View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13849_low_1 (Length: 841)

Name: NF13849_low_1
Description: NF13849
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13849_low_1
NF13849_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (180-824)||(6649124-6649767)
chr6 (19-140)||(6649007-6649126)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 180 - 824
Target Start/End: Original strand, 6649124 - 6649767
Alignment:
Q  180 ctgtcggatcggacattaacatgagtcgcacgccagacacgcctttgattgtagtgtcggtactgtatcaagtcttaccatcaccatattgtaccgtgac 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  6649124 ctgtcggatcggacattaacatgagttgcacgccagacacgc-tttgattgtagtgtcggtactgcatcaagtcttaccatcaccatattataccatgac 6649222  T
Q  280 aaatataactaaaagcttttcccttttcccgctatgtatggatcaatatcaccatcaccatattatttatcatgacaaataccatgttttcggaaaggtc 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6649223 aaatataactaaaagcttttcccttttcccgctatgtatggatcaatatcaccatcaccgtattatttatcatgacaaataccatgttttcggaaagatc 6649322  T
Q  380 gtctagatcaagatatagataggaactttctttgtacagtataaattgaagacaaatagcaagaccccaaattgatctaggactaaccccaaatttgatg 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6649323 gtctagatcaagatatagataggaactttctttgtacagtataaattgaagacaaatagcaagaccccaaattgatctaggactaaccccaaatttgatg 6649422  T
Q  480 aagaactatgagatatcccataattatgattgacaatttgtaaaattaattcatgacagaaatagatcaagnnnnnnngtaaatttactacaacaaaagc 579  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  6649423 aagaattatgagatatcccataattatgcttgataatttgtaaaatcaattcatgacagaaatagatcaagaaaaaaagtaaatttactacaacaaaagc 6649522  T
Q  580 atgaaactagccaaacgtgaaatttattatgctgattgataactgtgaaggtacaataatgtaacatgaaacaaaaactcagatcaacatgatttgaatc 679  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6649523 atgaaattagccaaacatgaaatttattatgatgattgataactgtgaaggtacaataatgtaacatgaaacaaaagctcagatcaacatgatttgaatc 6649622  T
Q  680 cacattcctttttctaatataactaagaactaatggatcttacaaccaatcatagtaggttcatgtatgctaaaaattgtgtctttttctaactcagaat 779  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6649623 cacattcctttttctaatataactaagaactaatggatcttacaaccaatcatagtaggttcatgtatgctaaaaattgtgtctttttctaactcagaat 6649722  T
Q  780 ttggttttagtctcgtagatctaactcaaccacacaaaatcacag 824  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6649723 ttggttttagtctcgtagatctaactcaaccacacaaaatcacag 6649767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 140
Target Start/End: Original strand, 6649007 - 6649126
Alignment:
Q  19 gtaaattccttacatgaattaataaacaccatcaccataacaataaaacagatcaattctcaactatgaagcacctatatataaaaacggacaccagtca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  6649007 gtaaattccttacatgaattaataaacaccatcaccataacaataaaacagatcaattctcaactatgaagcacc--tatataaaaacggacaccagtca 6649104  T
Q  119 tgaaactgttacatcgactctg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  6649105 tgaaactgttacatcgactctg 6649126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University