View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13840_low_1 (Length: 779)

Name: NF13840_low_1
Description: NF13840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13840_low_1
NF13840_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-764)||(3945824-3946587)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 708; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 708; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 3946587 - 3945824
Alignment:
Q  1 ctcaaataaaatgaagataaaatggataactaactctatttatagaaacatgttaacaaacttttaactatatatttaatatttacatacataacgataa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  3946587 ctcaaataaaatgaagataaaatggataactaactctatttatagaaacatgttaacaaaattttaactatatatttaatatttacatacatgaagataa 3946488  T
Q  101 caggagaagaacatttaataatgtgtacctggtttgatgcaagaacagcaatcttatacttaggatcaagagctggcacttttagaatagatctcacagc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946487 caggagaagaacatttaataatgtgtacctggtttgatgcaagaacagcaatcttatatttaggatcaagagctggcacttttagaatagatctcacagc 3946388  T
Q  201 attatatgttttagagatttttaagaaatcctcttccattcgtaatcgaggccatttaacatgatcaaaaacaaaatcgctgtaataataatgagaacat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946387 attatatgttttagagatttttaagaaatcctcttccattcgtaatcgaggccatttaacatgatcaaaaacaaaatcgctgtaataataatgagaacat 3946288  T
Q  301 taaatgatttattttaagataaaagacaaataatgcatgagtaattattagcacatacgttcttgagtagaagagtcctttattttgaggtacaaaaaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946287 taaatgatttattttaagataaaagacaaataatgcatgagtaattattagtacatacgttcttgagtagaagagtcctttattttgaggtacaaaaaca 3946188  T
Q  401 tccgcagcaataatgttaccaccattagaggcaatgcaatctgatagttttgctacaattccaattgaatcctatcacnnnnnnnnnnnnccaattcaca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||    
T  3946187 tccgcagcaataatgttaccaccattagaggcaatgcaatctgatagttttgctacaattccaattgaatcctatcacaaaaaacaaaaaccaattcaca 3946088  T
Q  501 tgtgatattgaatgatgataataattcaatagatgtgagaatatgaatggcacttacaggacattgaaagacatggataccatgggttaggaaggaactg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946087 tgtgatattgaatgatgataataattcaatagatgtgagaatatgaatggcacttacaggacattgaaagacatggataccatgggttaggaaggaactg 3945988  T
Q  601 gaagcagaattatcattaaaagaattgtgactgtaatttctataggaaaatctgacaactttggaactgaaaccagaacacaatcttcggatgttgttca 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945987 gaagcagaattatcattaaaagaattgtgactgtaatttctataggaaaatctgacaactttggaactgaaaccagaacacaatcttcggatgttgttca 3945888  T
Q  701 ttttatttgtttgtctcaaaattaatctgtttaattggatgtggttgggtagtgcaattgtgtt 764  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945887 ttttatttgtttgtctcaaaattaatctgtttaattggatgtggttgggtagtgcaattgtgtt 3945824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University