View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13860_low_2 (Length: 840)

Name: NF13860_low_2
Description: NF13860
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13860_low_2
NF13860_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-829)||(42558019-42558867)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 42558867 - 42558019
Alignment:
Q  18 aggttttcacaagtggttagaatgcaactcaatcaaactgacacccagagggttttagatgtaagccctaatctattttatgtttggtaccgctaatcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42558867 aggttttcacaagtggttagaatgcaactcaatcaaactgacaccaagagggttttagatgtaagccctaatctattttatgtttggtaccgcgaatcac 42558768  T
Q  118 catgattttttcaaaaccgcatatt-----------------atagcgattcttgttaaccaaagtggtatcaaacataggagcttatatttttccc--- 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||                 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||       
T  42558767 catgattttttcaaaacctcatattgtagcttcttcaaaattatagcgattcttgttaaccaaagtgatatcaaacatatgagcttatatttttcccccc 42558668  T
Q  198 -----tctctcttttaccaattaatttgatatttgtatgagtgaaatgaaatttgtactatttcagggttgtaagcagagtaggattaagctgtgtggag 292  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42558667 ctctctctctcttttaccaattaatttgatatttgtatgtgtgaaatgaaatttgtactatttcagggttgtaagcagagtaggattaagctgtgtggag 42558568  T
Q  293 caataactgcagcgggattaatggctgcacatagcaacaagaataatagttctaagaattacgggattattaccctcactgattgccggtccactcttga 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42558567 caataactgcagcgggattaatggctgcacatagcaacaagactaatagttctaagaagtacgggattattaccctcactgattgccggtccactcttga 42558468  T
Q  393 gccacctctctcaaatcacaattttggtatgtttatcacttgcatttactaaattttgtactaaactttttgtttatgaggacagaaaattgatttatgg 492  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42558467 cccacctctctcaaatcacaattttggtatgtttatcacttgcatttactaaattttgtactaaactttttgtttatgaggacagaaaattgatttatgg 42558368  T
Q  493 taattagagtaataattcttgatctagaaccattaatatggatatggaaacagaagtaaagtactta--------tgaccaatcaacattcattccttat 584  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||        |||||||||||||||||||||||||    
T  42558367 taattagagtaataattcttgatctagaaccattaatatggatatggaaacagaagttcagtacttatatacaactgaccaatcaacattcattccttat 42558268  T
Q  585 tcgtgaaaagaaaaactgacactgcagctggtagtgtactatttatagtaacagcaagcagaactttgcgtacaggcataaa---tgcattaaaaacttt 681  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  42558267 tcgtaaaaagaaaaactgacactgcagctggtagtgtactatttatagtaacagcaagcagaactttgcgtacaggcataaatgttgcattaaaaacttt 42558168  T
Q  682 tgaatgatttttgtaaggaatctaaaatatgnnnnnnnnttga--annnnnnnnctttcaaaattcatttaagtatacataatttacacattnnnnnnnn 779  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||        ||||           ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||            
T  42558167 tgaatgatttttttaaggaatctaaaaaatg-aaaaaaattgatttttttttttctttcaaaattcattaaagtatacataatttacgtattaaaaaaaa 42558069  T
Q  780 gtacgtaagttcgtaaaaattaactcaattggcaatgtgatattcttcga 829  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  42558068 gtatgtaagttcgtaaaaattaactcaattggcaatgcgatattgttcga 42558019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University