View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13862_low_10 (Length: 416)

Name: NF13862_low_10
Description: NF13862
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13862_low_10
NF13862_low_10
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (6-398)||(30005656-30006048)
chr5 (6-398)||(30070936-30071328)
chr5 (15-398)||(30045106-30045489)
chr5 (15-398)||(29962918-29963301)
chr5 (15-398)||(30011497-30011880)
chr5 (15-398)||(29999227-29999610)
chr5 (16-398)||(29943693-29944075)
chr5 (15-398)||(29990523-29990906)
chr5 (208-398)||(29952006-29952196)
chr5 (15-192)||(29949360-29949537)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (205-305)||(43805738-43805838)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 398
Target Start/End: Original strand, 30005656 - 30006048
Alignment:
Q  6 tggacatcatcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttcca 105  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30005656 tggaaatcttcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttcca 30005755  T
Q  106 actattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30005756 actattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgt 30005855  T
Q  206 cttatggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttga 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30005856 cttatggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttga 30005955  T
Q  306 gatgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30005956 gatgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttatatctttggagaaagctgccttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 30006048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 6 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 30071328 - 30070936
Alignment:
Q  6 tggacatcatcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttcca 105  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30071328 tggaaatcttcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttcca 30071229  T
Q  106 actattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| || |||||||    
T  30071228 actattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcatttctcaaaacccatgacatcgtttttgcaagccgaccaaagagtcaaggatctgagctcatgt 30071129  T
Q  206 cttatggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttga 305  Q
      ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30071128 tatatggttccaaagggatagttttttctgactatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttga 30071029  T
Q  306 gatgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    ||||| |||||||||||| || ||| |||||  | ||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30071028 gatgtctggtcctattagaaaagaggagttgagtattttggttaacactttgaagaaagctgctttggttggtgaggttgtgaatgttagtga 30070936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 30045489 - 30045106
Alignment:
Q  15 tcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatc 114  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  30045489 tcacatattaggcacccttccacatagaacacttcagtcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagtcccagctattgtc 30045390  T
Q  115 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggtt 214  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  30045389 atttcatcttcaaaagcagcagaatcattcctcaaaacccacgacatcgttttcgcaagccgaccaaagattcaaggatctgagctcatgtcttatggtt 30045290  T
Q  215 ccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttgg 314  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  30045289 ccaaagggatggctttttgtgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtctgg 30045190  T
Q  315 tcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    ||||||||| || ||| |||||  | ||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30045189 tcctattagaaaagaggagttgagtattttggttaacactttgaagaaagctgctttggttggtgaggttgtgaatgttagtga 30045106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Original strand, 29962918 - 29963301
Alignment:
Q  15 tcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatc 114  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  29962918 tcacatgttaggtaaacttccacatagaacacttcaatcactgtccaaaaaatatggttcaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgtt 29963017  T
Q  115 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||  | ||||| | ||||||||    
T  29963018 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcaattttgcaagtcggccaaagactcaagcatctcagctcattttttatggtt 29963117  T
Q  215 ccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttgg 314  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29963118 ccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaactttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtttgg 29963217  T
Q  315 tcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || || ||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  29963218 tcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttgttttggtaggtgaggttgtgaatgttagtga 29963301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 30011880 - 30011497
Alignment:
Q  15 tcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatc 114  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  30011880 tcacatgttaggtaaacttccacatagaacacttcaatcactgtccaaaaaatatggttcaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgtt 30011781  T
Q  115 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||  | ||||| | ||||||||    
T  30011780 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcaattttgcaagtcggccaaagactcaagcatctcagctcattttttatggtt 30011681  T
Q  215 ccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttgg 314  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30011680 ccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaactttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtttgg 30011581  T
Q  315 tcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || || ||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30011580 tcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttgttttggtaggtgaggttgtgaatgttagtga 30011497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Original strand, 29999227 - 29999610
Alignment:
Q  15 tcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatc 114  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  29999227 tcacatgttaggtaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaagatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgtt 29999326  T
Q  115 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggtt 214  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29999327 atttcatcttcaaaaggagcagaatcattcctcaaaacccatgacatcgttttcgcaagccgaccgaagattcaaggatcagagctcatgtcctatggtt 29999426  T
Q  215 ccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttgg 314  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  29999427 ctaaagggttgcctttttctgagtatggtccttattggcgcagtatgaggaaattttgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcggg 29999526  T
Q  315 tcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    ||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  29999527 tcctattagaaaagaggagttgggtgttttggttaacactttgaagaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgttagtga 29999610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Original strand, 29943693 - 29944075
Alignment:
Q  16 cacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatca 115  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||    
T  29943693 cacatattaggcacccttccacatagaacacttcaatcactctccaaacaatatggtccaatcatgtccttacaactaggtcaagtcccagctattgtca 29943792  T
Q  116 tttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggttc 215  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||  |  ||  |||| || |  |||||||||||||||     
T  29943793 tttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccatgacatcgttttcgcaaaccgaccggaacttgtaggagcacagatcatgtcttatggttg 29943892  T
Q  216 caaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttggt 315  Q
    ||||||| |||| |||||| |||| |   ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29943893 caaagggttggcgttttctaagtacgactcttattggcgtagtgtgagaaaactttgtacttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggt 29943992  T
Q  316 cctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29943993 cctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctctggagggtgaggttgtgaatgttagtga 29944075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Original strand, 29990523 - 29990906
Alignment:
Q  15 tcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||    
T  29990523 tcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaattatgtctttacaacttggacaagttccaacaattgtc 29990622  T
Q  115 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggtt 214  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||  ||  |||| ||||  |||| ||||||||||    
T  29990623 atttcatcttcaaaagcagcagaatcattcctcaaaacccatgacatcgttttcgcaaaccgaccgaaacttataggagcagagatcatatcttatggtt 29990722  T
Q  215 ccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttgg 314  Q
     ||||||| |||| |||||| |||| |  ||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  29990723 gcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactctgcactttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcggg 29990822  T
Q  315 tcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    ||||||||| |  ||| |||||| | ||||||||||  ||||| | |||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  29990823 tcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggtgaggttgtgaatgtcagtga 29990906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 208 - 398
Target Start/End: Original strand, 29952006 - 29952196
Alignment:
Q  208 tatggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttgaga 307  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  29952006 tatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaactttgcactttaaaacttcttagtgcttcaaaagttgaga 29952105  T
Q  308 tgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctttggagggtgaggttgtgaatgttagtga 398  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  29952106 tgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtga 29952196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 192
Target Start/End: Original strand, 29949360 - 29949537
Alignment:
Q  15 tcacatattaggcaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatc 114  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  29949360 tcacctattaggtaaacttccacatagaacacttcaatcactctccaaaaaatatggtccaatcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattata 29949459  T
Q  115 atttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtcgaccaaaggttcaagga 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| || |||||| ||||||||    
T  29949460 atttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacatcaaatttgcaagccggccaaagattcaagga 29949537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 305
Target Start/End: Original strand, 43805738 - 43805838
Alignment:
Q  205 tcttatggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcactttgaaactttttagtgcttcaaaagttg 304  Q
    ||||||||||| |||||| ||| |||| |||| || ||| | |||||||||| | |||||||  ||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||    
T  43805738 tcttatggttctaaagggttggtttttgctgaatacggtgcctattggcgtaatatgaggaaggtttgcactttgcagcttttaagtgcttctaaagttg 43805837  T
Q  305 a 305  Q
    |    
T  43805838 a 43805838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University