View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13864_high_3 (Length: 1036)

Name: NF13864_high_3
Description: NF13864
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13864_high_3
NF13864_high_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-1028)||(7239717-7240717)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 877; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 877; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1028
Target Start/End: Complemental strand, 7240717 - 7239717
Alignment:
Q  20 ctacacatgtgattattaaactaaaattattaaaatctcaacaacaaaaaatgtgagcaagaatgtatttatatatccttcgttttaaaagaaaaattct 119  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7240717 ctacacatgtaattattaaactaaaattattaaaatctcaacaa---aaaatgtgagcaagaatgtatttacatatccttcgttttaaaagaaaaattct 7240621  T
Q  120 cacacgcagcattccacatgactggccagaacaaactcagcaagaaatttattgcattgctagtttctggacataaatacgtgagaaaggaaatactaac 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7240620 tacacgcagcattccacatgactggccagaacaaactcagcaagaaatttattgcattgctagtttctgtacataaatacgtgagaaaggaaatactaac 7240521  T
Q  220 tatatatacaaaatcaatttttgtgggcactaattagaaaaattgtcaacatttgtataactggatcccaactactatcataattcataaaaaatccata 319  Q
    ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  7240520 tatata--caaaatcaatttttgagggcactaattagaaaaattgtcaacatttgtataactggatcccaactactatcataa-------aaaatccata 7240430  T
Q  320 ccaactattgttcaaatcctttaaactttattctaattatattcatgcatttattccataaatatggtcggctggttgatcaagaaaaggaataaatggg 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7240429 ccaactattgttcaaatcctttaaactttattctaattatatccatgcatttattccataaatatggtcggctggttgatcaagaaaaggaataaatggg 7240330  T
Q  420 atgtaaaactctaccagtctatattttcaacagcaatgaacctactcaatttaagtcatatgaacaacaaactaaatccctagccattataatatctgga 519  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7240329 atgtaaaactctaccagtcaatattttcaacagcaatgaacctactcaatttaagtcatatgaacaacaaactaaatccctagccattataatatctgga 7240230  T
Q  520 aatgacaaacaaattgaattggaaatttttgctactattatataattgtatttcattcggacagcagaattataaactatgaagcaactttttcttttgc 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  7240229 aatgacaaacaaattgaattggaaatttttgctactattatataattgtatttcattcggacagcagaattataaactatgaagccactttttcttttgt 7240130  T
Q  620 aagaattttggcaattcaagtcattttcaactaatcttcatcttatcttccattatagcacttgctacttaattgacacttattcatcagaaaaagagaa 719  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7240129 aagaattttggcaattcaggtcattttcaactaatcttcatcttatcttccattatagcacttgctacttaattgtcacttattcatcagaaaaagagaa 7240030  T
Q  720 gtaaact----aatttatatgtgctaaaaaagttttacaacaatacatttacataagttgcacaattttactaaatcatgcattaacctatcaacataga 815  Q
    |||||||    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7240029 gtaaactaaaaaatttatgtgtactaaaaaagttttactacaatacatttacataagttgcacaattttactaaatcatgcattaacctatcaacataga 7239930  T
Q  816 ggactttctttagattaaaacataagaagacttaatatccataatcgtaaataacaaatgggttatgctaaccagtgaaactcaacgcattatgtgcgga 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7239929 ggactttctttagattaaaacataagaagacttaatatccaaaatcctaaataacaaatgggttatgctaaccagtgaaactcaacgcattatgtgcgga 7239830  T
Q  916 gaataggtgtattgcgatttcaaatccgcaccctaacattttagatgtccccgcaactctttactatctgagatgcactaacgggacaaataacaaatat 1015  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7239829 gaataggtgtattgcgatttcaaatccgcaccctaacattttagatgtccccgcaactttttactatctgagatgcactaacgggacaaataacaaatat 7239730  T
Q  1016 gtttgatgatgtc 1028  Q
    |||||||||||||    
T  7239729 gtttgatgatgtc 7239717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University