View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13860_low_3 (Length: 697)

Name: NF13860_low_3
Description: NF13860
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13860_low_3
NF13860_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-678)||(56491958-56492635)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 678
Target Start/End: Original strand, 56491958 - 56492635
Alignment:
Q  1 ttaaaacattttataatcatattagaatgtattttatgtttaaagaatattattgtttcgggtcataagtgtagatattagagacaactgagttaacaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  56491958 ttaaaacattttataatcatattagaatgtattttatgtttaaagaatattattgtttcgggtcataagtgtagatattagagacaactgagtcaacaaa 56492057  T
Q  101 attgatatattaaaattaattggataaaagattgtcttttatatttaagactggagaaagtattagtttaggtgaatgtttttgaagaggatattgaaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492058 attgatatattaaaattaattggataaaagattgtcttttatatttaagcctggagaaagtattagtttaggtgaatgtttttgaagaggatattgaaag 56492157  T
Q  201 agaggaaattgggtagggtagtgacgtggctaaactgaagacaggagttgcaacttgaaaagaaacaacaacataatatttgatttggtgtttggtttcc 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492158 aaaggaaattgggtagggtagtgacgtggctaaactgaagacaggagttgcaacttgaaaagaaacaacaacataatatttgatttggtgtttggtttcc 56492257  T
Q  301 atgctatgccatgccatgaatgcgatgaggggtgtaagtgttggtgtgtttccttgtaatgtaatgagagtgagaagatactgttcaagaattgatgatg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  56492258 atgctatgccatgccatgaatgcgatgaggggtgtaagtgttggtgtgtttccttgtaatgtaatgagagtgagaaaatactgttcaagaattgatgatg 56492357  T
Q  401 atgatcatcatagtcatagtaatgggaggattaggaaaggtggggttgtggtgcgaaacagcagcaacaaagtagatgaaacagaaacagatgtaattgt 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492358 atcatcatcatagtcatagtaatgggaggattaggaaaggtggggttgtggtgcgaaacagcagcaacaaagtagatgaaacagaaacagatgtaattgt 56492457  T
Q  501 gattgggagtggtattggtggactgagttgtgcagcactgttggcaagatatgaacaagatgttgtcgttttcgaaagccacgaccatgctggaggtgct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492458 gattgggagtggtattggtggactgagttgtgcagcactgttggcaagatatgaacaagatgttgtcgttttcgaaagccacgaccatgctggaggtgct 56492557  T
Q  601 gctcattcttttgatgtcaaaggctataagtttgattccggtccatcattattctctggtttgcagtcaagaggtcca 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56492558 gctcattcttttgatgtcaaaggctataagtttgattccggtccatcattattctctggtttgcagtcaagaggtcca 56492635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University