View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13864_low_1 (Length: 1662)

Name: NF13864_low_1
Description: NF13864
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13864_low_1
NF13864_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (12-1662)||(44208916-44210570)
chr3 (31-71)||(44210553-44210593)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (660-731)||(38479977-38480048)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1511; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1662
Target Start/End: Complemental strand, 44210570 - 44208916
Alignment:
Q  12 catcatcccaacccaaggtctactgcatcaaccagcaacgcccatcataccaacccaaggcaagcagtttgttcgcactgtcaagaaacagggcattctt 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210570 catcataccaacccaaggtctactgcatcaaccagcaacgcccatcataccaacccaaggcaagcagtttgttcgcactgtcaagaaacagggcattctt 44210471  T
Q  112 ctaatgactgtccttcacagactcgacgctccaggaatccccaatatcctggaatgaaccaacaaaatagtaagatttctggaattttaaaatgccacag 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210470 ctaatgactgtccttcacagactcgacgctccaggaatccccaatatcctggaatgaaccaacaaaatggtaagatttctggaattttaaaatgccacag 44210371  T
Q  212 cagaatagacagcctagagaaataagaattgtaaattttggacattaggaaattagcaagcagtgagagtcaaccatgcagatcttggtcctgtagtttg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210370 cagaatagacagcctagagaaataagaattgtaaattttggacattaggaaattagcaagcagtgagagtcaaccatgcagatcttggtcctgtagtttg 44210271  T
Q  312 tgatacacaaatgttaattttggattttgtagatgaattgacatgtgataattgatggtcctagagatgaatctgccctatccaagcctcaccatgttat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210270 tgatacacaaatgttaattttggattttgtagatgaattgacatgtgataattgatggtcctagagatgaatctgccctatccaagcctcaccatgttat 44210171  T
Q  412 tgatgtgctgatgattgtgaataatgctgcacaaagtgttgaaatttaattcaatgcaataacaactacgctttctcccactaggtgggttggcttcatg 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210170 tgatgtgctgatgattgtgaataatgctgcacaaagtgttgaaatttaattcaatgcaataacaactacgctttctcccactaggtgggttggcttcatg 44210071  T
Q  512 ggtcaattgatgtcatacagtcttgacatgtattttggttcaaagttgatcatttacacctaactcactcttattgattttccaatagttttccttggtt 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44210070 ggtcaattgatgtcatacagtcttgacatgtattttggttcaaagttgatcatttacacctaactcactcttattgattttccaatagttttccttggtt 44209971  T
Q  612 tctgtctccgattgtttgactatcctccatttgatgtactctctttactggtgcttctacaagttttctccgtacatgccaaaaccacctaagatgagat 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209970 tctgtctccgattgtttgactatcctccatttgatgtactctctttactggtgcttctacaagttttctccgtacatgccaaaaccacctaagatgagat 44209871  T
Q  712 tctgccatcttctctactatagaaattagaacctaacccaattttgtctatagtatttgtatttctaattctatattttctcgagtaatcacttgtccaa 811  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44209870 tctgccatcttctctactatagaaattagaacctaacccaattttgtctatagtatttgtatttctaattctatattttctcgagtaatcacttgtccag 44209771  T
Q  812 ctagcattctcatcccgacaacaccaagtttactgtttttgtcgccattagactgtctagtcttttgttccacccatcattgttggtttgaagtgcttaa 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44209770 ctagcattctcatcccgacaacaccaagtttactgtttttgtcgccattagactgtccagtcttttgttccacacatcattgttggtttgaagtgcttaa 44209671  T
Q  912 atttatttatttttaattattttgaaatgtcattatgatattacaagtataataaagaaaga----aagatgtgtttgaacctatgttggaaaaggtagt 1007  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209670 atttatttatttttaattattttgaaatgtcattatgatattgcaagtataataaagaaagaaagaaagatgtgtttgaacctatgttggaaaaggtagt 44209571  T
Q  1008 actctctaaggggcttctaacttctaacacgcaaaaaatctaaaggtaaaaagaaagacttcaatagttttattattnnnnnnngttactataaaacttt 1107  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  44209570 aatctctaaggggcttctaacttctaacacgcagaaaatctaaaggtaaaaagaaagacttcaatagttttattattaaaaaaagttactataaaacttt 44209471  T
Q  1108 atggattcgtttatccactgaatcgacctcacccagtggaaaagggctattattgttgtttactaatttctatatcccattgctacactagtcgaggcaa 1207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44209470 atggattcgtttatccactgaatcgacctcacctagtggaaaagggctattattgttgtttactaatttctatatcccattgctacactagtcgaggcga 44209371  T
Q  1208 taatttgtgttcgtatgtatannnnnnnacctggatgttaaaaataagaactgaattattctcttaaaaaaggataggagtcttaacttttgtcttagtt 1307  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209370 taatttgtgttcgtatgtatatttttttacctggatgttaaaaataagaactgaattattctcttcaaaaaggataggagtcttaacttttgtcttagtt 44209271  T
Q  1308 ttagaannnnnnngcaaatcacttactatacatttttccatcattgtttagcagctgccaaaattgaaattcaagggaatgcatcttgtaataaaccttt 1407  Q
    ||||||       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209270 ttagaatttttttgcaaatcacttaccatacatttttccatcattgtttagcagctgccaaaattgaaatttaagggaatgcatcttgtaataaaccttt 44209171  T
Q  1408 ttacacaatgcaggggaatcttctgttgcatgcagctcgtgtggaaccccgtgtggtttgcaaactgcaaatacagatagtaacaggggcaggaagttct 1507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  44209170 ttacacaatgcaggggaatcttctgttgcatgcagctcgtgtggaaccccgtgtggtttgcaaactgcaaatacagatagtaacaggggcagggatttct 44209071  T
Q  1508 actcatgtcaaacacaggggtgcagattctctgtgtacgtgaactcctaatccatgccaaaattattgtgactatcacatcattgacacttagcaatgtc 1607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44209070 actcatgtcaaacacaggggtgcagattctttgtgtacgtgaactcctaatccatgccaaaattattgtgactatcacatcattgacacttagcaatgtc 44208971  T
Q  1608 tagataacagaatcaatagcctaccaacctctttccccttgattgctttcaatcc 1662  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44208970 tagataacagaatcaatagcctaccaacctctttccccttgattgctttcaatcc 44208916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 44210593 - 44210553
Alignment:
Q  31 ctactgcatcaaccagcaacgcccatcataccaacccaagg 71  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44210593 ctactgcatcaaccagcaacgtccatcataccaacccaagg 44210553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 660 - 731
Target Start/End: Original strand, 38479977 - 38480048
Alignment:
Q  660 tggtgcttctacaagttttctccgtacatgccaaaaccacctaagatgagattctgccatcttctctactat 731  Q
    ||||||| ||||| || |||||| |||||| | |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  38479977 tggtgctcctacaggtcttctccatacatgaccaaacaacctaagacgagattctaccatcttctctactat 38480048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University