View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13862_high_1 (Length: 803)

Name: NF13862_high_1
Description: NF13862
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13862_high_1
NF13862_high_1
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (385-787)||(5163565-5163949)
chr6 (375-625)||(5889108-5889358)
chr6 (375-673)||(5883851-5884143)
chr6 (394-665)||(5853709-5853974)
chr6 (375-665)||(5881135-5881419)
chr6 (381-629)||(5821423-5821671)
chr6 (4-201)||(5165273-5165471)
chr6 (395-665)||(5830769-5831033)
chr6 (375-625)||(5761857-5762106)
chr6 (4-201)||(25942222-25942420)
chr6 (4-201)||(17694281-17694479)
chr6 (4-201)||(13879292-13879490)
chr6 (4-138)||(22351348-22351482)
chr6 (437-555)||(2715409-2715531)
chr6 (713-762)||(5881478-5881527)
chr6 (704-762)||(5884186-5884243)
chr6 (713-762)||(5762193-5762242)
chr6 (713-752)||(5831095-5831134)
chr6 (713-752)||(5854036-5854075)
[»] scaffold0087 (10 HSPs)
scaffold0087 (375-665)||(40862-41146)
scaffold0087 (375-617)||(30829-31071)
scaffold0087 (375-618)||(20481-20724)
scaffold0087 (375-625)||(13423-13672)
scaffold0087 (395-625)||(34841-35070)
scaffold0087 (713-762)||(41205-41254)
scaffold0087 (713-762)||(13759-13808)
scaffold0087 (713-761)||(20824-20872)
scaffold0087 (713-761)||(31172-31220)
scaffold0087 (713-752)||(35164-35203)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (4-201)||(47882318-47882516)
chr3 (4-201)||(22625409-22625607)
chr3 (4-201)||(54189063-54189261)
chr3 (9-201)||(29913385-29913578)
chr3 (4-201)||(10612207-10612405)
chr3 (4-201)||(10897558-10897756)
chr3 (4-189)||(16458019-16458205)
chr3 (9-201)||(6303869-6304062)
chr3 (4-201)||(10205121-10205319)
chr3 (4-201)||(10098225-10098423)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (6-192)||(4558863-4559050)
chr4 (4-189)||(15312871-15313057)
chr4 (4-191)||(16633043-16633231)
chr4 (273-359)||(26633303-26633389)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (4-201)||(33033194-33033391)
chr8 (4-192)||(21034421-21034610)
chr8 (4-191)||(28891317-28891505)
chr8 (4-201)||(16756690-16756888)
chr8 (4-201)||(28328461-28328659)
chr8 (4-201)||(15945205-15945409)
chr8 (102-201)||(4819669-4819769)
chr8 (269-338)||(32211224-32211293)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (4-201)||(44016095-44016293)
chr7 (4-201)||(25351905-25352103)
chr7 (4-201)||(7070348-7070546)
chr7 (4-201)||(25405967-25406165)
chr7 (4-201)||(3324217-3324415)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (4-201)||(20054190-20054388)
chr2 (4-201)||(22716663-22716861)
chr2 (4-201)||(28456933-28457131)
chr2 (4-201)||(2736758-2736956)
chr2 (4-201)||(39680599-39680797)
chr2 (29-193)||(10941948-10942113)
chr2 (29-193)||(10947817-10947982)
chr2 (269-338)||(22985792-22985861)
chr2 (269-338)||(37781103-37781172)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (5-201)||(16879-17076)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (4-201)||(10627912-10628110)
chr5 (4-201)||(31781890-31782089)
chr5 (4-201)||(25446040-25446238)
chr5 (4-131)||(28786952-28787079)
chr5 (131-192)||(28788402-28788464)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (4-192)||(9522278-9522467)
chr1 (6-201)||(14997592-14997786)
chr1 (4-201)||(2400654-2400852)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (4-66)||(16601-16663)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 385 - 787
Target Start/End: Original strand, 5163565 - 5163949
Alignment:
Q  385 tattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaa 484  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5163565 tattagttggtttaaaccttttagggaatattctcacaggattcattcccaacaacattggtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaa 5163664  T
Q  485 ccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagc 584  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5163665 ccatctttcaggtaaaatgccaacaaacttttcaaatttgacatttctt------------------ttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagc 5163746  T
Q  585 actcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgagtgactttgtggacaaccactcataaatcttcgccctggagatagccatg 684  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5163747 actcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgaatgactttgtggacagccactcataaatctttgccctggagatagccatg 5163846  T
Q  685 acacacatgttaccagtgtagatgaagaatgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattggtctctttaacggctttgtctctt 784  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5163847 acacacatgttaccagtgtagatgaagaatgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggcttggtctctttaacggctttgtctctt 5163946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 375 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 5889358 - 5889108
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||  ||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5889358 aaacttgtggtattagttgatttgaacctttcaggaaatcatctcacaggattaattcccaaaaacattggtcatatggaaatgttggaatcactcgact 5889259  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5889258 tgtcaagaaaccatctttcgggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaataacttagaaggcaaaat 5889159  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaa 625  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||    
T  5889158 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccttctacatacgtggggaa 5889108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 375 - 673
Target Start/End: Original strand, 5883851 - 5884143
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5883851 aaacttgttgcattagttggtttaaacctttcagggaataatctcacaggaatgattcccaacaacattggtcatatgaaaatgttagaatcacttgact 5883950  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5883951 tgtcaagaaaccatctttcgggtagaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttggttacatgaacctgtcgttcaacaacttagaaggcaaaat 5884050  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgagtgactttgtggacaaccactcataaatcttcgccctgg 673  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||      || |  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  5884051 tccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatatgtgggga------ataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttgccctgg 5884143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 394 - 665
Target Start/End: Original strand, 5853709 - 5853974
Alignment:
Q  394 gtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttc 493  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5853709 gtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattaattcccaataacattggtcatatgaaaatgttagaatcgctcgatttgtcaagaaaccatctttc 5853808  T
Q  494 aggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaacta 593  Q
     |||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  5853809 tggtagaatgccaacaagcttttcaaatttaacatctcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccaataagcactcagcta 5853908  T
Q  594 caatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgagtgactttgtggacaaccactcataaatctt 665  Q
    ||| |||||||| ||| | ||||||| ||||      || |  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5853909 caaacttttgattcctattcatatgtgggga------ataatcgactttgtggaccaccactcataaatctt 5853974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 375 - 665
Target Start/End: Original strand, 5881135 - 5881419
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  5881135 aaactcgtggcattagttggtttagacctttcaggaaatcatctcacaggattaattcccaaaaacattggtcatatgaaaatgttagaatcattggact 5881234  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    |||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||    
T  5881235 tgtcaagaaatcatctctacggtaaaatgccaacaagcttttcaagtttgacatttcttggttacatgaacctgtcgttcaacaatttagaagggaaaat 5881334  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgagtgactttgtggacaaccactcataaatctt 665  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||       ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5881335 tccactaggtactcaactacaaacttttcatccctctgcatatgtggggaacagt------ggactttgtggacagccactcataaatctt 5881419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 381 - 629
Target Start/End: Original strand, 5821423 - 5821671
Alignment:
Q  381 gtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaa 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||| |||  || |||||| | ||||||||||    
T  5821423 gtggtattagttggtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaagtttagaatcattggacttgtcaa 5821522  T
Q  481 gaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccact 580  Q
    |||| ||||| |  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  5821523 gaaatcatctctacggtaaaatgccaacaagcttttcaagtttgacatttcttggttacatgaacctgtcattcaacaatttagaagggaaaattccact 5821622  T
Q  581 aagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagt 629  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  5821623 aagcactcaactacaaacttttgatccatcttcatatgtggggaacagt 5821671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 5165471 - 5165273
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5165471 tcagtgctatcattctttgtcttggggataaggtttcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 5165372  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  |||||||    
T  5165371 gaccaagtccttggcacatagacaatgtccgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatggatcaattgacgaaattcaa 5165273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 395 - 665
Target Start/End: Original strand, 5830769 - 5831033
Alignment:
Q  395 tttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttca 494  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||| | ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5830769 tttaaacctttcaaggaataatctcacaggaatcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttct 5830868  T
Q  495 ggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaactac 594  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  5830869 ggtagaatgccaacgagcttttcaaatttgacatttcttaataacatgaacttgtctttcaataacttagacggcaaaattccagtaagcactcaactac 5830968  T
Q  595 aatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgagtgactttgtggacaaccactcataaatctt 665  Q
    || |||||||| ||| | ||||||| ||||      || |  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5830969 aaacttttgattcctattcatatgtgggga------ataatcgactttgtggaccaccactcataaatctt 5831033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 375 - 625
Target Start/End: Original strand, 5761857 - 5762106
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    ||||| |||| ||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||| | ||||||| ||||||||||||  ||  ||||||||||||    
T  5761857 aaactcgtggcattagctgctttaaacctttcatggaataatctcacaggatttattcctagcaacattggtcatatgaaaagtttacaatcactcgact 5761956  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  5761957 tgtcaataaaccatctttcaggtagaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagtcacatgaacttgt-tttcaacaacttagaaggcaatat 5762055  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaa 625  Q
    |||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||  ||||||| |||||    
T  5762056 tcccataagcactcaactacaaacttttggcccctcatcatatgttgggaa 5762106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 25942222 - 25942420
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25942222 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 25942321  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25942322 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25942420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 17694479 - 17694281
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  17694479 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattaattatacat 17694380  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
     |||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  17694379 aaccaagtctttggcacatagaaaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 17694281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 13879292 - 13879490
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  13879292 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 13879391  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  13879392 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 13879490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 4 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 22351482 - 22351348
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22351482 tcagtgctatcattctatgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 22351383  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaac 138  Q
    |||||| |  || |||||||| ||||||| |||||    
T  22351382 gaccaaatctttggcacatagtcaatgtcggaaac 22351348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 437 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 2715531 - 2715409
Alignment:
Q  437 caacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgt----caagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttct 532  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |    |||||||  ||||||   ||| ||||||| |||||||| | |||||||||||  |    
T  2715531 caacatttgtcatatgaaaatgttagaatcgctcgacttatatatcaagaaattatctttattgtagaatgccaacaagctttgctaatttgacattcat 2715432  T
Q  533 tagttacatgaacttgtctttca 555  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  2715431 aagttacatgaacttgtctttca 2715409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 713 - 762
Target Start/End: Original strand, 5881478 - 5881527
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattggt 762  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  5881478 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttggtgattggt 5881527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 704 - 762
Target Start/End: Original strand, 5884186 - 5884243
Alignment:
Q  704 agatgaagaatgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattggt 762  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  5884186 agatgaaga-tgaagataagctcataacctttgggttttatgttaccttagggcttggt 5884243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 713 - 762
Target Start/End: Original strand, 5762193 - 5762242
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattggt 762  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  5762193 atgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttggtgattggt 5762242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 713 - 752
Target Start/End: Original strand, 5831095 - 5831134
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagctt 752  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5831095 atgaagataagctcataacctttgggttttatgttagctt 5831134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 713 - 752
Target Start/End: Original strand, 5854036 - 5854075
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagctt 752  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5854036 atgaagataagctcataacctttgggttttatgttagctt 5854075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 10)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 375 - 665
Target Start/End: Original strand, 40862 - 41146
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||  || |||||||| ||||    
T  40862 aaacttgtggcattagctggtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattaattcccaacaacattggtcatatggaaacattagaatcacttgact 40961  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  40962 tgtcaagaaaccatctttctgggagaatgccaccaagcttttcgtatttgacatttcttagttacatgaacttgtcgttcaacaacttagaaggtaaaat 41061  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaacagttatgagtgactttgtggacaaccactcataaatctt 665  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41062 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctacatatgtcgggaacagt------ggactttgtggacagccactcataaatctt 41146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 375 - 617
Target Start/End: Original strand, 30829 - 31071
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||| |||  || |||||||| ||||    
T  30829 aaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaagattagaatcactagact 30928  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    | |||||||| ||| ||||||||| ||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30929 tatcaagaaaacatatttcaggtagaatgccaacgagcttaacaaatttgacatttcttagttacatggacttgtctttcaacaacttagaaggaaaaat 31028  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  31029 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccatctacatat 31071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 375 - 618
Target Start/End: Original strand, 20481 - 20724
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||| ||| ||| |||||||| ||||    
T  20481 aaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcacttgact 20580  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    | |||||||| ||| |||| |||| ||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20581 tctcaagaaatcatatttctggtagaatgccgacgagcttctcaaatttgacatttcttagttacatggacttgtctttcaacaacttagaaggaaaaat 20680  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatg 618  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  20681 tccactatgcactcaactacaatcttttggtccatctacatatg 20724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 375 - 625
Target Start/End: Original strand, 13423 - 13672
Alignment:
Q  375 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgact 474  Q
    ||||| |||| ||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||| | |||| ||||| | ||||||| |||||||| |||  ||  ||||||||||||    
T  13423 aaactcgtggcattagctgctttcaacctttcatggaataatctcaaaggatttattcctagcaacattggtcatatggaaagtttacaatcactcgact 13522  T
Q  475 tgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaat 574  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  13523 tgtcaagaaaccatctttcaggtagaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagtcacatgaacttgt-tttcaacaacttagaaggcaatat 13621  T
Q  575 tccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaa 625  Q
    |||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||  ||||||| |||||    
T  13622 tcccataagcactcaactacaaacttttggcccctcatcatatgttgggaa 13672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 395 - 625
Target Start/End: Original strand, 34841 - 35070
Alignment:
Q  395 tttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaacaacatttgtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttca 494  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||| | ||| ||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34841 tttaaacctttcaaggaataatctcacaggaatcattcctagcaaaattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttct 34940  T
Q  495 ggtaaaatgccagcaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaactac 594  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  34941 ggtagaatgccaacgagcttttcaaatttgacatctcttaataacatgaacttgtctttcaataacttagacgacaaaattccagtaagcactcaactac 35040  T
Q  595 aatcttttgatccctctgcatatgtcgggaa 625  Q
    ||  ||||||| ||| | ||||||| |||||    
T  35041 aa-attttgattcctattcatatgtggggaa 35070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 713 - 762
Target Start/End: Original strand, 41205 - 41254
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattggt 762  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  41205 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttggtgattggt 41254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 713 - 762
Target Start/End: Original strand, 13759 - 13808
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattggt 762  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  13759 atgaagataagctcataacctttgggttttatgttagcttggtgattggt 13808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 713 - 761
Target Start/End: Original strand, 20824 - 20872
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattgg 761  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  20824 atgaagataagctaataacctttgggttttatgttagcttggggcttgg 20872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 713 - 761
Target Start/End: Original strand, 31172 - 31220
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagcttagggattgg 761  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  31172 atgaagataagctaataacctttgggttttatgttagcttggggcttgg 31220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 713 - 752
Target Start/End: Original strand, 35164 - 35203
Alignment:
Q  713 atgaagataagctcataaccattgggttttatgttagctt 752  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  35164 atgaagataagctcataacatttgggttttatgttagctt 35203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 2e-67; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 47882516 - 47882318
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  47882516 tcagtgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtgaaataaacttgattcattgtacat 47882417  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||    
T  47882416 gaccaagtccttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaacagacggagttcaa 47882318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 22625607 - 22625409
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22625607 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgatagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 22625508  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  22625507 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 22625409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 54189063 - 54189261
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  54189063 tcagcgctatcattatgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 54189162  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  54189163 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 54189261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 29913578 - 29913385
Alignment:
Q  9 gctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgacca 108  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  29913578 gctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagtctactgctgtgtctatgaggaataaacttgattcattatacatgacca 29913479  T
Q  109 agtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  29913478 agtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 29913385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 10612405 - 10612207
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10612405 tcagcgctatcattctgtgttttggggataaggtgttgagaaaagtatcaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 10612306  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  10612305 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcaaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 10612207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 10897558 - 10897756
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10897558 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 10897657  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| || |||||    
T  10897658 gaccaagtctttggcccataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatcgagcaactgacggagttcaa 10897756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 189
Target Start/End: Original strand, 16458019 - 16458205
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  16458019 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 16458118  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaact 189  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  16458119 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatggagcaact 16458205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 9 - 201
Target Start/End: Original strand, 6303869 - 6304062
Alignment:
Q  9 gctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgacca 108  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  6303869 gctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacatgacca 6303968  T
Q  109 agtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  6303969 agtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 6304062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 10205319 - 10205121
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  10205319 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagaggggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 10205220  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  10205219 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 10205121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 10098423 - 10098225
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  10098423 tcagcgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaaggggggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 10098324  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || |||||    
T  10098323 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaattgacggagttcaa 10098225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 192
Target Start/End: Original strand, 4558863 - 4559050
Alignment:
Q  6 agtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatga 105  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4558863 agtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgtggagagaggtaggaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacatga 4558962  T
Q  106 ccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 192  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  4558963 ccaagtacttggtacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 4559050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 189
Target Start/End: Original strand, 15312871 - 15313057
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15312871 tcagcgctatcattctgtgtcttggagataagatgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgatttattatacat 15312970  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaact 189  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| | |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  15312971 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatgatggagtcaaaacctataatggagcaact 15313057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Original strand, 16633043 - 16633231
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  16633043 tcagtgccatcattctgtgtattggggataaggtgttgagagaggcagcaagggagactactgatgtgtctatgtgaaataaaattgattcattgtacat 16633142  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactga 191  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||  | ||||||| ||||||    
T  16633143 gaccaagtccttggcacatacacaatgtttgaaacaacaactctacttataccgaatggtggagtcaaaacccacaatggagtaactga 16633231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 273 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 26633389 - 26633303
Alignment:
Q  273 tcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctcataacaaatgttgaaataagtg 359  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||| |||| || |||||||||  ||||||||||  |||||| |   |||||||||||||    
T  26633389 tcttgatatcacttattcttttcgatcagagttagagacattcatgtttcttgtcaatattcttcataaaaggggttgaaataagtg 26633303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 33033194 - 33033391
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33033194 tcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactactgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 33033293  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  33033294 gaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaagcaacaact-tacttttaccgaatggtggagtcgaaacttataatggagcaactgacggagttcaa 33033391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 192
Target Start/End: Original strand, 21034421 - 21034610
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||||||||||||| | || |||| |||||||||||  || || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21034421 tcagtgctatcattttgtggcttggggataaggtgttaagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 21034520  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 192  Q
    ||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  21034521 gaccaagtctttggcacatagacaatgactgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 21034610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 191
Target Start/End: Original strand, 28891317 - 28891505
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  28891317 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctaatgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 28891416  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactga 191  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  28891417 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactga 28891505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 16756888 - 16756690
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  16756888 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 16756789  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  16756788 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 16756690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 28328461 - 28328659
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  28328461 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 28328560  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  28328561 gaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 28328659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 15945205 - 15945409
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgtt---gtgtctatgtggaataaacttgatttattgta 100  Q
    ||||||| |||||| | |||||||  ||||||| || | | |||||| ||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  15945205 tcagtgccatcattttgtgtcttggagataaggagttgggagaggtatcaagggagactactactactgtgtctatgtggaataaacatgattcatcgta 15945304  T
Q  101 catgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtgg---aatcaaaacatataatggagcaactgacagaa 196  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||   | ||||||| |||||||||| ||||||| ||     
T  15945305 catgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttactgaatggtggcgtactcaaaacctataatggagaaactgacggag 15945404  T
Q  197 ttcaa 201  Q
    |||||    
T  15945405 ttcaa 15945409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 102 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 4819769 - 4819669
Alignment:
Q  102 atgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattca 200  Q
    ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || ||||    
T  4819769 atgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaaatgacggagttca 4819670  T
Q  201 a 201  Q
    |    
T  4819669 a 4819669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 32211293 - 32211224
Alignment:
Q  269 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 338  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  32211293 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagctagaggtattcatgtttcctgtcaatattgctca 32211224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 44016293 - 44016095
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    ||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44016293 tcagttctatcattctatgtctttgggataaggtgttgagagaggtagcaagggaaactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 44016194  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  44016193 gaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatagtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 44016095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 25351905 - 25352103
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25351905 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 25352004  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25352005 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25352103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 7070348 - 7070546
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  7070348 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 7070447  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  7070448 gaccaagtctttggcacataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 7070546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 25405967 - 25406165
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  25405967 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 25406066  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25406067 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25406165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 3324415 - 3324217
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || |||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  3324415 tcagcgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtataaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 3324316  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  3324315 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 3324217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 20054388 - 20054190
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  20054388 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 20054289  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  20054288 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 20054190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 22716861 - 22716663
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22716861 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 22716762  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  22716761 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 22716663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 28457131 - 28456933
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28457131 tcagtgccatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtaacatgagagactactgttgtttctatgtggaataaacttgattcattgtacat 28457032  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||  ||||||| || |||||    
T  28457031 gaccaagtccttgtcacatagacaatgtctgaaacaacaattctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggaataactgacggagttcaa 28456933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 2736758 - 2736956
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  2736758 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgaaagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 2736857  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  2736858 gaccaagtctttggcacataggcaatttctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 2736956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 39680599 - 39680797
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  39680599 tcagcgctatcattctgtgtcttagggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 39680698  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  39680699 gaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 39680797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 10942113 - 10941948
Alignment:
Q  29 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 128  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10942113 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10942014  T
Q  129 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 193  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10942013 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10941948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 29 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 10947982 - 10947817
Alignment:
Q  29 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 128  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10947982 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10947883  T
Q  129 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 193  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10947882 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10947817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 338
Target Start/End: Original strand, 22985792 - 22985861
Alignment:
Q  269 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 338  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||    ||||||||| || |||||||||||||    
T  22985792 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagctagaggtattcatgtttcctatcaatattgctca 22985861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 37781172 - 37781103
Alignment:
Q  269 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 338  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37781172 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagttagaggtattcatgtttcctgtcaatattgctca 37781103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 5 - 201
Target Start/End: Original strand, 16879 - 17076
Alignment:
Q  5 cagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatg 104  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  16879 cagtgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacatg 16978  T
Q  105 accaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  16979 accaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 17076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 10627912 - 10628110
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  10627912 tcagtgccatcattctgtgtcttggggatacggtatagagagagttagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtgcat 10628011  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||| || |||||    
T  10628012 gaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctactttaaccgaatggtggagtcaaaaccgataatggagcaactgacggagttcaa 10628110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 31782089 - 31781890
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31782089 tcagtgccatcgttctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 31781990  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatc-aaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| || || |||||  |||||| |||||||||| ||||||||    
T  31781989 gaccaagtcctggacacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtcgagtcaaaaaccaataatgaagcaactgacggaattcaa 31781890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Original strand, 25446040 - 25446238
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25446040 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctatgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 25446139  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    || |||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25446140 gatcaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaaaggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25446238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 4 - 131
Target Start/End: Original strand, 28786952 - 28787079
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  28786952 tcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 28787051  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgt 131  Q
    | ||||||  || |||||||||||||||    
T  28787052 ggccaagtctttggcacatagacaatgt 28787079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 192
Target Start/End: Original strand, 28788402 - 28788464
Alignment:
Q  131 tctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 192  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28788402 tctgaaacaacaaccatacttttatcgaacggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 28788464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 192
Target Start/End: Original strand, 9522278 - 9522467
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  9522278 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 9522377  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 192  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  9522378 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 9522467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 6 - 201
Target Start/End: Original strand, 14997592 - 14997786
Alignment:
Q  6 agtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatga 105  Q
    ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  14997592 agtgccatcattatgtgtcttggggataaggtattgagataggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaatagacttgatt--ttgtacatga 14997689  T
Q  106 ccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  14997690 ccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 14997786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 2400852 - 2400654
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 103  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||  |||||    
T  2400852 tcagtgatatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgttgtgtctatatggaataaacttaattcataatacat 2400753  T
Q  104 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 201  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2400752 gactaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaatctataatggagcaactgacagagttcaa 2400654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 16663 - 16601
Alignment:
Q  4 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactg 66  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||    
T  16663 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactg 16601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University