View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13864_high_27 (Length: 409)

Name: NF13864_high_27
Description: NF13864
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13864_high_27
NF13864_high_27
[»] chr6 (32 HSPs)
chr6 (5-404)||(4574648-4575047)
chr6 (5-404)||(4560846-4561243)
chr6 (5-389)||(4266559-4266943)
chr6 (5-409)||(3172076-3172480)
chr6 (5-409)||(4481028-4481432)
chr6 (5-390)||(4489748-4490133)
chr6 (5-389)||(4457949-4458334)
chr6 (5-409)||(4461458-4461862)
chr6 (5-409)||(4514514-4514918)
chr6 (5-409)||(4470138-4470542)
chr6 (49-362)||(4503834-4504147)
chr6 (5-401)||(4506200-4506596)
chr6 (64-409)||(4613170-4613515)
chr6 (64-409)||(4598506-4598851)
chr6 (1-409)||(4299210-4299618)
chr6 (4-409)||(4626286-4626691)
chr6 (1-396)||(4259543-4259938)
chr6 (88-409)||(4516656-4516977)
chr6 (64-409)||(4579767-4580112)
chr6 (5-409)||(4592566-4592973)
chr6 (5-409)||(4564046-4564453)
chr6 (127-409)||(4557460-4557742)
chr6 (127-368)||(4571348-4571589)
chr6 (5-396)||(4622490-4622879)
chr6 (86-409)||(4585971-4586294)
chr6 (133-409)||(4602124-4602400)
chr6 (86-339)||(4256098-4256351)
chr6 (239-409)||(4568391-4568561)
chr6 (115-389)||(4617377-4617651)
chr6 (283-409)||(4391794-4391924)
chr6 (128-168)||(4835531-4835571)
chr6 (88-160)||(4568628-4568700)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (5-409)||(24103334-24103738)
chr5 (266-409)||(27999753-27999896)
chr5 (1-112)||(24107007-24107118)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (5-390)||(20863236-20863621)
chr8 (130-409)||(1674561-1674840)
chr8 (127-409)||(16685782-16686064)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-398)||(3086766-3087163)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (5-396)||(3111-3503)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (4-409)||(4081-4483)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (115-409)||(1281449-1281743)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (265-364)||(3162-3261)
[»] scaffold0199 (1 HSPs)
scaffold0199 (130-203)||(4-77)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 4575047 - 4574648
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4575047 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctatgttcccttctctatacacaattggtccattagcttcttttgtaaatcaaagtccacaaaa 4574948  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4574947 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggattgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 4574848  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4574847 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 4574748  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  4574747 tcattggtggctcggtggttttctcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaacca 4574648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 5 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 4561243 - 4560846
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4561243 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctatgttcccttctctatacacaattggtccattagcttcttttgtaaatcaaagtccacaaaa 4561144  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4561143 tcacttgacatctttagactgtaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaggatctgttgtttatgtaaatttt 4561044  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4561043 ggcagcatcactgttaagtctcaagagaagc-cttagagtttgcttggggtttggccaacagcaagaaaccatttttatggatcattaggcctgatcttg 4560945  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  4560944 tcattggtggctcggtggttttctcatctga-tttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaacca 4560846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 5 - 389
Target Start/End: Original strand, 4266559 - 4266943
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4266559 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctctctactctatgttcccttctatatacaccattggcccatttgcttcttttttaaatcaaagtccacaaaa 4266658  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | ||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4266659 tcacttggcatctttaaattccaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgagtggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 4266758  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4266759 ggtagcatcacagttatgtcacgagagaagctcttagagtttgcttggggtttggccaacagcaagaacccttttttgtggataattaggcctgatcttg 4266858  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaaga 389  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| |||||    
T  4266859 tcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaaga 4266943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 3172480 - 3172076
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |   |||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||| ||||||||| |||||    
T  3172480 atgaacttgagagtgatgttatgaatactcttagttctatattcccttctctatacacaattggtccgttcgcttcgtttttaagtcaaagtccgcaaaa 3172381  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  3172380 tcacttggcatctttagattctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaaacaaaagaatcaaaatctgttgtttatgtaaatttt 3172281  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||  |  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3172280 ggcagcatcatagttatgtctcaagagaaattattagagtttgcttggggtttagccaacagcaagaaaccctttttgtggattattaggcctgatcttg 3172181  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||| || |||||    
T  3172180 tcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccgcaagagaaagtgttgaacca 3172081  T
Q  405 acctt 409  Q
     ||||    
T  3172080 tcctt 3172076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4481432 - 4481028
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  4481432 atgaacttgagagtgatgttatgaattctctctattctatattcccttctctatacaccattggtccattggcttcttttttaaatcaaagtccacaata 4481333  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | |||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4481332 tcacttggaaacattagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaggatctgttgtttatgtaaatttt 4481233  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||| || ||||||    
T  4481232 ggcagcatcacaattatgtctcaagagaaactcttagagtttgcttggggttttgccaatagcaaaaaaaactttttgtggattattaggtctaatcttg 4481133  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||| |||| | |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||| || |||||    
T  4481132 tcattggtggctcagtggtgttgtcatctgagtatttgaaagaaatttcaaatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaacca 4481033  T
Q  405 acctt 409  Q
     ||||    
T  4481032 ccctt 4481028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 5 - 390
Target Start/End: Original strand, 4489748 - 4490133
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |   |||| | || |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||| || |||||| |||| ||||    
T  4489748 atgaacttgagagtgatgctatcaatgctcttagttctatattcccttctgtatacacaattggcccattttcttcttttttagatcaaattccagaaaa 4489847  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4489848 tcacttgaaatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaggatctgttgtttatgtaaatttt 4489947  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4489948 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctattagagtttgcatggggtttggccaacagcaagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 4490047  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagag 390  Q
    | ||||| ||||||   || |||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  4490048 ttattggtggctcacaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagag 4490133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 5 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4458334 - 4457949
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4458334 atgaacttgagagtgatgttatgaatactctctactctatgttcccttctatatacaccattggcccatttgcttcttttataaatcaaagtccacaaaa 4458235  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | ||||| |||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  4458234 tcacttggcatctttaaattccaatctttggaaagaatatactaaatgtcttgagtggcttgaatcaaaagaaccaaagtctgttatttatgtaaatttt 4458135  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaa-aaaaccctttttgtggatcattaggcctgatctt 303  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  4458134 ggaagcatcacagttatgtctcaagagaagctcttagaatttgcttgggttttggccaacagcaagaaaaccttttttgtggataactaggcctgatctt 4458035  T
Q  304 gtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaaga 389  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||  |||||||| |||||    
T  4458034 gtcattggtggctcggttgttttgtcatcggattttgtgaatgaaacttctgatagaggcttaatagcaagttggtgtccacaaga 4457949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4461862 - 4461458
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||   |||||| | | || |||||||||||||| ||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4461862 atgaactcgaaagtgatattatgaatgaactctattttatattcccttctctatacaccattggtccactttcttcttttataaatcaaagtccacaaaa 4461763  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | || || |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  4461762 tcacctggcatctttaaattccaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaggatctgttgtctatgtaaatttt 4461663  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    ||||||||||| |||||| |||  ||  | ||  ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4461662 ggcagcatcacagttatgactcctgatcaactgttagagtttgcttggggtttggctgatagcaagaaaccctttttatggatcattaggcctgatcttg 4461563  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    |||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  4461562 tcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtactgaacca 4461463  T
Q  405 acctt 409  Q
     ||||    
T  4461462 ccctt 4461458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 4514514 - 4514918
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| || | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  4514514 atgatcttgagagtgatgttatgaatgctctttattctatgctcccttctctatacaccattggcccatttgcttcgtttttgaatcaaagtccacaaaa 4514613  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | |||||  ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||    
T  4514614 tcacttggaatctttaggttccaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaatcaggatctgttgtttatgttaatttt 4514713  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    || ||||||||  |||||||||  |||||  |  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4514714 ggtagcatcacgattatgtctccggagaaattgttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaaaacctttttatggatcattaggcctgatcttg 4514813  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||| || |||||    
T  4514814 tcattggtggctcagtggttttgtcgtctgagtttgtgaatgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaacca 4514913  T
Q  405 acctt 409  Q
     ||||    
T  4514914 ccctt 4514918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4470542 - 4470138
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| | || |||||||||||| | ||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4470542 atgaacttgaaagtgatgttatgaatgaactctattctatattcccttctctatacgccattggtccactttcttcttttttaaatcaaagtccacaaaa 4470443  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | |  |  |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||     
T  4470442 tcatctagcatctttaaatttcaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgagtggcttgaatcaaaagaaccaggatctgttgtctatgtaaatttc 4470343  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4470342 ggcagcgtcacagttatgtctccagagaaactgttagagtttgcttggggtttggcaaatagcaagcaaccctttttgtggatcattaggcccgatcttg 4470243  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  4470242 tcattggcggctcggtagttttctcatcagagattgtaaatggaatttcagatagaggcctaatcgtgaactggtgtcctcaagagcaagtactgaacca 4470143  T
Q  405 acctt 409  Q
     ||||    
T  4470142 ccctt 4470138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 49 - 362
Target Start/End: Original strand, 4503834 - 4504147
Alignment:
Q  49 ccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatacta 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4503834 ccttctctatacacaattggtccattagcttcttttgtaaatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatacta 4503933  T
Q  149 aatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgc 248  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||| ||  |  ||||||||||    
T  4503934 aatgtcttgattggcttgaattaaaagaaccaggatctgttgtttatgtaaattttggcagcattacagttatgtcttaagataaattgttagagtttgc 4504033  T
Q  249 ttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaa 348  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||  || |||||||| || ||||||||||||    
T  4504034 ttggggtttggccaatagcaagaaaccttttttgtggattattaggcctgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttgtgaatgaa 4504133  T
Q  349 atttcagatagagg 362  Q
    | |||  |||||||    
T  4504134 acttctaatagagg 4504147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 4506596 - 4506200
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| |  ||  | ||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  4506596 atgaacttgagagtaatgttctgaatgctcttgatattatgtttccttctctatacactattggccctttaacttcatttgtaaatcaaagtccacaaaa 4506497  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | | ||  || ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||    
T  4506496 tcagtttgcaactttagattcaaatctttggaaagaggatactaaatgtctcgaatggctggaatcaaaagaaccggcttctgttgtttatgtgaatttt 4506397  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    || ||||||||  |||||||||  |||||  |  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4506396 ggaagcatcacaattatgtctccggagaaatttttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 4506297  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaa 401  Q
    | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |||| || |||| ||||||| | |||||| |||| |||||    
T  4506296 taattggtggctcagtggttttgtcttcagagtttgcaaatgaaatttcagatagaagccttatagcaagctggtgttcacaagagaaagtgttaaa 4506200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 64 - 409
Target Start/End: Original strand, 4613170 - 4613515
Alignment:
Q  64 attggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggc 163  Q
    |||||||| ||| ||||  || ||| |||||||||||||||| ||||| ||  ||||    | |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  4613170 attggtcctttatcttcacttttaagtcaaagtccacaaaatcacttggcaagtttaagtaccaatctttggaaagaagataccaagtgtcttgattggc 4613269  T
Q  164 ttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaa 263  Q
    ||||||| || ||||| |  || ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||| ||  ||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||    
T  4613270 ttgaatccaaggaaccgaagtccgttgtttatgtgaattttgggagcatgaccgttatgactgcagaaaaactattagagtttgcttggggtttggcgaa 4613369  T
Q  264 cagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggc 363  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4613370 tagcaagcaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggc 4613469  T
Q  364 ctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4613470 ctaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaccctt 4613515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 64 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4598851 - 4598506
Alignment:
Q  64 attggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggc 163  Q
    ||||| || ||| |||| ||| |||||||||||| ||||||  | ||| |||||||||   | |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  4598851 attggccctttatcttcgtttttaaatcaaagtcaacaaaagcatttggcatctttaggtaccaatctttggaaagaagataccaagtgtcttgactggc 4598752  T
Q  164 ttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaa 263  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||| ||  ||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||    
T  4598751 ttgaatccaatgaaccaaggtctgttgtttatgtgaattttgggagcataacggtgatgactgcagaaaagttgttagactttgcttggggtttggccaa 4598652  T
Q  264 cagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggc 363  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4598651 tagcaagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggc 4598552  T
Q  364 ctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
     || | |||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  4598551 ttagttgcaagctggtgtctgcaagagcaagtattaaaccatcctt 4598506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 409
Target Start/End: Original strand, 4299210 - 4299618
Alignment:
Q  1 tatgatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||| |||| || ||||| || ||| |||| ||  ||||||||| |||||    
T  4299210 tatgatgaacttgagagtgatgtaatgaatgctctctattctatgttcccttctttatatactattggacctttaccttcattattaaatcaaactccac 4299309  T
Q  101 aaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaa 200  Q
    | ||| |||||  ||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||  |||| ||||||||||| ||    
T  4299310 ataatcacttggaatctttaggttccaatctttggaaagaagataccaaatgtcttgaatggcttgaatccaaggagccgggatcggttgtttatgtgaa 4299409  T
Q  201 ttttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgat 300  Q
    |||||||||| | || |||||| ||| |||| | ||  ||||| |||||||||||||||||||  |||  ||||| |||||||||||||||||||| ||     
T  4299410 ttttggcagcgttacagttatgactccagagcaactgttagagattgcttggggtttggccaattgcaggaaaccatttttgtggatcattaggccagac 4299509  T
Q  301 cttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaa 400  Q
    ||||||||||||||||   || |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||| ||||| |||||| | |    
T  4299510 cttgtcattggcggcttgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaaatagaggcctaaccgcaagctagtgtccacaagaacaagtactga 4299609  T
Q  401 accaacctt 409  Q
    |||| ||||    
T  4299610 accaccctt 4299618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 4 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4626691 - 4626286
Alignment:
Q  4 gatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaa 103  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||  ||| | |||| |||| || ||||| || ||   |||| || | |||| |||||||||||    
T  4626691 gatgaacttgagggtgatgtaatgaatgcgctctattctacgttcctttctgtatataccattggacctttgcattctcttttgaatcgaagtccacaaa 4626592  T
Q  104 atgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattt 203  Q
    |  | |||| ||||||||  || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||  || |||||||  |||||||||||||| || ||    
T  4626591 accagttgatatctttaggttccaatctttggaaagaagacaccaattgtcttgaatggcttgaattcaaggaaccaaagtctgttgtttatgtgaactt 4626492  T
Q  204 tggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatctt 303  Q
    ||||||| | |  |||||| ||| | |||| ||  ||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4626491 tggcagcgttatagttatgactccacagaaactgttagagtttgcttggggtttggctgatagcaagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatctt 4626392  T
Q  304 gtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacc 403  Q
    || ||||| |||||| || ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| | ||||    
T  4626391 gtgattggtggctcatttatttcgtcatccgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccgcaagagaaagtactgaacc 4626292  T
Q  404 aacctt 409  Q
    | ||||    
T  4626291 atcctt 4626286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 396
Target Start/End: Original strand, 4259543 - 4259938
Alignment:
Q  1 tatgatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||| |||||| ||||  | ||||| || ||| |||| ||  ||||||||| |||||    
T  4259543 tatgatgaacttgagagtgatgtaatgaatgtgctctattctatgttcccttctttatatgctattggacctttaccttcattattaaatcaaactccac 4259642  T
Q  101 aaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaa 200  Q
    | ||| || || |||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||    ||||||||||| || ||    
T  4259643 ataatcacctggcatcgttaggttccaatctttggaaagaagataccaaatgtcttgaatggcttgaatttaaggaacctgagtctgttgtttacgtgaa 4259742  T
Q  201 ttttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgat 300  Q
    |||||||||||| || |||||| ||| |||  |  |  |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  4259743 ttttggcagcattacagttatgactccagatcaatttttagagtttgcttggggattggccaatagcaagaaaccctttttgtggatcattaggcctgac 4259842  T
Q  301 cttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagta 396  Q
    ||  | ||||| |||||  || |||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  4259843 ctcattattggtggctcctttattttgtcatctgagtttgagagtgaaatttcggatagaggcctaatcgcgagctggtgtccgcaagagcaagta 4259938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 88 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4516977 - 4516656
Alignment:
Q  88 aatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctg 187  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||| | | ||||    
T  4516977 aatcaaagtccgcaaaataacttggcttctataggttctaatctttggaaagaagatatgaaatgtcttgaatggcttgaatctaaggaacaaggttctg 4516878  T
Q  188 ttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggat 287  Q
    | |||||||| |||||||| |||||||| || ||| ||| |||  | ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  4516877 tagtttatgtgaattttggaagcatcacggtcatgactccagatcaactgttagagttcgcttggggtttggccaacagcaagaaaccttttttgtggat 4516778  T
Q  288 cattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaa 387  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| |||    
T  4516777 tattaggcctgaccttgtcattggtggctcggttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaa 4516678  T
Q  388 gagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    ||| |||| || ||||| ||||    
T  4516677 gagaaagtgttgaaccatcctt 4516656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 64 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4580112 - 4579767
Alignment:
Q  64 attggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggc 163  Q
    ||||| || ||| |||| ||| |||||||||||||| ||||  | ||||||||||||  | | ||| |||||||||||||||| || |||||| | ||||    
T  4580112 attggccctttatcttcgtttttaaatcaaagtccagaaaaccatttgacatctttaagcaccaatttttggaaagaagataccaagtgtctttattggc 4580013  T
Q  164 ttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaa 263  Q
    ||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||| | || |||||| ||  ||| || ||  |||||||||| |||||||| || ||    
T  4580012 ttgaatccaaggaacctaggtctgttgtttatgtgaattttgggagcttgacagttatgactgcagaaaaactgttagagtttgcatggggtttagcaaa 4579913  T
Q  264 cagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggc 363  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4579912 tagcaagcaaccctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcatcggcggctcagctgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggc 4579813  T
Q  364 ctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    |||||  | | ||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||    
T  4579812 ctaataacgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccaccctt 4579767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4592973 - 4592566
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaa- 103  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| |||  ||| ||||||||||||| ||| | ||||| || ||| |||| ||  |||| |||| ||||||||     
T  4592973 atgaacttgagagtgatgtaataaatgctctctcctctatgtttccttctctttaccccattggccctttaccttcattattaaaccaaactccacaaat 4592874  T
Q  104 --atgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaat 201  Q
      || | |||   ||||| |  || ||  | ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| || ||| |  | || ||||||||||| |||    
T  4592873 ccatcaattggattcttttggttccaacatatggaaagaagatactgagtgtcttaaatggcttgaatcgaaggaatcgggttccgttgtttatgtgaat 4592774  T
Q  202 tttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatc 301  Q
    || |||||| | || ||||||  |  ||||||  |  |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4592773 ttcggcagccttacagttatgaatgaagagaaaatgttagagtttgcttggggtttggccaattgcaataaaccttttttgtggatcattaggcctgatc 4592674  T
Q  302 ttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaa 401  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4592673 ttgtcattggtggcacaattgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcgtaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaa 4592574  T
Q  402 ccaacctt 409  Q
    ||| ||||    
T  4592573 ccaccctt 4592566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4564453 - 4564046
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaa- 103  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||| |||  ||| ||||||||||||| ||| | ||||| || ||| |||| ||  |||| |||| ||||||||     
T  4564453 atgaactttagagtgatgtaataaatgctctctcctctatgtttccttctctttaccccattggccctttaccttcattattaaaccaaactccacaaat 4564354  T
Q  104 --atgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaat 201  Q
      || | |||   |||||||  || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||  |||| ||||||||||| |||    
T  4564353 tcatcaattggattctttaggttccaacctttggaaagaagatactaagtgtcttgaatggcttgaatccaaggagccgggatccgttgtttatgtgaat 4564254  T
Q  202 tttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatc 301  Q
    ||||| ||||| || |||||| | | | |  | ||  | || ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4564253 tttggaagcattacagttatgacaccaaaacaactgttggaatttgcttgggggttggccaattgcaataaaccctttttgtggatcattaggcctgacc 4564154  T
Q  302 ttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaa 401  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||| || ||| ||||||| ||    
T  4564153 ttgtcattggtggctcagtcgttttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttaattgcaagttggtgtccacaggagaaagtattgaa 4564054  T
Q  402 ccaacctt 409  Q
    ||| ||||    
T  4564053 ccaccctt 4564046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 127 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4557742 - 4557460
Alignment:
Q  127 aatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctc 226  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||| |      
T  4557742 aatctttggaaagaagataacaagtgtcttggttggcttgaatccaaggaaccgaggtccgttgtttatgtgaattttgggagcatgacagttatgacgg 4557643  T
Q  227 gagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgtttt 326  Q
     ||| || ||  |||||||||| |||||||| || || |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  4557642 cagaaaaactgttagagtttgcatggggtttagcaaatagcaagcaaccctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcatcggtggctcagttgtttt 4557543  T
Q  327 gtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  4557542 gtcatcggagtttgtcaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatcctt 4557460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 127 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 4571589 - 4571348
Alignment:
Q  127 aatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctc 226  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||  || |||||| ||     
T  4571589 aatctttggaaagaagataacaagtgtcttgattggcttgaatcaaaggaaccgaggtccgttgtttatgtgaattttgggagcaggacagttatgactt 4571490  T
Q  227 gagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgtttt 326  Q
     ||| || ||  |||||||||| |||||||| || || |||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4571489 cagaaaaactgttagagtttgcatggggtttagcaaatagcaagcaactctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcattggtggctcagttgtttt 4571390  T
Q  327 gtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaat 368  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4571389 gtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaat 4571348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 5 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4622879 - 4622490
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||  |||||||  |||| || ||| | || ||  |||| || ||| |||| ||  ||||||||| |||||| ||    
T  4622879 atgaacttgagactgatgcgatgaatgcgctctattcaatgttcccatctttgtataccgttggacctttaccttcattattaaatcaaactccacataa 4622780  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | ||||| ||||| |||  || |||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| || |||||  || || ||||||| || ||||||    
T  4622779 tcacttggcatctctaggttccaatctttggaaagaagatatcaagtgtcttgagtggcttgaatccaaggaacct-ga-ctcttgtttacgtgaatttt 4622682  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    |||||||| || || ||| |||||||  | ||  ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4622681 ggcagcattacagtgatgactcgagatcaactattagagtttgcttggggtttggctgatagcaagaaaccctttttgtggatcattaggcctgaccttg 4622582  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagta 396  Q
    |||| ||||||||  || |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||||    
T  4622581 tcatgggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaggtagaggcctaatcgcaggttggtgtccacaagaggaagta 4622490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 86 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4586294 - 4585971
Alignment:
Q  86 taaatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatc 185  Q
    |||||||||||||||||||  ||||  ||||||||    | |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||    
T  4586294 taaatcaaagtccacaaaaccacttagcatctttaagtacaaatctttggaaagaggataccaagtgtcttgattggcttgaatcaaaggaaccgaggtc 4586195  T
Q  186 tgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtgg 285  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||  || |||||| ||  ||| || ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  ||||| |||    
T  4586194 cgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgg 4586095  T
Q  286 atcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctc 385  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||  | ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| || |    
T  4586094 atcattagacctgatcttgtcattggtggttccttggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggttggtgcccgc 4585995  T
Q  386 aagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||    
T  4585994 aagagcaagtattgaaccaccctt 4585971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 133 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4602400 - 4602124
Alignment:
Q  133 tggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagaga 232  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | |   |      
T  4602400 tggaaagaagatactgagtgtcttgaatggcttgaatccaaggagccgggatccgttgtttatgtgaattttggcagcattacagttatgacaccccatc 4602301  T
Q  233 agctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatc 332  Q
    |  |  |||| || |||||||||||||||||  || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  4602300 aattattagaattcgcttggggtttggccaattgccataaaccatttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcagtgattttgtcatc 4602201  T
Q  333 agagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
     ||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||| || ||||| ||||    
T  4602200 tgagtttacaaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccaccctt 4602124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 86 - 339
Target Start/End: Original strand, 4256098 - 4256351
Alignment:
Q  86 taaatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatc 185  Q
    ||||||||| |||||| | | ||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||    ||    
T  4256098 taaatcaaactccacatagtcacttggcatcgttaggttccaatctttggaaagaagataccaagtgtcttgaatggcttgaatccaaggaacctgagtc 4256197  T
Q  186 tgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtgg 285  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| || |||||| ||| |||  | ||  |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||     
T  4256198 tgttgtttacgtgaattttggcagcattacagttatgactccagatcaactgttagagtttgcttggggattggccaatagcaagaaaccatttttgtgt 4256297  T
Q  286 atcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagttt 339  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||  || |||||||||| ||||||    
T  4256298 atcattaggcctgacctcgtcattggtggctcctttattttgtcatctgagttt 4256351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 239 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4568561 - 4568391
Alignment:
Q  239 tagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtt 338  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  4568561 tagagttctcttgaggttttgccaacagcaagaaaccttttttgtggatcattaggccttagcttgtcattggtggctcagttattttgtcatccgagtt 4568462  T
Q  339 tgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    |||||||| || ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||    
T  4568461 tgtgaatggaacttcggatagaggccaaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtgttgaaccaccctt 4568391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 115 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4617651 - 4617377
Alignment:
Q  115 tctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatca 214  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| || || ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  4617651 tctttagattccaacctttggaaagaagatacagagtgtcttgattggcttgaatccaaggagccgggatcagttgtttatgtgaatttcggcagcatta 4617552  T
Q  215 ctgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcgg 314  Q
    | |||||| | |  ||| |  |  | || ||||||||||||||||||||  |||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  4617551 cagttatgacacccgagcaattactggaatttgcttggggtttggccaattgcaagaaatcatttttgtggatcataaggcctgatcttgtcattggtgg 4617452  T
Q  315 ctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaaga 389  Q
    ||||||  |||| ||||| ||||||   ||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  4617451 ctcagtgattttctcatctgagtttacaaatgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaaga 4617377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 409
Target Start/End: Original strand, 4391794 - 4391924
Alignment:
Q  283 tggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagagg----cctaatcgcaaactgg 378  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||  |||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||     ||| ||||||  |||    
T  4391794 tggatcattaggcttgaccttgtcattggcaggtcatgtgttttgttatatgagtatgagaatgaaatttcagatagaggtctatctagtcgcaagatgg 4391893  T
Q  379 tgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    |||||  ||||||||||||| ||||| ||||    
T  4391894 tgtccgaaagagcaagtattgaaccaccctt 4391924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 168
Target Start/End: Original strand, 4835531 - 4835571
Alignment:
Q  128 atctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaa 168  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4835531 atctttggaaggaagatacaaaatgtcttgaatggcttgaa 4835571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 88 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4568700 - 4568628
Alignment:
Q  88 aatcaaagtccacaaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaat 160  Q
    ||||||| ||| |||||  ||||| | |||||||  || |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4568700 aatcaaaatccccaaaagcacttggcttctttaggttccaatctttggaaagaagatatgaaatgtcttgaat 4568628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 24103738 - 24103334
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24103738 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctctctactctatgttcccttctatatacaccattggcccatttgcttcttttttaaatcaaagtccacaaaa 24103639  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | ||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24103638 tcacttggcatctttaaattccaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgagtggcttgaatcaaaagaaccaagatcagttgtttatgtaaatttt 24103539  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24103538 ggtagcatcacagttatgtcacgagagaagctcttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaacccttttttgtggataattaggcctgatcttg 24103439  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacca 404  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||| | || ||| ||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| |||||  |||| ||||||||    
T  24103438 tcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaagtttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttaaacca 24103339  T
Q  405 acctt 409  Q
     ||||    
T  24103338 ccctt 24103334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 266 - 409
Target Start/End: Original strand, 27999753 - 27999896
Alignment:
Q  266 gcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcct 365  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  27999753 gcaagaaaccttttttgtggatcactaggcctaatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcatctgagtttaggaaagaaatttcagatagaggcct 27999852  T
Q  366 aatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    |||  |||| |||||||| |||||| |||| || ||||| ||||    
T  27999853 aatatcaaattggtgtccacaagagaaagttttgaaccaccctt 27999896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 24107118 - 24107007
Alignment:
Q  1 tatgatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||| |||| |||| | |||| || ||||| || ||| |||| ||  ||||||||| || ||    
T  24107118 tatgatgaacttgagagtgatgtaatgaatacgctctattctatgttcccttttttatatactattggacctttaccttcattattaaatcaaattcaac 24107019  T
Q  101 aaaatgacttga 112  Q
    | ||| ||||||    
T  24107018 ataatcacttga 24107007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 5 - 390
Target Start/End: Original strand, 20863236 - 20863621
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||| ||||| || || | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  20863236 atgagcttgagagtgatgttatgaatgttctctattctatgttcccttctctatacaccattggcccttttgtttcttttttaaatcaaagtccacagaa 20863335  T
Q  105 tgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaatttt 204  Q
    | ||||| | |||||||| || | ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||| |||| ||||||||||||    
T  20863336 tcacttggcgtctttagattcaagtctttggaaagaagacactgaatgtcttgcatggcttgaatcgaaagaaccgggatctattgtatatgtaaatttt 20863435  T
Q  205 ggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 304  Q
    ||||| | ||| || ||||||  ||| ||  |  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20863436 ggcagtaccacagtcatgtctgtagaaaaattgttagagtttgcatggggtttggccaacagcaagaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttg 20863535  T
Q  305 tcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagag 390  Q
    ||||||| ||||| ||  |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  20863536 tcattggtggctcggtgattttttcatctgcgtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagttggtgtccacaagag 20863621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 130 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 1674840 - 1674561
Alignment:
Q  130 ctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgag 229  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| ||    
T  1674840 ctttggaaagaagatactgagtgtcttgaatggcttgaatccaacgaaccgggatcggttgtttatgtgaatttcggtagcattattgttatgactccag 1674741  T
Q  230 agaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtc 329  Q
    |  | ||  | ||||||||||||||||||||| |  |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  1674740 atcaactattggagtttgcttggggtttggccgattgcaagaaaccttttttgtggatcactaggcctgatcttgtcattggtggctcagtggttttgtc 1674641  T
Q  330 atcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||| |||| || ||||| ||||    
T  1674640 atctgagtttatgaaagaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagtgttgaaccaccctt 1674561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 127 - 409
Target Start/End: Original strand, 16685782 - 16686064
Alignment:
Q  127 aatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctc 226  Q
    |||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||| ||     
T  16685782 aatctttggaaataagataccaagtgtcttgattggcttgaatccaaggaaccgagttccgttgtttatgtgaattttgggagcatgacagttatgactg 16685881  T
Q  227 gagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgtttt 326  Q
     ||| || ||  |||||||||||||||||||| |||| |||||  |||  |||   |||||||||||| |||||||||||||| |||| || || |||||    
T  16685882 cagaaaaactattagagtttgcttggggtttgaccaatagcaagcaacattttcaatggatcattaggtctgatcttgtcatttgcggttccgtggtttt 16685981  T
Q  327 gtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  16685982 gtcatctgagtttaagaatgaaatctcagatagaagcctaatcgcgagctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatcctt 16686064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 7e-96; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 3087163 - 3086766
Alignment:
Q  1 tatgatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||| |||| |||||  |||| || ||||| |||||| ||||  | |||||||||| | |||    
T  3087163 tatgatgaacttgagagtgatgtaatgaatgcgctatattctgtgttcccttcattatataccattggaccattaccttcactactaaatcaaacttcac 3087064  T
Q  101 aaaatgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaa 200  Q
    | ||| ||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||     |||||||||||||| |     
T  3087063 ataatcacttggcatctttaggttccaatctttggaaagaagataccaagtgtcttgaatggcttgaatcaaagggacttgagtctgttgtttatgtgag 3086964  T
Q  201 ttttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgat 300  Q
    |||||||||||| || |||||| ||| |||| | ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3086963 ttttggcagcattacagttatgactcaagagcaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaaaccatttttgtggatcattaggcctgat 3086864  T
Q  301 cttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtatt 398  Q
    |||||||||||||||||  || || ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  3086863 cttgtcattggcggctcctttattatgtcatctgagtttgagaaagaaatttcagatagaggtctaatcgcaagctggtgtccgcaagagcaagtatt 3086766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 396
Target Start/End: Original strand, 3111 - 3503
Alignment:
Q  5 atgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||  || | ||| |||| || ||  ||||||  || || |||||| |||| ||  ||| ||||| |||||| ||    
T  3111 atgaacttgagagtgatgtactgaatgcgctccactctatgttcccatcattatacagtatcggaccattaccttcattattaagtcaaactccacataa 3210  T
Q  105 tgacttgacatcttt-agactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattt 203  Q
    | |||||  |||||| ||  || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||    |||||||||||||| |||||    
T  3211 tcacttggaatcttttaggttccaatctttggaaagaagataccaagtgtcttgaatggctcgaatccaaggaacctgagtctgttgtttatgtgaattt 3310  T
Q  204 tggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatctt 303  Q
     |||||||| || |||||| ||| | |  | ||  |||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3311 cggcagcattacagttatgactccaaatcaactgttagaatttgcttggggtttggccgatagcaagaaaccgtttttgtggatcattaggcctgatctt 3410  T
Q  304 gtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagta 396  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  3411 gtcattggcggctcgtttattttgtcatcagaatttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcacaagctggtgtccacaagagcaagta 3503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 409
Target Start/End: Original strand, 4081 - 4483
Alignment:
Q  4 gatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctattctttgtttccttctctatacacaattggtccattagcttcttttctaaatcaaagtccacaaa 103  Q
    |||||||||||||| | |||  |||||||| |||||||| |||| |||||| |||| || ||||| || ||| |||| ||  ||||||||| |||||| |    
T  4081 gatgaacttgagagcggtgtattgaatgctctctattctatgttcccttctttatataccattggacctttaacttcattattaaatcaaactccacata 4180  T
Q  104 atgacttgacatctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattt 203  Q
    || |||    ||||||||  || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||| || |||||    || ||||||||||| |||||    
T  4181 atcacta---atctttaggttccaatctttggaaagaagataccaagtgtcttgagtggcttgcatccaaggaacctgagtcggttgtttatgtgaattt 4277  T
Q  204 tggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatctt 303  Q
    ||| ||||| || |||||| ||| |||  | ||  ||||||||||||||| |||| ||||  | || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4278 tggaagcattacagttatgactccagatcaactgttagagtttgcttgggttttgaccaattgtaagaaatcctttttgtggatcattaggcctgacctt 4377  T
Q  304 gtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaacc 403  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  4378 gtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaacc 4477  T
Q  404 aacctt 409  Q
    | ||||    
T  4478 accctt 4483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 115 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 1281743 - 1281449
Alignment:
Q  115 tctttagactctaatctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattttggcagcatca 214  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||   | |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |    
T  1281743 tctttagattccaacctttggaaagaagatatcgagtgtcttcaatggcttgaatcgaaggaaccgagatctgttgtttatgtgaatttcggaagcatta 1281644  T
Q  215 ctgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcgg 314  Q
    | |||||| ||| |||| | ||    || |||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1281643 cagttatgactccagagcaacttcaggaatttgcttggggtctggctaatagcaagaaaccatttttgtggatcactaggcctgatcttgtcattggcgg 1281544  T
Q  315 ctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaaactggtgtcctcaagagcaagtattaaaccaacctt 409  Q
    ||||||  |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||| || ||||| ||||    
T  1281543 ctcagtgattttgtcatctgactttgcgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccaccctt 1281449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 265 - 364
Target Start/End: Original strand, 3162 - 3261
Alignment:
Q  265 agcaaaaaaccctttttgtggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcc 364  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||  || ||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  3162 agcaagaaaccctttgtgtggatcattaggtctgaccttgtcattggcggatcatgtgctttgttatatgagtttgagaatgaaacttcagatagaggcc 3261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0199 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0199
Description:

Target: scaffold0199; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 77 - 4
Alignment:
Q  130 ctttggaaagaagatactaaatgtcttgaatggcttgaatcaaaagaaccaagatctgttgtttatgtaaattt 203  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||||||||||| |||||    
T  77 ctttggaaagaagatactgagtgtcttgaatggcttgaatccaacgaaccgggatcggttgtttatgtgaattt 4  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University