View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13864_low_5 (Length: 598)

Name: NF13864_low_5
Description: NF13864
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13864_low_5
NF13864_low_5
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (11-581)||(30181170-30181748)
chr2 (24-283)||(30282107-30282363)
chr2 (8-137)||(30254517-30254646)
chr2 (18-197)||(30070629-30070806)
chr2 (8-214)||(30177390-30177592)
chr2 (31-265)||(30131125-30131360)
chr2 (31-265)||(30034946-30035178)
chr2 (31-265)||(30229084-30229316)
chr2 (31-144)||(30025519-30025632)
chr2 (31-144)||(30116490-30116603)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 11 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 30181748 - 30181170
Alignment:
Q  11 agggaagaagataaatggcattggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatatatacaaaatcaattatctccgatc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30181748 agggaagaagatgaatggcattggaatggtgatgttaacactactataaaacaattagtagcgaaaacggtaatatatacaaaatcaattatctccgatc 30181649  T
Q  111 atgattc-aaatgttatggcttgcattcccacattaattgctgtttctttt-tcttgttcatggatatccagaactctaaggatgattgtgattgtcctc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||     ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30181648 atgattcaaaatgttatggcttgcattctcac----tttgctgttttttttctcttgttcatgaatatccagagctctaaggatgattgtgtttgtcctc 30181553  T
Q  209 aaaatttgattgaaggctcgagtggatgattcgtcgcaaccacctggtaatttagaactagcacattgggctttttatttattataatttcatgttcttc 308  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30181552 aaaacttgattgaaggctcaagtagatgattcgtctcaaccacatggtaatttagaactagcacattgggctttttatttattat-atttcatgttcttc 30181454  T
Q  309 aatatttttgtgttagtttctttgaca------attattctttttctgtcattttgaaaattattcatt--ttctgtttcccactgtaggggggtgtatc 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30181453 aataattttgtgttagtttctttggcatacattattatcctttttccgtcattttgaaaattattctttcattctgtttcccactgcaggggggtgtatc 30181354  T
Q  401 catatgttttgggtgtgaggctaatcggctaaactctaatggcacgaggcgtttacattcatcatcatgtatcagtgcaatga--gnnnnnnnnnnnnat 498  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||               ||    
T  30181353 catatgttttgtgtgcgaggctaatcggctaaactcaaatggcatgaagcgtttacaatcatcatcatgtatcagtgcaatgacttattttttttatgat 30181254  T
Q  499 tatgacaattctg---tctcttgttttctgttattttcaaaactgatttctcctaaactttacttaaaatttaggagatgattgct 581  Q
    ||||||  |||||   || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30181253 tatgac--ttctgtcatcacttgttttctgttattttcaaaactgatctctcctaaactttacttaaaatataggagatgattgct 30181170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 24 - 283
Target Start/End: Original strand, 30282107 - 30282363
Alignment:
Q  24 aatggcattggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaat-ggtaatatatacaaaatcaattatctccgatcatgattcaaatg 122  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||| | |  |||||||  |||||| | ||| ||||  || |||||| |||||||||||||||    
T  30282107 aatgtcattggaatggtgacattaatactactataagaaaatttgctgcgaaaaaaggtaatgtttaccaaattgatcatctccaatcatgattcaaatg 30282206  T
Q  123 ttatggcttgcattcccacattaattgctgtttctttttcttgttcatggatatccagaactctaaggatgattgtgattgtcctcaaaatttgattgaa 222  Q
     ||| | |||||||| |||| |    | |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||    
T  30282207 ctattgtttgcattctcacact----gttgttgctttttcttgtttatgaatatccagaactctaaggatgaatgagtttgtcctcaaaatttgaatgaa 30282302  T
Q  223 ggctcgagtggatgattcgtcgcaaccacctggtaatttagaactagcacattgggctttt 283  Q
    ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  30282303 ggctcaagtcgataattcctcgcaaccacctggtaattcagaatcagcacattgggctttt 30282363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 8 - 137
Target Start/End: Original strand, 30254517 - 30254646
Alignment:
Q  8 gtaagggaagaagataaatggcattggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatatatacaaaatcaattatctccg 107  Q
    |||| |||| ||||| | ||||||||||| |||||| |||| ||| | || | ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30254517 gtaaaggaacaagatgactggcattggaacggtgaccttaatactgcaataagaaaatatgtagctaaaatggtaatatatacaaaattgattatctccg 30254616  T
Q  108 atcatgattcaaatgttatggcttgcattc 137  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30254617 atcataattcaaatgttatggcttgcattc 30254646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 30070629 - 30070806
Alignment:
Q  18 aagataaatggcattggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaa--tatatacaaaatcaattatctccgatcatgat 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||| | ||||| |||| |||||  | ||||||||||| ||||||||| ||||  |     
T  30070629 aagatgaatggcattggaatggtgacattaatactactataagaaaatttgtagcaaaaacggtaatgtctatacaaaatcgattatctccaatcacaaa 30070728  T
Q  116 tcaaatgttatggc-ttgcattcccacattaattgctgtttctttttcttgttcatggatatccagaactctaaggatgattg 197  Q
    |||| |||||| || |||||||| ||||||  |||    | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30070729 tcaattgttatcgctttgcattctcacatt-gttg----tgctttttcttgtttatgaatatccagaactctaaggatgattg 30070806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 214
Target Start/End: Original strand, 30177390 - 30177592
Alignment:
Q  8 gtaagggaagaagataaatggcattggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatat--atacaaaatcaattatctc 105  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||| | ||||| |||  |||||| |  |||||||||| ||  ||||    
T  30177390 gtaaaggaaggagatgaatggcattggaatggtgaccttaatactactataagaaaatttgtagctaaaccggtaatgtctatacaaaatctatg-tctc 30177488  T
Q  106 cgatcatgattcaaatgttatggcttgcattcccacattaattgctgtttctttttcttgttcatggatatccagaactctaaggatgattgtgattgtc 205  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||    | | ||||||||||   |  ||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  30177489 caatcatgattcaaatgttatagcttgcattctcacatt-gttg----tgccttttcttgtttgcgagtatccagaactctaagggtgattgagtttgtc 30177583  T
Q  206 ctcaaaatt 214  Q
    |||||||||    
T  30177584 ctcaaaatt 30177592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 30131360 - 30131125
Alignment:
Q  31 ttggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatatatacaaaatcaattatctccgatcatgattcaaatgttatggct 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | || ||||| ||||||  |||||||||  ||||| ||| || |||  |||| | ||||||||    
T  30131360 ttggaatggtgaccttaacactactataaaaaaaattgcagtgaaaagggtaatgcatacaaaattgattatatccaattatgtctcaacttttatggct 30131261  T
Q  131 tgcattcccacattaa--ttgctgtttctttttcttgttcatggatatccagaactctaaggatgattgtgattgtcctcaaaatttgattgaaggctcg 228  Q
    | ||||| |||||| |  ||||  ||| ||||| || ||  || |||| |||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| | || ||| ||     
T  30131260 tccattctcacattgatgttgcctttttttttttttttttctgaatatacagaactctacggatgattaggtttgtcctcaaagttt-aatggagggtca 30131162  T
Q  229 agtggatgattcgtcgcaaccacctggtaatttagaa 265  Q
    | | ||| |||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  30131161 actagataattcgttgcaatcacctggtaattcagaa 30131125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 30035178 - 30034946
Alignment:
Q  31 ttggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatatatacaaaatcaattatctccgatcatgattcaaatgttatggct 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | || ||||| ||||||  |||||||||  ||||| ||| || |||  |||| | ||||||||    
T  30035178 ttggaatggtgaccttaacactactataaaaaaaattgcagtgaaaagggtaatgcatacaaaattgattatatccaattatgtctcaacttttatggct 30035079  T
Q  131 tgcattcccacattaattgctgtttctttttcttgttcatggatatccagaactctaaggatgattgtgattgtcctcaaaatttgattgaaggctcgag 230  Q
    | ||||| |||||| | || ||  | ||| | || || ||| |||| |||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| | || ||| || |     
T  30035078 tccattctcacattga-tgttgcctttttattttttttatgaatatacagaactctacggatgattaggtttgtcctcaaagttt-aatggagggtcaac 30034981  T
Q  231 tggatgattcgtcgcaaccacctggtaatttagaa 265  Q
    | ||| |||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  30034980 tagataattcgttgcaatcacctggtaattcagaa 30034946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 30229316 - 30229084
Alignment:
Q  31 ttggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatatatacaaaatcaattatctccgatcatgattcaaatgttatggct 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | || ||||| ||||||  |||||||||  ||||| ||| || |||  |||| | ||||||||    
T  30229316 ttggaatggtgaccttaacactactataaaaaaaattgcagtgaaaagggtaatgcatacaaaattgattatatccaattatgtctcaacttttatggct 30229217  T
Q  131 tgcattcccacattaattgctgtttctttttcttgttcatggatatccagaactctaaggatgattgtgattgtcctcaaaatttgattgaaggctcgag 230  Q
    | ||||| |||||| | || ||  | ||| | || || ||| |||| |||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| | || ||| || |     
T  30229216 tccattctcacattga-tgttgcctttttattttttttatgaatatacagaactctacggatgattaggtttgtcctcaaagttt-aatggagggtcaac 30229119  T
Q  231 tggatgattcgtcgcaaccacctggtaatttagaa 265  Q
    | ||| |||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  30229118 tagataattcgttgcaatcacctggtaattcagaa 30229084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 144
Target Start/End: Original strand, 30025519 - 30025632
Alignment:
Q  31 ttggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatatatacaaaatcaattatctccgatcatgattcaaatgttatggct 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | || ||||| ||||||  |||||||||  ||||| ||| || |||  |||| | ||||||||    
T  30025519 ttggaatggtgaccttaacactactataaaaaaaattgcagtgaaaagggtaatgcatacaaaattgattatatccaattatgtctcaacttttatggct 30025618  T
Q  131 tgcattcccacatt 144  Q
    | ||||| ||||||    
T  30025619 tccattctcacatt 30025632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 30116603 - 30116490
Alignment:
Q  31 ttggaatggtgacgttaacactactatcaaaaaactagtagcgaaaatggtaatatatacaaaatcaattatctccgatcatgattcaaatgttatggct 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | | || ||||| ||||||  |||||||||  ||||| ||| || |||  |||| | ||||||||    
T  30116603 ttggaatggtgaccttaacactactataaaaaaaattgcagtgaaaagggtaatgcatacaaaattgattatatccaattatgtctcaacttttatggct 30116504  T
Q  131 tgcattcccacatt 144  Q
    | ||||| ||||||    
T  30116503 tccattctcacatt 30116490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University