtg 139  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24470678 ggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtg 24470579  T
Q  140 ggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaagg 239  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||  | || ||||||||||| |||||||| ||||| || |  ||    
T  24470578 ggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacatagggcggggg 24470479  T
Q  240 tggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 295  Q
     |||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  24470478 aggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatg 24470423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 73 - 215
Target Start/End: Original strand, 24477407 - 24477549
Alignment:
Q  73 gacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatt 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |    
T  24477407 gacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagaggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgact 24477506  T
Q  173 tgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtgg 215  Q
    ||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  24477507 tgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 24477549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Original strand, 24421316 - 24421412
Alignment:
Q  23 gactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24421316 gactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtgg 24421412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 24471022 - 24470765
Alignment:
Q  31 tagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttataga 130  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||| ||| || ||   |||||| |    
T  24471022 tagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagatgctggaggaggtgacttataaa 24470923  T
Q  131 catatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacata 230  Q
    | ||||| || || ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  24470922 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgg-ggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatacata 24470824  T
Q  231 tggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 289  Q
    ||| | ||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||    
T  24470823 tggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtg 24470765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 24470407 - 24470311
Alignment:
Q  23 gactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24470407 gactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggtgatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtgg 24470311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 24470599 - 24470503
Alignment:
Q  23 gactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||    
T  24470599 gactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtgg 24470503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 221
Target Start/End: Original strand, 24420604 - 24420794
Alignment:
Q  31 tagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttataga 130  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||   ||||| |    
T  24420604 tagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaa 24420703  T
Q  131 catatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggactt 221  Q
    | ||||| || || ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  24420704 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgactt 24420794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 24470786 - 24470536
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttat 127  Q
    ||||||||||||||||| || || || || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||   |||||    
T  24470786 ttgtagacatatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttat 24470687  T
Q  128 agacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacac 227  Q
    | | ||| |||||||||||  |||| || || ||||| || || |||||||||| |||||| || || ||  |||| || ||||||||   ||| || ||    
T  24470686 aaatatagggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagac 24470587  T
Q  228 atatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacata 278  Q
    |||||| |  || ||||| |||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  24470586 atatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacata 24470536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 295
Target Start/End: Original strand, 24421039 - 24421300
Alignment:
Q  34 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacat 133  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||| | || |||||||| | |||||| || || ||||| || ||||||||||||||   ||| || | ||    
T  24421039 acatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatat 24421138  T
Q  134 atggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatgg 233  Q
    |||| || || ||  | || || || || |||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  24421139 atggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataagg 24421238  T
Q  234 agaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 295  Q
     |  || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  24421239 tgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatg 24421300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Original strand, 24421080 - 24421337
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||| | ||||||||| || ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| | |||||||||||| || || || ||||||||||||||   |||     
T  24421080 cttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttg 24421179  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| || ||||| |||||||| ||||| ||||  || || ||||| ||| | ||||| || || || |||||||| |    
T  24421180 tagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtaga 24421279  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  24421280 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 24421337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 278
Target Start/End: Original strand, 24420937 - 24421187
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttat 127  Q
    |||||||||||||| || || || || || ||||| ||| |||||||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||||||    ||||    
T  24420937 ttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttat 24421036  T
Q  128 agacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacac 227  Q
    | |||||||||||||||||| | || || || ||||| || || ||||| | || ||| || || || ||  | ||||| ||||||||||||||||| |     
T  24421037 atacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaat 24421136  T
Q  228 atatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacata 278  Q
    ||||||||  ||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  24421137 atatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacata 24421187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 24470902 - 24470686
Alignment:
Q  55 ggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggag 154  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||   |||||| ||||||||||| || ||  |||| |    
T  24470902 ggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgg-ggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtg 24470804  T
Q  155 acggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatgg 254  Q
    | || || ||||| ||||||||||||| ||| || || |||||  | ||||| || ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  24470803 atggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatgg 24470704  T
Q  255 tggtggaggagacttata 272  Q
     ||||| || ||||||||    
T  24470703 aggtggtggcgacttata 24470686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 269
Target Start/End: Original strand, 24420895 - 24421130
Alignment:
Q  34 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacat 133  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||   ||| |||||||    
T  24420895 acatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacat 24420994  T
Q  134 atggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatgg 233  Q
    ||||||| || ||| | ||||| || || ||||||||||| || |||| ||| || ||||| ||| | ||||| || || || |||||||| | ||||||    
T  24420995 atggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatgg 24421094  T
Q  234 agaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 269  Q
     | ||| ||||| || ||||||||||| || |||||    
T  24421095 tggagggggtgatggggatggtggtggtggggactt 24421130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 289
Target Start/End: Original strand, 24420724 - 24420958
Alignment:
Q  55 ggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggag 154  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||   |||||| | ||| ||||| |||||  |||| |    
T  24420724 ggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtggaggaggagaaggtg 24420823  T
Q  155 acggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatgg 254  Q
    | || || ||||| || ||||| |||| |||||| ||||| ||  | || ||||||||||| ||||| || |||||||| | ||| ||||| || |||||    
T  24420824 atggtgggggtggggacttgtaaacatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatgg 24420923  T
Q  255 tggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 289  Q
    ||| || ||||| || |||||||| || |||||||    
T  24420924 tgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtg 24420958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24470828 - 24470578
Alignment:
Q  34 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacat 133  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||   ||| |||||||    
T  24470828 acatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacat 24470729  T
Q  134 atggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatgg 233  Q
    |||| || |||||  ||||||| ||||| ||||| || || || | ||  || || ||||||||  | ||||| || || || |||||||| ||||||||    
T  24470728 atggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatgg 24470629  T
Q  234 agaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    ||  |||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  24470628 aggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 24470578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24470643 - 24470386
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    ||||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||  ||||   ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||   |||     
T  24470643 cttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttg 24470544  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| || ||||| |||||||| ||||| ||||  || || ||||| ||| | | ||| || || || |||||||| |    
T  24470543 tagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacatagggcgggggaggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtaga 24470444  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  24470443 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 24470386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 272
Target Start/End: Original strand, 24420553 - 24420797
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttat 127  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||   ||| |    
T  24420553 ttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgt 24420652  T
Q  128 agacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacac 227  Q
    ||| |||||| || || ||  ||||||| || ||||| || ||||| || || | |||||| || || ||  |||| || || ||||| |||||||| ||    
T  24420653 agatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaac 24420752  T
Q  228 atatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttata 272  Q
    |||||| |  || || ||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  24420753 atatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttata 24420797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 284
Target Start/End: Original strand, 24420805 - 24421049
Alignment:
Q  40 ggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtg 139  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || || || ||||||||   |||||| ||||||||||    
T  24420805 ggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaacatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtg 24420904  T
Q  140 ggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaagg 239  Q
    | || ||  |||| || || || ||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  | ||||| || ||||| |||||||| |||||||| | |||    
T  24420905 gagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagg 24421004  T
Q  240 tggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
     || || |||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||    
T  24421005 gggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgg 24421049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Original strand, 24420984 - 24421241
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||||||||||||||| || || || |||||||| ||  ||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||  |||     
T  24420984 cttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttg 24421083  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    || | ||||||||| || ||  | || || || || ||||| || ||||| | || |||||| || |||||  | ||||| |||||||| |||||||| |    
T  24421084 tatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtaga 24421183  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    ||||||||| ||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||    
T  24421184 catatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgg 24421241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 289
Target Start/End: Original strand, 24420499 - 24420718
Alignment:
Q  70 ggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtg 169  Q
    |||||||| |||||||| || || || ||||| ||||||||||| || |||   || || |||||||| || || ||  ||||||| |||||||| || |    
T  24420499 ggtgacttatagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggagggg 24420598  T
Q  170 atttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 269  Q
    | || ||||||| |||||| || || ||  | ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  24420599 acttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagattt 24420698  T
Q  270 atagacataaggtggtggtg 289  Q
    ||| || || || |||||||    
T  24420699 ataaacgtatggaggtggtg 24420718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Original strand, 24420648 - 24420905
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||||| |||||| || || |||||||||||||| ||| | || || || || || ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||   |||     
T  24420648 cttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttg 24420747  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||| || || || | ||  || || ||||||||  | ||||| || |||||||||||||| |    
T  24420748 taaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaa 24420847  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    ||||||||| ||| || || || || || ||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  24420848 catatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtgg 24420905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Original strand, 24420744 - 24421001
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| ||||| || | ||| || || ||||| || || |||||||| |||||   |||     
T  24420744 cttgtaaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttg 24420843  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    || |||||||| || |||||| |||| || ||||| |||||||| || || |||| ||| || || || ||  | ||||| || ||||| || ||||| |    
T  24420844 taaacatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtaga 24420943  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||||||||  ||||| || || |||||||| || || ||||| |||||||| |||||    
T  24420944 catatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtgg 24421001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 24470739 - 24470488
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||| ||||| || | ||| || || ||||| || || |||||||| || |||  |||     
T  24470739 cttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttg 24470640  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    ||||||||||| || || ||  | ||||| || || |||||    || ||||||| ||| || ||||| ||  |||||||||| ||||| |||||||| |    
T  24470639 tagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtaga 24470540  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacata 278  Q
    ||||||||| ||| ||||| || || || ||||| || ||||| || |||||    
T  24470539 catatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacata 24470488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 24470978 - 24470728
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||||| |||||| || || |||||||||||||  ||| | |||||||| || || ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||   |||     
T  24470978 cttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagatgctggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttg 24470879  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    || ||||||||| |||||||  | ||||| |||||||||||||| || || |||| ||| || || || ||  | ||||| || ||||| || ||||| |    
T  24470878 taaacatatggt-ggggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtaga 24470780  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacata 278  Q
    ||||||| |  ||||| || || |||||||| || || ||||| ||||||||    
T  24470779 catatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacata 24470728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 24471214 - 24470971
Alignment:
Q  31 tagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttataga 130  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |||| || ||||||   |||||||| || ||||| |  || || ||||| ||   ||||| ||    
T  24471214 tagacatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggaggaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttatgga 24471115  T
Q  131 catatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacata 230  Q
    |||| ||||| |||||  ||||||| || || || || |||||||| |||| |||||| || || ||  |||| ||||| || |||||||| || || ||    
T  24471114 catagggtggaggaggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacgta 24471015  T
Q  231 tggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttataga 274  Q
    |||||  |||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  24471014 tggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtaga 24470971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 28 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24471073 - 24470818
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttat 127  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||| | || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||   ||| |    
T  24471073 ttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgt 24470974  T
Q  128 agacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacac 227  Q
    ||| |||||| || || ||  ||||||| |  ||||| ||||| || || || | |||||| || || ||  |||| || || ||||| |||||||| ||    
T  24470973 agatatatggaggaggtggtgaaggagatgctggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaac 24470874  T
Q  228 atatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||||| |  || || ||||||||||| || || || |||||||| ||||| |||||    
T  24470873 atatggtg-gggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatacatatggtgg 24470818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 140
Target Start/End: Original strand, 24476978 - 24477069
Alignment:
Q  49 ggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 140  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||   |||||| | |||||||||    
T  24476978 ggtgaagtagatggtggaggtggtgacttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatagatatggtgg 24477069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 77
Target Start/End: Original strand, 24477004 - 24477054
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgactt 77  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  24477004 cttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgactt 24477054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 284
Target Start/End: Original strand, 24420508 - 24420761
Alignment:
Q  31 tagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttataga 130  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||  | || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || || || ||   ||||||||    
T  24420508 tagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttataga 24420607  T
Q  131 catatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacata 230  Q
    ||||||| || || ||  |||| || || || |||||||| ||||||| || ||||||||| || ||  ||||||| || || || || || || || ||    
T  24420608 catatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaacgta 24420707  T
Q  231 tggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||||  ||||| || ||||| ||||| || || ||||| || ||||| |||||    
T  24420708 tggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgg 24420761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 287
Target Start/End: Original strand, 24481484 - 24481559
Alignment:
Q  211 ggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtgg 287  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  24481484 ggtggcgacttgtatacatatggtgg-ggtggtgatggagatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtgg 24481559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 95
Target Start/End: Original strand, 24481492 - 24481559
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtgg 95  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||| |||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  24481492 cttgtatacatatggtggggt-ggtgatggagatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtgg 24481559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 120
Target Start/End: Original strand, 24482195 - 24482247
Alignment:
Q  68 gtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 120  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24482195 gtggtgatttatagacataaggaggtggtggtgatggagatggtggtggtgga 24482247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 120
Target Start/End: Original strand, 24406392 - 24406486
Alignment:
Q  26 tcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 120  Q
    ||||||||| ||| || || || |||||||| || |||||  ||||||||||  ||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24406392 tcttgtagatataaggaggtggcggtgaaggcgaaggaggtggtggtgacttaaagacataaggtggaggaggtgaaggagatggtggaggtgga 24406486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 120
Target Start/End: Original strand, 24406494 - 24406588
Alignment:
Q  26 tcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 120  Q
    ||||||||| ||| || || || |||||||| || |||||  ||||||||||  ||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24406494 tcttgtagatataaggaggtggcggtgaaggcgaaggaggtggtggtgacttaaagacataaggtggaggaggtgaaggagatggtgggggtgga 24406588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 176
Target Start/End: Original strand, 24477197 - 24477339
Alignment:
Q  34 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacat 133  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| ||| |  | ||||| || |||||||| || || |||||| | || |||||||||||   ||| |||||||    
T  24477197 acatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaagagacttatatacatatggtggagggggtgagtgtgacggtggtggtggggacttgtagacat 24477296  T
Q  134 atggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgta 176  Q
    | ||||  |||||| |||| || ||||| ||||||||||||||    
T  24477297 aaggtgaaggaggggaaggggatggaggtggtggtgatttgta 24477339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 221
Target Start/End: Original strand, 24476993 - 24477054
Alignment:
Q  160 ggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggactt 221  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  24476993 ggaggtggtgacttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgactt 24477054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 92
Target Start/End: Original strand, 24477092 - 24477156
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggagg 92  Q
    ||||| |||||||| || || || || |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  24477092 ttgtaaacatatggaggtggtggggatggagatggaggaggtggtgccttatagacatatggagg 24477156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 229 - 289
Target Start/End: Original strand, 24481334 - 24481394
Alignment:
Q  229 tatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 289  Q
    ||||||| ||||||||| || || ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  24481334 tatggaggaggtggtgatggtgagggtggaggaggtgactcataaacataaggtggtggtg 24481394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 205 - 245
Target Start/End: Original strand, 24481852 - 24481892
Alignment:
Q  205 ggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtga 245  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24481852 ggaggtgggggtgacttgtacacatatggaggaggtggtga 24481892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 204 - 244
Target Start/End: Original strand, 24482157 - 24482197
Alignment:
Q  204 tggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtg 244  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24482157 tggaggaggtggtgacttgtacacatatggaggaggtggtg 24482197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 8)
Name: scaffold0879
Description:

Target: scaffold0879; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 27 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 4550 - 4431
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  4550 cttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactctta 4451  T
Q  127 tagacatatggtgggggagg 146  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  4450 tagacatatggtgggggagg 4431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4694 - 4437
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||| | ||||||||| || ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| | |||||||||||| || || || ||||||||||||||   |||     
T  4694 cttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttg 4595  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| || ||||| |||||||| ||||| |||| ||| || ||||| ||| | ||||| || || || |||||||| |    
T  4594 tagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtaga 4495  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||    
T  4494 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgg 4437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4735 - 4474
Alignment:
Q  34 acatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacat 133  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||| ||| | || |||||||| | |||||| || || ||||| || ||||||||||||||   ||| || | ||    
T  4735 acatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatat 4636  T
Q  134 atggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatgg 233  Q
    |||| || || ||  | || || || || |||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4635 atggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatgg 4536  T
Q  234 agaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtgatgatg 295  Q
     |  || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  4535 tgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatg 4474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4837 - 4587
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttat 127  Q
    |||||||||||||| || || || || || ||||| ||| |||||||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||||||    ||||    
T  4837 ttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttat 4738  T
Q  128 agacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacac 227  Q
    | |||||||||||||||||| | || || || ||||| || || ||||| | || ||| || || || ||  | ||||| ||||||||||||||||| |     
T  4737 atacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaat 4638  T
Q  228 atatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacata 278  Q
    ||||||||  ||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  4637 atatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacata 4587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 49 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 4864 - 4644
Alignment:
Q  49 ggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggga 148  Q
    |||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||   ||| |||||||||||||| || |||     
T  4864 ggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggaggggggg 4765  T
Q  149 aaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgaggg 248  Q
    | ||||| || || ||||||||||| || |||| ||| || ||||| ||| | ||||| || || || |||||||| | |||||| | ||| ||||| ||    
T  4764 atggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatgg 4665  T
Q  249 agatggtggtggaggagactt 269  Q
     ||||||||||| || |||||    
T  4664 ggatggtggtggtggggactt 4644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4790 - 4533
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||||||||||||||| || || || |||||||| ||  ||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||  |||     
T  4790 cttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttg 4691  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    || | ||||||||| || ||  | || || || || ||||| || ||||| | || |||||| || |||||  | ||||| |||||||| |||||||| |    
T  4690 tatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtaga 4591  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    ||||||||| ||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||    
T  4590 catatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgg 4533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 163 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4846 - 4725
Alignment:
Q  163 ggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggag 262  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  | ||||| || ||||| |||||||| |||||||| | ||| || || |||||||| ||||| |    
T  4846 ggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtg 4747  T
Q  263 gagacttatagacataaggtgg 284  Q
    | || ||||| ||||| |||||    
T  4746 gtgatttatatacatatggtgg 4725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 4458 - 4425
Alignment:
Q  23 gactcttgtagacatatggtgggggaggtgaagg 56  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4458 gactcttatagacatatggtgggggaggtgaagg 4425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 27 - 274
Target Start/End: Original strand, 41900009 - 41900256
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactctta 126  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||| | | | ||  | || | | |||||||||| |||   ||     
T  41900009 cttgtagacatatggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtggagagttgtagacataagaaaggggtagcgatgcatatggtggtggaggagatttg 41900108  T
Q  127 tagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtaca 226  Q
    || |||||||| || || ||  ||||||| ||||| || || |||||||||||||  || || ||||| ||| |||| ||| ||||||| ||||||| ||    
T  41900109 taaacatatggaggcggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatacggtggaggaggtgagggagaaggatgtggtggtgacttgtgca 41900208  T
Q  227 catatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttataga 274  Q
    |||| || | ||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  41900209 cataaggcggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaga 41900256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 68 - 284
Target Start/End: Original strand, 41899954 - 41900170
Alignment:
Q  68 gtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtgg 167  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||   ||| |||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||    
T  41899954 gtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtgg 41900053  T
Q  168 tgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagac 267  Q
     || ||||||||||  | | | ||  | ||   | |||| ||||| || || ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||     
T  41900054 agagttgtagacataagaaaggggtagcgatgcatatggtggtggaggagatttgtaaacatatggaggcggtggtgaaggagagggaggtggaggagat 41900153  T
Q  268 ttatagacataaggtgg 284  Q
    || |||||||| |||||    
T  41900154 ttgtagacatacggtgg 41900170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 208 - 287
Target Start/End: Original strand, 41899950 - 41900029
Alignment:
Q  208 ggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtgg 287  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||    
T  41899950 ggtggtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtgg 41900029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 73 - 278
Target Start/End: Original strand, 41900295 - 41900500
Alignment:
Q  73 gacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatt 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||   || |||||||||||||| ||| |  ||||||| ||||| |||||||| |    
T  41900295 gacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaaggaggtggtggtgact 41900394  T
Q  173 tgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttata 272  Q
    |||| | ||  || || || || ||  | ||||| ||||||||||||||||| |  || | |   ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  41900395 tgtaaatataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtagatgtaagaaaggggtagtgatgcagatggtggaggaggagacttata 41900494  T
Q  273 gacata 278  Q
    ||||||    
T  41900495 gacata 41900500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 36 - 280
Target Start/End: Original strand, 41899826 - 41900070
Alignment:
Q  36 atatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatat 135  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |||  ||| ||  |||||    
T  41899826 atatggtggaggaggtgaagaagaaggtggaggtggagacttgtaaacatatggaggaggcggtgaaggtgatggtgggggaggagacttgtacgcatat 41899925  T
Q  136 ggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggag 235  Q
    || || || ||  | || || || || ||||| || ||||| |||| |||||| || || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  41899926 ggaggagggggtgacggggaaggcggtggtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtg 41900025  T
Q  236 aaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataag 280  Q
      || ||||| ||||| || || || ||||| || ||||||||||    
T  41900026 gtggaggtgaaggagagggaggaggtggagagttgtagacataag 41900070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 120
Target Start/End: Original strand, 41900538 - 41900630
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 120  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  |||||||||| || | ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||    
T  41900538 ttgtagacatatggcggaggaggtgaaggagagggaggtggtggtgacttataaatataaggtggaggtggtgaaggagatggtggtggtgga 41900630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 119
Target Start/End: Original strand, 41900346 - 41900437
Alignment:
Q  28 ttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||||||||||| | ||| || || || ||||| || ||||||||||||||    
T  41900346 ttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaaggaggtggtggtgacttgtaaatataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtgg 41900437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 274
Target Start/End: Original strand, 41900279 - 41900448
Alignment:
Q  105 agatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagat 204  Q
    ||||||||| || |||  ||| ||||||||||| || || ||  ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||| || ||| | ||  ||||     
T  41900279 agatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaa 41900378  T
Q  205 ggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttataga 274  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| || | ||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  41900379 ggaggtggtggtgacttgtaaatataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaga 41900448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 266
Target Start/End: Original strand, 41900517 - 41900632
Alignment:
Q  151 ggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggag 250  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||||||| ||| || ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| || | ||| || | ||||||||| ||||    
T  41900517 ggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggcggaggaggtgaaggagagggaggtggtggtgacttataaatataaggtggaggtggtgaaggag 41900616  T
Q  251 atggtggtggaggaga 266  Q
    |||||||||| |||||    
T  41900617 atggtggtggtggaga 41900632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 119
Target Start/End: Original strand, 41900297 - 41900389
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||  | || || |||||||||||||| || ||| |||| ||||| || ||||||||    
T  41900297 cttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaaggaggtggtgg 41900389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 217 - 284
Target Start/End: Original strand, 41900295 - 41900362
Alignment:
Q  217 gacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtgg 284  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  41900295 gacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtgg 41900362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 120
Target Start/End: Original strand, 41899961 - 41900054
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 120  Q
    |||||| |||||||| || || ||||| || || || ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||    
T  41899961 cttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtgga 41900054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 88 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 11879626 - 11879445
Alignment:
Q  88 ggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggag 187  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||   |||||||| || ||| |||| || || || |||||||| ||||| ||||  ||||    
T  11879626 ggaggtggaggtgaaggagaaggtggtggaggactcttgtagtagtatggtggtggtggggaaggtgagggtggtggtggtgacttgtacacataaggag 11879527  T
Q  188 gcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 269  Q
    | || || ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||||||||| || |||||    
T  11879526 gtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagttggtggtggtggtgactt 11879445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 11879543 - 11879451
Alignment:
Q  27 cttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    |||||| ||||| || || || |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  11879543 cttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagttggtggtggtgg 11879451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 11902225 - 11902069
Alignment:
Q  133 tatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacatatg 232  Q
    ||||||||||| ||| |||| || || || |||||||| ||||| || |  ||||| || || ||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  11902225 tatggtgggggcggggaaggcgagggtggtggtggtgacttgtacacgtaaggaggtgggggtgatggggatggaggtggtggtgacttgtacacataag 11902126  T
Q  233 gagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 289  Q
    |||  |  ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  11902125 gaggtgacggtgaaggagatggtggtggtggtgacttgtatacataaggaggtggtg 11902069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 11879554 - 11879473
Alignment:
Q  208 ggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtg 289  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  11879554 ggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtg 11879473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 11902418 - 11902377
Alignment:
Q  228 atatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 269  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902418 atatggaggaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 11902377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 11902117 - 11902047
Alignment:
Q  49 ggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||||    
T  11902117 ggtgaaggagatggtggtggtggtgacttgtatacataaggaggtggtggtgaagaagttggtggtggtgg 11902047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 11902165 - 11902095
Alignment:
Q  49 ggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    ||||| || ||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  11902165 ggtgatggggatggaggtggtggtgacttgtacacataaggaggtgacggtgaaggagatggtggtggtgg 11902095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 202 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 11901991 - 11901906
Alignment:
Q  202 gatggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtgg 287  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||  |||||||||||||    
T  11901991 gatgggggaggtggtgacttatacacataaggaggaggtggtgagggagacggcggtggtggggacttgtactcataaggtggtgg 11901906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 11879595 - 11879499
Alignment:
Q  23 gactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    |||||||||||   |||||||| || || ||||| || || ||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  11879595 gactcttgtagtagtatggtggtggtggggaaggtgagggtggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtgg 11879499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 73 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 11879737 - 11879694
Alignment:
Q  73 gacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 116  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11879737 gacttgtagtaatatggtggtggaggtgagggagatggtggtgg 11879694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 119
Target Start/End: Original strand, 52821380 - 52821429
Alignment:
Q  70 ggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    ||||||||||||   || |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52821380 ggtgacttgtagtagtaaggaggtggaggtgagggagagggtggtggtgg 52821429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 241 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 11879713 - 11879685
Alignment:
Q  241 ggtgagggagatggtggtggaggagactt 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11879713 ggtgagggagatggtggtggaggagactt 11879685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 11902014 - 11901930
Alignment:
Q  35 catatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgg 119  Q
    |||||||||| || ||||| |  ||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  11902014 catatggtggtgggggtgacgaggatgggggaggtggtgacttatacacataaggaggaggtggtgagggagacggcggtggtgg 11901930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 205 - 269
Target Start/End: Original strand, 52821035 - 52821099
Alignment:
Q  205 ggaggtggtggggacttgtacacatatggagaaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 269  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||| ||| || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  52821035 ggaggtggtggggacttgtaataatatggaggaggaggggagggtgagggtggtgggggagactt 52821099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 116
Target Start/End: Original strand, 52821302 - 52821378
Alignment:
Q  40 ggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 116  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||  | ||||||||||||   || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52821302 ggtggaggaggtgaaggtgaaggtggtggaggtgacttgtagtagtaaggaggtggaggtgagggagagggtggtgg 52821378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1918 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold1918
Description:

Target: scaffold1918; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 120
Target Start/End: Original strand, 16 - 51
Alignment:
Q  85 tatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16 tatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtgga 51  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1918; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 116
Target Start/End: Original strand, 425 - 506
Alignment:
Q  35 catatggtgggggaggtgaaggagatggaggacgtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtgg 116  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |  || || ||||||||||| || ||||| |||||    
T  425 catatggtggtggaggtgacggtgatggaggtggtggtgacttgtaaatgtaaggtggtggaggtgatggtgatggaggtgg 506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University